今日之事來的突然，甚至沒有與自己商議，以應節嚴來看并非自己失去了聖心，恰恰是陛下不想将自己卷入朝争之中，一旦陷入僵局還有回旋的餘地。而入學士院的三位老臣，以他看來陛下将他們視作幕僚更爲恰當，畢竟那幾個人的歲數也不小了，難以在承擔繁重的政務，當下不過是敲山震虎給那些心存僥幸之人提個醒兒，并非想改變當前的局面。
劉黻現在顯然未能參透小皇帝的意圖，因而憂心重重，擔心陛下一怒之下做出沖動之事引發動蕩，由此可見其目的已經達到。畢竟在這危機四伏的時候，誰也不想引發朝政，尤其是作爲首輔的陸秀夫和文天祥，再說小皇帝的話雖然強硬，卻也做出了妥協，并沒有強行推進文武同階，想他們二人也不會不明白這是陛下留給他們最後的機會。
眼見劉黻還蒙再鼓中，應節嚴自然要勸誡一番，不要曲解小皇帝的意圖，當下最主要的是要配合其完成軍改的第一步。且要注意一些人的動向，防止那些極端保守的士人铤而走險威脅陛下的安危，同時要盡力協助兩位首輔做好軍改，避免有人借機制造謠言，形成逼宮之勢……
軍改之事全面鋪開後，趙昺的事情自然也就多了起來，作爲改革中變化最大的是兵部和樞密院，職司多有變動，主官也要重新遴選。經過會商後，吏部左侍郎高應松改任兵部，兼管兵部司、兵役司和辎重司；以殿前禁軍都統制江钲調任兵部右侍郎，兼管步、水、騎、炮四司；蘇劉義爲步軍司郎中，呂師文爲水軍司郎中，黃顯耀爲炮軍司郎中，馬發爲騎軍司郎中。
樞密院仍以張世傑爲樞密院使，劉師勇爲樞密院同知，下轄步軍衙門和水軍衙門及職方司、統領司和機宜司。步軍衙門以趙孟錦爲主官，水軍衙門以劉洙爲主官，職方司以江宗傑爲郎中，統領司以韓振爲郎中，機宜司以原兵部侍郎茅湘暫代。
在上層調整完畢後，兩部要在一個月内完成移交并開始工作，可謂時間緊任務重。而軍隊可謂是趙昺的命根子，六品以上的文官，指揮使以上的将官調動都需他過目審查，以保證自己制定的方針能貫徹執行，所用非人，同時避免被人摻入‘沙子’。
這次調整牽扯到數個部省，調動和補入的官員上百，但趙昺依然不敢大意，從事務局抽調人手會同禦前辦對舉薦和拟任命的人員進行複審，标準就是家事清白，政治過硬，業務精熟，文官有在軍中任職的經曆，武人有領兵作戰的經驗。
如此一來工作量大增，不僅禦前辦的人夜以繼夜的工作，趙昺當然也閑不下，淡泊閣的燭光常常徹夜不熄。而白日他除了參加例行的朝會外，還要召開堂議協調各個部門的工作，诏令衆臣進宮觐見詢問情況。加上因爲此次軍改涉及編制的改動，不免引起人心浮動，他除了召集各部軍将進行解釋和安撫，還親自前往各軍巡視，以穩定軍心，可謂是工作夜以繼日，難得休息片刻……
八月末各部終于在趙昺嚴厲敦促下完成調整，兵部和樞密院在經過短暫的内部整頓後，于九月中旬開始正常辦公，随即對各軍的整編工作全面展開，而這項任務更加繁瑣和複雜。而此刻陳吊眼再次率軍攻下漳州，蒙元調集大軍進行清剿，一時間東南震動。
如此陳吊眼稱王自立的事情也爲行朝所知再掀波瀾，朝中衆臣紛紛上書，或要求對叛逆予以剿滅，或請求對此部義勇予以招安。趙昺發現朝中衆臣對待此事的态度有些微妙。
