趁着這段太平時光，崇祯皇帝抖擻起精神，又是重建山海關防線、又是組織赈濟春荒、又是更換朝廷庸懦官員，天天忙得不亦樂乎。
雖然崇祯皇帝因爲年紀尚輕、經驗尚淺，有些措施急功近利了一些，故而未必面面俱到。可皇帝表現出來的，畢竟是一副銳意進取的形象，比起前任的萬曆、天啓兩位皇帝，可謂是雲泥之别了。
看到崇祯皇帝忙得不亦樂乎，内閣首輔周延儒也總要勉勵幾句，行過大禮之後，便說道：“皇上勵精圖治，一掃數代之陰霾，這是好的，卻也要注意節勞啊！”
崇祯皇帝一面在奏章之上批閱文字，一面頭也不擡地說道：“朕知道愛卿也是一番好意，可朕現在年紀還輕，若不乘着年紀辦一點事情，等到了老了之後，又哪有精力呢？”
周延儒手裏還揣着一份重要的奏章，卻不知應當如何同皇帝提起，隻能又接着敷衍客氣兩句。
溫體仁入閣之後，便處心積慮要将周延儒從内閣首輔的寶座上拉下來，見這是一個讓他在皇帝面前出醜的好機會，便上前半步禀告道：“看到萬歲這般勞神，臣等實在是不願意來攪擾聖上。可臣等無能，周首輔手裏正有一件大事，臣等不能自專，隻能請皇上定奪。”
溫體仁這句話似乎是在說内閣三位大臣不中用，實際上卻是但指周延儒這個内閣首輔沒本事，結結實實給他上了一通眼藥。
周延儒不是笨人，卻也一時半刻說不出什麽應對之辭，隻能老老實實将姬慶文的奏章拿了出來，遞到崇祯皇帝面前，說道：“皇上，臣等深負聖望，南京城中竟發生了白蓮教作亂這種駭人聽聞的慘案。”
崇祯皇帝一聽到“南京”、“白蓮教”、“作亂”這幾個關鍵詞，頓覺事情不妙，立即搶過周延儒手中的奏章，不耐煩地閱讀起來。
崇祯皇帝越看臉色越是難看，不過片刻功夫便已繃不住情緒，大罵道：“好個熊明遇，居然這樣玩忽職守，弄出這種不體面的事情來，搞得中外震動，該殺、該殺！”
徐光啓同姬慶文關系密切，遇到這種事情，反而要從反方面說上幾句：“皇上，現在内閣收到的隻有姬慶文一個人的奏章，不能僅憑他的一面之詞，便判斷是非曲直。”
崇
祯皇帝卻道：“萬餘白蓮教匪在南京城中作亂是真的。官軍被殺了個一敗塗地也是真的。輸了之後不想到怎麽補救，反而尋人抵罪，這也是真的。是熊明遇這厮再怎麽樣掩飾也無法否認的。”
其實這也是周延儒、溫體仁、徐光啓三位内閣大臣的意見，隻是他們礙于身份，沒法當着另外兩人的面說出來而已。
于是首輔周延儒拱手道：“皇上，出了這等大事，除了亡羊補牢之外，責罰相應的官員也是慣例。隻是熊明遇，還有韓贊周、劉孔昭都是資曆深厚的大臣，怎樣處置，臣等不能自專。不過臣建議，可以先等一等、瞧一瞧，看看熊明遇的奏章上來，再作論處不遲。”
熊明遇乃是東林黨人，而首輔周延儒雖也同東林黨關系密切，卻不是同黨，在熊明遇已犯了聖怒的前提下，周延儒能替他說上這幾句好話，已是十分難得的了。
崇祯皇帝聽了這句話，思考了一下，說道：“熊明遇這厮，難道還有臉上什麽奏章麽？”
溫體仁已然揣摩出了崇祯皇帝的心意，再加上他素來被東林黨人排斥，便說道：“皇上，姬慶文大人的奏章之中寫得已是十分明确了，他既然已經做了嫁禍給楊展的準備，那他所上的奏章，也不過是避重就輕、推卸責任而已，其實并不值得信賴。”
