蘇州，吳中，皇帝的旨意和舅父的求情并沒能救得了金大先生的命。
舅母河東君在齊王那裏等了半天，等來的卻隻一句——“狂生逆法，咎由自取，今不殺不足以明法紀，正綱常。”
在接到齊王手谕後，江蘇巡撫蔣國柱和蘇州知府閻紹慶便立即将金聖歎、丁冠中等一幹秀才捕拿歸案。不過因蘇州士紳和百姓反應激烈，金聖歎等人背景又複雜，蔣國柱擔心南都會有幹涉，此案可能會大事化小，小事化無。若那樣的話，他早早将人殺了，未免不妥，于是未敢當即就将人處決，而是等了幾日。
果然，哭廟案傳到南都後，引發南都朝堂軒然大波，百官紛紛上疏，要求皇帝赦免爲民請願的秀才們，更有江南出身的官員上書朝廷，直指“清欠催征”乃惡法，所用之人又皆爲酷吏，非但不能爲朝廷增加錢糧賦稅，反而激起民變，緻使百姓對朝廷離心離德。
一日之内，連上72道奏疏，堪稱國朝始立以來第一。
大儒黃宗曦上書，稱清欠一事古所未聞，實乃當世第一荒唐事，若不早停，必危及大明中興之業。又指吳中秀才聚而哭廟，乃大明養士兩百多年之德政，更是地方監察官府不法之事之習俗，絕非聚衆謀亂，因此将其定爲逆案，實是黑白不分，是非不明。
次輔連城壁亦憤而上書，指江南剛剛恢複，正是安民養生之時，朝廷此時不攬人心，反而對士紳百姓行橫征暴斂之事，豈不是自喪人心，将讀書人和百姓逼到滿清那邊去。倘哭廟案坐實，則天下人心便不在明。
連城壁上書的次日，定武帝便下诏命停清欠催征，更給在鎮江養傷的齊王周士相發去旨意，嚴斥于他。
皇帝動怒，官紳群情洶湧，人人都道周士相必會退讓，可不曾想清欠之事非但沒有罷停，反而越演越烈。
周士相先以安徽軍務緊急爲由，督請定武帝派連城壁督師安徽、河南，将其調離南都。後以齊王名義委任降官張長庚、幕下汪士榮等辦清欠衙門，不但分駐各省催征，更于府、縣設其分機構，該衙門除聯絡地方官府外，更可聯絡當地駐軍。一時之間，清欠二字，聞者變色。江南兩岸，爲清欠衙門所逼者，以數萬戶計。
金聖歎畢竟是自己的親外甥，錢謙益身爲江南士林領袖，更爲定武朝廷的太傅，眼看齊王因清欠之事和江南士紳俨成敵對關系，自己嫡親外甥又要慘死，百般思量之後親自往鎮江一趟，意圖勸說齊王改弦更轍，罷了清欠惡法，寬恕哭廟一衆秀才，以緩和當下緊張局勢。豈料，錢謙益到時，齊王卻往金山校閱剛剛補充的兩鎮兵馬，雙方未能會面。
無奈，錢謙益隻好寫了一封親筆信命人快馬送給齊王，請求齊王看在他的面子上，能夠放過哭廟一事。此信卻是石沉大海，齊王根本沒有回信。錢謙益在鎮江苦等兩日不果，隻得憤憤回京。此後，其妻河東君亦從蘇州趕到鎮江欲爲金聖歎求情，這一回齊王态度很明确，稱金聖歎等人名爲哭廟，實爲抗糧抗稅，此乃十惡不赦之罪，倘是赦免，則朝廷斷然無法維持。
河東君臨走之時，得齊王手書，上書數字——“不納糧，不納稅，便無國無家”
蘇州，蔣國柱眼見錢謙益夫婦和皇帝聖旨都未能讓齊王改變主意，頓知自己不能再耽擱，遂令蘇州知府閻紹慶将金聖歎等一衆秀才處決。
處決前一日，牢中按例爲一衆明日就要上刑場的秀才們送上“斷頭飯”，衆秀才此時方知他們已然沒有活路，人人悔恨，不該爲揚名參與哭廟。
當夜，牢中哭聲不絕，有秀才因過于驚恐，竟是便溺失禁。又有爲逃過一死，裝瘋賣傻，然一切無用矣。那牢卒對牢中怪狀隻是譏笑，渾無憐憫之心，概因省裏剛剛行文，往後府縣吏員、衙役、獄卒等皆由清欠衙門發俸，倘清欠無所得，則此幹人等便無俸。如此，各縣吏員等自是不敢再和士紳大戶勾結，否則無有收入是小，飯碗不保也是小，腦袋落地是爲大。如牢中衆秀才煽動大戶百姓不納糧，不納稅，自是斷他們生路。雙方自此爲仇寇，理所當然矣。
倒是被定爲逆案主犯的金聖歎不枉“狂生”一稱，他大笑着吃過斷頭飯，便叫來獄卒，對他稱有要事相告。獄卒以爲這位金大先生有什麽驚天動地大事相告，又或透露什麽傳世寶物秘密，便歡天喜地的拿來筆墨伺候金聖歎。
不曾想，金大狂生卻是指着剛吃完的斷頭飯，對獄卒笑稱：“花生米與豆幹同嚼，大有核桃之滋味。得此一技傳矣，死而無憾也！”
獄卒被金聖歎弄得哭笑不得，見其倒是真不怕死，也由他去，不與他一般計較。
次日行刑，凄涼肅穆，方圓不大的一塊陰森森空地，四周閃着刀光劍影，顯得陰森恐怖。被以“惑亂煽衆”定爲逆案之首的金聖歎等三十一名秀才俱是披枷戴鎖，立于囚車之上。刑場上，劊子手手執寒光閃閃的鬼頭刀，令人毛骨悚然，不寒而栗。
爲達到殺雞儆猴的效果，閻紹慶命組織數千百姓觀刑。爲防刑場出亂，又請調駐軍千餘維持秩序。
眼看行刑時刻将到，金聖歎的兩個兒子梨兒、蓮子（小名）望着即将永訣的父親，更加悲切，淚如泉湧。金聖歎雖心中難過，可爲了安慰兒子，他泰然自若地道：“哭有何用，來，我出個對聯你來對。”說完吟出了上聯“蓮子心中苦”。
他兩個兒子此刻跪在地上哭得氣咽喉幹、肝膽欲裂，哪有心思對對聯。
二兒現時也受了其父牽連，縣裏學官前幾日方通知他們，因其父抗糧抗稅，府裏發文五年之内二人不能入科舉。科舉乃讀書人入仕唯一通道，今不準二兒五年考科舉，雖聽着時間不長，可五年對于讀書人卻是漫長且重要的很。五年不得考，便等于斷了他們的科舉之道，使他們此後科舉無望，二人如何不埋怨父親。奈何卻是骨肉相連，今父要受刑，身爲人子，唯有痛哭。
金聖歎見二兒哭得厲害，稍加思索，歎道：“你們都起來吧，别哭了，爲父替你們對下聯。”接着念出了下聯“梨(離)兒腹内酸”。
這一聯對得十分巧妙，更是讓人聽了動容。主刑的閻紹慶聽後卻是冷哼一聲，這狂生也未免太冥而不化。他懶得再聽，擲簽于地。
“斬！”
隻見寒光閃處，刀起頭落，一代狂生就此隕落。
劊子手見金聖歎耳朵裏滾出兩個紙團，疑惑地打開一看：一個是“好”字，另一個是“疼”字。