不過忽必烈在征服江南後，于至元二十年開始精簡新軍，調整駐軍。這股風同樣波及到四川，合并西川東、西、北三道宣慰司及銅川等路鎮守萬戶府、新軍總管府、威州、灌州、茂州等處安撫司十四處。四川地區軍事權力逐漸集中，機構逐步精簡，行政、軍政中心開始向成都轉移。
趙昺的戰略重點一直是在江北，但是川蜀居于長江上遊，也被他視爲紮在自己身後的一把尖刀，因此并未放松對川蜀形勢的監視，令事務局設立了川蜀情報站對這一地區進行調查，并收集軍政情報。從傳回的情報所知，四川地區鎮戍點主要有：
成都：成都是蒙元軍隊較早占領的地區。窩闊台汗時期，王子闊端進入成都并占領四川西部地區。在掠奪大批物資之後，蒙古軍隊又将成都廢棄。蒙哥汗時期，由劉黑馬和夾谷龍古率軍重新占領廢棄的成都城。蒙哥大汗很重視成都的防衛，遣大将密力火者握重兵于此。
忽必烈奪取汗位時，視其爲心腹大患，“使乘驿矯诏誅之”。但奪取汗位後，元世祖又任命殺密力火者立功的黑馬之子元振爲成都經略使總管萬戶，派重兵駐守。中統四年，敕李平陽在西川的“各翼軍在青居山者悉還成都。”
在忽必烈發動全面滅宋戰争之前，成都是宋元雙方争奪的重要城池。中統年問，宋軍一度攻人成都，因四川行院阿脫與張萬家奴合力防衛才得以保全。至元十年，宋将咎萬壽攻打成都。當時成都戍軍随大将也速帶兒正攻打建都，一時防衛空虛。元廷不得不于“京兆等路簽新軍爲援”。滅宋後元廷依舊重視成都的防衛，至元二十三年，分四川鎮戍軍萬人于成都屯田。成都戍軍除完成成都防衛任務外，還多次參與平定西南動亂。
重慶：至元十四年，西川行院不花率軍圍攻重慶，宋重慶都統趙安降。宋守臣張珏順江東下逃至涪州後亦降。元廷也很重視重慶防衛，先後設宣慰司、行院、行省等。至元年間，皇孫鐵木兒不花一度駐兵重慶。至元二十四年，懷遠大将軍、夔路萬戶石抹狗狗戍軍重慶。
在宋廷收複江南後，重慶再次被元軍重視起來，這裏進沿江而下威脅江南，退可阻擋宋軍溯江而上攻掠川蜀，威脅雲南和陝甘地區。于是遷四川行省到重慶，隻在成都設立宣慰司，将統治中心由成都轉移到重慶，并逐漸趨于穩定。此外在重慶周邊的夔州路、泸州、嘉定等路設立宣慰司駐軍防守，同時屯田以供軍用。
在雲南發生動亂，久難平息，真金從四川行省調重慶五路萬戶去救雲南，不了軍馬剛到雲南境内，便遭到各蠻部伏擊，損失兵力萬餘人。于是元廷覺得重慶仍有可調軍馬，于今年又于重慶、叙州調軍二千五百人前去平叛，同時于四川鄰境諸王藩部發丁壯二千人戍守重慶。
如此一來，元廷于四川的駐軍大爲減少，宣慰司所屬各軍隻有四萬餘。趙昺綜合各方的情報後，以爲時機難得，又有淩霄城尚在宋軍手中，便決定以救援爲名發動西征，恢複重慶地區的防禦體系。如此一來，即可解除後顧之憂，又能在川蜀地區獲得支撐點。
趙昺在決心西征後，借年初衆将來朝的機會與他們進行了商議，衆将皆以爲西征在現下的局勢下不易全面奪取川蜀，而應該以恢複當年餘玠在重慶地區的防禦體系爲上，如此進可攻退可守先立于不敗之地，然後在根據形勢變化進行調整。衆将所議與趙昺的構想不謀而合，便據此收集情報，制定作戰計劃。
