根據曆朝的經驗，由于三省事權分立，往往産生弊端，尤其是掌握出令權的中書省和掌握政令審核的門下省不時因政見不同而互相扯皮、推委搪塞。中書門下合二爲一的制度可以提高行政效率，趙昺以爲可以參照設置，但是對其的職能要做出調整。
中書門下省作爲國家的最高行政決策機關，負責國家法律的制定和修改，并監督律法的實施；制定國家的發展戰略，規劃經濟的發展目标；根據皇帝的提名，審核三品以上官員的任命；根據皇帝和相應部門的提名，審核和授予國公一下爵位；負責審查和批準地方建置和區劃；審查和批準國家預算及執行情況；對外政策的制定；對于皇室相關問題進行建議等等。
中書門下省設左、右相，分管中書和門下事務，由正一品或從一品官員擔任。下設國是院、政務院、律政院、總計院、督察院、審刑院和事務司。以六院一司組成中書門下省的構架，分由三品及從三品官員組成。各院設知事領院事，稱知某院事，院以下設案分管諸事，以主事領之。
趙昺将過去由自己控制分管預算和資金管理的總計司，從内廷剝離，成爲中書門下的機構，又外朝管理國家财政的預決算。看似放棄了财權，其實也是給自己減負，如今國家财政已經過于依賴内庫，有事沒事就跟他要錢，長此以往他也負擔不起，不若兩廂分算。
尚書省是國家行政事務的具體執行機構，領六部處理一應事務。但是過去趙昺實施的是三省合一的制度，以此來提高行政效率。但是尚書省就成了集決策、審核及執行三政合一的機構，權力過去集中，從長遠看并不利于國家的發展，且尚書左、右相的權力太大，足以威脅皇帝的地位。
此次改制就是将尚書省的決策權和審核權分離出去，使它回歸本來面目，隻作爲事務機構存在。其的機構和事務經過幾次調整，早已成熟，保持現狀即可，并不需要做出大幅度的調整。仍以左右兩相分領尚書省，設參知政事協助兩相工作。
不過爲了體現中書門下省是國家最高行政機構，尚書省左、右兩相的品級，趙昺将其下調爲從一品或是正二品，而六部尚書也相應調整爲從二品和正三品。
監督機構自然是禦史台。這個機構也是早就有的，隻需做出局部調整，趙昺恢複以禦史大夫爲主官的傳統。過去中唐之後，禦史大夫多缺，僅作加官用，禦史中丞爲實際上的主官。且禦史也是爲寄祿官，不理禦史台事，監察事務實際由門下省給事中、拾遺等官充任。
此次，趙昺改制對禦史台的權力進行了加強，保留了台院、谏院、殿院和察院的設置，又将大理寺歸于其管理。如此一來其真正做到了上可對皇帝的錯誤進行指正，中可對百官進行監察，下可對地方胥吏都能進行督查和懲處，且能刑獄案件進行複核，從而實現了對權力的全方位監督。
至于武裝力量當然不能夠由行政機構插手，趙昺依然保留了樞密院，以免重蹈前人的覆轍。當初在中書門下體制建立以後，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，使中書門下成爲宰相府署，獨立于三省機構之上。
在這種體制下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對于行政事務的幹預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯系更多的作爲“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的咨詢者。
這是稱得上是君相關系和國家權力運作方式的重大轉變。而宋前期，也是實施宰相主管民政，樞密使主管軍政，三司使主管财政。而神宗官制改革後，宰相實際兼管财政。南渡後，宰相又兼任樞密使，兼管軍政。這樣宰相再次握有民政、财政和軍政的大權。