主張對陳吊眼這幫‘逆賊’予以剿滅的卻是一班文臣，他們以爲陳吊眼身爲大宋子民不思報國，卻趁國事衰微之機，聚衆建國自立，不奉天朝正朔爲主，實乃大宋的叛逆。若不及時将他們清除，各地亂民将紛紛效仿，則會妨礙複國大業。
而一向主戰的武臣們則對出兵征剿陳吊眼持反對态度，以爲他們雖然自立，卻并未奉蒙元爲主，而是打着反元的旗号，這正與朝廷相合。朝廷可予以敕封招安，将這支反元力量收爲己用，作爲來日複國之戰的助力，卻不是跨海征剿，徒耗軍力和錢糧，那樣隻會助纣爲虐。
對于如雪片般的奏疏趙昺卻全部壓下，未置可否。他清楚文臣們要求清剿陳吊眼，一者是在這局勢微妙的時刻表明己方堅決維護朝廷正朔的決心；二者他們從心裏還是對陳吊眼這些亂民有提防之心，怕其投靠蒙元，轉而對行朝不利。而武人們則沒有那麽多的花花腸子，一切從實際出發，一者陳吊眼曾助宋軍攻打泉州，尚有袍澤情分；二者軍中兵丁半數以上爲義勇出身，自己去打他們不免有兔死狐悲之感。
現在是軍改深化之際，趙昺當然不肯出兵，且自己也早有安排，因此隻向幾位宰執通報了自己掌握的情況，讓他們壓下此事，當然他在其中的布置秘而不宣，以防洩密導緻事敗害了許夫人，更破壞了自己的大計。事實上事務局在陳吊眼起事之前已經聯絡上了許夫人，不出趙昺所料其還是心向朝廷的，且又得到幼弟的消息自然驚喜不已，對于小皇帝的報恩之舉更是感恩涕零，立誓效忠陛下。
八月十五日夜晚，陳吊眼率聯軍乘機再次突襲漳州城。這次率軍進城，守城的元軍十有八九被殺，陳吊眼軍威大振，兵員猛增聚衆十萬。而許夫人在攻打漳州的戰鬥中，獲得大批武器甲仗的武裝，又有精兵相助，其統領的義軍自然如虎添翼率先攻入城中，分得了最大的一塊蛋糕不說，兵力也暴增到三萬之衆。
其後忽必烈獲知漳州再次失陷損兵慘重的消息後勃然大怒，命高興在建甯府設立行都元帥進行鎮壓，又命完者都爲鎮國上将軍福建等處征蠻都元帥，領兵五千與高興會合。重兵威逼之下，陳吊眼領軍退出漳州城返回雲霄一帶山中結寨五十餘憑險據守，以王命号令群雄。
這次元軍卻沒有出兵攻打兵力強盛的陳吊眼，完者都率軍進入福建後，先用大軍鎮壓政和的黃華義軍，并賄以重金，以征蠻副元帥重職招降。果如趙昺所料，黃華沒有經受的住考驗投降了蒙元，因爲趙昺已有準備在獲知消息後，立刻通知潛伏在黃華軍中的探子率軍萬餘出走投靠許夫人，并與黃華部脫離向廣東鳳凰山一帶轉進，避開敵鋒芒的同時，接受補給，進行整訓，建立根據地。
而元軍利用黃華熟悉福建山區作戰的特點，命黃華爲前驅清剿漳州陳吊眼抗元起義軍，其熟悉義軍山寨作戰的特點，帶領元軍步步進逼。黃華的投降，許夫人的撤離，使義軍聯盟破裂，南北難以相互呼應，而黃華熟悉山地作戰特點，又知陳吊眼虛實，在其協助下陳吊眼被連破數寨。
陳吊眼分兵駐守拒敵，以其叔陳桂龍駐九層漈，自領一部駐漳浦峰山砦，陳三官駐水篆畲，羅半天駐梅龍長窖，陳大婦駐客寨畲。他們憑借險要的地形扼險固守，一時間使元軍無法突破，反而遭到重大傷亡，現在戰局暫時陷入僵局，兩軍各自結寨對峙。
他的想法和此前一樣，無論對于招安還是清剿，趙昺現在都不敢興趣。清剿他沒必要助纣爲虐，元軍多死幾個對自己隻有好處。而招安上杆子不是買賣，陳吊眼雖然受到點兒挫折，但是聲勢正盛，絕不會接受招安，反而會提出些條件。若是讓朝廷承認其地位又将如何處置？大宋還爲有給造反者封王的先例，那純粹是自找麻煩！
