衆臣此時也才知陛下對蒙元朝廷滲透之深，經營之久，連内廷總管都爲其收服，爲己所用，如此蒙元大汗的一舉一動都在其的掌握之中，有這等助力豈能不勝。大家再看向皇帝的目光除了佩服，也多了敬畏。
雖然暫時跑了鐵穆耳，但城中的清剿戰鬥依舊有條不紊的展開，至傍晚大的戰鬥已經結束，各處火情被撲滅，城中隻有零星的槍聲響起，除了巡城的軍卒腳步聲，野狗的偶爾吠叫聲，昔日繁華的都市陷入了沉寂，彷佛一座死城一般。
漫長的一夜後，淩晨十分有快馬馳入行營，信使直奔大殿禀告：昨夜近衛軍會同禦前護軍騎兵旅将潛逃出宮的鐵穆耳一行人圍住，經一夜激戰盡殲其部。蒙元僞汗鐵穆耳在突圍途中被亂槍打死，随扈的樞密使闊裏吉思斷後被射殺，中書省左丞不忽木暗夜中墜馬，被馬蹄踐踏而死。
随行的蒙元僞汗太後以下妃嫔二十餘人被俘獲，随護的都威衛萬戶察罕以下及怯薛軍三千餘人盡數被殲。繳獲僞元印玺多枚，戰馬千匹，珠寶百餘馱，一應宮禁之物無數，戰場仍在清理之中。
趙昺又問及詳情，信使禀告道：在戰前事務局探子暗中對大都城周邊三十裏的村鎮進行了詳細調查，共篩選出有疑點的村落十餘處。這些村鎮皆有一個共同點，皆是在大都城建成後由它處遷徙而來，又以蒙古人爲主，占地廣闊，除了耕種的土地外，尚有牧場，飼養大量馬匹。且所處之地較爲偏僻和封閉，與周邊少有往來，甚至幾十年來婚嫁皆不出村。
更令人費解的是在圍城之前，蒙元朝廷爲了充實力量将周邊村鎮遷民入城，可這些村鎮并未受此影響。在宋軍到來後，他們主動捐納錢糧表示臣服，富戶獻出土地分與村民，簡直就是‘模範村’。但也正是這些反常行爲成了事務局的懷疑對象，對他們加以監控。
事實上這些村鎮都是反骨仔，當鐵穆耳密謀潛逃之時，遣人暗中聯絡他們，從其處調集人手和戰馬，準備糧草，做好接應的準備。事務局也從蛛絲馬迹中判斷出大緻範圍，卻不能斷定具體的地點，隻能在周邊撒大網。
昨夜，鐵穆耳一行人在底下向東北方向潛行了近三十裏，在一處村莊内中出現。爲了不打草驚蛇，将他們一網大盡，事務局所屬武力并沒有急于動手。直到他們夜渡榆河，準備再過潮白河進山之時才驟然殺出，将他們困在兩條河間，殲滅于河灘之上。
敵酋授首，标志着一個國家的滅亡，衆人興奮不已。趙昺下旨命江璆率臣屬首先入城處理善後和接收事宜，又命鄧光薦與脫歡、方臣右随後入城再次甄别鐵穆耳的屍身，以防其詐死逃脫。同時命陸秀夫起草诏書向臨安告捷——大都城破，蒙元滅國！
次日，鄧光薦呈報，經脫歡和方臣右仔細甄别确是鐵穆耳無疑。趙昺下旨命将鐵穆耳及殒命的後妃屍體成殓，置于東華門外的僞樞密院大堂，供蒙元舊臣遺民憑吊，着脫歡在城外擇地建陵妥善安葬。闊裏吉思和不忽木的遺體讓家屬領回，自行祭奠和安葬。
趙昺此舉似是施恩讓遺民祭奠，可在他人眼中确與曝屍無異，隻是爲了報複蒙元滅國之恨。實際上他的思想沒有那麽龌龊，而是另有深意，隻是想讓蒙元遺民親眼看到鐵穆耳的屍體，消除其已在破城前潛逃的流言，免得再有蒙古人利用其借屍還魂。
鐵穆耳靈樞運抵當日，晴朗的天空突然陰雲密布，一場暴雨驟然來臨，傾盆大雨下了整整一天一夜，将護城河水都染成了觸目驚心的黑紅色，流出二十裏外顔色才漸漸澹去。也不知是老天在爲一個王朝的覆滅哀鳴，還是在迎接一個新朝的複興。
