就在帕傑羅等待軍事派和科學家派相互和解，然後攜起手爲帕傑羅科學發展做出貢獻的時候，兩派之間的仇怨卻越來越激烈。兩派不但在媒體上相互指責對方，相關的行動也開始展開。經過五十多年的發展，兩者更是到了不死不休的地步。每一次召開會議的時候，雙方就會開始無休止的争吵。
以至于那些秉持中立立場的帕傑羅人不得不選邊站隊，因爲一旦他們不做出明确的選擇，就會在這場戰争中被當做異類對待。
沒錯，當帕傑羅人終于從咕嘟獸的陰影下掙脫出來後，又陷入了内部的分裂。原來隻是兩派人對于帕傑羅文明發展途徑的争論，正式開始撕裂帕傑羅文明。
由于帕傑羅軍事派掌控了大部分軍隊，他們自然擁有了天然的優勢，逐漸占據上風，畢竟再利索的嘴皮子也不可能比一顆子彈厲害。
軍事派掌控着的軍隊開始封鎖科學派的實驗室，并且向外界宣告那些科學家們正在制作可以屠殺所有帕傑羅人的武器。這是一個相當荒謬的借口，因爲帕傑羅人當時正處于一級文明的頂端，能制作出來的威力最大的武器也隻不過是核武器，壓根無法對全帕傑羅人造成傷害。所以大部分帕傑羅人壓根不相信。不過帕傑羅軍事派并不指望他們相信，他們隻需要一個借口，一個可以大肆屠戮科學家們的借口。
沒錯，帕傑羅軍事派已經對于讓科學家們臣服失去了耐心，他們決定從肉體上把這些頑固的科學家們消滅掉。
于是，軍事派開始籌劃計劃，不過他們也知道這次行動會引起巨大轟動，可能會讓大部分帕傑羅人反感，于是在任務執行的時候，必須靜悄悄的，更加關鍵的是，必須選擇一個帕傑羅大科學家都聚在一起的場所。因爲隻有那樣才能一舉把那些頑固的科學家們殲滅。
和咕嘟獸的戰争中，軍事派的領導人變得異常有耐心，他們等待了足足五年，終于等到了帕傑羅大科學家們聚集在一起機會，然後立刻迫不及待的發動攻擊。
所有的耐心總會有所回報，待帕傑羅軍事派把那個用作實驗室的地堡團團圍住的時候，大部分科學家都在地窖裏。面對全副武裝的士兵，科學派的科學家們開始拿起武器全力反抗，當然，戰争的結果以帕傑羅科學家們的失敗而告終，他們留下的隻是一具又一具屍體，然後軍事派的人又用燃料把地窖全部都清洗了一遍，直到地窖内看不出任何戰鬥的痕迹，所有的士兵才算是撤出地窖。
然後軍事派的首領對外發布消息，聲稱帕傑羅科學派的大科學家們在一次實驗中，一不小心，意外事故導緻了實驗失敗，而實驗失敗的結果就是發生了一場大爆炸，所有參與實驗的大科學家們都在爆炸中死亡了。
這是一個蹩腳到極點的借口，因爲所有的帕傑羅人都知道一件事情，那就是帕傑羅科學院的大科學家們一向很謹慎，他們從來不會讓自己置于危險的境地。在咕嘟獸同志帕傑羅星時期，那些科學家們在簡易的實驗室裏就可以制作出高能炸彈。從來沒有發生過任何意外事故，從來沒有。
但是，就在這個地堡中，這個擁有無數精密設備的地堡中，參與實驗的人還都是帕傑羅最優秀的大科學家，他們絕對不可能會出現任何失誤。
不過至于那些帕傑羅人是否會相信這種荒謬的說法已經不重要了，因爲帕傑羅軍事派隻是需要一個借口。一個可以讓帕傑羅人都能夠接受的理由。結果已經發生，那麽全體帕傑羅人隻能默默接受。
事實上也是如此，普通的帕傑羅人對于兩派之間的争鬥早已厭煩，現在他們隻希望給過平靜的生活，無論是哪個派系獲勝和他們的關系都不大，至少他們自己是這麽認爲的，隻要他們每天有足夠的食物，足夠的淡水，每天可以正常的工作，可以養活老婆孩子，所有的一切都無所謂。
