所以，元豐改制後，樞密院照樣保存下來，但是北宋的樞密使與中書的關系都極不正常。時人曾言：樞密使每朝奏事，與中書先後上，所言兩不相知，以故多成疑2。樞密院官雖曰掌兵，亦未嘗不兼任宰相之事。宋神宗的禦史滕達道也說，戰守安危之所政，中書主打，樞密使主守，這樣怎麽能取勝呢？明确指出這種互相牽制所造成的殆誤軍國大政的弊端。
到了南宋高宗接受了這一教訓，爲了對付經常性的對外戰争，不得不實行兵政合一，設立“平章軍國重事”這一官銜。在此後的一段時間内，這種兵政合一的措施确實起到了穩定戰局的作用，但是随着禦前護軍的壯大，軍将權力過大的弊端又重新顯現，甚至生兵變将高宗趕下台，因而又設法收取領兵軍将的權力，并以宰相兼任樞密使。
不過南遷之後戰事不斷，曆代皇帝隻能設置督撫鎮守前線要地，因此也不得不通過放權、收權，甚至頻繁換将來控制軍隊。但依然未能阻止軍事集團的形成和擴張，以緻形成尾大不掉之勢，他們在各自利益受損後，便不顧國家利益叛降，從而導緻整個防線的崩潰，并助纣爲虐成爲滅宋的主力。
趙昺知道要想徹底解決問題隻能通過制度，而不是人治。可也清楚自己隻是曆史的搬運工，讓他做一個好工匠完全沒有問題，但是處理這種軍國大事還真不在行，且自己前世根本沒有這方面的經驗，要主持并進行這麽大的機構調整還真沒有底兒。
不過趙昺也明白若是不能解決這個問題，自己的地位終歸不穩。而當前行朝尚處于混亂和初建時期，各派勢力相對于較弱，并且要依附自己才能生存，因此也是調整機構的最佳時期，一旦錯失這個窗口期将更加困難。所以他決定即便此次革新存在不合理的地方，也要堅決的搞下去，将基本原則定下來再逐漸完善。再說了在中國人民的智慧面前，制度什麽時候都是有空兒可鑽的……
在趙昺改革後的樞密院的主要職責類似于現代的參謀部，其主要職責用一個詞表達就是——打仗。制定國家的最高軍事戰略；決定戰時人力和物力資源的分配使用；向皇帝和中書省提供軍事決策方案。作爲“最重要的軍事顧問“，樞密院有包括制定軍事戰略、指導國防預算、作戰及聯合演習計劃等，分享兵部的部分職權，并可以直接向皇帝陳述自己的主張。
從職權方面來講樞密院失去了軍政方面的權力，但是從行事權力方面來說，其主官由武人擔任，避免了士人的擎肘。且樞密使可以向皇帝直接表述自己的意見，而不必向從前那樣局限于文人們的臆想之下，制定些摻了水的作戰計劃，受制于宰相的權威之下。
提高武人的地位趙昺不僅是從嘴上說說而已，在組織結構上将樞密使的品級定爲從一品，要知道大宋朝最高軍事主官太尉才是二品官，這樣一來樞密使的地位雖然低于左、右相，但是也高于參知政事和一應尚書。爲了體現這種地位，樞密院副職都是二品，下屬的一級部門主官都是部級待遇從二品，與兵部尚書同級。别的不說起碼薪俸高了一截，殿上排班時都要靠前站。
趙昺計劃在樞密院設置司令部、軍事情報部、軍需部及佥事判官廳、職方司、參議司和督撫司。
司令部與兵部軍種部相對應，下設步、騎、水、炮四個指揮部，分别負責制定各個軍種的作戰計劃，戰鬥指揮、整補、核定等事宜；軍事情報部便是原來的主管機宜文字和兵部的諜報司，職能未變，換了個現代感的名字；軍需部則是負責制定甲仗器械的使用配置計劃，新式武器的研和推廣、研究戰法和戰術應用。另外還在戰時指揮辎重軍的工程部隊，指導築城和修建工事。
