當日，張孝起、馬安民、王萬達、郭天叙、秦榮、程邦俊等136名朝官被捕，另有378名士紳及中舉未進學又未歸鄉的士子被捕，參與鬧事百姓被捕者2650人。一時間，廣州府的牢房爆滿，以緻不得不将部分犯人關押在城外越秀大營。因軍帥府嚴令，廣州府不敢私放一人，使得府衙外犯人家眷哭嚎不已。
唐王對周士相不經自己同意就殺人、抓人、關人的舉動很是憤怒，命首輔郭之奇拿他谕令命周士相放人。
周士相很是憤怒的對首輔郭之奇道：“朝中之議，有不同意見者可上疏直達監國殿下，或遞表通政使司代傳，是非公直總有朝廷公斷，焉能不經官面程序而私下串連，煽動百姓沖擊行宮，以造成聲勢壓迫監國，壓迫朝廷！倘若此舉得逞，日後人人學之，但凡不合心意，便使人沖擊官府朝廷，國家如何治理，朝廷又有何公信可言？”
郭之奇反複爲張孝起等人求情，周士相都是冷面一張，隻稱需依律法處置，不能循私，更不能枉法。
郭之奇走時，周士相命人将這些天來廣州府統計出的有關打砸、搶劫等案卷薄送上，共計369樁，樁樁皆有苦主，樁樁皆叙述分明，内中不乏苦主爲牢中待罪之人。又取特别卷，爲所捕犯人自供通鞑作亂，欲使廣州内亂，借此反對唐王監國，以爲大清之助口供。另有參與鬧事地主士紳從前爲清廷賣命出力事迹，都是各地詳加察明，快馬遞呈廣州。白紙黑字，又有鄉鄰作證，更有從前受害鄉民狀紙，當真是鐵證如山。
郭之奇無語，知這些案卷有真有假，但就算周士相統統拿假作真，人在他手上，話都是他說，他一空頭首輔又能如何。郭之奇無果回奏唐王之後，唐王自是不滿，再派司禮太監潘應龍傳谕放人，更于宮中聲稱周士相若不放人，他便不再監國。
周士相不得已，親往行宮觐見唐王，當殿說道：“臣當日在文村就對殿下說過：此生唯以殺虜複國爲志。誰要阻攔北伐、阻攔光複河山的大業，臣就算落個千古罵名也不會讓這等奸人得逞。若殿下信不過臣，殿下這便可以命錦衣衛把臣推出午門斬了，臣絕不多說一句怨言！”
又道：“毅宗烈皇帝曾言：百官皆可殺。這些所謂的士大夫平時滿口仁義道德，實際上大部分人闖來投闖，虜來降虜，毫無節操。南都城破時，有幾個士大夫殉國死節？倒是笏闆堆積成山，争相向鞑子屠夫多铎輸誠請降！清虜占據廣東時，這些人又有幾個和今天這樣對鞑子大義淩然，據理力争？！又有幾個對鞑子射過一箭？收複過一寸土地？今日我大軍出師北伐在即，這些鼠輩反倒來謀亂了！如果對這些壞我光複大計的僞君子真小人不加嚴懲，北伐将士們怎麽想？爲我大明殉節的忠臣義士們怎麽想？天下黎民百姓又怎麽想？！”
唐王一時無言。
“今日臣的話，殿下信也罷不信也罷；臣今日所爲之事，殿下認爲是功也罷罪也罷，且請記在臣的賬上。他日待臣滅了鞑虜，光複我大明社稷，盡将我漢家父老百姓出了水火之後，殿下便以今日的事情誅殺了臣，臣也絕不喊一個冤字！”
周士相斬釘截鐵，絲毫不肯退讓。
唐王細一琢磨，周士相所言未必無道理，加上潘應龍委婉提醒唐王，他剛監國就有大臣聚衆于行宮沖擊宮門，此事往大了看也可視爲張孝起他們對唐王有不軌之心；往小了看也是張孝起他們幹犯禮制，于君無禮。于是唐王怒火稍息，他也不想将此事鬧大，遂以答應周士相召集内閣宣布平反紹武帝爲條件，換取周士相不得大開殺戒的承諾。
自己的最終目的得逞，唐王又好言相勸，周士相亦不能不無表示，表示對于所捕之人，無官職者又無作案前科，可以罰銀了事；有爲非作歹前科，又于事件當中趁亂搶劫，打砸破壞之人，則交由廣州府審明定罪，罪重者依律重治，罪輕者發往佛山鐵礦服苦役；有官職者則由周士相命人詳加審訊，确認無通敵、無謀逆之心者，可交由唐王發落，餘者由軍帥府審明罪狀之後再行定奪。
唐王知這是周士相的底線，想到張孝起等人畢竟也是煽衆鬧事，矛頭直接對準周士相，不給周士相一個交待也不妥，當下便也妥協，同意這個處置。
從行宮回來後，張安卻立即來見，禀報說軍情司在審訊過程中發現參與鬧事的百姓當中有不少是會道門分子，而士紳之中亦有此類人員存在，不少還是當地秘密結社的道門主持。
周士相命人将汪士榮找來，将張安所報之事告訴汪士榮，另外将前番各地的奏報也說一些，大意是朝中和地方還廣泛存在對太平軍不服的舊勢力、清軍奸細及土匪和在鄉間活動的清軍散兵遊勇，這些人在遠離城池、鄉鎮的山區和交通不便地區活動猖獗，各地太平軍和地方保安隊雖多次清剿，但卻不能徹底消滅這些勢力，一旦他率太平軍主力北伐，後方很可能會因此生亂，故想聽聽汪士榮有什麽好辦法能解決這個問題。
