隸屬關系上二者亦不相同。怯薛由怯薛長掌管，直接聽命于皇帝。侍衛親軍由各衛都指揮使司掌管，除東宮、後宮衛軍外，均隸屬于專掌軍政的樞密院之下。兵員征集上的差異也很明顯。怯薛成員主要來自蒙古各部，侍衛親軍士兵則不僅來自中原、江南的漢軍、探馬赤軍和新附軍，原來附籍在蒙古軍中的色目人和流亡的蒙古子女等，亦是重要來源。
按照元廷的規定，充當侍衛親軍的必須是精銳士兵，總人數在二十萬至三十萬之間，其中漢人士兵約占三分之二。因此侍衛親軍成爲元軍的中堅力量，取代了蒙古國時期怯薛作爲全軍“大中軍”的軍事地位。但是随着大宋的滅亡及大規模戰事的結束，侍衛親軍的軍事職能也随之減弱。
所以侍衛親軍的職能除了保衛京師、參加重要戰事外，又多了項屯田的工作。而侍衛親軍的屯田聲勢浩大，在元帝國很多地區都有，其中侍衛親軍在兩都之間的屯田很重要，規模也很大，朝廷爲其撥發牛、種、農具，設立屯田官管理，進行水利設施建設，可奇怪的是效益卻不好，不但無法滿足各衛軍儲供給，還時常需中央的赈濟，撥付部分軍饷。
國家給付生産工具，又有大量的廉價的勞動力，可收入不夠支出，放在今天人眼裏絕對是不可思議的，但曾在西北統軍的玉昔帖木兒十分清楚其中的門道。蒙古在成吉思汗時期就确立了軍政合一的千戶制，屬民戰時上馬爲兵，平日下馬爲民。千戶制的好處很多，而最重要的卻是省錢，國家平日無需出錢養兵，戰時士兵也是自帶武器、馬匹、裝備，基本上沒有投入，可以節約大量的國家資金，緩解财政壓力。
在元朝建立後，忽必烈雖然對軍制進行了革新，可依然沿襲了這種制度，形成了新的軍戶制。蒙古軍作爲國家的精銳，在大規模戰事結束後，大部分返回草原，遇到戰事，依然是傳檄召集，拉出來作戰。組建侍衛親軍基本使用了兩種不同的方式。
一種是根據軍事或者政治的需要，由朝廷下令在指定軍隊内選調精銳士兵，集中到京城，編組成侍衛親軍；這裏面也包括從原有的衛軍組織中分編出新衛的建置。漢人衛軍和蒙古衛軍的編組多采用此種方式；另一種是皇帝授權給某個有功之臣，由他來征集同族人或同類人，編組成新的衛軍；色目衛軍的組建多采用這種方式。
前一種方式顯然是受到中原傳統軍事制度的影響，在中原立國的王朝大多從地方選軍入衛京師。後一種方式則是受到早期蒙古軍事制度的影響，用編組蒙古千戶的形式編組侍衛親軍，有功之臣可以自己征集下屬并實施管理。
但是由于侍衛親軍中編入了大量的漢軍，難以如蒙古等遊牧民族一樣的生存方式，需要大量的糧草補給和掙錢養家，所以需要‘養’，朝廷便制定了相關政策發放軍饷，還有臨時補貼、戰時津貼和戰功獎勵。比如“出差”，像押運饷銀、抓捕逃犯之類的，都算“出差”，就有的補貼，官兵有紅白喜事也有國家補助，戰時津貼則包括開拔前後給的行裝費、鹽菜口糧等雜項，打仗的時候，士兵的收入可以達到平時收入的數倍左右。
這一切在玉昔帖木兒來看，朝廷的整個行爲邏輯從根本上講，其實并沒有把侍衛親軍當‘兵’來養，而是當做‘看家狗’看待，平時喂剩飯，戰時扔骨頭，再對奸淫擄掠睜一隻眼閉一隻眼，就能對付天下的‘亂民’了，至于說國防，那是不必考慮的，反正天朝有一副龐然巨獸的大架子，一般人還真不敢挑戰它。而國家也不會掏錢白養着，那麽就讓他們屯田實現自給，以便廢物利用。