崇祯皇帝聽溫體仁也支持自己的意見，便不再猶豫，說道：“看來熊明遇的奏章也不用再看了，像這等昏官，朕看留着也沒有什麽用，索性殺了算了。”
周延儒聽崇祯皇帝态度堅決，便也不敢再出言頂撞，隻能諾諾連聲表示同意。
倒是徐光啓老成了許多，又同時同姬慶文和東林黨友善，說話便也中立客觀了不少，說道：“聖上，白蓮教自古以來就屢次作亂，事情雖大卻并不足爲奇。可是白蓮教起事多在窮鄉僻壤之中，這次選在南京城内，倒也确實少見。因此這件事情頗爲詭異，恐怕另有隐情，老臣勸皇上暫且留下熊明遇一條性命，待事情查明真相之時，再另行處置不遲。”
徐光啓這話說得算是很厚道了，也确實被崇祯皇帝聽到了心裏。
于是崇祯帝又思索了一下，說道：“無論其中有何蹊跷，反正熊明遇的官位是保不住了。這樣，立即革除熊明遇一切本兼官職，立即鎖拿進京，聽候勘問。”
替皇帝拟旨是内閣的本分，聽了皇帝的意思，自然由周延儒執筆，寫好了诏書，又讓在一旁伺候的司禮監掌印太監蓋上
了玉玺，便派人送到錦衣衛指揮使駱養性那裏，讓他再派得力的錦衣衛，立即出發去南京抓人。
駱養性不敢怠慢，得了聖旨之後，便點起十個得力的錦衣衛，憑旨意去南京捉拿熊明遇這位兵部尚書。
熊明遇似乎早有準備，錦衣衛過來的時候并沒有表現出多少慌張的情緒，反而十分淡定地收拾起行李，又同家人屬下告别，這才跟着幾個錦衣衛啓程北上。
這幾個錦衣衛看在熊明遇品級不低、年紀又大的份上，倒也還算客氣，既沒有動刑、也沒有上枷，隻讓他自己走路也就是了。
沒料到熊明遇從南京出發，隻走到山東地界，便又接到了皇帝的旨意。
崇祯的新旨意十分簡單，立即賜死熊明遇。
原來是熊明遇寫的那道奏章被崇祯皇帝看到之後，非但沒有開脫半點責任，反而起到了反作用。
讓崇祯皇帝隻留下了一句：“胡言亂語，妄圖蒙蔽聖聽”的評語，便問了個“欺君之罪”。
熊明遇犯了欽定的欺君之罪，那就自然再也沒有多少可以保奏和挽救的餘地，隻由東林黨中幾個有頭臉的官員出面，給熊明遇留下最後一絲的尊嚴和體面，求皇帝隻用一條白绫便結果了熊明遇的性命。
處置了熊明遇之後，崇祯皇帝餘怒未消，又接連下了好幾道旨意。
首先發落的就是南京守備太監韓贊周、南京守備提督勳貴劉孔昭兩個軍事主官。原本按照崇祯皇帝的刻薄性格，這兩位仁兄也至少是要罷官免職的，然而看在他們兩個人一個是信王潛邸故人、一個是開國元勳之後的份上，崇祯皇帝隻罰了他們兩個各兩年的俸祿，并戴罪立功。
其次南京一切有司官員全部降級罰俸，留原職繼續處置白蓮教逆案，若再發生什麽不體面的事情，便要新賬老賬一起清算。
最倒黴的還是司禮監提督太監沈良佐，他原不過是路過南京城而已，卻隻因帶領這兩千京營官軍在身邊，而處置突發的白蓮教叛亂并不得利，也跟着被罰了一年的俸祿。
比沈良佐更加倒黴的，則是京師營的幾位負責練兵的軍官，這幾人被崇祯皇帝以京師營面對烏合之衆的白蓮教匪便敗下陣來，顯然是日常訓練不利爲由，全部罰俸一年、廷杖二十——不但賠了錢，就連白白嫩嫩的屁股都被打了個皮開肉綻。
隻有被熊明遇陷害的楊展，崇祯皇帝是隻字未提，就仿佛這個人壓根就不存在。