這點可以從宰相名稱的變化中便可窺探一二，不同時代官職的名字不一樣，但實際上是一樣的作用。當宰相的權力過大，讓皇帝感到自己的權威受到威脅時，他便新設地位較低親信的秘書機構，或新取名字，或沿用已有的職位名字。然後這個秘書機構取代原來的宰相機構成爲真正的掌權機構，而後成爲名正言順的宰相機構。
而這就是所謂的宰相失職。因宰相職權，本該領導政府，統治全國的，可皇帝老兒感覺不安全，把這項職權奪去了，又把他們的秘書像中書門下尚書之類來代行政府宰相的職權，而多是東漢以後魏晉南北朝時代的事。
漢朝最早掌握機密的是尚書，然後是中書，其出自曹操的相府的秘書機構。曹丕篡位後，變成中書省，然後是門下省，這個機構在西晉和北朝很重要，有侍中和黃散兩級，黃散是黃門侍郎和散騎常侍的合稱，此時南朝對應的是中書通事舍人。
但是擔任之人都是位高權重，皇帝又感到沒法信任如指臂使時，他就會再設新的秘書機構，曆史就這樣進入新的循環。他們一旦不幹什麽正事，皇帝也信不過他們時，然後就是唐代的樞密院，滿清的軍機處。而區别是唐後已不是漢代的老樣子，老制度，卻又換了嶄新的一套。
唐代的政府權力已有政府與皇室的劃分，就政府來說，變化很大，漢宰相是采用領袖制的，政府中最重要的是相權，假若相權變動，一切制度必要随之變動。而唐代宰相則采用委員制，就是把以前宰相職權正式分配給三省。換言之，便是把以前皇室部分權利重新交還政府。
三省六部制因爲諸多優點而備受推崇和贊美。比如，有利于集思廣益，提高行政效率；有利于加強君主的權利，維護封建統治；有利于提高官員的文化素質，促進文化的發展等。趙昺也有同感：
從制度的傳承角度看。隋唐時期的三省六部制，三省六部制是對秦漢以來三公九卿制的發展。中書省、門下省、尚書省三省并立，分散了相權，加強了皇權，使專制主義中央集權制趨向完善；從職能的轉變來看。三省和六部的官員處理的都是政府事務，宮廷内務另有專門機構和人員處理，它的設立表明皇家事務與國家事務徹底分離轉變，是政治制度的一大進步；從權利的制衡來看，在一定程度上實現了皇權與相權的平衡。
按照三省六部的職能，中書決策、門下審核批準或者封駁、尚書執行，然後分發六部執行。而趙昺按照現代政治學體系來看，中書和門下其實扮演的是立法機關，以及最高行政機關的決策部門；尚書及其六部，其實是政務院的非決策性執行機關。
至于六部對應現在什麽部門，因爲古代的官制體系分類結構紛繁複雜，與現代完全不同，難以一一準确對應，大概上說：
吏部，相當于當下的組織幹部部，包括文選、考功、驗封、稽勳四清吏司；戶部，相當于當下的财政部、央行、國資委、國土資源部及民政部等的綜合體，下邊分設主管各省的司局；禮部，相當于當下宣傳部、教育部、文化部、外交部等；兵部，相當于當下國防部和四總部；刑部，相關于當下公檢法等司法機關；工部，相關于當下建設部和水利部及農墾局等。
六部有哪些職責各部尚書雖然品級相同，但重要程度還是有先後的。一般是按照富、貴、威、武、貧、賤，來給六部來排序的。
富是指戶部，戶部管錢糧，所以戶部象征着富；貴指吏部，吏部管京裏京外的大小官員，所以吏部占個貴字；威是指刑部，刑部堂審案時要喊威武，所以刑部确實威風八面；武是指兵部，其主管戰事、刀槍、糧秣，也算名副其實；貧是指禮部，其管教化，清水衙門，貧很正常；而賤是指工部，由于其往來打交道的都是工匠，他們操的是賤業，所以工部得一賤字。
在三省六部制的行政流程裏，中書省負責起草诏令，門下省負責封駁诏令，尚書省負責執行诏令。而中書省起草的诏令代表的是皇帝的旨意，門下省審核和封駁這些诏令不就是在審核皇帝的旨意嗎？是不是意味着皇權實際上會受到三省制的限制呢？