由于重慶已經失守十數年，當年餘玠所主持修築的一系列堡壘現狀不明，趙昺又命人暗中勘察外，又尋找當年的知情人和曾參與者問詢，以摸清狀況，以便有針對性的進行訓練和準備。經過一番查探，情況基本明了，當年餘玠從北到南，建築了一系列的堡壘，主要堡壘有：
青居，位于川北大城順慶府北，扼嘉陵江中遊，它保衛着四川東北方，成爲順慶府治所在地。大獲，在蒼溪城東南，餘玠遷阆中州治于此，原爲名将王堅所築，是四川腹地最東北的要塞。苦竹隘，在劍門關西小劍山頂，是入川北方門戶。神臂山在泸州東，或稱鐵泸山，餘玠遷泸州州治在此。
多功城，在重慶西四十裏，築此堡的目的在保衛重慶外圍。雲頂在成都東北金堂縣境，雲頂堡是距成都平原最近的堡壘，起着窺視無險可守的成都，同時它也起着扼嘉陵江外水--涪江，與釣魚一起共同阻止蒙古軍隊企圖利用嘉陵江舟師之便，順流襲擊重慶的計劃。
虎頭，虎頭山堡在川南富順西南，是泸州的北方屏障。西柳關，在萬州西北，保衛着重慶下遊長江水道和夔門。釣魚，釣魚城在合州城郊，北距重慶百多華裏，地當渠江、涪江與嘉陵江三江交彙處，扼嘉陵江内水，合州州治所在地，它保衛着重慶唯一的陸上通道。
除此之外，還有幾十個大大小小的堡壘，這些堡壘首尾相連，從川北、川西到川南、川東的盆地群山東麓和南麓，倚着四川的主要河流，構成了一面網，以阻擋蒙古軍隊東犯長江中下遊地區。
縱觀餘玠所建堡壘，可以發現它們都有一個共同特點，那就是山勢陡峻，卻不算太高，一般相對地面高差都在數十丈米至百丈，山頂多平整，常靠近水邊，特别是選擇那種靠近大江的小山。這樣的堡壘常使得敵人很難以簡單的傳統攻城雲梯攀登，敵人必須将雲梯接得相當高，于是攀登雲梯變得非常危險，很容易被守城士兵橇翻或折斷，後面蒙哥軍攻釣魚城時就碰到了這種情況。
堡壘上面多平整，宜于駐紮軍隊和老百姓，且很多堡壘山上都有泉水，釣魚山上的泉水甚至可用來養大魚。靠近大河，使得堡壘間相互聯系和後勤補接便利。最後，相對高差不大，也避免了出擊和補接的困難。釣魚山可以說是最佳選址，它在三江交會處，高度約百丈米，山上又有近百口泉眼，冬夏不竭。
在嘉定府也是築堡九頂與三龜、紫雲，構成一個三連環堡壘，以保衛嘉定。嘉定府本來就是一個兩江交會的地方，有山有水，利于防守，且水陸便利，下可達泸州，上可接濟成都，這樣，除了堡壘以外，餘玠又把嘉定、泸州、重慶三個大城聯在一起。
後來随着戰局的變化，餘玠實施緊縮戰線的戰略，将原來駐守在秦嶺南坡，漢中盆地邊緣保衛四川的重兵收縮回到釣魚--重慶--泸州--嘉定弧線防守的外圈，以青居堡和大獲堡作爲前鋒窺視現已陷落在蒙古軍手中的興元府和秦隴山區，做出随時出擊興元的姿态；以金堂的雲頂山作爲窺視原省會成都的橋頭堡，雲頂山下不遠，就是涪江上著名的箭灘渡口，以此渡口阻擋蒙古鐵騎對成都的進攻。
最後，餘玠從川北的昭化到劍州都建築了堡壘，作爲防守的最外圍。可見四川堡壘群防守蒙古騎兵的策略是整個連成一氣的，它們主次分明，依山傍水，目的隻有一個，保衛長江水道，防止敵人順流東下，進攻江南，這樣的周密完善計劃所起到的作用，是各自爲陣的中歐封建城堡群所完全不能比拟的。
