趙昺先從當前的形勢說起，瓊州面對的敵人一次比一次強大，一次比一次衆多，若想複國沒有一支精兵是做不到的。而宋軍當下能擋住敵軍依靠的還是強有力的火器，這是有目共睹的。可現在各軍還是以刀槍、弓弩等冷兵器爲主。所以軍改就是通過裁、減、并等方法，将老舊裝備盡快淘換下去。
與此同時要借換裝對各軍進行整訓，建立起相事宜的指揮和編制。水軍在幾次戰役中的作用自不必說，但也并非沒有改進之處，由于火器在戰船上大規模的應用，使得戰鬥形式生了衆多變化，由過去對面交鋒的接舷戰變成了遠距離的攻擊，那麽戰船上配備諸多的戰兵便成了可有可無的‘魚腩’，可水營中繳獲的諸多戰船卻隻能閑置。
步軍同樣存在這種問題，在灘頭争奪戰中步軍裝備的弩炮和火箭射架數量較少，導緻火力不足，暴露出難以壓制敵軍密集沖鋒的弱點。若非步軍占據了地利，限制了敵軍的調度和兵力的集結，勝負尚未可知。而加強步軍火器的配置，加大炮兵的編制，也成了當務之急，否則在以後的6上争奪戰中必會處于不利的處境。
宋軍在三百年的對外戰争中由于失去了燕雲十六州，以緻無法獲得優良的戰馬，隻能以步軍爲主力，從而陷入‘打勝了追不上，戰敗了逃不掉’的窘境，逐漸由戰略進攻轉爲戰略防守，可他們面臨的卻是以騎軍爲主的蒙古人，在戰争中喪失了機動性是難以取勝，複國隻說也将終成泡影。
因而趙昺認爲建軍的重點不僅是擴大規模，而是加強整訓換裝的同時也建立起事宜的編組，要求以編強作戰部隊爲重點，将相當數量的非戰鬥人員移出軍隊編制序列。從而把空餘出來的編制兵額與省下來的軍費，用于編強作戰部隊，配置新型武器裝備，推動部隊編成向充實、合成、多能、靈活方向展。
尤其是要重新劃分軍中，細化兵種，改善軍種比例，并建立起合理的戰鬥人員與非戰鬥人員比例，增強行朝軍隊戰鬥力。這就意味着軍中的武器裝備中仍然存在着不少老舊裝備，亟須淘換，從而要求逐步壓縮老舊裝備的數量，減少常規冷兵器的生産，而加大火器的生産量，對官兵重新進行整訓，爲換裝新式武器做好準備……
趙昺的一番說辭，讓應節嚴等人是連連點頭，他們也沒想到此戰暴露出了如此諸多的問題，而小皇帝所言又非妄言，若想提高各軍現有的戰鬥力也隻有此途可行。而他也是個有眼色的，剛剛所言嚴格的說隻是從底層設計說起，見他們并無異議，便轉向組織架構的設計。
宋朝自建國後爲防止重現藩鎮割據的局面，采用強幹弱枝的軍事部署，大部分禁軍集中于都城附近，地方各州府隻有廂軍維持治安，邊防采用禁軍輪戊制，每逢大的戰事則從禁軍中抽調臨時派将統軍作戰，也就形成所謂的‘兵不識将，将不知兵’。
但是這種制度在北宋末就已經崩潰，爲了應對新形勢，趙構不得不放權領兵大将，從而再次形成大将統管一地軍政的局面。趙構在形勢緩和之後便欲收回兵權，重建禁軍體系，先後削奪了韓世忠、嶽飛、張俊等人的兵權，據說嶽飛之死也與此不無關系。
不過金軍頻繁南下，使得趙構的恢複舊制的設想并沒有完全成功，不得不在前沿設置數個軍鎮據守，并以文官領兵，并将這種體制延續到宋末，終于在呂氏集團降敵後再次崩潰，導緻整個荊湖防線失守，進而丢掉了整個江南亡了國。到了趙昺這裏，可以說大宋新舊軍制皆已失效，雖然恢複了殿前禁軍和侍衛親軍的番号，可也是面目全非亟待重建。
