bc1653年，即太甲七年，其已經在桐宮呆了滿兩年。伊尹時刻關注着太甲在桐宮的所作所爲，他的行動早己有人報告給伊尹了。太甲的悔過自新，讓伊尹十分高興，于是在這年的農曆十二月初一，親自帶着文武大臣把太甲接回首都西亳城，嚴肅而鄭重地把政權交還給他。
伊尹戴着禮帽穿着禮服迎接嗣王太甲回到都城西亳（河南洛陽偃師市），作書告王說：“人民沒有君主，不能互相匡正而生活；君主沒有人民，無法治理四方。上天顧念幫助商家，使嗣王能成就君德，實在是商家萬代無疆之美啊！”
嗣王拜跪叩頭說：“我小子不明于德行，自己招緻不善。多欲就敗壞法度，放縱就敗壞禮制，因此給自身召來了罪過。上天造成的災禍，還可回避；自己造成的災禍，不可逃脫。以前我違背師保的教訓，當初不會對自己嚴格要求；還是依靠您的匡扶和挽救，才成就了現在的我。”注意：此處爲王向臣叩頭，說明君弱臣強的事實。
伊尹連忙跪拜叩頭，說：“講究自身的修養，又用誠信的美德教導臣下，就是明君。先王成湯憐憫窮困的人民，所以人民服從他的教導，沒有不喜愛他的。連友邦和鄰國的民衆，也說：等待我們的君主吧，我們的君主來了，就沒有禍患了。大王要增進你的德行，效法你的列位祖先，不可有頃刻的安樂懈怠。事奉先人，當思孝順；接待臣下，當思恭敬。觀察遠方要眼明，順從有德要耳聰。能夠這樣，我等臣民就能夠永遠幸福地生活在大王的統治之下。”
伊尹向王反複告戒：“呀！上天沒有經常的親人，能敬天，天才能親近你；人民沒有經常歸附的君主，他們歸附仁愛的君主；鬼神沒有經常的享食，享食于能誠信的人。處在天子的位置很不容易呀！”
“用有德的人就治，不用有德的人就亂。與治者辦法相同，沒有不興盛的；與亂者辦法相同，沒有不滅亡的。自始至終，慎重選擇自己的臣下，就是英明的君主。”
“先王因此勉力敬修自己的德行，所以能夠匹配上帝。我王繼續享有好的基業，希望看到這一點呀！
如果升高，一定要從下面開始；如果行遠，一定要從近處開始。不要輕視百姓的事務，要想到它的難處；不要苟安君位，要想到它的危險。慎終要從開頭做起啊！”
“有些話不順你的心意，一定要從道義來考求；有些話順從你的心意，一定要從不道義來考求。”
“啊呀！不思考，怎麽收獲？不做事，怎麽成功？天子大善，天下因此清正。君主不要使用巧辯擾亂舊政，臣下不要憑仗驕寵和利祿而安居成功。這樣，國家将永久保持在美好之中。”
西晉時期出土的《竹書紀年》（戰國時魏國史官記載）對于伊尹和太甲有另一番論斷。由于古本《竹書紀年》在宋朝就已經散佚，現代能看到的都是清人和今人的輯本。方詩銘、王修齡的《古本竹書紀年輯證》，從《太平禦覽》《晉書》《史通》《文選》《通鑒外紀》等等書目中載《竹書紀年》文：
伊尹放太甲于桐乃自立。約按：伊尹自立，蓋誤以攝政爲真爾。
七年，王潛出自桐，殺伊尹，天大霧三日，乃立其子伊陟、伊奮，命複其父之田宅而中分之。
十年，大飨于太廟。
初祀方明。
就是說，前期基本與前面的儒家《尚書》的記載相符，但是後面《竹書紀年》與《尚書》不同，按照《竹書紀年》的說法：太甲偷偷跑出了流放地桐宮（可能被軟禁），得到朝中大臣的支持，攻殺了伊尹，但因爲伊尹的賢名，又立了他的兒子繼承他的爵位和财産。
若說不可信，爲何如此多人都載有《竹書紀年》的記事，且《竹書紀年》是第一手文字資料，并無捏造的動機。另，古本《竹書紀年》因爲不符合儒家經義，所以在宋朝的時候散佚了，恰恰在宋朝又是相當提倡儒家理學的時期，讓人心存懷疑。真假難辨，望後世學子鑒驗。
這兩種說法，前者的邏輯符合儒家，後者的邏輯符合法家，而當時魏國爲法家當權。當時諸子百家紛紛用上古的故事來佐證自己的學說是正确的，所以大量編造上古曆史。所以當時的資料真假摻半。
筆者由這兩種說法得出幾個結論：
第一，伊尹沒有殺死太甲，而放之于湯的墓地，不像是意圖篡位，而攝政是真實的，但是其的權利**也一定很大，隻是沒有篡位的野心；
第二，伊尹大權在握、且治國井井有條的情況下，即使太甲離開流放地，也不大可能得到臣民的支持，因爲沒有足夠的威望抗衡治國三十年的宰相伊尹，所以說他攻殺伊尹似乎實力不夠，貿然出擊，并不是明智的選擇；
第三，《尚書》中明确提到了其複位的時間太甲三年(bc1657)十二月朔（初一），提到了明确的日期，比《竹書紀年》清楚，所以其也有一定的根據。而《竹書紀年》中記載的時間爲太甲七年(bc1653)，沒有說明具體的日期，或許是亡秩了。複位的時間，筆者将兩者結合得出太甲七年十二月朔。
由第三點再結合《竹書紀年》，則可以推斷：
太甲殺死伊尹的時間應爲複位之後，其表面上感激伊尹的匡扶之功，其實早已懷恨在心，且君弱臣強的局面是不可能持續太久的。其隻是在等待時機，直到複位成功一段時間之後，其處死了伊尹，收回了大權。但是由于伊尹的功勞太大了，無過被誅，出現天象大霧三日，說明百姓和臣民對其的緬懷，所以太甲不得不将伊尹的田地分封給他的兩個兒子，以安撫朝臣和百姓。
伊尹死後葬于虞（河南商丘虞城縣）。
伊尹生前寫過許多文章，《漢書》錄有《伊尹》五十一篇，《伊尹說》二十七篇，早佚。《玉函山房輯佚書書》有《伊尹》一卷。1973年，長沙馬王堆三号漢墓出土帛書有《伊尹》零篇六十四行。