後來随着趙昺位置的鞏固和軍事經驗的豐富及火器成規模的應用，他意識到獎賞制度已經不再适應當前的形勢，便也對相關制度進行了修正。但那時在堅持嚴肅軍紀的基礎上，更多的是在提高軍隊待遇和人文關懷上，首級制度依然在使用，且爲了增加榮譽感，他還将殲敵數目與榮譽挂鈎，标示在各部的軍旗之上。
在韬光養晦十年之後，趙昺發起收複江南之戰，這也是火器全面應用于戰争之中，在取得勝利的同時，獎賞制度中首級制度的弊端同樣開始顯現，例如屍體被炸爛無法辨認，在水戰中屍體被水流沖走或是随船沉入海底，都會導緻首級無法收割，同樣也引發了處于從屬地位，沒有直接在一線參戰官兵的不滿。
但是由于戰事結束後，忙于鞏固新收之地，重建防線，大規模擴軍，諸事纏身的趙昺也無暇顧及。而戰後擴建一大批官兵得到升職；加之戰線穩定後，與蒙元大規模的武裝沖突減少，也掩蓋了此中矛盾，朝臣們對他的修改獎賞制度的提議并不上心。
随後趙昺在商議國事時，提出俢敕，編修律法，他想借此時機對軍法進行全面的修訂。可這項工程之浩繁遠超想象，至今尚在收集階段，初稿都沒有拿出來，事情被再次擱置。但他并沒有因此放棄，而是以诏令的形勢對軍功制度進行調整。不過王應麟是在戶部任職，升任參知政事也不過半年，對此并不了解，才與曹誠發生了言語上的沖突，也引發了大家對其的‘教育’。
而趙昺眼見王應麟在衆人的‘教育’下及戰場上的親眼所見，對于軍功制度有了新的認識和見解，也便将自己對于首級制度的調整對其做了簡單的闡述：
首先，在戰場上争奪首級、搶人頭是個常見現象。畢竟在戰場上戰陣交鋒中，其實很難說清獲得的首級原來的主人，究竟是爲誰所殺，因此才會出現“”的誇張場景。爲了杜絕這種情況發生，趙昺早在帥府軍成立之初的鐵律之中就定下了戰場之上不得随意撿拾戰利品，且所有繳獲不得私藏，其後又延伸到首級制度。
初時在殺傷對面之敵時，尚允許各隊壓陣短兵專門砍敵首級，不過每一顆隻允許一人提在陣後，待戰後收兵，有軍令驗功之時，方準許離隊進行點驗。但是全面換裝火槍之後，冷兵器全面撤裝，對此要求更爲嚴格，因爲在線性隊列中，一旦有人離隊收割首級，就會引起隊列混亂，而砍腦袋的士兵也會被後排的同伴刺殺。且士兵配備的單兵裝備取消了單刀等利器，用三棱刺刀和防身的匕首割腦袋還是省省勁兒吧！
同時在進攻戰中，往往是以營或是團、旅更大的單位作戰，以線性戰列齊頭并進，但往往各部都會派出散兵伺機攻敵，他們也會承擔割腦袋的任務，統一管理，統一送驗，以此避免争搶首級的事情發生，并可以此爲據記功。
其次，爲了解決炮兵、辎重等無法一線接敵的士兵吃虧的問題，趙昺有針對性的做了調整，重點就是把首級的功勞從個人變成了集體所有。每顆首級以三十貫論之，當先出陣的二十貫，斃敵者二貫，餘兵無分者分一貫，火兵雖不上陣，本隊有功，亦分五陌；每顆支援本隊作戰的獨立炮兵亦分二貫。
也就是說，隻要殺死了敵人，整個隊伍裏沖鋒肉搏的、遠程射擊，甚至支援作戰的和看家的都有獎勵。這要士兵各有分工，設置專門割取首級的人，并将首級統一管理。其實就是在避免了士兵争奪首級的同時，也讓士兵們更團結，各司其職的去消滅更多的敵人。
另外對于在防禦戰中，或是無法前去收割首級的戰鬥如何确定戰績，趙昺也議定了規則。對于倒地的敵人，被另外敵人拖走或擡走算擊殺，背走架走視爲擊傷，裝死之後逃回本陣的算射失。爲了防止有人冒功作假，又規定本部上報的殲敵人數要與上級觀察哨确認的相契合。而小部隊獨立作戰要有相鄰或是其他參戰者的确認，否則視爲無效。
