後來等到亞雷斯塔·克勞利正式的和日本政府簽訂了協議後，學園都市破土動工，超能力試驗也變得公開起來，而這個地方也就漸漸的被人們遺忘。
直到後來，這裏成爲大量被遺棄的超能力者處置場所。
超能力開發有失敗的風險，而一旦失敗，結果将會是不可逆轉的。爲了掩飾這一切，所有超能力開發失敗的人都會以各種各樣的理由消失。然後他們的身體則會被保存在這個地下實驗室建築群内成爲研究樣本。
而借助這些已經成爲了植物人的超能力者進行廣泛的人體試驗，有一個部門在這裏開發出了能力體結晶，最後在陰差陽錯之下，制造出超越人類想象的思考結晶體-賢者之石。
但是在亞雷斯塔·克勞利的故意掩蓋下，這項技術被掩埋進了曆史的垃圾堆中，無人知曉。
而這個地下實驗室也處于半廢棄狀态。
不過最近一段時間，這裏迎接了一位新的客人。
他就是垣根帝督！這位曾經的學園都市排名第二的超能力者因爲遭受了無法恢複的重創，所以被送到了這個地下研究所内。
這些研究員将垣根帝督的身體放入培養槽内，使用營養液維持他的生命活動，然後利用電流刺激來激活他的超能力，讓垣根帝督成爲了未元物質的産生器。
一開始，這項計劃進行的非常順利，依靠這種間接操控，他們讓垣根帝督制造出了大量具有特殊性質的材料。
這些材料對于學園都市的科技開發具有重大的作用。
不過漸漸的，事情出現了變故。原本已經徹底昏迷喪失意識的垣根帝督居然蘇醒了過來，發現自己成爲了無法行動的癱瘓病人，而且自己的身體還在外面那些研究人員的控制下不停的制造着未元物質，垣根帝督憤怒了。他們這些研究員完全不把垣根帝督當人，而是将他成了一個制造機器。
憤怒，失望，各種情緒五味雜陳，垣根帝督的内心開始向黑暗的深淵滑去，他仇視那個将他打成重傷的女子，他更對學園都市的背叛痛恨不已。自己是爲了學園都市，爲了理事長亞雷斯塔·克勞利的命令而戰鬥的。結果卻莫名的成爲了一名棄子，甚至連最基本的人權都被剝奪了。現在的他隻是一個物品罷了。
憤怒的垣根帝督詛咒這這個世界，詛咒着學園都市。
在垣根帝督的惡毒的詛咒中，有一天，事情出現了轉機。一個莫名的聲音出現在他的耳邊，在他的心底喃喃低語。
就從那一天開始，垣根帝督掌握了将未元物質轉化爲自己身體一部分的方法，他使用這個方法重新修複了自己已經徹底粉碎的肋骨，恢複了自己的四肢，讓他重新站了起來。
破關而出的垣根帝督帶着仇恨血洗了整個地下研究室，并盜用了學園都市的機械甲蟲設計，使用未元物質大批量制造這種機械甲蟲來進行複仇！
那些附在機械甲蟲身上的滞空回線被成功的帶回到這個地下實驗室中，随後星野看到的就是一個恐怖的機械蟲巢。
經過了這些未元物質的改造，這些機械甲蟲似乎擁有了一種另類的生命形态。巨大的機械母蟲不停的吞噬周圍的物質，然後産出一個個覆蓋着金屬光芒的蟲卵。
僅僅數個小時後，這些蟲卵就孵化出了一隻新的機械甲蟲。
到了現在，整個蟲巢裏已經有了大約數千隻金屬甲蟲，分别爲銀色，紅色和黃色。似乎這些母蟲可以根據對方的能力來生産出具有獨特抗性的新型甲蟲。
而垣根帝督就坐在一隻巨大的母蟲身上，眼神冷冽的看着這些返回的機械甲蟲說道：“嘿嘿，居然混進來一個奸細，既然來了，就不要走了！”
說完，垣根帝督就兩眼發出一股黑芒，很快，在垣根帝督的命令下，大量的機械甲蟲将這裏圍的水洩不通。數組黃色外殼的機械甲蟲聯動在一起，釋放出超高壓的閃電，将星野制造的滞空回線徹底摧毀。
感受到自己偷偷布置的滞空回線被摧毀，星野臉色頓時變了變。他剛才沒有看錯的話，那個人的确是垣根帝督。隻不過此時的他怎麽看都給人一種不太正常的感覺。現在的垣根帝督就像黑化了一般，令人感到恐怖和扭曲。而且這是時候的垣根帝督，能力大幅進化，居然能夠依靠召喚未元物質制造出數量驚人的機械甲蟲起來。這在原來是不可想象的！
暗自壓下自己心中的疑慮，星野準備先搞定眼前的事情。至于垣根帝督的異狀，自己還需要時間來研究。畢竟對方躲在深達百米的地底，在那種地方，就是星野都不敢保證能夠全身而退，所以現在不是找垣根帝督麻煩的時候。
将注意力轉回了禦坂美琴和神裂火織兩人，現在兩人争得的是不相上下。本來兩人在之前的鬥嘴中就互相視對方爲勁敵。雖然趕走了那個奇怪的機械甲蟲，但是這并不代表她們能夠和睦相處。相反，她們兩個現在誰也說服不了誰！
在禦坂美琴的眼中，神裂火織和史提爾就是綁架茵蒂克絲的人販子。
但是他們卻說，他們的所作所爲都是爲了茵蒂克絲好。在茵蒂克絲的大腦裏面存儲了十萬三千本魔道書，如果不定期清除她的記憶，茵蒂克絲就會因爲腦容量爆炸而死亡的。
聽到這種人被信息撐死的說法，星野不由得有些好笑的說道：“神裂火織，史提爾，是誰告訴你人類的大腦有儲存極限的？你們真的有做過調查嗎？你們知道人類的大腦能夠儲存多少知識嗎？”
聽到星野的話，兩位科學白癡神裂火織和史提爾面面相觑，然後不經大腦的說道：“大概十萬三千本書籍？”
“暈倒！”聽到兩人的答案，星野隻好以手掩面，爲兩人的無知感到好笑。
就連他這個對于人類大腦潛能不太關注的外行人也知道，人類大腦的潛能近乎是無限的，根本就不是區區十萬本魔道術能塞爆的。
可是偏偏這些魔法側的人還真相信了。
不過對于這兩位對科學有極度偏見的家夥，隻有事實才能勝于雄辯！
星野需要向她們證明，茵蒂克絲的大腦遠沒有超出極限！隻有這樣雙方的才能消除雙方的矛盾。