佥事判官廳是常設機構，負責樞密院的日常工作，相當于現代的綜合辦公室；職方司是從兵部端過來的，仍然負責地圖的繪制和地形勘測；參議司就是個儲才之地，相當于現代的軍事委員會，他們的作用主要是平日協助樞密使制定戰略、戰策，對作戰計劃提供意見，戰時可從中挑選領兵的将帥；督撫司此時隻是空設，是爲了指揮管理各戰區預備的。
至于戰區的重新調整劃設，趙昺現在還沒有想過，當下隻有瓊州這點地盤，也沒有必要劃分。而将來面對的卻是整個淪陷區，不僅地理區域廣大，且形勢複雜。即使是抛開地域概念，按照未來戰争可能生的方向來劃分，而面對的戰争存在着大寬度、大縱深的特點，一次大規模局部戰争爆可能要動員全國半數地區的軍事相關機構，所以還需細細謀劃……
軍事機關的大腦有了，那接下來身體，這就牽扯到了軍隊的編制問題。趙昺來到這個世界後，起初對宋朝的官制頭疼的很，許多官名與現代不同便罷了，且職能也有的是以原意牛馬不相及，讓他費了好大的勁兒才搞明白怎麽回事。而軍隊方面雖然簡明了一些，可也颠覆了過去很多固有的觀念，讓他難以适從。
在現代軍、師、旅、團、營、連、排、班的編制序列早已在腦子中根深蒂固，成爲慣性，不用想就知道編制的大小。來到這個世界卻亂了套，其實這些叫法古已有之，但是與現代，甚至當下也完全不是一個概念，而對應的軍職也是千變萬化，不下點功夫也弄不明白怎麽回事。
中國自夏朝初期産生軍隊編制，由于社會政治制度的變革、生産力水平的提高和長期連綿不斷的戰争所影響，使得軍隊制極爲豐富。現代軍隊編制一般都是統一的，在平時和戰時的編制基本相同，要調動的話也是成建制的調動。但中國古代軍隊往往有兩種編制，一種是平時組織訓練的編制，另一種是戰鬥部隊的編制。當要組建參戰部隊時需要打破原編制，将士兵重新組織到新的戰鬥編制中去。
中國古代軍隊的基本編制單位就是一五一十的“什伍”之制。另外古代展開軍隊作戰時往往會排列成左、右兩路或左、中、右三路的陣勢，由此影響到軍隊要采用二進位或三進位，或其倍數的編制。
商代已經有了“什”的士兵編制，十個什由百夫長指揮；十什編爲大行，由千夫長指揮；作戰時習慣按照左、中、右各一個大行來排列陣勢，投入戰鬥的三個大行就稱之爲“師”，是商代最基本戰略單位。周代仍然以“師”爲基本單位，進入春秋戰國時期就比較亂套了，各國各自不同，但仍采用什伍制爲基數。
漢朝步兵每五人編爲伍，由伍長指揮；五個伍編爲“兩”，由兩司馬指揮；四個兩編爲卒，由卒長指揮；五個卒編爲旅，由旅帥指揮；五個旅編爲師，由師帥指揮；五個師編爲軍，由軍将指揮。隋唐繼承了府兵制度，各地遍設折沖府，爲組織、訓練的編制單位，管轄兵員八百至千人，設折沖都尉，副手爲兩位果毅都尉；府下轄數個團，每團兵員二百人，設校尉爲主官；團下轄二旅，每旅兵員百人，設旅帥爲主官；旅下轄二隊，每隊兵員五十人，設隊正爲主官；隊下轄五火，每火兵員十人，設火長。
到後周時組建基本戰鬥部隊編制：百人爲一個都，都有都頭；五都組編爲一個營，營有指揮；五營即組編爲一個軍，軍有都指揮使或都虞候，或直接稱軍主；十個軍編爲一廂，廂有都指揮使，或直接稱廂主；左、右兩廂編成一個戰略方向的總兵力，一般大約爲五萬人上下，由皇帝派出的節度使統帥。
