廣州府轄十五縣一散州隻龍門和叢化兩縣據城自守，不願歸降太平軍。龍門叫尚可遠所領平南藩下漢軍攻破，叢化則叫南雄副将孫義部并太平軍一部攻破。二部破城時對城中百姓多有殺戮，言稱有辮者即爲刁民，逮之便殺，造成二縣萬餘百姓喪命。
消息傳至廣州，周士相立即發下嚴令，稱日後凡破府縣，不論有辮是否無辮，都不得濫殺。有辮者爲難民，無辮者爲順民，除非該城守軍對太平軍造成重大傷亡，否則不得屠城。
爲嚴明軍紀，以正太平軍大明王師之名，周士相下令斬攻破龍門軍百戶，原任平南藩下協領一員；總旗二人，原任平南藩下佐領兩員，以爲懲戒。同時派員接管叢化與龍門縣務，調香山縣永樂鄉長宋達明、龍眼鄉長萬長隆爲二縣知縣。另令廣州府立即調運錢糧安置二縣難民，接濟百姓，建鄉設村，以爲長久之計。
反正諸縣，隻名義上屬廣州府管轄，南海、佛山、新安、連山州四州縣仍舊由原先清廷委任的知縣管事，這幾縣的營兵也不過是換上明軍的紅色軍服而矣，除此之外，一切并無改動。
南海千戶王兆興、佛山千戶趙自強，新安千戶林興國、連山州千戶吳安遠都是綠營将領，王兆興與趙自強是主動率兵反正，林興國和吳安遠則是見勢不妙被迫反正。四人雖授太平軍千戶職，但其部屬營兵仍爲其私兵，縣中事務也由原清廷委任的知縣負責，對于廣州隻是名義上服從，縣内錢糧并不上繳，甚至境内軍民都不曾割辮，明顯是在明清雙方搖擺。若太平軍敗，則四縣再次易幟也是轉瞬之間的事。
對此，周士相不予理會，叫廣州府不必對四縣有何攤派，也不必派人到四縣，叫四縣就這麽保持現狀。之所以如此，卻是心有餘而力不足。收複廣州不過月餘，周士相既要整合降兵，又要在實際控制的幾縣進行土地整并，還要派兵剿匪，安置難民，恢複生産，一樁樁事情實在是壓得他不得一刻喘息，又哪裏能顧得上那四個陽奉陰違的縣。
這四縣保持現狀，名義上服從廣州，已經是最好的結局了。便是周士相氣不過，或是擔心有隐患，派兵去剿，短時間内還是得讓四縣保持現狀，甚至連知縣官吏都派不出。既然無法實際控制這四縣，又何必派兵去打。
新成軍的步軍第一鎮入駐清遠，皆因該縣爲廣州最北端的重鎮，與韶州接壤，若韶州有事，則第一鎮便可直接攻入韶州。新會和肇慶是廣州的南大門和西大門，清遠便是廣州的北大門。
四鎮組成後即在駐防地内清剿土匪和散兵，對于那些打着太平軍旗号卻不願接受太平軍指揮的綠營兵也一律清剿。原增城守備胡明義部“奉命”讓出增城往新安縣去，增城由第三鎮蔣和部接管。經過整整一個多月的剿匪，共殲滅大小土匪4000餘人，挑選青壯1000餘補入太平軍，其餘老弱一律發往香山安置，劃給土地實行屯墾。
爲有效控制平南、靖南、綠營降兵，除将其家眷遷至各處分别安排，削去其中、高級将領的帶兵之權外，周士相另外人爲制造漢軍之間的裂痕，使他們不能齊心。
具體做法是将攻破廣州前加入太平軍的漢軍定爲銳兵，攻破廣州城後來投的漢軍定爲選兵，最後面一批即三江口被俘的漢軍則定爲備兵。
銳兵家眷和選兵家眷與備兵家眷并不打散安置，而是集中一處安置。如香山龍眼鄉安置500戶漢軍家眷，則選兵家眷和銳兵家眷、備兵家眷各占三分之一。
但是銳兵家眷和選兵家眷所分得土地和獲得的糧食、農具要比備兵家眷多，且安置地新建的村公所人員多選銳兵家眷和少部分選兵家眷充任，如此便讓先期投奔太平軍的漢軍家眷在政治地位上壓制了後投奔的漢軍家眷，通過一系列的特權讓他們自覺高備兵家眷一等。
人都是貪利的，在發現太平軍給自己的待遇較另一部分人優遇要好後，銳兵和選兵的家眷自然而然就會向着太平軍，而不是和那些不如他們的備兵家眷一樣對太平軍心生不滿。即便軍中的漢軍降兵作亂，他們也不可能得到全部漢軍的支持。
當然，周士相也不願意看到自己的軍隊處于長期人爲制造的裂痕之中，因此他制定凡備兵在太平軍中服役滿三年即可享受銳兵待遇，選兵則服兩年役即可。如此，便給了那些選兵和備兵獲得更好條件的出路。三年時間，足以改變一切，隻要太平軍不亡，可以預見，三年後，這些降兵的家眷就将真正和太平軍融爲一體。他們所擁有的一切都是太平軍給予的，如果想保住這一切，則勢必要以鮮血捍衛太平軍。
同樣，在軍中的漢軍也按加入太平軍的時間先後進行區别對待，早期加入太平軍的漢軍優先獲得軍官任免，後期加入的除了有重大立功表現，否則在相同條件下是争不過先期投入太平軍的那批人的。
這個政策長期不變，若是太平軍日後俘虜更多的漢軍降兵和綠營降兵，則現在這批受壓制的也可翻身去壓制下一批，從他們身上獲得優越感。
權力是味春.藥，對付降兵，這昧春.藥雖然霸道了點，副作用也大，但在當下，卻是周士相能想到的最好辦法。
當初給三路清軍運輸糧草的民夫有七八千人，奪取廣州後周士相又從城中征了4000多青壯，現在這一萬多青壯全部被強行編入太平軍。他們中的大多數人是不願意從軍當炮灰的，他們的來源也十分複雜，有廣州附近府縣的，也有惠州、肇慶的，甚至還有一部分是潮州的。這些青壯不想當兵，他們想回家，在整軍補兵時，青壯們通過各種途徑向周士相表達了他們想要回鄉的請求，對此，周士相明确予以拒絕，他告訴這些青壯，若他們想回家，可以，但必須在太平軍服役滿三年，三年後便可以回家。
這個條件容不得讨價還價，有誰不願意的，直接砍頭。周士相不願濫殺無辜百姓，可爲了太平軍的壯大，他又需要這些民夫青壯，因此隻能狠下心來。
面對殺頭的威脅，想回鄉的青壯隻能無奈答應留在太平軍，好在太平軍給了期限，三年期滿他們就可以回家，若是在軍中立了功還可以升官，不願意在軍中的可以得到一筆數目可觀的錢财，回鄉以後若是此地被太平軍占領，也可獲分土地。如此條件，比起現在兩手空空的回鄉肯定要強得多。