符合這樣的選址條件，作爲一個省那麽大的地方在中國并不是很多的。事實上，後來這些堡壘被直接用軍事手段攻占并不多，大部分堡壘是由于守衛将領的叛變，才使這些堡壘失守。此外這些堡壘既是軍事要塞，又是政治中心，它們最要害的關鍵是合州城郊的釣魚堡，沒有釣魚堡，就沒有重慶，沒有重慶，南宋在四川的政權就将全部喪失。
不隻如此，在政治上餘玠還命令駐紮在嘉定的俞興部，在成都平原屯田，以前成都一被攻破，成都平原上的百姓就失去了政府的管理，現在可以由嘉定的堡壘和雲頂堡壘對成都進行遙控，在平原上部隊的軍墾農場還可以起到穩定民心，加強聯系地方政權的作用。
此外餘玠還對四川人民執行輕徭薄賦的政策和興學，他懲治了爲非作歹的官員，聞敵便跑的驕兵悍将也進行了撤換和鎮壓，在四川駐軍裏樹立起了紀律和威信。餘玠在治理四川的八年裏，居然能做到在與蒙古對峙的軍事形勢下四川的大治，使“敵不敢近邊，歲則大稔”。
在趙昺看來，餘玠所爲可以稱得上的是教科書似的戰績，其不僅通過八年的治理，使四川恢複了富足，向中央輸送了大量财賦，減輕了下遊的财政負擔和軍事壓力。還伺機對敵進行反攻，在淳佑十年冬，他在四川形勢轉好的情況下，率諸将巡邊，直搗漢中平原上的興元，與蒙古軍大戰。
此後在淳祐十二年，蒙古汪德臣率軍搶掠成都，轉攻嘉定，餘玠又率嘉定守軍又與蒙古軍大戰于嘉定，将其逐走。在四川與蒙軍三十六戰中，把敵人打得龜縮在幾個據點裏，而大片的農村鄉鎮仍然在南宋的基層政權管理下，使敵不能完全控制四川，可以說沒有餘玠的山城防禦體系，爲大宋續了幾十年的命……
前時爲獲得有利态勢，趙昺命湖廣置司發起了數次小規模作戰，收複了歸州，奪取了秭歸和巴東兩座江南重鎮，天險之一的沔關，也爲征西獲取了前進基地。但他的目光此時放在了上遊的三峽，此前的一系列作戰與接下來面臨的三峽争奪戰相比隻是毛毛雨，那才是決定勝負的關鍵，勝則進入川地，敗則隻能退回江南。
三峽号稱長江中最爲奇秀壯觀、最爲攝人心魄的風景，大自然的鬼斧神工，數億年的天地造化，成就了這獨步天下的天然山水畫廊。但對于行舟其中的人卻沒有文人們眼中的詩情畫意，而是名副其實的鬼門關，在這樣的峽谷裏航行，峭壁參天，江濤拍岸，使人驚心動魄。
三峽交通多依靠舟楫往來，三峽江水險急無常，暗礁密布，險灘、明岩皆對過峽船隻造成阻礙。三峽的水急，萬水奔夔門，峽中驚濤駭浪。江水落差大，江中礁石密布，行船困難。水位一日之内暴漲十幾丈，一年之内水位變化極大。
且江面寬窄不一，寬的地方盈裏，水枯時狹窄處僅十數丈。而江水各段深淺亦不一，最深處近七、八十丈，水淺處不到六、七丈。江中更是暗流縱橫，旋渦小者如鬥，大者直徑近十丈，深達丈餘，船隻一旦卷入其中，難逃船毀人亡的厄運。過去川蜀的商人東來江南做生意往往也是以舟船滿載貨物順江而下，但是到了江南後卻又連船帶貨一起賣掉，而人則是選擇陸路返回川蜀，其中原因就是畏懼三峽之險。
三峽處于長江中、上遊交接之地，東出有長江水道，順流可到荊州平原、江漢平原及江南大地，能通中原，進關中。與此同時，三峽又具備阻隔、封閉川蜀的條件，必然爲曆代兵家據險而守、破險而攻的必争之地。在此區域進行進攻性的戰役，也就是摧毀三峽的軍事防禦工事，沖破三峽天險。而它的自然地理位置也決定了作戰方式通常采用水戰和山地戰的戰争模式，防守者的戰略格局隻能是防禦爲主……