其二，他就是前法老埃赫阿吞的親生兒子。有一些研究者認爲，由于王後一直沒有生下兒子，阿肯那吞爲了王室血統的純潔，便和别的女人生下了圖坦卡蒙。甚至還有人認爲，這個女人很可能就是埃赫阿吞已經長成的女兒之一。因此，圖坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父異母的親姐妹或自己的親阿姨。
這件發生在約3000年前的宮廷秘事的真相究竟是怎樣的，至今仍是衆說紛纭，沒能定論。如果可以對這些木乃伊做DNA測試的話，或許這個問題就可以迎刃而解了。
2008年，埃及考古學家紮西·哈瓦斯（ZahiHawass）開始對圖坦卡蒙身世進行研究，他希望從相關木乃伊上提取DNA，來弄清這位少年法老的身世及其過早離世的原因。
紮西·哈瓦斯的團隊利用DNA檢測技術對圖坦卡蒙本人以及長期以來一直被疑爲其近親的10具十八王朝王室五代族譜。通過調查Y染色體中的共享序列，辨别出圖坦卡蒙的男性祖先群；再通過找尋特定男女（夫婦）的DNA混合迹象，從而确定木乃伊之間的直系親屬關系。DNA檢測證明，阿蒙霍特普三世是圖坦卡蒙的祖父。
DNA檢測還初步顯示，随葬圖坦卡蒙的兩個流産胎兒其實是他和妻子安荷森納蒙Ankhesenamun王後所生的女兒。1932年經解剖學家确認，其中一名女嬰在母親子宮内5個月便夭折了。一具被叫做“老婦人”的木乃伊經DNA檢測證明是提伊王後，即圖坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做“年輕女士”的木乃伊則是圖坦卡蒙的生母。過去曾認爲圖坦卡蒙的母親是阿蒙普特四世的王後奈費爾提蒂，後者以一座偶像般的胸像而聞名。但DNA研究證實，圖坦卡蒙的生母琪雅也是阿蒙霍特普三世和提伊王後親生，是埃赫阿吞的親妹妹，即圖坦卡蒙是親生兄妹所生。
所以圖坦卡蒙的父親是埃赫阿吞，而母親并不是王後奈費爾提締，而是埃赫阿吞的妃子、親妹妹琪雅（Kiya）。但在圖坦卡蒙幼年時，琪雅已經去世。由王後奈費爾提蒂撫養。
奈費爾提蒂十分喜愛他，視如己出，并将自己和埃赫阿吞的三女兒安荷森納蒙Ankhesenamun許配給圖坦卡蒙。雖然圖坦卡蒙和安荷森納蒙是異母姊弟，但是兩人卻是彼此深愛着對方，感情很好，婚姻也很幸福，唯一美中不足的是安荷森納蒙因難産而不幸地失去了他們的孩子。
圖坦卡蒙在埃赫塔吞（現名叫阿馬爾奈TelelAmarna）城中長大。
BC1368年，圖坦卡蒙随奈費爾提蒂一起離開埃赫塔吞，到達底比斯，奈費爾提蒂改名斯蒙卡拉，自任法老。以底比斯和埃赫塔吞爲中心的兩個政府同時出現。
BC1367年，埃赫阿吞在瘟疫中病死。以埃赫塔吞爲中心的政府解散。
BC1365年，埃赫阿吞與王後奈費爾提蒂（斯蒙卡拉）的兒子圖坦卡吞繼承了埃及王位，是埃及第十八王朝的第十二任法老。此時圖坦卡吞年僅9歲，以底比斯爲都。
埃赫阿吞的宗教改革，沉重打擊了宗教勢力，但埃赫阿吞冒進的改革深深觸動了舊勢力的權益，在埃赫阿吞統治時期整個國家上下都處于****之中。
圖坦卡蒙即位後，因爲年齡太小，他并沒有實權。這個時期真正掌權的是下面幾位：其祖母阿蒙霍泰蔔三世的妻子、埃赫阿吞的母親提伊（Tiy）；法老的宰相(上埃及維齊爾）阿伊；大将軍霍倫海布；财務官瑪雅（Maya）；努比亞總督胡依（Huy）；另一個将軍納克特敏（Nakhtmin）；還有兩位維齊爾，名叫尤斯蒙斯（Usemonth）和彭特予（Pentju）。
在宗教人士的慫恿下，也可能由提伊等實際掌握政權的人的幹預下進行了舊教複辟，重新樹立阿蒙神成爲衆神之首，恢複了曾經被埃赫阿吞關閉的供奉埃及傳統諸神的神廟，爲阿蒙神廟僧侶徹底平反，歸還廟宇财産，由國庫對一些被處死的僧侶的家屬和緻殘的僧侶進行賠償。并正式将首都遷回底比斯，并以之爲埃及的宗教中心。埃赫塔吞城不再作爲都城。
圖坦卡蒙的名字也由圖坦卡吞（阿吞神的形象）改爲圖坦卡蒙（阿蒙神的形象），說明他的思想從崇拜阿吞神向崇拜阿蒙神轉變。同時他的父親埃赫阿吞被宣布爲“罪人”，他的名字應該從所有人的記憶中抹去，所以“埃赫阿吞”的字樣都要從建築物上被清除。
不久，其就在阿蒙信徒的支持下真正掌握法老應該享有的一切權威。
圖坦卡蒙這位少年法老在盧克索神廟留下了自己的印記，他負責繼續修建阿蒙霍特普三世修建的圍繞在大柱廊周圍的宮廷城牆，他還爲卡納克建造了一座美麗的司芬克斯像。
圖坦卡蒙戰車是圖坦卡蒙時期使用的一種能在沙丘上高速馳騁的車子，它是當時的超級戰車，涉及到的專業理論基礎包括輪子、車輪毂、軸承和車身及牛轭之間的設計，标志着圖坦卡蒙時代的埃及戰車工匠的工程學技藝已經達到了驚人的水平。
埃赫阿吞改革使得埃及未曾關注對外戰争，因而一些西亞叙利亞和巴勒斯坦附屬地開始獨立，倒向赫梯。
一些古墓場景顯示出圖坦卡蒙是一位軍事統帥，并領導了與赫梯在叙利亞和巴勒斯坦地區的戰争，盡管他很可能沒有參加實際戰鬥。主要指揮将領爲大将軍霍倫海布。其曾在叙利亞向赫梯人發起進攻，并且打了幾場勝仗。赫梯人此前曾經因爲埃赫阿吞對外交采取放任的政策，而趁機奪取了叙利亞地區很多領地，甚至進入過巴勒斯坦。