不過白南還是将嘉慶和他的朝廷擺在了前面，作爲對付薩載的工具。嘉慶在1780年四月下诏，命令薩載回京，并增加了一個從一品位的殿閣學士，作爲安置薩載的位子。同時嘉慶任命紀昀作爲正二品的江蘇巡撫，其餘江南省份也都安排了新的巡撫。
薩載在回複的奏章中，再次“婉拒”了嘉慶的任命，托稱江南并不平靜，事務繁忙，他這個總督一時走不開。
在第二張下給薩載的奏章中，嘉慶的口氣就變得嚴厲起來，稱薩載不尊皇命，自行其是，爲大大的忤逆之行，不是忠臣應該做的事情，嘉慶甚至還搞了最後通牒，要求薩載在一個月内啓程趕往京城，不然就對他革官。
而薩載被逼到這個份上，也終于圖窮匕見。薩載明言，朝廷現在爲奸佞所占，皇上的視聽被蒙蔽，外有惡敵，時局實乃極其危險的狀态，薩載一顆忠心可鑒日月，在此關頭即便違抗皇命也在所不惜，隻望能夠清君側、救大清。
即便薩載不敢直言皇帝之非，但是他也以皇上身邊有小人這樣經典的借口，正式地跟朝廷劃清了界限，公然作對。薩載還将這封直谏，張貼在了江南各大州府縣城，他幕中極有文采的文膽爲他書成這直谏表，當真也是情真意切，把自己塑造成一個大大的忠臣。而且他在直谏表中，痛陳朝廷新政之非，認爲荒腔走闆，背祖宗章法和聖人道統，并且表明了自己的立場，即維持大清就有體制，恢複八旗，沿用舊體制，仍舊八股取士等。
不得不說，薩載的這番舉動，還是得到了江南許多保守勢力的歡迎，尤其是一大部分讀書人，都認爲朝廷的新政是惡政，皇帝身邊有小人。很多江南士人都因此投入薩載的懷抱中，爲其效力，也讓薩載覺得自己深得民心，力量大增。
嘉慶在得知這一情況後，怒不可遏。在通過唐人的情報組織獲得了一批投靠薩載的士子名單之後，嘉慶把這些人的名字昭告天下，并且聲稱要在他們的家鄉豎立起一塊“亂臣賊子碑”，把他們的名字都刻上去，供人世代唾棄。
這樣極端的舉動确實吓住了一批人，不過也把那些已經投靠薩載的人推得更遠了。
随後，嘉慶宣布，派遣武衛軍第三師前往江南，并聯合在上海的唐軍，對薩載展開軍事行動。朝廷一出兵，便使得江南風起雲湧，頓時江南便有不穩的迹象。雖然江南一些豪門富戶都不怎麽待見朝廷新政，也不喜歡唐人，可是唐軍能打是确鑿無疑的，要不然也不會連續打敗了十幾萬的清軍。江南的兵力加起來也不過幾萬人，而且談不上什麽厲害的戰鬥力。雖然薩載招募了一些民團，但這些民團訓練不紮實，甚至很多都沒有真正的武器。而反觀唐人和武衛軍一方，都裝備了犀利的火器。京師事變之後，天下人都隐約明白了一個道理，那就是拼刀槍已經過時了，厲害的火槍大炮才是決定戰争勝負的關鍵。
就算薩載手裏有一部分火铳手，但是對比唐軍和武衛軍那是分明不夠看的。絕大多數人都不看好薩載的前途，很多原本對薩載也有所支持的江南豪族也都變成了觀望狀态。
而許多江南人甚至害怕戰火累及自身，連夜逃到了别的地方。薩載勢力主要集中在江蘇，很多人便逃亡江西、安徽等地。有些人甚至覺得還不夠安全，直接跑到了兩湖荊楚一帶。
薩載也沒想到，朝廷居然這麽快就下定了決心除掉自己。除了感到害怕之外，薩載也發了狠，他下令将自己這些時間招募起來的民團都集中起來，并執行堅壁清野的計劃，準備采取焦土戰術，要拼着毀掉半個江南，來阻礙唐軍和武衛軍戰鬥的決心。
隻是，在武衛軍過境山東進入江蘇的時候，一個噩耗率先給了薩載一記重擊。徐州鎮舉鎮向朝廷投誠，表明立場，不再爲薩載效力。而徐州鎮的倒戈也僅僅是個開始，緊接着是壽春鎮、瓜州鎮、湖口鎮，諸多綠營兵都在最後的關頭脫離了兩江總督的管理，驅逐了兩江總督派來的官員，宣布忠于朝廷。
一方面，嘉慶喊出誰要跟朝廷作對，就是亂臣賊子，要給他們著書立傳，還要在他們家鄉立碑，最後連祖墳都要給他們挖開，統統誅九族。不少綠營兵将的家人可都不在自己的駐防地，而在朝廷控制的地區。如果明着跟着薩載對抗朝廷，赢不赢先放一邊，自己的家人恐怕就要直接被砍頭了。
另一方面，綠營顯然對自己的戰鬥力不看好。武衛軍雖然初立，但已經在山東、山西和河南取得了戰績，表現出了不小的戰鬥力。跟他們硬拼顯然勝利機會渺茫。如果這時候投降，顯然朝廷不會硬是驅動他們去對付薩載，那麽這樣就等于避免了一場戰鬥，大家都能保住性命，這可比什麽都重要。
所以在關鍵時刻，薩載能夠依靠，隻有自己忽悠住的江南八旗的人馬以及臨時拼湊起來的民團了。
慌了手腳的薩載有些風聲鶴唳，對于自己的身邊甚至都無法信任了。薩載開始對江甯城内進行大規模的清洗行動，他命令忠于自己的民團，開始大索全城，任何被認爲是危險分子的人都被殺戮，甚至很多滿城之内不想打仗，希望跟朝廷講和的滿人也都死在了薩載的屠刀之下。
薩載終究不算是什麽有才能的軍事家，更不是什麽政治家，所以在面對危機的時候，隻能不斷地做出錯誤的決策。江甯城一夜之間數千人被殺，變得一片蕭殺和恐怖。本來對于薩載沒有什麽特殊感情的江南人反而對他痛恨起來。
不過，令人吃驚的是，以儒家理學道德觀，桑梓同鄉情誼，被書生們統領的地方民團們，卻仍舊團結如一，堅定地反對朝廷。最後的關頭中，薩載和這一群保守勢力抱團取暖，但命運仍舊飄搖。