NERV本部，地底大空洞，金字塔型指揮總部内，有一間處于頂層的秘密會議室。這是NERV司令官專用的辦公室。
而此時一位戴着墨鏡，穿着黑色西裝的男性正坐在辦公桌面前，他就是NERV本部的最高司令官碇源渡。
“碇，那個突然出現的年輕人，你真的讓他坐在三号機上？”
在碇源渡的身邊，是一位頭發花白的中年人，隻見他有些疑惑的看着碇源渡說道，似乎對這位新來的适格者和EVA三号機頗爲懷疑。
“冬月，一切都還是按計劃執行，我們不需要驚動SEELE，而且按照我的情報顯示，三号機本身就有問題，所以才會送到我們這裏來。那些老頭子們是想試探我們的底細！就讓那個身份不明的适格者作爲犧牲品好了。”碇源渡将兩手交叉在身前，冷冷的笑着說道。
“一個無辜的犧牲者，不知道這樣的犧牲者還需要多少個，才能完成我們的計劃！”這位被稱爲冬月的中年人有些不忍的說道。
“冬月，很快，我們的計劃一定會成功。相信我！”
。。。
同一時間，在松代的三号機啓動實驗場地，大量的指揮車正部署在一座環形山外部，而即将啓動的三号機則被部署在環形山内部，這是爲了避免可能的危險性。
環形山周圍厚實的山體可以有效的遮蔽爆炸沖擊波，這樣即使發生了EVA暴走事件，也可以将自爆的危險限制在一個極爲狹小的範圍内。
在指揮車上，一位身穿紅色制服的黑發麗人正在緊緊的盯着屏幕上的數據，隻見她皺着眉頭看着駕駛艙中的那個黑發少年，似乎非常不放心的樣子。
“怎麽了，我們的葛城美裏少校有什麽擔憂嗎？”
一位身穿白大褂的中年女性打趣的說道。這位女性留着一頭黃色的中長發，看起來相當精明幹練。不過她似乎和這位黑色長發的麗人是好友，在她面前說起話來，相當放松。
“律子，你不覺得奇怪嗎，一名MAGI電腦毫無記錄的駕駛員，一名NERV第二支部唯一的幸存者，這一切看起來似乎也太巧合了。更奇怪的是，他并不是最佳的駕駛員候選者，但是碇司令卻同意讓這位少年進行啓動實驗，這可是S2機關搭載實驗，萬一再次發生暴走，那該怎麽辦？難道他們忘了NERV第二支部的前車之鑒嗎？”
“美裏，你應該明白，碇司令不會無緣無故的制定這位少年駕駛三号機的，相信他的判斷吧！”
“哼，你還是跟以前一樣，隻會相信那個男人，說的好像世界上其他人都不可信一樣！”美裏聽到律子的話，立刻不爽的反駁道。
對于自己好友的反駁，律子隻能笑一笑，不再言語。畢竟有很多事情，即使是自己的閨蜜也無從知曉，作爲知道碇源渡真正計劃的知情人之一，她隻能暗中幫助這個他仰慕的男人，并無條件的相信他。這是律子的悲哀，也是她的母親的悲哀。
有時候，律子都會不禁嘲笑自己，她和她的母親居然都鍾情于這個看似冷酷無情的中年大叔，這是一種詛咒嗎？
就在律子陷入沉思時，三号機啓動倒計時開始了。
“電源接駁正常！”
“三号機同步率處于正常狀态！”
“所有神經信号連接正常！”
“三号機S2機關搭載實驗開始啓動！”
“倒計時十秒，準備切斷外部電源，激活S2機關！”
“十九八七。。三二一！S2機關啓動！”
就在操作人員按下啓動按鈕後，一道巨大的光芒沖天而起！
恐怖的沖擊波橫掃了整個環形山，将布置在周圍的探測器全部摧毀。
方圓一公裏内所有物體都被這恐怖的沖擊波橫掃一空。
看到顯示屏上的藍色信号，美裏下意識的喊道：“藍色波紋，這不可能，三号機是使徒！”
轟！
可惜還沒等美裏反應過來，巨大的沖擊波就掠過了指揮車，而她也眼前一黑，失去了知覺！
而此時在NERV本部内，中央電腦MAGI發出了刺耳的警報聲。
“警報，偵測到藍色波紋，是使徒，有使徒侵入了第三新東京市範圍！”
“立刻調用周圍的攝像頭，顯示在主屏幕上！”
滴！
随着屏幕上一陣閃爍，三号機的形象就出現其上。
“哦！天哪！”
這些坐鎮NERV指揮部的操作人員看到使徒居然是三号機時，紛紛驚呆了！
在他們的印象中，使徒就是人類的敵人，而EVA是人類制造出來抵抗使徒的武器。兩者應該是水與火的關系，但是現在人類制造的EVA居然成爲了使徒，這使得所有工作人員深深的開始懷疑，EVA到底是什麽！
而另外一邊，監控人員通過三号機體内的顯示圖像，發現大量藍色的特殊物質正在快速侵入三号機内部，随着這些藍色物質侵入，三号機體内的信号監控裝置正在逐一失效，這表明三号機正在快速向使徒化發展。
這是NERV從未見過的侵蝕型使徒，對方居然附身在EVA三号機身上，并以極快的速度寄生并掌控了EVA三号機，将其變爲了使徒傀儡，徒留EVA的外殼罷了！
“偵測到駕駛艙處于深度污染區，監控裝置已經離線，無法監控到駕駛艙内部狀況！”
聽到下屬的報告，坐在指揮席上的碇源渡冷酷的說道：“對方已經不是EVA三号機了，現在将其定義爲使徒，準備發射零号機，初号機和二号機，将其殲滅！”
聽到碇源渡的命令，在場所有的人員心中都有一絲不太舒服。
人類制造的武器變成了人類的敵人，現在還要派出EVA來消滅EVA，他們到底在和什麽東西在作戰！
很快，做好戰鬥準備的三架EVA機體就嚴陣以待的出現在對方必需經過的豁口！
而等到三位坐在EVA的駕駛員看到對方使徒的樣子時，一位少年的驚呼聲傳了過來。
“父親，那是EVA，那不是使徒！”
“不，對方已經被使徒侵襲，現在MAGI中央電腦将其判定爲使徒，你們的任務就是消滅它！”碇源渡冷冷的回答道！
“可是，可是，上面還有一位駕駛員呢！他是人類啊！”這位名爲碇真嗣的少年依然不願意執行任務。
如果說爲了人類的生存，讓他去駕駛EVA消滅使徒，他可以說服自己的内心。但是要他親手殺死一個人類，還是和他年紀相仿的少年時，這位心理脆弱的駕駛員根本就下不去手。
“哼！窩囊廢，你就待在一旁吧！讓本小姐來解決對方，無論是使徒還是EVA，隻要是本小姐的敵人，統統消滅！”
“不要，明日香！對方機體上還有一位駕駛員！”聽到明日香的話，碇真嗣立刻想要阻止對方。
可惜性格天生懦弱的他如何能夠阻擋一位天生強勢的少女。
EVA和EVA之間的戰鬥一觸即發！om，。