梁啓超極爲感動，他知道蔡锷的難處，也知道這些輕松話之下，其實是經曆了痛苦的掙紮和思索，不然，剛才蔡锷低頭不語幹什麽呢？如果是一味搪塞，或者敷衍了事，那完全就用不着思考，不假思索的回答才更符合邏輯。
“松坡，你的難處我是知道的，執政也是明白的，可是國家草創、百廢待興，要克服的困難還有許多，這番作爲是苦了你了。”
雲南之行，梁啓超在蔡锷這個得意弟子的配合下，極爲順利，不僅有效溝通了中央和地方的關系，更讓秦時竹對于西南的布置也放了心，在他看來，有了蔡锷和張孝準的“雙保險”，西南的大局不難定奪，無論是貴州唐繼堯還是廣西陸榮廷，都不過是跳梁小醜罷了……唯獨西藏方面，中央也許還要費點力氣。
俗話說大有大的難處，進軍中央，掌握最高權力，自然是人生的一大快事，可從來都是“無限風光在險峰……”秦時竹做了臨時執政并準備再接再厲擔任最高元首時，原本隻在北疆一隅而遇不到的西藏問題也随之而來。說句良心的話，秦時竹在民衆當中有如此高的地位，護國戰争是一方面，另一方面則得益于在外蒙古問題上的強硬，但此一時彼一時，秦時竹在外蒙古上的良好表現，反過來也束縛住了他在西藏問題上的手腳——民衆的期望值高了，希望他能夠解決的更好，而且，西藏問題比蒙古問題更爲棘手。
西藏自古即是中國領土不可分割的一部分，長期實行政教合一的統治制度。這是一般人都公認地。但若是論起真正納入中國版圖來，西藏反而要遲于蒙古，是在元時期才真正内化爲中國領土（看待曆史要實事求是，就是這個時候也比大多數民族國家的形成要早）。滿族在入關前，已經和蒙古建立了牢不可破的關系，可謂血濃于水，但和蒙古不大一樣的是，西藏則是清朝得了天下後才進入大清版圖的。對于中央政府的認同并不是很強烈。爲了有效控制這一區域，清朝一方面實行尊崇黃教的政策（順治和康熙帝都曾給*和班禅喇嘛優加封号），一方面又不直接幹涉西藏政務以示優容。直到1720年(康熙五十九年)清軍入藏平定準噶爾叛亂後，才開始派員駐紮西藏，加強對西藏地方的管理。此後，中央對于西藏地管理日趨嚴密，1727年(雍正五年)正式設駐藏正副大臣二人，分駐前後藏。1793年(乾隆五十八年)。清廷頒布了《欽定西藏章程》，規定有關藏内大小事務，均應禀明駐藏大臣辦理，并規定了西藏地方政治、經濟、軍事、外交等一整套制度。
但随着十九世紀中葉英國完成對印度次大陸的入侵後，西藏的局勢開始複雜起來。英國殖民者在完成對印度的占領後。又開始把侵略矛頭指向與印度毗鄰的西藏。其首要目标是确保印度這顆英國女皇皇冠上最耀眼明珠的地位不受損害，使西藏成爲印度與沙俄之間的緩沖地帶；其次是掠奪西藏豐富的羊毛、皮革、礦産資源，推銷印度茶葉和工業品，并通過西藏進一步向中國西部擴張。爲達此目地。英國先後發動了1888年和1903～1904年的兩次侵藏戰争，通過随後簽訂的《中英藏印條約》(1890)及續約(1893)、《中英續訂藏印條約》(1906)及《通商章程》(1908)，英國攫取了一批侵略權益，包括開放亞東、江孜、噶大克，自由通商、派駐官員、租賃房屋、領事裁判權等。（清一代，這等喪權辱國的條約比比皆是，西藏方面的條約其實遠遠算不上性質最惡劣地）
雖然英國處以強勢（在國力上英國超過清朝，在地理上。新德裏距離西藏比北京更近），但在1906年的《中英續訂藏印條約》中，英國也不得不“允不占并藏境及不幹涉西藏一切政治”。但帝國主義從來就不會“放下屠刀立地成佛”的，英國隻是在尋找更有利的時機實現其侵占西藏地陰謀罷了。