選擇何種方式比較合适，當下朝中也有争論，不過在這彈丸之地上根本沒有前線和後方之分，哪種方式都是妄談。不過那也不能說問題不存在，一旦起複國之役，不會選擇一個作戰方向，尤其是在收複部分地盤後也要分兵駐守，從而就有可能形成新的軍閥割據現象，但這也是當下最合理和有效的作戰方式。
不過這麽做同樣會引起朝廷内部的争執，文天祥在行朝初立之時曾前往劍南開府獨當一面，當他打出一片天地的時候，其實就已經埋下日後數次被拒回朝的禍根。其在劍南積蓄了力量，搞得聲勢浩大，樹立了威望，朝中的人就開始猜忌文天祥另有圖謀，擔心其歸朝後篡權把持朝政，最後終于把他推上了絕路。所以趙昺覺着以這種方式重建軍制反對的聲音會很大，且後期收拾起來也十分麻煩，說不得也會重現斬殺功臣的一幕。
基于現實和作戰的需要，趙昺覺得幹脆将團團夥夥全部打散，什麽殿前禁軍、侍衛親軍整個指揮系統全部撤銷，将全軍編成相當于現在的軍或師爲基礎的獨立單位。平時各自管理，各兵種進行訓練，同時加強協同訓練，并由樞密院組織各軍聯合演練。戰時則根據任務的需要抽調各軍、師編成集團軍或是兵團，由朝廷選派将領指揮作戰，與現代的模塊化編組相似。如果成功，則以後組建戰區也就順理成章。
一個部隊總要有它的行政管理系統，可是這個系統如果又要管行政，又要管作戰，恐怕是忙不過來的。過去帥府即是行政管理的中樞，也是府軍的最高指揮機構，從而形成了以軍隊爲主體，其它機構輔助的結構，此後也不免将這種軍隊辦社會的作風帶進了各軍之中。其實朝廷所屬各軍也好不到哪裏去，都需要自己招兵買馬，募集糧饷，承擔起朝廷應該做的事情。
如此便形成了軍隊‘大而全’的局面，一個軍事主官要承擔着從吃、住、行到訓練、管理和作戰等各類工作。趙昺當初手下隻有一幫殘兵敗将，老弱病殘，力量一旦分散便無法生存，所以必須集中力量、統一調度，那也是無奈之舉。但行朝遷瓊後，最大的改變就是管理部門健全，職能部門得到充實，具體事務都有人管了。現在完全具備将軍隊的日常管理等職能剝離出去的條件。
如此今後就可以進行職能分工，突出指揮機構的作戰功能；各軍也能從從隻注重本單位和本部門局部利益向着增強全局觀念，全軍和戰場“一盤棋”轉變；改變業已形成的軍隊各單位部門相對封閉式的軍隊建設管理，轉向開放式的分工協作和各司其責；同時把過去的軍隊單打一、辦社會，向着軍民融合的社會化保障轉變。軍隊就不必像辦社會一樣，什麽都辦，還有一些軍隊的設施機構、非戰鬥人員的部分可以精簡，提高效率和戰鬥力……
趙昺接着便由将軍隊中的非職能部門剝離，轉由兵部及其它相關部門管理說到了軍政、軍令分開。他自然清楚對上層的指揮系統進行改造，如果條件不具備時，或缺乏一定的法規制度基礎、政治基礎和軍隊管理水平達不到的情況下，盲目地走軍政軍令分開道路，會導緻部隊建設的混亂、管理的混亂和指揮的混亂，反而不利于軍隊的管理和作戰。
但當下宋朝文人主政的制度恰與現代的國家體制暗合，如此趙昺就有機會實施貼近近現代軍隊的軍事改革，可是采取何種形式他還是頗費了番心思。而說到這個問題他還想到一個美國人，這個人可以說對塑造美軍的體系，提高其作戰效率做出了很大的貢獻，可少爲人知的此人并非純牌軍人出身，确切的說是個商人。
