在河靜海域休整兩天後，鄭成魁又指揮所部水師進入蘭江江口及日麗海門等地，此舉不但驚動駐防蘭江鄭軍大将鄭根、黃義膠等人，也震動了蘭江以南駐防石華、天祿、宜春、羅山等縣的阮氏駐軍。
鄭根早已得升龍府鄭主谕令，知道北方的明人殘軍來犯大越，但卻沒想到水師竟然全軍覆沒，以緻明人水師在大越海疆縱橫馳騁，無可阻擋。沒有水師制敵，鄭根便無法對明軍水師采取有效克制辦法，隻能命令沿海、沿江軍民大舉内遷，以免被明軍擄掠。此舉和清廷現下正在福建沿海推行的“禁海令”倒是如出一撤。
除命百姓内遷外，鄭根又調優兵數千于府縣要隘關卡駐防，各地官府組織一兵和義勇聯防聯治，鄉野之間每隔數裏便設一烽火台，但發現明軍水師上岸，便即點烽火告訊。該地駐軍見訊即備戰，若上岸明軍兵少，則聚勇進擊；若兵多，則據守關隘不得輕出，以免被明軍所乘。
但是鄭氏黎朝國土綿長，兵馬又少，哪裏能夠做到處處設防。明軍行船過來，發現此處設防，便奔他處，隔上數十裏乃至百裏突然登岸，地方官府及駐軍根本無從防備，甚至連反應時間都沒有。安南國境狹長，沿海即人口稠密地區，明軍隻要上岸，根本不必花費手腳便能尋得密集村莊搶掠，等到明軍搶完上船，附近駐軍都不能夠趕到。一時之間，鄭氏黎朝南方沿海處處告急，自明軍來犯之日起，地方上報損失無可計數，單是被殺百姓就有五六萬，抓走擄去的更是無從确認，錢糧财貨損失更是個天文數字。
鄭氏黎朝被明軍大搶特搶之時，南邊的阮氏政權卻未遭明軍進犯，這令得鄭根等人懷疑明軍已和江南的阮軍取得聯系。
鄭根沒有猜錯，明軍的确已和阮氏政權接上頭。鄭成魁奉命南下除了劫糧抓勞力，襲擾牽制蘭江鄭軍主力不使他們北上增援升龍府這個目的外，便是聯絡南方阮氏政權，相約合擊鄭軍。
鄭成魁派人和阮軍大将阮有進取得聯系，言道大明軍隊之所以攻打鄭氏，隻因鄭氏背信棄義，扣押大明公主。鄭成魁對阮氏方面強調大軍來犯隻是讨回公主一行，并懲罰鄭氏對大明之背叛，而對安南并無領土要求。若阮軍願意協助大明攻打鄭氏，那麽将來鄭氏滅亡之後，大明将承認阮氏對于安南全境的占領，大明監國殿下也将以國書冊封阮氏之主阮福瀕爲安南王。
阮有進此人是阮軍大将，阮主親信，鄭阮數次大戰，阮有進功勞不小。前年若不是阮有進拒敵于蘭江，重創鄭軍，恐怕鄭軍早已兵臨順化城下。
阮有進要滅鄭氏之心比明軍更甚，但他卻沒有輕易答應明軍的條件派兵過江攻打鄭軍，而是派人快馬回順化，由阮主決定是否和明軍聯手。
接到海陽水寨轉告，周勝在鴻基進展不利，鄭成魁便沒有幹等阮氏回音，而是繼續率水師攻陷鄭氏海防要地義安定海城，鄭氏總兵黎明泰及三千一兵戰死。後又攻打錦羅江的門戶離港，安南左軍都督武元夔率軍堅守，鎮守黎憲卻欲求和，下令武元夔率軍撤退，武元夔卻斷然拒絕撤軍。黎憲見狀，便率部自行撤走，緻使離港守軍軍心大亂，明軍乘勢炮擊，後2000水兵上岸奪取離港炮台。武元夔與數百士兵拼命死守，可惜寡不敵衆，戰死炮台。
黎憲膽怯退兵之後得知武元夔戰死，離港炮台失守，害怕鄭主降罪，竟然謊報大捷，奏稱擊退明軍，斬殺明軍三千餘人。鄭主聞報大喜，命黎憲将斬殺明軍首級運送京師以振軍心。黎憲手中哪有什麽明軍首級，喪盡天良之下竟命士兵捉拿境内漢人，拿他們頭顱冒充明軍首級。
安南境内有不少漢人，人數約有百萬。早在漢武帝時期，北方漢人就開始移民到南越遷居。這些漢族定居者包括流亡、駐軍與朝廷官司。東漢馬援征服交趾後，三萬餘的漢族駐軍駐紮在安南，大部分與當地越族女人通婚，生下後代。宋朝初年，安南獨立，建立了大瞿越國，和宋朝形成宗藩關系。南宋末年，由于蒙元入侵，忠于宋室的遺臣義士多逃奔越南。安南人史料記載當時有大海船30艘，滿載宋人和财物妻子，渡海而來，後被安置于京都附近的街姥坊。
大明成祖時期，出于政治及經濟文化的原因，成祖皇帝曾遣鄭和七次遠航西洋，占城爲首站必到之地，加強了相互的往來，不少漢人移民至此。另外，明成祖時調滇桂兵數十萬入越平亂，到宣宗皇帝放棄越南時，已有大部分士兵随員留居在了越南。
盡管因爲通婚和世代居住原因，安南的漢人膚色和當地人并沒有什麽差别，但從面相仍可清楚分辯，安南人面像多尖窄，遠視若猴子，漢人則不然，加上北方中原王朝千年以來對安南的占領入侵，故而安南人對境内漢人多有歧視憎恨。明軍的大舉來犯和燒殺搶掠行爲激發了安南人的反抗之心，也讓安南境内的漢人身處險境。奈何不了明軍的安南人自然而然将怒火發洩在了他們的鄰居漢人身上。黎憲下令捕殺漢人後，安南士兵盡皆興奮，百姓也是人人雀躍，紛紛協助官兵捕殺往日鄰居，甚至親戚。
有漢人逃過安南兵捕殺，冒死向明軍報信，因明軍水師來往不定，報信人便往北奔山南，恰值第十二鎮鎮将牛根生指揮所部兩旅兵欲奪取山南城，聞知安南人正大舉殺害漢人後，牛根生大怒，立即發兵攻打山南城。于城下擊敗山南鎮守鄭榳糾結的數千烏合之衆，越城而入，令城中漢人自出，随後全城慘遭焚掠，死傷安南軍民十數萬人。屠殺與大火直持續了三天，吓得山南附近寶州士商惶恐萬狀，派人向明軍交納一百萬兩贖城費，免于明軍破城。