趙昺爲此還進行了下一步安排，他保留了皇帝任命丞相的權力，并将權力進一步拆分。中書門下省和尚書省又不設主官，卻由兩相分領即是防止出現宰相專權，從而導緻出現獨相的問題。而爲了解決部門間各自爲政的問題，他沿襲了中樞部門的首腦官署和正副宰相集體處理政事的做法。
所以實際上國家的最高權力是掌握在‘群相’的手中，而政事堂才是最高權力機構。趙昺久煩于政事，因此早就一改日日早朝，爲五日小朝、朔望大朝。那麽正好借此形成旬日開政事堂議論國家大事，朔望召開大朝會，如此是官員可以有更多的時間處理公務，而不是天天拜見皇帝。而他自然也能偷閑，參加大朝會更多的是表明自己還活着，仍然是國家的最高元首。
能夠參加政事堂會議的，趙昺設想分爲三種：一種是日常會議，另一種是常務會議，再一種是擴大會議。
日常會議由中書門下省左右兩相、尚書省左右兩相、知樞密院使及禦史台禦史大夫參加，對國家日常政務進行讨論，做出決策後形成文書報皇帝審核批準後執行，輪流由中書門下省和尚書省主持讨論；常務會議則由皇帝參加并主持，對近期發生的重大事件進行讨論和做出決策。
至于擴大會議，就是對常務會議上有較大争議難以做出決策，或是在突發重大事件，需要相關部門提供參考意見或參與決策時，将增加參會人數，聽取他們的意見，并參與表決。而爲了避免出現混亂，趙昺吸取前人的經驗，認爲必須限定參與人的資格。
當然無論哪種會議，在出現争論時，他保留了‘拍闆’的權力。而趙昺也讓樞密院保持了獨立性，防止相權侵奪軍權，又讓武人有了參與政事的機會，從而防止文官不顧實際情況，妄自發動戰争或裁撤軍隊，減少開支，給國家造成不可挽回的損失。而皇帝将軍權完全掌握在手中，也能夠平衡朝局，保證權力鬥争中多一張底牌。
對于司法機構，趙昺基本沿襲了過去的慣例。商周時期，中央司法官之名爲大理，即“整理律法之官”，此“大理”非雲南大理自治州的那個“大理”。至秦漢時期，大理改名爲“九卿”中的廷尉。廷尉的職能是掌管天下刑獄之事，廷尉的辦公之處又叫廷尉署。
但是從漢代的幾個皇帝，如漢景帝和漢獻帝就想着搞複古運動，将廷尉重新改爲大理，不過每次改完又改回來了。直到北齊時期，皇帝最終将廷尉改名大理，并冠以“寺”之級别，使得大理寺正式成爲中央司法機關，位列“九卿”之一。
論職權，到當時爲止，審判、核查的司法職權都是掌握在大理寺之手，機構設置比較簡單，能夠改變其決定的也就是皇帝了。隋唐時期開始實行三省六部制，中書、門下成爲中央機關，而六部之一的刑部主管典獄刑罰之事。
按理來說，刑罰之事應該由刑部包辦了，但是在這時，刑部還隻是一個做司法行政工作的機關，較少裁決具體案件。大理寺非但沒有被取消，反而職能與構架更加完善，與刑部和禦史台共稱唐代司法“三法司”。按照唐律，大理寺卿的品級爲從三品，要比正三品的刑部尚書級别低一級，他統籌整個寺内的刑偵審案，少卿則協助寺卿工作。
正是由于大理寺負責刑偵審案司法工作的特殊性，人們又酷愛聽推理偵案故事，所以很多偵探題材古裝劇中，大理寺出鏡率非常高，形象可謂深入人心。而爲現代人熟知的唐代名臣狄仁傑，他就曾經在大理寺任從六品上的寺丞，負責核查來自全國各地上報的案件，一年清理上萬案件的壯舉就是在這時完成的。
一句話歸納，大理寺卿組織大理寺成員審理案件，如果罪行到了需要流放或判死刑的程度，就要報請刑部和中書門下省複核。除了本職工作外，大理寺常與刑部和禦史台，一起審理複雜疑難案件，被稱爲“三司推事”，後世所謂的“三堂會審”就是由此而來。
可以看出，大理寺在以大理寺卿爲首的框架下開展工作，與刑部和禦史台實行了職能分工：大理寺主管審案，給嫌疑人判處刑罰；刑部則負責司法行政工作，對大理寺的司法程序進行監督，判斷是否按大理寺的意見做決定，但是很少參與具體案件的審理；而禦史台則負責監察和糾劾官員……