所以，帕傑羅軍事派屠戮帕傑羅科學派并沒有在帕傑羅文明中引起任何轟動，但是那些沒有參加這次實驗的科學家們确實寒透了心，他們這個時候明白過來，帕傑羅軍事派在消滅了那些科學家們後，下一步就要對他們下手。但是此刻他們看不到任何出路，因爲經過長期的策劃，帕傑羅軍事派已經在帕傑羅文明中占據統治地位，他們掌控了百分之八十的帕傑羅軍事力量，而現在科學派的首領已經死亡，從此之後再沒有人可以和他們相競争。于是那些失望的科學家們，隻能選擇了一種極端的行爲，那就是逃走。當然，他們并不是逃到其他的地方，因爲現在帕傑羅軍事派已經完全掌控了整個帕傑羅，他們那樣做也許能夠躲過一時，卻很快就會把發現并抓起來。
那些科學家們知道隻有逃到太空中，尋找到一顆新的星球才能幸存下來。而且這個時候，帕傑羅科學家們已經研究出了一種使用高能燃料推送的太空飛船，正準備嘗試帕傑羅文明的第一次太空探索之旅。于是這艘本來用來做科學探索的飛船，經過緊急改造變成了一艘載人飛船。
雖然從理論上講，飛船完全可以承載兩萬名科學家飛向太空，但是所有即将登陸飛船的科學家都明白一件事情，那就是這次的太空之旅成功的幾率微乎及微，原因有很多方面，其中主要有兩個，一個是雖然從理論上講，這艘名爲初始的飛船确實可以在高能燃料燃燒時産生的巨大氣流的推動下，脫離帕傑羅星引力的作用，飛到太空中，但是從來沒有人做過這樣的實驗，而飛船又是一種極其複雜的機械，它的内部又數百萬零件組成。這麽多零件在運行的過程中，必然會出現各種各樣的錯誤。在陸地上一旦出現錯誤，隻要找到原因，很快就可以修複了，并不會産生任何不良的影響。但是在太空中，出現錯誤，那麽等待這兩萬人的就是死亡。
另一個是，即使初号飛船成功飛到太空中，也很難發現适宜居住的星球，因爲帕傑羅科學家經過數千年的研究，發現在一千光年内，并沒有适合帕傑羅人生存的星球存在。根據帕傑羅科學家的研究發現，一顆星球如果想成爲宜居星球，必須要擁有足夠的水源和可以産生營養物質的有機化合物，當然富含氧氣的空氣也是必不可少的。而這時，帕傑羅科學家們并沒有在短期改造星球的能力，他們隻能把希望寄托于奇迹。
于是，震驚帕傑羅文明的大事件就在這種背景下發生了，兩萬名科學家乘坐着初始号飛上了太空，從此再也沒有出現過，留給帕傑羅文明的隻有一束橙色尾焰。
兩萬名科學家的出逃震驚了整個帕傑羅文明，他們都是科學界的精英，一下子從帕傑羅文明中消失，這樣巨大的人才空缺，必然會導緻帕傑羅文明的退步。大量的科學研究停滞下來，各種高端機械沒有技術人才操縱，更加嚴重的是，那個時候帕傑羅文明的農業大部分采用了轉基因育種的方法，由于缺少科學家們培育種子，當年，帕傑羅的農夫們甚至沒有足夠的種子灑進田地裏，沒有了種子也就沒有了食物，于是大饑荒發生了，短短兩年，足有兩億帕傑羅人缺少足夠的食物而死亡。
在這種情況下，帕傑羅人也明白過來，帕傑羅軍事派對帕傑羅科學派的打壓并不是和他們毫無關系，于是一場規模浩大的反抗行動爆發了。軍事派的簇擁着和科學派的簇擁着在此後長達五百年的時間裏，互相攻擊，整個文明正式被撕裂。
