李鴻章感激涕零，今年不過是四十五歲的年紀，就已經擔任了總督一職，總督的級别還在尚書之上，乃是從一品的大臣，若是将來入京，也隻能是入直軍機才能匹配的上，離京朝見的時候，太後密旨讓李鴻章準備籌辦南洋水師事宜，李鴻章應諾。
同治八年三月，直隸總督官文入京任武英殿大學士，兼任滿工部尚書，工部漢尚書太後原本屬意胡林翼，胡林翼堅辭不就，恭親王也一力反對，所以暫時空缺，之後，由左都禦史譚亭襄接任，同樣也加了大學士的銜,左都禦史由右都禦史董元醇繼任。
四月，安徽巡撫江忠源調入京中擔任兵部尚書。
五月，命文華殿大學士胡林翼入直軍機，“參贊政務”。張之洞出任漢陽知府，籌辦漢陽鐵廠。
九月，曾國荃署理四川總督，李鴻章之兄李翰章出任貴州巡撫。劉坤一任兩廣總督。金州将軍金寶觐見，太後嘉許，升任甘肅巡撫，參贊西北軍務。
太後恭親王多用漢人，且泰半湘人，八旗上下怨言頗多，太後聽聞笑道：“這還不簡單？”命軍機處下旨，于河南山東兩省新設“中原總督”，由禦前大臣，統領侍衛大臣、滿洲鑲黃旗都統左丹梅出任，又增設理教院，統領天下宗教，管僧尼道會等人。增設教育部，統管教育、學校、學生之事；恰逢京師講武堂建成，又命旗人少年，“不進科舉，或是不入講武堂者，不得授六品以上之官位。”官文随即也入直軍機，隻是官文頗爲驕傲，素來是目下無人，和恭親王也不算和睦，入了軍機也是添亂居多。如此以來，新設立了從一品大員一位，正二品大員兩位，從三品以下無數，安置了不少人。同治八年之後，吏改官制度推廣至兩江、浙閩、兩廣、天津七省。
西疆之事，白蓮教等教入新疆傳教，改變新疆伊斯蘭教一家獨大的局面，諸教争鳴，再加上科舉教育取人之功，将諸部和朝廷的聯系加緊了，阿古柏聲勢日益頹廢，終于同治八年十月，攻破喀什，宣告阿古柏之亂平定，阿古柏隻身逃往布魯特部，被浩罕國主擒住，親自獻到喀什的左宗棠大營，左宗棠大聲呵斥浩罕國主，命其押送阿古柏入京朝見，并上書朝廷，要求與俄羅斯議定西北邊境，吏部趁機在新疆設立布政使司二，府十二，縣九十六，不以收稅爲責，、隻以教化之功爲主。兵部設提督二、總兵四、将軍九。隻是英俄兩國不甘失敗，又在暗地裏策劃什麽。
外蒙古設庫倫、烏裏雅蘇台、烏梁海三宣慰使以及屬官，由中央派遣流官，并設置司法官，多用滿蒙漢八旗之官，不幹涉蒙古諸部内政，借着平定阿古柏之威，諸部不敢妄爲，理藩院制定《内外藩條例》，就内藩、外藩的權利義務進行了規定，内藩限制約束甚多，不如不得自建一國，隻可稱汗，不得稱國主等，可優惠條款也多，官道、交易等都是諸部需要的，于是，新疆青海蒙古諸部漸次安定，自此西北無礙，左宗棠得此邊防軍功，堪比平定洪楊之亂，禮部商定，封一等公，封号“肅勇”，遞等襲爵三代，這爵位已經在曾國藩之上了，堪稱漢人大臣第一。隻是新疆雖平，可到底還是不甚大治，仍命其擔任新疆總督一職在，隻命十二鎮大軍凱歌還朝。
西苑紫光閣。
如今已經是十一月的時候，初冬下了一場小雪，空氣之中幹燥又多了不少寒冷，西苑本來就多梅花，早梅幾株已經隐隐浮動暗香，一大早，禦膳房和尚膳監還有鴻胪寺的人就都忙乎開了，宮人侍衛蘇拉都一應忙乎開，鴻胪寺的一個四品官員事無巨細親自在紫光閣裏頭看了又看，把幾個寶座看了又看，又會同禦膳房總管太監，盯着餐具的擺放，又拿了片子出來仔細看看，對着總管太監說道：“今個賜宴，浩罕國主也在，這倒是不能馬虎，失了****的氣派威嚴，爲的是浩罕國主信奉****，一應豬肉的菜都不能上了。”
總管太監稱是，随即說道：“已經吩咐禦膳房了，今日用的都是新鍋子，但是聽說他們是不喝酒的，這賜宴，若是沒酒，怕是？”
“不上豬肉菜已經是仁至義盡了，”那個官員不在乎的擺擺手，“已經是很是照顧他，他若是不喝酒，不喝就是，放着就行。今個可是皇上親自來的，軍機大臣都要到，理藩院、理教院尚書也要來，差不多是半個朝會了，咱們自己有功之臣要多多照應好就是，這浩罕國主，嘿嘿，指不定還會怎麽樣呢。”
“難不成要廢浩罕嗎？”那個太監奇道。
“那倒不會，親自獻了阿古柏進京，多少不能動手，這禮數在着呢，隻是免不了要敲打一番了。”說到這裏，鴻胪寺卿惠征到了，幾個管事太監和内務府官員上前迎接，惠征雖然官位不顯，但是母後皇太後的父親，當今聖上的外祖父，乃是正牌子的國丈，他素來性子也溫和，所以衆人都願意尊敬他，惠征到了閣内，看了看布置，又問了幾下，點點頭，“時候差不多了，咱們出去等着吧。”
幾個人出了紫光閣，在外頭排成了兩排，過了半個時辰，新疆平叛諸将，如武雲迪、楊樹聲、榮祿等功臣已經到了，他們先進紫光閣，按照班次坐下，其餘人又排班等候，再過一盞茶的時候，絲竹之聲響起，浩罕國主駕到，又過了一會，才是皇帝的禦駕，皇帝坐着轎辇，穿着石青色的朝服，笑盈盈的看着衆人，新疆平定，又是臨近新年，雙喜臨門，皇帝自然是意氣風發，皇帝到了閣前下轎，見到惠征又說了幾句話，桂祥也穿着朝服伺候在禦前，一幹人進了紫光閣，衆人山呼萬歲，皇帝到了寶座前叫衆人平身，“今個得到了好消息，左宗棠已經和俄羅斯人議定好了西北邊界，如此以來，新疆可得安甯，國主，”同治皇帝看着浩罕國主，“你既然爲****藩屬，自然要守衛邊疆，盡藩屬之責，上敬****，下安百姓。”
浩罕國主又連忙站起來，右手撫胸行禮稱是，說了一簍子的恭維話，皇帝也隻是笑吟吟的聽了，擺擺手，請浩罕國主坐下，“開宴吧。”
酒過三巡，菜已經上的差不多了，皇帝也有些倦了，看着殿内之人有些拘謹，就站了起來，讓大家繼續，自己先返宮，衆人站起來準備恭送皇帝，皇帝走出寶座，走到武雲迪的跟前，笑道：“姨丈身子可好？聽說在土爾扈特部生了大病。”
“多謝皇上挂念，奴才的身子已經全好了。”武雲迪回答道。
“那就好，”皇帝笑眯眯的說道，桂祥跟在後頭，對着武雲迪說道，“姐夫已經一個人太久了，如今得勝回來，”桂祥看了看皇帝的臉色，“該是再娶妻成家了。”