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在埃及，約瑟被賣給了喜克索斯王朝的一名護衛長波提乏，後來波提乏派約瑟管理一切家務。然而，波提乏的妻子被這位年輕的希伯來人深深吸引，并引誘他，于是麻煩便來了。約瑟堅決拒絕他的主母，并明言他若順從她，便會傷害主人，也得罪神。
一天，她拉着約瑟的衣裳，約瑟卻把衣裳丢下逃走了。波提乏的妻子竟誣告約瑟意圖強奸；波提乏相信她，遂把約瑟囚禁在王的監裏，法老的酒政和膳長也同時囚禁在那裏。約瑟在獄中得着耶和華的幫助，爲酒政和膳長解釋他們一些難解的夢。正如約瑟解夢時所說，膳長被處死，酒政則恢複原職但酒政卻忘記了約瑟。
兩年後，法老作了兩個夢，連他的術士和智者都不能解釋。酒政記起約瑟，便把他從獄中召到王宮來。上帝啓示約瑟說，那些夢是預示七個豐年，及其後的七個荒年。法老因約瑟有這解夢的智慧，便叫他管理埃及，位分隻次于法老，即宰相。
法老賜名給約瑟，叫“撒發那忒巴内亞”（意爲“不定的”），并把埃及安城的祭司波提非拉的女兒亞西納給他爲妻。長子是瑪拿西，次子是以法蓮。
約瑟開始治理喜克索斯王朝時，年僅三十歲。在七個豐年期間，他把糧食儲備起來，待七個荒年來到時，有糧可吃。
荒年到來時，巴勒斯坦的饑荒也十分嚴重，雅各便叫他的衆子，除了年幼的便雅憫留在當地外，都前往埃及買糧。他們到了埃及，來到約瑟面前，卻認不出他。約瑟則認得他們，并想起他從前那管轄其家人之夢。
約瑟聽完他們報告家庭的狀況後，便指他們是奸細，堅決要他們留下一人作人質，然後把便雅憫帶來，以證實他們的話。于是，約瑟的一位兄長西緬被捆綁起來，留在埃及。
雅各本不想讓便雅憫前去，怕失去最小的孩子，但由于埃及作爲巴勒斯坦的宗主國，而約瑟貴爲宰相早已定下條件，雅各隻好容許便雅憫與他們同去。
他們到了埃及，約瑟的家宰便把他們帶往屋子裏，并把西緬交還給他們，還爲他們擺設筵席。
最後，約瑟揭露了自己的身分，說是神把他先行差往埃及，好保存他家人的性命。後來，他安排兄長把雅各接來；他爲他們預備車輛，以及路上用的食物。
雅各來到尼羅河三角洲的歌珊地時，約瑟出來迎接他，這樣，他們一家人再次重聚。約瑟把父親和兄弟領到法老面前，法老準許他們住在歌珊地。
雅各帶領部落遷居下埃及歌珊地，成爲當時下埃及的希伯來人當中的最尊貴者，實際成爲埃及的希伯來人領袖。這些在埃及的希伯來人漸漸與阿拉伯半島和迦南的希伯來人區别開來，以雅各爲首，因雅各别名以色列，故被稱爲以色列人。由此雅各成爲現代以色列人的先祖。
約瑟獲悉父親病了，便帶同兩個兒子瑪拿西和以法蓮往見雅各，接受祝福。他安排兒子站在雅各面前，叫長子對着雅各的右手，幼子對着雅各的左手，以緻瑪拿西可得着長子的祝福。然而，雅各卻把兩手交錯，給予以法蓮更大的祝福。
約瑟對父親這種颠倒長幼的做法不喜悅、不理解，最後還是接受。瑪拿西當時年幼。聽見祖父祝福說将來弟弟比自己還昌大，難免有些想不通，卻沒有任何的抱怨。
雅各要離世之前，向他的兒子們，把日後各人必遇的事告訴他們，其中對約瑟比喻爲多結善果的樹枝。
雅各死後，約瑟爲他安排喪葬事宜；他按照慣例舉行喪禮後，又安排衆子前往迦南，把雅各安葬在希伯侖的麥比拉洞。
在約瑟的庇護下，以色列人得到蓬勃發展，人口日漸繁盛。雅各的十二個兒子包括約瑟在内，都成爲一族之長，是以色列民族的十二先祖。
這十二先祖分别是：
流便，母親：利亞
西緬，母親：利亞
利未，母親：利亞
猶大，母親：利亞
但，母親：辟拉（拉結使女）
拿弗他利，母親：辟拉（拉結使女）
迦得，母親：悉帕（利亞使女）
亞設，母親：悉帕（利亞使女）
以薩迦，母親：利亞
西布倫，母親：利亞
約瑟，母親：拉結
便雅憫，母親：拉結
從其母親來看，以利亞和拉結的地位最高，而辟拉和悉帕似乎是她們的使女，地位較你，所以約瑟能夠成爲十二先祖當中地位最高的一個，也是有這方面原因的。
約瑟一百一十歲的時候，召他的兄弟來，說他快要死了。他又命他的子孫起誓，他們返回迦南時，必定把他的骸骨搬上去。因此，他死後，屍首給熏了，收殓在棺木裏，停在埃及。
數百年後，到了出埃及的時候，摩西果真帶同約瑟的骸骨，離開埃及。約瑟最後被安葬在示劍。
以法蓮，約瑟的次子，生于埃及，意思是“使之昌盛”。他的後代是以色列教十二支派之一的以法蓮支派。
而瑪拿西，約瑟的長子，生于埃及。他的後代是以色列教十二支派之一的瑪拿西支派。
以色列十二先祖與以色列教十二支派并不是一個概念。一個是世俗的提法，一個是宗派的提法。比如約瑟的一支就有兩個支派。而有的先祖并沒有流傳下支派。
瑪拿西娶了亞蘭人爲妾，生亞斯列和瑪吉。瑪拿西的次子名叫西羅非哈。
約瑟生前得見瑪拿西的孫子、瑪吉的衆子和以法蓮第三代的子孫。
以法蓮的兒子是書提拉，書提拉的兒子是比列，比列的兒子是他哈，他哈的兒子是以拉大，以拉大的兒子是他哈，他哈的兒子是撒拔，撒拔的兒子是書提拉。
雅各的預言提到他的後代們的族系，其中有他的孫子以法蓮，不單立他在兄長之上，将來更在十支派中得尊位，并且他必昌大。這些預言後來都一一應驗了。