雖然帕傑羅軍事派掌控了帕傑羅文明的大部分武器和戰機，可以橫掃任何一個反抗勢力，但是操縱那些武器的也是帕傑羅人，而帕傑羅人需要食物。于是随着時間的發展，越來越多的帕傑羅人意識到帕傑羅軍事派打壓帕傑羅科學派是一個錯誤的決定，越來越多的人認爲應該由帕傑羅科學派統治帕傑羅文明。就這樣随着時間的推移，那些殘存下來的科學家逐漸掌控了全局，當他們把那些投誠的帕傑羅軍事人員納入麾下的時候，帕傑羅科學家們知道反攻的時刻到了，他們經過上次的教訓，早已放棄了和軍事派妥協的想法，于是一場更加殘忍的攻擊開始了。
一隊隊帕傑羅軍人被派出去執行任務，他們的命令隻有一個，就是把軍事派首領的腦袋帶回來。沒錯，科學家總是理性的，他們不認爲活着的軍事派首領有任何價值，反而會産生不必要的麻煩。科學家們可以在簇擁者的保護下幸存下來，并且發動絕世大反攻，那麽軍事派的首領也可以這樣做，所以最好的做法就是斬草除根。
于是，一場大屠殺産生了，屠殺的對象除了帕傑羅軍事派的首領，還有那些軍事派的附庸，并且随着時間的推移，屠殺的規模越來越大，很多和帕傑羅軍事派有稍許關聯的人也上了屠殺名單。
一時間，整個帕傑羅星都淹沒在鮮血中，連空氣中都彌漫着血腥的味道。
終于，當最後一個與帕傑羅軍事派有關系的帕傑羅人的腦袋墜入河水中後，這場大屠殺才算落下帷幕，從此之後帕傑羅科學院正式掌控整個帕傑羅文明。
科學院進行了内部選舉，十位在戰争中有卓越貢獻的科學家被選舉爲元老科學家，他們被賦予大科學家的名号。
當然，帕傑羅科學院的大科學家們也沒有忘記那兩萬名逃走的科學家，對于大科學家們來說，那兩萬人是他們的同類。而對于同類，帕傑羅科學家們總是照料得很好。
于是，帕傑羅科學院的大科學家們開始展開一個名爲尋找者的項目，他們根據初始号在發射時，留下的些許資料，開始尋找初始号的蹤迹。但是由于已經過了近百年，大部分痕迹已經消失，所以帕傑羅科學院并沒有得到任何有效的信息。還是等到帕傑羅文明發展到三級文明的頂峰，才從宇宙背景回饋中發現了端倪，起始号在宇宙中消失的位置，是一片空曠的星域。
帕傑羅科學院經過仔細計算，得出了一個不可思議的結果，那就是起始号前一秒還噴發着橙色的火焰在宇宙中恬靜的航行，下一秒就突然消失在這個宇宙中，就像是被一隻無形的大手用橡皮擦掉了一樣。這完全違背了帕傑羅科學院對科學的認知，因爲在大科學家們看來，這個宇宙是有規則的，任何事物，任何事件都會遵循規則。如果一件事情莫名其妙的發生，那麽它的背後必然有着不爲人知的規則。
于是，帕傑羅科學院派遣出上千艘勘察飛船對那片星域進行了全方位勘探，他們動用了所有能想象到的儀器，甚至還派出了兩百名科學預測家。
科學預測家是當時帕傑羅文明中一種獨特的職業，它的名字中雖然帶着科學兩個字，實際上做的事情卻和科學沒有任何關系。在當時的帕傑羅文明中，人們認爲科學是一種神秘的事情，是一種宇宙的語言，那麽是不是有一種人，可以偶然通過冥想的方式聽到這種語言呢。
在這種猜測下，一些帕傑羅人聲稱他們可以預測即将發生的事情，當然，爲了避免被帕傑羅科學院懲處，他們會聲稱自己是根據科學作出了預測。當然，對于科學預測家的話，帕傑羅科學院的大科學家們是一點都不相信，不過考慮到那些所謂的科學家隻不過糊弄一下普通帕傑羅人，并不會産生任何嚴重的後果，大科學家們也就睜一隻眼閉一隻眼了。
當起始号飛船神秘從宇宙中消失的事情傳了出去後，一些帕傑羅人開始建議使用科學預測家來解釋這種事情。
(本章完)