汪士榮沒想到周士相會特意征詢他的意見，甚是激動。思慮片刻後提出了一個十二字方針，即“誅首惡、囚随從、遷諸生、釋愚民”
汪士榮首先建議對抓捕的那些地主士紳，可分批交還地方，由地方察明其于僞清時期有無通敵行爲，若有，則以漢奸罪名斬殺，其家直系男丁概以通敵罪論處。若無通敵行爲，則由地方管束，命鄉村監督，未經允許不得離家。
而對那些因爲中舉卻得不到官做的讀書人，汪士榮的建議是将這些人送到安南去，授予他們在安南的大小官職，如此既可讓這些人爲軍帥府效力，又可得官做，還不讓他們在國内發牢騷，曆練些年總會出些人才。
至于官員，汪士榮的意見很明确，有唐王在，把人殺了肯定不好。但又不能不殺上一批，否則這幫人不知畏懼，下次有機會說不定還會添亂。故當将爲首的官員交軍情司處置，坐實他的通敵罪名，殺上一批，如此才能讓餘下的官員認清現狀，知道自己有幾斤幾兩。
周士相聽後覺得汪士榮的辦法不錯，命人找來張安，給他一份名單，讓他往韶州去一趟，請大清的廣東提督幫忙坐實鬧事爲首官員的通敵罪名。當然，如果軍情司直接查出有官員暗中通敵，那自然不須多費手腳。
針對周士相所提出的會道門分子、土匪**細等問題，汪士榮又提出了一個整肅鎮反計劃。
按汪士榮的計劃，鎮反分三個階段，今年即永曆十三年七月至十月爲第一階段，在兩廣範圍内進行内部肅反，清除地方官府内部不堅定的搖擺分子，重點是那些前清降官。同時在地方駐軍和地方保安團隊中也要開展清查，大規模發動百姓檢舉揭發那些暗中和清軍、會道門分子有聯系的官員。
第二階段爲十月至明年三月，屆時由軍帥府統一指揮各地，調集駐軍、府縣鄉村保安隊力量，集中力量打擊土匪、奸細、漢奸及惡霸勢力，定下包片包區負責制，對負責官員進行考核，同時在廣東開始取締幫、派、社、道等組織。
第三階段則是明年三月以後，主要就是将廣東所取得的經驗向廣西和湖南推廣，将廣東前兩階段的經驗總結成冊，好處要重點推廣，不好的地方也要及時改進。所謂取其精華，去其糟粕。
周士相聽後，覺得這個辦法和太平軍在湘西剿匪的經驗差不多，所區别是這一次加上了城鎮中的會道門和惡霸勢力，并且第一次在太平軍的軍政體系中開展自查自清。
“大帥，我以爲對匪首、慣匪、惡霸及确有證據的重要漢奸和會門頭子，應當放手殺幾批，殺個人頭滾滾，如此才是亂世用重典。對于那些和這類人有勾結的官員，便是軍中将領也要該殺的殺，該抓的抓，絕不能留情。”
“首惡慣匪自是要統統殺了，從匪的和那些信徒幫派分子，撿些罪輕的充到各地農場鐵礦，罪重的便發到安南去。遠征軍在安南取了兩個地方，正好修築兩座新城，讓這些人去，城建好後就留在那裏。以後有重犯也可考慮送到安南去，免得浪費人力。”
周士相很滿意汪士榮的方案，示意袁廓宇和管刑部的丁之相連夜起草一份上監國奏疏，名爲《請肅地方安靖表》，以便能夠獲得唐王對地方整治的支持。
宋襄公對周士相突然要搞鎮反，且在軍内也要搞有些不解，周士相對他解釋說，以前爲什麽不能大量鎮壓那些舊地主士紳殘餘勢力和地方的反對派，不在軍中清除不穩定分子，是因爲時機不成熟，兩廣人口有限，錢糧短缺的問題也沒有解決，且一直在同清軍殊死戰鬥，沒有那個時間和精力。
現在情況不同了，趙自強的遠征軍在安南取得大勝，制服了安南鄭氏，得到了大量賠款和糧食，還能年年從安南得到人力輸送，所以人口、錢糧短缺的問題基本解決。軍事方面，太平軍連續大勝，西南清軍已被封鎖，福建和江西的清軍又構不成威脅，又建了三大野戰軍團，可以騰出手、調出兵馬着手解決這件事。更加重要的是，難得有這次行宮鬧事事件，要好好利用這次機會，否則積弊下去沒有好處。
宋襄公問爲什麽選擇在馬上北伐這個節骨眼開展内部鎮反，周士相的回答是：“北伐有好處，有什麽好處？北伐的鑼鼓響起來，響得很厲害，建村設鄉的鑼鼓、鎮壓漢奸、打擊舊官僚、士紳勢力的鑼鼓就不大聽見了，就好搞了。如果沒有北伐的鑼鼓響得那麽厲害，那麽鎮反的鑼鼓就不得了了。這裏打死一個地主，那裏也殺了一個舊官僚，再那裏又殺了一幫道門分子，抓了一些幫派分子，到處鬧，天下人就會覺得我們兩廣對地主士紳不友好，對讀書人不友善，對百姓也不好，那後面很多事情就不好辦了....尤其我們這次北伐重點是奪取南都，占領江南，而江南的士紳最多，因此我們必須讓天下人知道我們要殺的是通敵的士紳，是那些漁肉鄉裏，勾結土匪、道門禍害百姓的官員士紳，而不是知大義、識大體、親百姓、明事理的士紳。”