五日後，脫歡奏報陵墓已經建成，請旨移靈。其陵選在城外一處皇苑，彷漢人陵墓修建，但倉促間建成十分簡陋，規模甚小，占地不過五畝，封土隻有兩丈高，因爲南朝沒有賜下廟号和谥号，陵前墓碑上隻能以漢蒙文題寫‘元末帝之陵’。趙昺開恩，允其在陵區建寺供奉祭祀，爲其守陵。
十日後，江璆奏報，城中基本清理完畢，此戰城中軍民傷亡甚重，搬運出城屍體達三十萬具。北城戰鬥最爲激烈，毀損房屋上萬間，道路、商鋪幾乎無一得存。皇城經曆阿難答的荼毒和戰火波及，房屋被毀上千間，但商業區大體得以留存。宮城中由于沒有爆發激烈戰鬥，除皇後翰兒朵皆被燒毀，周邊的殿舍受到波及外，大部分殿宇得以完整保全。
趙昺下旨先将損毀的城垣和城門修複，疏通城中的道路，允許逃出城的百姓回城重新擇地安居。被俘的蒙元官吏經篩查後可以留用，以便彌補官員短缺的情況；蒙古人除商人和工匠外禁止回城，民遷往山東和兩淮地區分散安置，被俘兵将和官員暫編爲伍充作役軍，後續再做安置。
此戰後，城中的蒙古人和色目人銳減，由八十餘萬人到不足三萬，而大都城也由百萬人口減少至不足十五萬。這樣做雖然殘酷，但是也是爲了日後的需要，要将不穩定因素消除。
不過破城後所獲亦是甚豐，僅糧食就得到百萬石之多，從舊朝勳貴手中收繳金達三十萬兩之巨，銀兩千餘萬兩，珠寶器皿無算，可見蒙元官員貪腐之盛。而宮中也尚存有大量寶物，其中不乏女真當年掠奪汴京皇宮，蒙元強搶臨安皇宮中的舊物，這讓趙昺不由感歎世事弄人啊！
九月初一，行營遷入大都城，趙昺在大明宮舉行大朝會，召見文武衆臣，同時下旨嘉獎有功，犒賞三軍，大宴三天。但他并沒有久留大都，半月後任命江璆爲河北、河南和山東制置使，兼領燕京府事。
與此同時，開始布置撤軍，第一軍和炮一師駐留大都，戍守山南、山北諸州；第二軍開赴真定鎮守；第三軍開赴長安鎮守；第四軍前往山東；第五軍前往山西；第八軍仍回襄樊；第十二軍和十三軍搭乘海船返回駐地。
将開戰後編成的十數個保安旅改編爲邊防軍分赴宣德、開平、甯德等沿邊重鎮戍守。第一水軍留駐直沽，保衛海防和海運通路。陸戰隊各自規建，工程師則負責在沿邊修建戍堡，利用枯水季修通大運河至大都城内的運河。布置完畢，行駕乘舟沿運河南下還都，至此第二次北伐勝利結束……
祥興十九年，在趙昺主持下進行行政區域改革，大宋全境共重新規劃爲二十個省，一百餘府、千餘州（縣），形成中央、省、府、州（縣）四級行政管理機構。
同年，趙昺下诏加強海貿，鞏固舊有西洋航線外，利用新開辟環球航線，打入北美、北美市場。同時在南北皇田試種引進的玉米、花生、番薯等新品種。
祥興二十年，趙昺着令兵部制定軍事要地圖譜，對禁軍和州軍進行整編，擴充騎軍，加強邊防軍力。經多番研讨後，保留八個軍的禁軍，炮軍擴編爲五個師，騎軍十個師，水軍保留大小艦船千艘，遠征軍得以繼續保留作爲戰略支援軍。内地州軍縮編爲旅，編餘兵力加強到邊防軍。
調整後大宋保有禁軍三十萬、州軍十萬，邊軍二十萬，共有兵力達六十萬。而後對諸部軍将進行調整，江钲緻仕，韓振接任樞密副使，一幹禁軍老将回京入樞密院任職，一大批青壯将領晉升各部主将。
祥興二十一年，趙昺任命降臣方臣右爲高麗招讨使，出動水、步軍三萬前往高麗。李氏不敢交戰請降，願爲大宋屬國，降爵爲王。趙昺賜其爲高麗王，以方臣右爲監政，長子入宋爲質，年年納貢。