英軍兩次侵藏戰争，更兼沙俄也野心勃勃，窺視西北，使清廷感到西藏地位的危險，有識之士鑒于西藏地位的險要和情勢的惡劣。主張在西藏進行改革。加強西藏與内地的聯系。1906年，張蔭棠出任查辦藏事大臣。拟定善後辦法基十四條，主張在西藏練兵籌饷，革除苛政、振興農工商業。次任駐藏大臣聯豫也積極推行新政，設立督練公所、巡警局、電報局、學務局等新機構。在西藏改革的同時，清廷又任命趙爾豐爲川滇邊務大臣，在藏人聚居的四川西部進行以改土歸流爲中心的改革。這些改革措施，對于加強西藏與内地地聯系，鞏固邊疆，無疑有着一定的積極意義。但這種改革往往帶有民族歧視意味，不容易得到廣大藏族人民的支持，同時又與西藏上層封建農奴主階層的既得利益發生了矛盾，故而遭到他們的反對，清廷對于西藏的控制反而動搖起來。
英國兩次侵藏後，爲了消化侵略成果，也爲了避免與沙俄的沖突，對西藏采取了所謂“不幹涉政策”，更注重經濟滲透和政治分化，在西藏上層人物中扶植親英勢力。英國駐西藏的商務專員等人采取各種手段拉攏和收買西藏官員，挑撥漢藏關系，制造和擴大漢藏矛盾。客觀上，随着藏印貿易地發展，西藏産生了一批靠壟斷羊毛貿易獲取高額利潤地特權階層，他們成爲親英派的主要人物。親英派首領倫青夏劄即因專靠羊毛貿易營私舞弊，曾被聯豫下令抄沒家産，更造成了對立。
雙方勢力此消彼長，清廷與西藏地方之間地矛盾越來越激烈。
南京臨時政府成立時，孫中山雖已明确宣告西藏爲中華民國領土，但限于實力，根本無力幹涉。袁世凱任總統後，面對當時的西藏局勢，決定對藏政策是剿撫結合，先剿後撫。對袁世凱來說，他最重要的任務是穩定局勢，打壓國民黨，隻要不出動北洋軍隊而讓川、滇兩省出兵，既可免傷實力，又可削平藏亂，自然是件好事。
先是川督尹昌衡親率川軍前隊二千五百人從成都出發，兵分兩路，南路由朱森林率領，收複河口、理塘，北路由劉瑞麟率領，解了察木多、巴塘之圍。與此同時，蔡锷派遣的支隊也收複了鹽井等地，藏軍人數雖多，但實力其實不強，基本是一群烏合之衆，在西藏内陸還可以依靠熟悉地形、有利環境而得到支持，到了川邊失去這些依托後，就變成不堪一擊。
川、滇軍隊節節勝利的消息，使英國終于忍耐不住了。它放棄了所謂“不幹涉政策”，開始走上前台*裸地幹涉中國内政。朱爾典曾與袁世凱會談，就中國迫切需要大借款這一困境來提醒袁注意，如果川軍的進兵超出一定範圍，英國政府就不會對中國提供任何進—步的援助，進而聲稱“西藏問題總以日後和商易爲歸結，倘現時用武力，或與友睦之辦法必有巨礙”。
此後朱爾典又幾次重提中國不得派兵入藏，不得改西藏爲行省，否則所有責任惟中國是問，在這些威脅—時未見效而藏軍在川、滇軍兵鋒之下不斷敗退地情況下，8月17日，英國方面正式向中國提交照會，聲明五點：一、英政府不允中國幹涉西藏内政；二、反對華官在藏擅奪行政權并不承認中國視西藏與内地各省平等；三、英國不允在西藏境内存留無限華兵；四、以上各節先行立約，英方将承認之意施于民國；五、暫時中藏經過印度之交通應視爲斷絕。英國的照會完全無視國際法堆則，是對一個主權國家内政明日張膽的幹涉。但是袁世凱政府迫切要求得到列強承認和借款，迫切希望鎮壓“二次革命”，不敢輕易與英決裂。秦時竹發動護國戰争後，朱爾典變本加厲，更進一步威脅中國，如果中國政府不令川軍停止西進，英國根本不承認中國政府。
面對英國的強硬态度，有求于列強的袁世凱終于抗衡不住，緻電尹昌衡、蔡锷，胡說什麽“切不可冒昧輕進，緻釀交涉，搖動大局”。當時，川、滇兩軍的形勢還較爲有利，但接到中央之命令，也隻能服從，川、滇軍基本停止于怒江一線。有人評論說：“戰勝川軍者，非藏兵也，英使朱爾典也。”
秦時竹上台後，從不同渠道得悉了這些消息，當時因爲英國方面忙于其他更大的事務（與江南的馮國璋勾結），無暇要挾秦時竹做出更大地讓步，才暫時地沒有提到西藏事務，但秦時竹不敢掉以輕心，要知道，按照曆史邏輯地發展，1914會有西姆拉會議和麥克馬洪線，他決心在事态還沒有發展到那一步前，先行抑制住英國的侵略野心。派遣張孝準入川，是爲了平定川亂，在這樣的情況下，蔡锷的地位便顯得愈發重要了。