一番讨論下，王應麟可謂是受益匪淺，他知道小皇帝當下頒發的獎賞辦法仍然無法做到精确，也無法完全避免作假的可能。但是也在最大程度上保證了公平，即鼓舞了勇者當先，又顧及到了後方人員的利益，基本上做到了‘有功則賞’……
接下來的幾天，兩軍麓戰多次。宋軍意圖奪取寶祐城，形成兵臨城下的威壓之勢。而元軍則希望迅速擊敗當前之敵，将宋軍趕回江南。一個要奪城，一個要破敵，雙方理念不合，隻能在戰場上見真章了，但是兩軍似乎誰也沒有達到目的，寶祐城還在元軍的手中，宋軍也沒有被擊敗，反而是大營不斷前移擴展，并有逐漸合攏之勢。
趙昺卻仿佛突然對戰場失去了興趣，不再是每戰必親臨。常常是清晨聚将議事，聽取戰報，但往往也是聽多言少，不參與意見。更多的待在行營之中，處理從京城報送來的公文，或是巡視各營，将心思用在了兵丁們的衣食住行上，更像是個辎重官，而非坐鎮中軍的皇帝。
“陛下，進帳吧，幾位使官等候多時了！”王德聽到通報聲，連忙迎出來伺候道。
“嗯！”趙昺哼了聲，一邊使勁蹭着靴子上的泥道。這裏雖然是江北了，但氣候還是比之淮北暖和，土地無法凍實，一到中午表面就會解凍，營地中的道路也變得泥濘不堪。
“恭迎陛下！”帳中等候的幾位官員這時也急忙上前行禮道。
“進帳叙話吧！”趙昺蹭幹淨了靴子，擡手讓他們免禮進帳。
大帳中點着火盆，比之外邊暖和的多，趙昺脫了大氅，讓衆人落座。有小黃門送上熱茶，他掃視了一眼衆人，各營的辎重官和醫官及糧草官都已經到齊。
“安醫監，朕剛剛去了一師的醫藥院，發現凍傷者增多，且患有風寒的兵丁，你可有應對之策？”趙昺直接跳過了寒暄、客套直接問道。
“陛下，卑職也有所了解！”安業是軍中總醫監，統管各部的醫藥院和醫士營，被皇帝點名，急忙起身施禮道，“由于天氣陰冷，又是野外宿營，帳中不能生火，以緻多有手腳、臉面生了凍瘡，卑職已經将瘡膏分發到各都，并加強探查，有嚴重者立即送到醫藥院治療。”
“感有風寒者各部有零星報告，并沒有大範圍流行，卑職已經派下藥方，令各部醫官照方醫治，并予以暫時隔離，以防止擴散！”
“虧你是在疫船上帶過的人，難道不知防要重于治嗎？”趙昺對其的回答卻是不滿意，沉聲言道。
“卑職知錯，但是若是大範圍發放藥品，似爲時過早！”安業當年也曾與小皇帝在疫船上共患過難，自然知道其中兇險，急忙施禮認錯，可又覺得沒有必要大張旗鼓。
“糊塗，待擴散開來，那就爲時已晚。即可通告各部醫士嚴格排查患病者，發病者即可集中送到後軍醫藥院隔離治療。另外熬制預防風寒的湯藥，着令每名兵丁早晚服用，并以鹽水漱口，夥食中多添加姜蒜，防患與未然！”趙昺冷哼一聲厲聲道。
“卑職遵命，即刻辦理！”安業連忙施禮道。
“郭轉運使，軍中存有的鞋襪有多少？”趙昺壓手讓安業坐下，又看向軍中轉運使郭東平道。
“禀陛下，軍中存有備用的鞋襪尚有萬餘套，若是不足可從江南倉庫中調運！”郭東平施禮答道。
“嗯，士兵手足凍傷，多是因爲修築營寨時防寒的手套多有損壞，且出汗較多，鞋襪盡被汗水浸透。可帳中無法生火，以緻不能及時烘幹，而又無法及時替換之故。你先将營中儲存的襪子和手套發放給損耗最重的兵丁，然後盡快調撥，保證每一個士兵都有多餘的可以替換。此前要隻會各部主官，督促兵丁及時更換，并利用休息時間烘幹鞋襪，否則手腳都傷了，拿什麽去殺敵！”趙昺略一思索道。
“是，卑職親自督辦此事，争取在三日内完成！”郭東平施禮領命道。
“哦，還有一事！”趙昺想了想道。
“陛下請言！”郭東平剛要坐下，又趕緊挺直身子道。
“天氣苦寒，另給每名步軍兵丁加供酒二兩，水軍三兩，以抵禦冬天的濕寒，諸位以爲可行？”趙昺猶豫了下言道，軍中一向禁酒，如此可就算是開了先例……