後周的制度被宋朝全盤沿用，宋軍五百人爲标準的營，一般直接稱“指揮”，作爲爲基本單位，統計兵力都計算有多少指揮，調動組編也以指揮爲單位，一般并不拆散。營下的爲百人的都，有都頭；都以下的編制是什伍之制，有軍頭、十将等士官的名目。蕃兵其編制因族而異，或按部族、性、族，或按族、标、隊，至神宗時才統一采用指揮、都的編制。所以宋軍的編制分爲軍、指揮、都三級。
後來又有變動，有了‘将’的編制，可還分大、小，兵員數目在八千到一萬。南渡後更亂，編制也跟李雲龍的獨立團似的連都有大有小。如韓世忠爲前護軍，以楚州爲中心組織防禦，下轄十一個統制、十三個統領，有六十三将編制，約八萬兵馬；劉光世爲左護軍，下轄十軍，防禦淮北方向，約有五萬多兵馬；張俊爲中護軍，有十一個軍、九十九将編制，以建康爲中心展開，兵力約爲八萬人；嶽飛爲後護軍以鄂州爲中心組織防禦，轄十二個軍。
到現在趙昺都十分慶幸，當初自己組建帥府軍的時候隻有幾千人，自己充其量隻相當于現代的一個乙種師的師長，好歹還能擺弄清楚，若是真一下子給他幾萬人，别看他是個理科生也弄不明白了。以後也是采用的笨辦法，反正我預設的編制就這麽多，兵多了也養不起，夠五百人就編成一個營，然後再逐步在原有的五個營的基礎上擴大編制，從統領，編成統制，再編成都統制，就這麽糊弄到瓊州。
而到了崖州之後，趙昺很是懵了一段時間，由于行朝的各部來援龐雜，又收攏了各路敗軍，禁軍、廂軍、義勇讓他傻傻弄不清楚。頂着殿前禁軍番号的禁軍實際在幾萬人，少的時候隻有兩萬人；淮軍鼎盛時期幾十萬兵将，但張世傑手裏也就數千人而已；還有幾十人就号稱一個指揮的，也有數千義勇編成一個指揮的。
反正就是一筆糊塗賬，說到哪支軍隊，趙昺都得好好想想，他們有多少人，有多少統制、統領。待遷瓊後，他立即就對各部按照自己的笨辦法進行了改編，人多的裁撤，人少的補充。但是這個編制結構仍不合理，營以下還好說，夥、隊、都編制齊全。
然後一下子就跳到了‘将’一級，由一個統領管理，中間層間隔太大，這在管理上十分不便，戰時也暴露出不小的缺陷。在這次瓊州保衛戰中，其實是最高軍事長官張世傑在指揮，而作爲都統制的趙孟錦不得不下放到某一個方面去直接指揮，統領更是直接指揮到營，甚至越級到都，關鍵時刻還要脫離指揮位置到前沿，使指揮體系極度混亂。當然造成這種亂象，趙昺也功不可沒，他一個皇帝都直接對敵，底下的人敢不奮勇啊！
水軍在指揮體系上雖然沒有步軍這樣混亂，但是編制上也并不完美。當然這也與趙昺脫離不了幹系，一個是因爲他對古時水戰的形式還缺乏直觀的了解；二是對戰船人員構成也處于茫然不知的狀态，隻是憑着自己的直覺和劉洙等水軍将領的建議分配水手；三是作爲水軍最高指揮官此前也隻是一個寨頭，管理着大小十幾艘戰船，同樣缺乏大編隊作戰的經驗。
這就導緻三個水寨的設置都是眉毛、胡子一把抓，大小戰船都是按功能配置，卻沒有按照不同的戰鬥任務實行管理。往往每逢大戰都是全軍無論大小船隻傾巢而出，導緻戰鬥打響後有的人在看熱鬧，有的人卻是忙得腳不沾地，造成兵力的浪費不說，也造成資源的浪費……