确切地說，趙昺認爲是有的，雖然皇帝制度或皇帝稱号已然決定了皇權是至高無上的，沒有人能限制或制約皇權。但因爲皇帝行使權力時需要通過一定的人員和機構，按照一定的程序和方式進行。三省六部制就從制度上爲臣下提供了約束皇帝的行爲從而讓其不濫用皇權的可能。
趙昺深受其‘害’的就是封駁，他下達的旨意需要中書起草，門下負責審核。門下省若是覺得诏書有問題，就會塗改诏書然後打回，這種行爲有個專用稱呼，叫做塗歸。而門下省不僅僅審核皇帝的制诏，各地方、各部門上奏給皇帝的奏章，也是必須先經過門下省審核。
如果這份奏疏所講的事情，門下省認爲合理，就簽署審核意見，交由中書省讨論并呈送皇帝禦覽，如果門下省認爲不合理，就簽署反對的意見，打回去。由此可見中書省、門下省都在一定程度上幹預皇帝的言行，力圖使皇帝的所作所爲在制度框架内，以使皇帝不能專權。
當初趙昺嫌自己的權利受到制約，後來以提高行政效率爲名，将中書門下虛置，變成了有名無實的單位。而重大事宜則由左、右相和參知政事及樞密院正副使組織堂議，或增加六部尚書同堂議事。一旦得以通過，由他在決意上加蓋印玺，旨意直接下達給六部或各軍執行。
而趙昺的‘私旨’隻要不是涉及國事，隻需左、右相或是值守的參知政事簽署就可以發送六部或地方執行。而後設立軍機處也是以擠壓相權爲目的，後來一連起草诏書和審核奏章也交由禦前辦處理，以緻有人将禦前辦主事稱爲‘内相’，有了取代外朝的趨勢。
所以趙昺雖然當初建立禦前辦隻是想減輕自己的工作壓力，協助自己分類整理文件，收集資料和保管重要文件，對接中央和地方部門工作，而成立的秘書處。但實際上當下的禦前辦已經有了中書省和門下省的一些職能，參與到重大事件的前期決策，從而在一定程度上影響到了朝廷的運作程序和事件走向。
趙昺當然清楚如此做在戰時和處理突發事件，作爲一個臨時機構存在勉強算的上合理，而他的目的也是在通過在禦前辦工作，受到自己的思想影響，并作爲後備幹部進行培養。但是作爲帝王的幕僚，這些人在資曆和理政經驗上皆相差甚遠，無法承擔參贊軍機的作用。
當前形勢趨好，領土已經穩定在淮河沿線，面積比當初在瓊州擴大了百倍有餘，人口也已經達到四千萬左右，事情也是越來越多，到了目不暇給的地步。趙昺以爲現下的朝廷機構并沒有能與時俱進，不但自己對紛雜的事務難以及時處理，朝廷也已經不堪重負。
因此調整朝廷機構，理清運作程序及完善議事和決策職能已經是迫在眉睫的事情，因而趙昺想着要逐步健全相關機構。但是他對增設那些部門，如何确定職能還隻存在于設想當中，并沒有詳細的方案。所以今日便與王應麟提及此事，想在回京前能有個眉目。
眼下從三省六部制的優點來看，它确實是一項很好的制度。是不是優點多就一定會得到長期推廣呢？趙昺的答案是否定。中書門下體制建立以後，三省機構依然存在，且三省出入命令的分工在形式上更趨嚴密和完善。但三省與宰相分離，中書門下成爲宰相府署，獨立于三省機構之上。
在這種體制下，中書門下直接指揮諸使、諸郡、諸軍執行政令，宰相對于行政事務的幹預越來越強，甚至直接下行過去由尚書六部處理的事務。宰相與君主的聯系更多的作爲“參總庶務”的政務官，而不再是“坐而論道”的咨詢者。
而今選擇恢複三省制，是完全照搬前朝的版本，還是吸取前人的經驗，有選擇的保留，趙昺還在猶豫。因爲這不僅關系到增加公職人員和開支的問題，還涉及到如何維護自己權益的問題。一旦放權過多，自己多年的努力豈不前功盡棄，重新被架空，弄不好又變成了吉祥物被人供着了……