江南人口增長日益，耕地不足，趙昺下旨江浙人口北遷河北、河南，湖廣人口充實川蜀；又遷山西之民前往陝甘甯地區。将歸附的蒙古人口安置在沿邊，并置州縣管理，将草場分與諸部，各部間不得相互侵擾。
同年，皇長子趙璟至學齡，趙昺沒有沿襲于宮中聘請帝師教育的舊例，而是讓其入皇家學院學習。此舉引發轟動，京城子弟紛紛入院學習。
祥興二十二年，陸秀夫等老臣請辭緻仕，趙昺以文天祥入主中書省、江璆支持尚書省，陳則翁入門下省，林之武、蔡喬、莊公從等人入京進入六部任職。
趙昺下旨改臨安爲南京，燕京爲北京，開始營造宮城，整修城垣。
祥興二十三年，趙昺北巡，駐跸開平府，調諸部草原演武，蒙古殘部慌忙北奔，大宋得民數萬戶。
次年秋，趙昺親領大軍二十萬，分三路深入草原追剿蒙元殘部。此時蒙古人經過數年内鬥，人口銳減，已形同散沙，大部自知不敵紛紛歸附，少數遠遁漠北，大宋收複和林，設置安息總管府管理。
祥興二十五年，扶桑内亂遣使請求歸附，趙昺斷然拒絕，并切斷與其的所有貿易和文化交流，此策使其與外界日漸隔離，十數年後便陷入衰落，國民貧苦，技術落後，内鬥不已，最終一村之地也敢稱王。
祥興二十八年，海外作物在中原試種成功後，趙昺向西北各地推廣，并将玉米、花生和番薯作爲必征的賦稅，數年後各地遍植，使幹旱貧瘠之地得以豐産，使民免于饑餓。
同時，趙昺又下旨将皇家所屬工坊北遷中原，開發礦場，建立工廠，促進工業和紡織業發展。
祥興三十年，經過十數年的發展，大宋經濟日益強盛，貨物行銷四海，趙昺着手推行平民免費教育，在各地開設新式學校，并改革科舉，一改以經史取士的慣例。
祥興三十五年，趙昺立皇長子爲儲，開始讓其學習政務，處理國事。
祥興四十年，趙昺自南京出發南巡，重走當年入江南的路線，曆時一年足迹遍及沿海諸省，在泉州拜祭了圓寂的師傅。又乘舟出海至瓊州，看遍昔日山水，終于在海之南題寫了心心念念已久的‘天涯海角’四個大字。
祥興四十二年，楊太後駕崩，趙昺将太後葬于紹興皇陵。次年遷都北京，但其久居南京，将政務交予監國的太子打理。他醉心于編寫教材，教導學生。
祥興四十五年，趙昺幹脆禅位于太子，改國号複興，自己除專注于教學外，開始發明打造各式機械，推廣蒸汽機的應用，使得大宋進入了工業化時代，進入了工業文明。
複興五年，知天命的太上皇打造了數艘蒸汽鐵殼船，率領一支百艘萬石大舟出海環遊世界，直至數年才歸，不僅帶回了各種珍惜動植物，還開辟了數條新航線，更重要的是讓大宋士子們對世界有了新的認識。
複興十年後，太上皇身體日漸衰弱，很少在離京，除了編撰書籍後，含饴弄孫，便是與昔日老臣喝茶回憶往事。
複興二十年，太上皇常常望着天空發呆，一個夏夜突然雷雨驟至，其面現喜色言：吾回家了……便悄然逝去！
太上皇駕崩後，趙璟遵遺囑将其仍葬于紹興皇陵，伴于楊太後陵寝旁，周邊陪葬着與其一起打天下的祥興舊臣。
衆臣商議給先帝上廟号卻犯了難，祥興帝文治武功本朝曆代皇帝無能出其左右，不僅恢複了漢家江山，還向西北拓地萬裏，并推動了大宋軍事、文化、科技和醫學、農業機械，乃至天文等等的發展。
最終，皇帝趙璟還是覺得其收複中原，恢複江山的功績最爲顯赫，上廟号武宗……