而玉昔帖木兒卻看得很清，，任何一個政治集團都存在内部的分層，上層貴族由于擁有諸多政治、經濟特權可以有效變現。侍衛親軍中同樣如此，作爲統治階層的蒙古人和特權階層的色目人可以恣意妄爲，奪占屯田、侵占公産，奴役手下的官兵。而侍衛親軍的底層漢軍官兵，在朝廷軍戶制的約束下無力脫身，在上層的剝削下日漸貧困。
都說‘學好一輩子，學壞隻需三天’，蒙古人在大規模戰争結束後，走向安定後，迅速腐化堕落，克扣軍饷、喝兵血這些把戲可以說是無師自通，此外還有‘國家認可’的合法克扣等手段。他們可以養馬爲名，要求全體官兵‘衆籌’，每月按照額定數目扣除。這項銀兩存儲營中，以備買馬之用。買補馬匹餘剩款項，年終報兵部核明，送戶部充饷。
另外按照當時的曆法，歲有閏月，也就是說有時一年會有十三個月的現象出現，那麽就要多發一個月的軍饷，可朝廷覺得這樣按月發工資就虧了，于是便讓讓軍官和士兵拿出自己的工資來“買保險”……換句話說，國家無論一年幾個月，隻發事兒個月工資……這真不是一般的教條和“節儉”了。
如果這些算是‘合法’的國家克扣，侍衛親軍的官兵還要面臨各級将領們的克扣，這部分就是違法的，可也最是根深蒂固的，辦法還很多。比如在将領在本部隊放債，直接扣發軍饷還本付息，還有假冒填補軍械而扣士兵工資來盡義務，還有各種迎來送往和辦公費用攤派到士兵軍饷裏克扣，這種手法可謂與彼時的大宋如出一轍。
此外還有更奇葩的方法。當兵就要搞軍事訓練，這是誰都知道的，而這部分錢也是應當由國家支付的。但是軍官們卻要将日常訓練中所耗費的箭矢錢，從士兵的軍饷中扣除。在這種制度下，士兵怎麽願意訓練？怎麽敢訓練？多放幾箭，半個月飯錢沒了。
而對于侍衛親軍的軍事訓練，作爲征戰主力，爲保證戰鬥力，初時朝廷自上而下還是十分重視的，專門訂立訓練制度，勤加訓練。除了各部單獨訓練之外，還要集中操練，參加大汗每年舉行的圍獵。可随着戰事的減少轉入屯田，軍官們當然希望減少訓練，以将更多的時間用于生産，以增加産量。
上面不重視，下邊便愈加敷衍，所演陣圖，則年年皆循舊式，毫無改進，相沿舊樣，平時校閱，雖屬可觀，臨敵打仗，竟無實用。騎射這些看家本領也爲圖省力，已不奮力訓練，在各營演試之時，明知所習非所用，不免視同具文，飾觀塞責。
玉昔帖木兒相信不僅自己知道侍衛親軍戰鬥力嚴重退化，上面也并非不知。而依然視而不見的‘縱容’其堕落成這幅德行，一方面是訓練本身的問題。另一方面還是來自于朝廷對這支軍隊的定位，在大多數人眼中，蒙古軍才是國家的支柱，征戰的主力，戰無不勝的保證。
侍衛親軍盡管人數衆多，也隻是扈從軍，隻能從事屯田，承擔護送銀饷、押解犯人、解送錢糧、緝捕盜賊、緝查走私、守護、察奸、承催等等差役。而作爲異族爲主力的部隊，在蒙古人内心依然是不放心的，尤其是支戰鬥力強盛的武裝力量，暗中不得不防，甚至作爲大汗親衛的親軍也是禁止帶弓上崗的。因而對他們戰鬥力的減弱，反而是樂見其成。
既然上下皆是如此，侍衛親軍經過十多年的‘調教’，也如他們所願，當下三十萬大軍真正進行軍事訓練，拉出去還能打打仗的，可能十不存一，隻能不斷零散抽調，短期合營訓練。在朝廷财力充裕時，這種野戰軍的戰鬥力還能對付一下“治安戰”，等到朝廷财力窘迫時，就是一群毫無訓練的“叫花子”跌跌撞撞地上戰場。