此人就是原通用汽車公司老闆麥克納馬拉，他擔任美國國防部長之後，把美國企業的先進管理模式和成本核算方式帶進了美軍，使軍隊面貌爲之大變，節約了大量經費，同時也大大提高了效率。雖然美國人對此也有诟病，有人認爲，被麥克納馬拉改造之後，美軍更像商業公司，不像軍隊，但是它确實大大推動了美軍的科學管理。
在麥克納馬拉的眼中，其實軍隊和地方，除了産品不同，本質很相似，都是投入産出的問題，都要考慮投入産出比，最後都要講成本和效益，在這一點上軍隊和企業是沒有什麽本質區别的。而其管理軍隊的思想和趙昺不謀而合，當然他是爲形勢所迫被動的采用管理企業的方式來統籌管理整個帥府，但時機所限他搞得并不徹底，現在卻可以拿來借鑒。
趙昺知道自己進行軍改無論采用何種方式先是要保障核心指揮體制的高效，建立起科學高效的領導管理體制，在機構設置上體現軍政、軍令分開。一是将是部分軍隊的行政事務交由政府去承擔，揮朝廷和兵部的作用，由它們來負責組織實施；一是軍隊自身管理體制改革的事情，把部分軍事指揮機構承擔行政管理職能，交由另一專門機構負責。
根據戰區主戰、軍種主建的方針，一方面是各軍種和其他機構所掌握的作戰指揮權向作戰指揮機構轉移，另一方面是作戰指揮機構所掌管的軍事行政職能向軍種和其他機構轉移。以後作戰指揮機構專司作戰指揮、以及大型聯合軍事演習的組織實施，所屬各軍種部隊的軍事訓練、政治工作等則由各軍種領導機構負責，由軍政和軍令各司其職完成對軍隊的管理和指揮。。
轉移完成後使軍政系統負責軍事演練、武器研制等“務實”部分，軍令系統負責戰術想定等“務虛”工作。從而達到将軍事訓練、鄉兵的管理、後勤技術保障、兵役、戰争動員和戰場建設從軍隊分離出去，連部隊軍官晉升福利之類的行政事務都不管，全部交由軍政系統負責。使士兵訓練完了回到部隊，該晉升的晉升，該有福利的有福利。
進入戰時，兩者“虛”、“實”對調，由軍令系統的将領統一指揮、動員全部力量，各軍種全力配合。這種做法可以達到集中統一指揮，同時軍區上層的規模可以比較小，将資源集中于作戰部隊，使軍隊可以心無旁骛的專心作戰，不受其它部門、事務的牽掣……
應節嚴等三人聽小皇帝侃侃而談将其重塑大宋兵制的方案道了出來，連續兩個時辰除了喝了幾口茶潤潤嗓子外，連個磕喯都沒打，顯然是經過深思熟慮早有腹案的。而其所想如從前一樣十分缜密，環環相扣，并無大的漏洞，且具有很強的可操作性，因而斷定陛下是早有預謀，而非一時的心血來潮。
陛下既然今日将所想和盤托出，那麽三個人也知小皇帝将他們當做心腹，這是在對他們施以暗示，以謀求對自己的支持。但陛下越是如此，他們自知越要謹慎，軍制乃是國之大事，一國的根本，盲目的應承下來對陛下、對大宋都是極爲不負責任的，所以仍需考慮以便查遺補缺，免生後患。因而他們隻是有保留的表示同意，卻沒有明确态度。
雖然三人沒有旗幟鮮明的表明态度，卻也沒有明确反對。趙昺對此倒不以爲杵，若是馬上表示同意他倒要小心了，。不過即便如此，他還是表示在年後會向太後就此事上奏，請求予以恩準，當然自己也很清楚這不過是走個程序，太後定會将提案回中書省商議。眼前的三個人沒有反對，又得到自己的暗示，就一定會在朝議中予以支持的……