bc2272年，堯祭祀洛水，希望能夠祈禱洪水退去，卻沒有用處。當時洪水已經極爲嚴重。
《尚書堯典》記載：“湯湯洪水方害，蕩蕩懷山襄陵，浩浩滔天。”
“當堯之時，水逆行，泛濫于中國。”（《孟子滕文公》）
“大溢橫流，無有丘陵、沃衍、平原、高阜。”（《呂覽爰類》）
“川，水中可居者。昔堯遭洪水，民居水中高土，故曰九州。”（《說文川部》）
“民皆上丘陵，赴樹木。”（《淮南子》
到堯帝時期時由于全球氣溫的持續升溫，使得地球上的冰雪特别是南極和北極的冰川加速融化，促使海平面升高，使沿海地區出現大規模海浸。至此第二次洪水出現。海平面大幅上升，比現在高2——4米，高于大陸低地，使得發生海水倒灌。在第二次洪水之前，大陸的面積遠比現在大，現在中國東海的大陸架、美國邁阿密以東的部分地方、北海、白令海峽等“海”均爲陸地，洪水發生之後都被淹沒。
懸棺葬是一種将死人棺木送上懸崖峭壁的奇特葬俗，遍及我國南方十省區，以福建崇安武夷山的懸棺爲最早，經碳十四測定可到新石器時代。在缺乏起重設備的年代，是如何将成百上千斤葬具運上近百米懸崖上的？古人爲什麽要這麽做？根據葬具呈船形、有魚骨随葬的情況，懸棺葬的産生應該與那場大洪水有關。大洪水席卷大陸，隻有極少數人逃往事先造好的船上，他們以船爲家，随波逐流，死後以船爲葬具，葬具最初是擱置于海岸線上的。若幹年以後，洪水消退，滄海變桑田，大地恢複了原來的模樣，于是海岸線就變成了懸崖，他們的墓地也變成了懸棺葬。懸棺葬，東方的諾亞方舟。
此時堯不僅擔心洪水，也在操心接班人的問題。之前選的接班人都已經老去，所以堯想找個年輕的接班人，就想看兒子朱是否合适，可是朱雖長大成人，卻不務正業，遊手好閑，聚朋嚣訟鬥狠，經常招惹禍端。
帝堯心想：要使朱歸善，必先穩其性，娛其心，教他學會幾樣本領才行。起初是教習打獵本領，朱不喜，堯歎氣說：“你不願學打獵，就學行兵征戰的石子棋吧，石子棋學會了，用處也大着哩。”說着用箭頭在一塊平坡山石上用力刻畫了縱橫十幾道方格子，撿來一大堆山石子，又分給丹朱一半，手把着手地将自己在率領部落征戰過程中如何利用石子表示前進後退的作戰謀略傳授講解給朱。朱此時倒也聽得進去，顯得有了耐心。
此後一段時日，朱學棋很專心，也不到外邊遊逛，他的老師散宜氏心裏踏實些。帝堯對散宜氏說：“石子棋包含着很深的治理百姓、軍隊、山河的道理，朱如果真的回心轉意，明白了這些道理，接替我的帝位，是自然的事情啊。”孰料，朱棋還沒學深學透，卻聽信先前那幫人的壞話，覺得下棋太束縛人，一點自由也沒有，還得費腦子，犯以前的老毛病，終日朋淫生非，甚至想用詭計奪取父帝的位置，散宜氏痛心異常，大病一場而逝。
帝堯十分傷心，再也不想看到朱。bc2267年，堯派後稷将其流放到丹水（河南濮陽範縣），成爲一個普通的諸侯王，從此其被稱爲丹朱。
以後的陶器上便産生圍棋方格的圖形，史書便有“堯造圍棋，以教丹朱”的記載。
接班人的問題沒有着落，但是洪水的事情已經迫在眉睫，堯再不能忍受共工等官員治水的無能。
一天，他把手下的大臣找到身邊，對他們說：“各位大臣，如今水患當頭，人民受盡了苦難，必須要把這大水治住，你們看誰能來當此大任呢”
于是群臣和各部落的首領都推舉颛顼的後裔鲧。鲧爲夏後氏首領，是黃帝的玄孫、颛顼五世孫，妻爲有莘氏之女志，也叫脩己。
bc2264年，即堯帝六十一年，鲧被堯封于崇（河南嵩山），爲伯爵，世稱“崇伯鲧”或“崇伯”，受命治理洪水水患。所以夏後氏又稱有崇氏。
鲧用障水法，也就是在岸邊設置河堤。但水卻越淹越高，曆時九年未能平息洪水災禍。
長期以來，人們認爲鲧的治水方法不當，是堵，所以失敗了；而繼任者大禹的方法正确，是導，所以成功了，從而成爲千古一帝。
實際上，鲧受到查處是一樁千古冤案。要知道，這場洪水的特點是海水倒灌，至少在早中期無處排洩，導無可導，隻能采取堵的辦法。而且鲧以堵治水的方法分爲三個層次：一是築大土墩子，給災民提供安身之所；二是修建堤防；三是修建城堡。
鲧以前，我國社會是散居野處，鲧對造城是有專利權的。《呂氏春秋》：“夏鲧作城。”《水經注》：“鲧作城郭。”《吳越春秋》：“鲧築城以衛君，造郭以守民，此城郭之始也。”城池兼有防水的功能，華夏曆史上鲧是最早的城池建造者。城市還是文明的标志，使華夏人類結束了居無定所的曆史，是構成國家的一大要素，他的孫子啓正在這個基礎上建立了我國曆史上第一個國家——夏，我國考古發掘的最早城址是夏的二裏頭。
鲧治水方法并無不當，堵是針對這場特殊洪水行之有效的方法。這場自舊石器晚期至新石器晚期的洪水可以分爲幹燥、洪水、波動、洪水、平穩五個時期，鲧和禹大約處于第二次洪水與最後一個階段的平穩期的氣候轉折時期。
其實鲧時代已經進入平穩期，氣溫呈現波動下降的趨勢，海岸線也随溫度的下降而開始後退。但當時海平面仍然高于陸地，所以無法使用疏導的方法。
bc2256年，堯帝六十九年，崇伯鲧因爲治水不力，被罷黜。
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