實際上，這種情況已經發生，在失去江南後，元朝的财政狀況已經極度惡化，發放給侍衛親軍的補貼日益減少。給付的軍饷過去還能達到六、七成，如今連半數都難以達到。而随着朝廷進行鈎考，狀況更爲惡化，軍官們加大壓榨力度，以填補虧空。而币制改革更是雪上加霜，新發現的元治鈔與舊的至元鈔按照一比五進行兌換，使本就貧苦的侍衛親軍兵丁家庭趨于破産。
據玉昔帖木兒所知，侍衛親軍的兵丁合法收入根本比不上普通的自耕農，連佃農的收入水平都達不到，“合法”生活水平近似于乞丐，想要稍加改善就不得不完全走向“違法”的流氓之路，乞丐、流氓，名之爲兵，所以其家庭生活隻能靠着各種非法收入才能貼補。在此條件下，無論是軍事技能還是軍人自尊全部蕩然無存，實則如市人，可謂無紀律，無賞罰，見賊即走。
當下衆将請求朝廷派侍衛親軍助戰，知道實情的玉昔帖木兒當然不願意，其到來參戰不僅要按慣例地方提供糧草和軍饷，還要支付作戰補貼，朝廷是不負擔的。而此時地主也沒有餘糧，讓這些萬戶們出錢肯定是八百個不願意；另外這些已經窮的活不下去的侍衛親軍來到還嫌富裕的兩淮地區，肯定要設法進行改善，這對地方來說無異于一場災難。
想到如此種種，玉昔帖木兒斷然拒絕了衆将的提議，決定還是靠自己的力量來完成作戰計劃。他以爲隻要自己計劃周密，就能夠将風險降到最低。而自己的計劃一旦成功，不但能迫使南朝軍隊退兵，還能獲得巨大的利益，緩解自己面臨的困境。若是能生擒南朝小皇帝，或是攻克臨安，那麽自己将立下不世之功。
當然玉昔帖木兒也知道自己所面臨的戰敗風險，但當下兩淮地區在南朝不斷派兵襲擾下，沿江農業生産受到極大的影響，糧食歉收，稅賦減少。可朝廷不但沒有減免，還增加了稅賦。爲了解決眼前的困境，他不能不通過發動戰争來綁架朝廷，以度過難關，逃避鈎考之難，緩解行省的财政困難。
兩廂對比之下，玉昔帖木兒覺得渡江南侵所面臨的風險還是值得的，誰讓自己窮呢！所以盡快衆将反對聲不斷，他還是孤擲一注的決定執行既定的作戰計劃，集中主力過江。當然作爲預備手段，他也下令動員起各部的漸丁軍作爲預備隊，防守要點，以備宋軍攻克揚州直驅腹地的最壞情況發生……
…………
“陛下，事務局送來的最新情報！”寒夜中，行營禦帳的帳門被掀開，譚飛帶着一股寒氣進入帳中禀告道。
“哦，有何變動？”由于禦前辦第一室主事應熙能力不足，趙昺隻能将最爲重要的情報工作轉由譚飛代管，他聽報後揮手讓左右退下，讓其上前回禀道。
“陛下，事務局河南站禀告屯駐于黃河以北的河南淮北都萬戶府的三個萬人隊已經移至淮南，近日向高郵方向移動集結；山東河北都萬戶府兵力也移駐高郵。他們判斷近期蒙元方面将有大的行動，據他們探聽的消息是要出援揚州，對我軍進行合圍。至于真實意圖尚在打探之中！”譚飛禀告道。
“那你以爲蒙元的進攻方向是哪裏？”趙昺聽了沉思片刻，反問譚飛道。
“陛下，屬下以爲蒙元若是救揚州無需宣揚，也不必集結如此大軍。而據我軍近日截獲的蒙元信使供述，要求不惜代價固守城池的命令來看，他們的目标應該江南。”譚飛想想分析道……