當然最後趙昺還是要出手的，但要等到陳吊眼認識到錯誤的時候，不過替他收拾爛攤子的也不會是自己，而是許夫人。這樣絕無羞辱其的意思，而是讓他認識到想脫離朝廷造反是不會成功的，必須要依靠朝廷，擁護皇帝才能過上好日子。若是其不能領會自己的意圖，那就不好意思了，隻有看着他走向滅亡了……
日子很快又到了初冬，不過海南這地方不分冬夏的，隻是雨水少了些。軍改第二階段也進入尾聲，陸軍共編成十個步軍師，兩個騎兵旅、三個炮兵旅及五個辎重旅，加上禦前護軍共轄兵力十五萬；水軍編成攻擊船隊、支援船隊、辎重船隊和火力船隊，分駐島南、島北和島東三個水警區，另外戰兵編成三個水軍陸戰旅，共有大小戰船一千二百餘艘，總兵力六萬餘。
與此同時，新軍的半年基礎訓練已經結束，根據訓練情況和志願準備轉入分科專業訓練。趙昺決定将新軍基礎訓練結訓和各軍授旗儀式合并舉行，地點就在已經完工的新軍營地。過去他覺得這種儀式化的東西十分麻煩，甚至有些厭惡。不過對軍中舉行的各種儀式卻是例外，之所以如此他覺得可能是因爲自己是學理工的，從而喜歡線條似的美感，另外他覺的軍中的儀式不僅能提高士氣，且能讓軍人增強榮譽感與尊嚴。
十一月初一，趙昺一早便換上戎裝，匆匆吃過早餐便迫不及待的登車，在一營騎軍的保護下出城前往新軍軍營。他自去年歲末勘測場地後便再爲來過，此時通往軍營的大路已經修通，不需半個時辰軍營已經在望，随着離軍營越來越近，趙昺心情也愈發激動，雖然軍營的設計是出自于他手，可以說每一處都了然于胸，但是看到實物還是覺得十分震撼。
爲了新軍軍營的建設，趙昺先後撥款達十萬兩白銀，整個營區占地三千餘畝。整個軍營分成了四大部分，包括大操場、總部、分部和南北靶場。其建築格局趙昺參照了現代軍營建成，爲一片氣象森嚴的磚瓦結構的建築群。四面有高大的圍牆，牆外有河環護，河兩岸樹木成行。
軍營大門開在南側，隔河有高大的照壁與之相對。門樓高大，面闊三間，氣勢之雄偉可與府城行宮大門相比。朱漆大門飾以銅釘銅環，門楣上懸挂着趙昺親書的“新軍訓練營”五個大字的橫匾。門前有石砌的高台階，階前的南路直通河岸。南路兩旁有高丈許的石獅一對，河上架一平闆橋，用以通大操場。
整個營區共建有營房八百多間，總部以龜山爲中心建設，占地約有二百畝，分南北兩院。北院是生活區。南院是軍營的中樞和教學區，又分東、中、西、三院。東、西院爲教室與兵丁宿舍，各有十排帶長廊的青磚瓦舍，布局對稱，各排房舍之間有走廊相通，每兩排組成一個獨立的院落，院牆開月形門，每院住約一都士兵。
中院有辦公室和尚武堂。高大的尚武堂坐北朝南，四周環以石欄，雕梁畫棟，氣勢宏偉。廳門兩側有副楹聯，上書：“尚父陰符，武侯韬略，簡練揣摩成一廳；報國有志，束發從戎，莘莘學子濟斯望。”雖然這出自于趙昺之手，但絕對是山寨來的。
堂前有長廊直達校門。尚武堂北面是個大空院。院内移植而來的兩棵并立的高大古樹，二木間懸一銅鍾，前邊修有一座閱台，用于軍将在這裏訓話和發布命令，因此這裏被視爲全校之中樞。營本部的東側是分部，占地百畝。靶場在分部之北，占地四百餘畝。大操場成半框形，由北、西、南三面拱衛營本部，占地八百餘畝……