吸取前番攻城失利教訓，圍城這數月來，尚之信令軍中大量打造攻城用的盾車，雲梯、樓車，甚至還役使民夫沿新會城牆再築一道土牆來，意圖借助地利居高臨下射殺城中太平軍。可惜此舉剛付諸實施便被城中看出來，雖然太平軍無法出城破壞，但卻利用城牆上大小火炮對其轟擊，緻使堆泥民夫死傷慘重，又值盛夏，疫病橫生，便不了了之。
軍中生疫難以避免，北地苦寒倒不怕，但廣東處嶺南之地，氣候炎熱潮濕，便是無大量屍體，生疫也是尋常，去年李定國大軍被迫撤兵便是一半因了軍中生疫。一旦軍中生疫，士兵便大量非戰傷亡，控制不得法就會釀成無法挽救大禍。前有堅城難克，又有北京滿州大兵來援，營中又生疫病，衆多因素之下，李定國也隻能望城興歎。
有李定國前車之鑒在，又是兩世爲人，周士相在占據新會城後，面對孤城獨守困局，自然倍加重視預防軍中疫病。自羅定興兵以來，太平軍每占一地便大量裹挾當地民衆，士農工商皆在此列，至于郎中更是指定全部征入軍中。南下轉戰以來，随軍百姓死傷慘重，卻唯獨郎中一個不損，皆被編在醫營之中充任軍醫。
新會城自被清軍“食城”之後，城中居民所剩無幾，藥材更是奇缺，醫營郎中所獻的防疫方子大多因沒有藥材緣故而放棄。不過這卻難不倒兩世爲人的周士相，再說那些方子大多是用來治疫，而不是防疫，軍中真要生疫，光治又能治得幾個，又如何控制疫病不大規模流行開。
太平軍五大營連同保安團丁不過兩三千衆，真要生了疫，戰鬥力可以說瞬間就會消無，因此周士相對于疫病的解決法子就在于一個“防”字。
掩埋戰死将士屍體和清軍屍體是首要，其次便是在城中大規模焚城。這個焚城當然不是将新會城一把火燒光，而是撿些密集地區房屋進行焚燒，用高溫殺死潛藏其中的病菌。燒過之後再用石灰鋪撒，再于營中專門挖掘便溺所在，其他措施如要飲開水，專門設立隔離所在，一旦發現有人有生疫迹象，不管是否爲真都行隔離，絕對不允許染疫之人接觸他人。種種措施之下，數月以來城中便未生疫。
宋襄公對于周士相防疫的安排自然是贊不絕口，周士相卻是無甚居傲，他所采的法子不過是後世再簡單不過的措施，隻不過時代不同，見識不同這才讓今人佩服而矣。
太平軍在城中将防疫當做重中之重的工作來做，城外清軍卻沒有将疫病當回事。倒是有人向尚之信提過疫病的問題，但北地出生的世子殿下卻不甚重視，隻派人回廣州要父親行文總督衙門，令總督府從各府縣征來一些郎中。其他隔疫措施，卻是限于見識做不了什麽了。
在尚之信看來，相較于對疫病的畏懼，困守孤城的太平軍才更應該害怕。孤城之内，水源衛生條件都有限，當初他命人不去收埋戰死士兵屍體，目的也想令城中滋生疫病，好不費一兵一卒就拿下新會。然而事與願違，等了幾月，城中太平軍不但沒有滋生疫病迹象，更沒有缺糧斷水，反倒是他的軍中因爲對疫病的不重視加上大量民夫死亡生了疫。
對于那些生疫的民夫，尚之信和一幹清軍将領自然不會重視，任由他們自生自滅，死了便拖到遠處連挖坑掩埋都不願費事，堆一起澆上火油一把火燒了了事，以緻于大營上空整日飄散難以揮去的屍焦味。
民夫的大量死亡加上太平軍的炮火優勢使得尚之信堆泥圍城的計劃無法實施，軍中疫病也一定影響了士氣。不過在水師大營被毀之前，尚之信都沒有将疫病問題放在心上，相對于圍城兵馬總數，幾百上千人的染疫還不值得平南王世子爲此興師動衆專門解決。
真正叫尚之信按捺不住的是水師被毀，是糧草的被斷。
尚之信決定強攻，秦國成建議先派人回廣州向王爺請示，這是老成持重的建議，畢竟清軍已強攻過新會數次，可除了損兵折将外卻是連城頭都沒拿下過。這一次再強攻，投進去的兵馬還不知道要損失多少。平南王爺南下靠得就是五千藩下兵馬，前番攻城，藩下兵馬最精銳的本家兵折了四五百，其他旗兵也折了數百，雖然這點損失對于平南王府談不上元氣大傷，可也是傷筋動骨。真要再折上一些，恐怕就不能對南下降附的綠營造成威攝力了。再說綠營那邊因前番攻城損失了四五千人，現在再叫他們去強攻，他們也不願意。
按秦國成的想法，自然是請示過平南王再作決斷，到時是先解圍退回廣州還是強攻，都是平南王拿的主意，不論是藩下兵馬還是綠營都不敢違王爺的命令，可要是由世子殿下拍闆，恐怕就會有人心中有想法了。
藩下一些将領最近可是和二殿下走得頗近，二殿下這幾年在王爺身邊頗是得寵，使得王府一些人産了異樣心思，畢竟外人不知道王爺已經決定将二殿下送到北京。這回王爺令世子統兵攻新會是有培養世子威信的目的，奈何攻城失利對王爺的威名有一定打擊，對世子殿下的打擊則是更大。
秦國成不是沒有聽到過一些流言，說王爺回廣州後曾大發雷霆，言語中對世子殿下的表現頗是不滿。這等流言是真是假秦國成且不去說他，但這流言傳播的目的是什麽，他能不知曉，内中是不是和二殿下有什麽聯系，他這老臣也不敢說沒有。
家家有本難念的經，世鎮嶺南的親王隻能有一個，世子殿下也隻能有一個，老大當了，老二就沒得當。老大成了親王，老二也隻能默默一生。權力是劑春藥，上了年紀的渴望，這年輕的何嘗不是盼着。
世子之争，秦國成不敢摻和，眼下，他卻是要一心輔佐尚之信，無他，隻因大公子是王爺指定的接班人，也是朝廷冊封的平南世子。
世子要強攻，秦國成攔不了，派人快馬向廣州報信後，便調派兵力指揮攻城。
十七日，尚之信以廣州綠營爲攻城主力，集中3000人猛攻東城，不克。
十八日，又以800漢軍旗配合綠營再攻，鏖戰至晚間，摞屍千餘，無果。
十九日，班志富快馬趕到大營。
得知水師糧草被焚，尚可喜也沉不住氣了，權衡再三，命班志富帶他口令傳谕軍中，命各将務必配合世子殿下拿下新會！
二十日，尚之信調集尚氏本家兵600人、漢軍旗兵1200人，綠營4000人再攻新會。戰事持續三個時辰，新會東城門幾近告破，城上守軍傷亡慘重，危機時刻，守将周士相親率敢死隊200人出城死戰，斬殺廣州綠營副将王光明，一舉潰敵，迫使尚之信鳴金收兵。
清軍撤兵途中，平南藩下副都統周元良中炮，被部下拼死搶出後當夜傷重不治身亡，成爲新會攻堅戰以來清軍陣亡最高将領。