江西、湖南相繼宣布獨立讨袁後，其他各省國民黨人大受鼓舞，黃興特派趙正平去南京聯絡起義，準備仿效辛亥年故事，以南京爲政治中心。趙到南京與他人密商後認爲，蘇軍槍械彈藥全由上海制造局供給，程德全已派兵1團駐紮制造局，如果不能得到有效的槍械彈藥供給，即使運動起了江蘇軍隊也實在危險。隻有将上海拿在手中，南京通電響應才有辦法。
黃興召集陳其美、紐永建等商議在上海起事的計劃。上海方面國民黨沒有軍事力量起兵，讨論來讨論去還得先請南京方面先發動再圖進攻上海。黃興隻好再派何成波赴甯，邀駐甯的第1、8師、駐徐州的第3師高級将領、前安徽都督柏文蔚等，開軍事會議，決定立即讨袁。
會議之後，第8師士兵和下級軍官認爲第8師缺額尚多，不贊成馬上出兵讨袁。孫中山已急紅了眼，對他們甚爲不滿，竟派朱卓文從上海攜款2萬元，到南京運動8師幾個營、連長，叫他們殺了師長、旅長後宣布獨立。8師的兩個旅長王孝續、黃伯元得到消息後，倉皇來滬，向黃興報告說；“現在事已至此，雖準備未充分，也得樹起讨袁的旗幟。希望您去南京作讨袁軍總司令。”他們要求孫中山千萬不要在此混亂時期赴甯，須候南京獨立穩固後，再去組織政府。
黃興應允他們的要求，決定次晨動身去親自指揮（常敗将軍又要出場，汗顔），秘密地到了南京，當晚召開軍事會議，部署讨袁的作戰計劃。
7月29日，1師派人割斷了都督府的電話。軍隊兵開入都督府。尚在睡夢中的蘇督程德全驚駭異常。趙正平急忙上前勸說：“請都督安心，克強先生就要來了，即要同都督商量讨袁的事情……”
趙話聲未落，黃興就踱步進來，背後跟着各部高級将領。程德全無奈，隻能坐下聽黃興述說讨袁大義，請求協助……讓程極爲驚訝的是，黃興說完後。若幹高級将領自8師師長起，紛紛跪下，語極誠懇勸說程德全同意宣布獨立讨袁。
程德全是多年地官僚，自然明白這是先禮後兵的招數，這讨袁讨也得讨，不讨也得讨。馬上表示附和獨立讨袁，并立即命人起草讨袁通電，由他委任的江蘇讨袁軍總司令黃興宣布江蘇省獨立。黃興原本是希望借着程德全和人民黨之間的聯系。把北疆牽涉進來，但程德全不給他這個機會，托病去了上海，逃離了南京這個是非之地，并且通電聲明說：“駐甯第8師等各軍官。要求宣布獨立。德全苦勸兩日，舊病劇發，刻難支持，離甯去滬調治。”
黃興着手組織讨袁軍司令部。他委任黃允爲參謀長。請柏文蔚出任安徽讨袁軍司令，赴蚌埠部署軍事。同時令第3師向駐韓莊的北洋軍立刻發動進攻，令第8師騎兵團團長劉建藩率該師第29團附機關槍連及騎、炮、工兵各1營，組成混合支隊，開赴徐州前線支援第3師；第1師第1旅旅随後跟進，第1師第2旅開赴臨淮關，準備協助安徽讨袁軍進攻北軍倪嗣沖部，派洪承進駐蚌埠。節制第8師的混成支隊和開赴徐州、臨淮關一帶的第1師的部隊，并負責組織徐州以南沿鐵路線地防禦；第1、8師的其餘部隊，負責南京四周的防禦。
駐紮在山東的北洋軍第5師師長靳雲鵬聞訊，立刻緻電袁世凱說：“徐州軍隊既已叛變，應乘其尚未集中，迅速突擊。第5師現分散布防，較難集結。張勳軍隊聚駐鐵路沿線，可否饬令星夜先行進攻。待正式陸軍集中後繼進。以赴争機。另，韓莊支隊至今末見報告。焦甚！”
袁世凱對江蘇變故也沒有心理準備，急匆匆複電靳雲鵬說：“五師嚴守準備，未可輕進。望向韓莊運動，确保軍情後再行定奪。”
第3師冒雨向駐守韓莊的方玉普旅的兩營北軍發動進攻，方率部堅守待援，多次打退冷部的進攻，雙方戰事呈現膠着狀。
張勳接到方玉普求援急電，不待袁世凱下令，立刻派他的義子武衛前軍左路統領張文生，帶步炮3營赴韓莊助戰。張文生地3營辮子兵和從兖州開來的田中玉的巡防營，先後到達韓莊前線。此時第三師剛剛攻克韓莊，尚未鞏固陣地，就遭到北軍左右夾擊，交戰一番後被迫退守。北軍團長潘鴻鈞率部從濟南冒雨趕到韓莊參戰，炮團團長鄭士墒也從濟南率步兵—營、炮兵一連趕到前線，繼續追擊冷部。第三師被迫再次退守徐州北20公裏的柳泉。
危急關頭，第8師混成支隊在劉建藩的率領下到達柳泉前線，從鐵路兩側向敵猛攻，激戰一晝夜，包圍敵軍。北洋軍急調第5師地兩個營投入戰鬥，損傷大半後殘部才得突圍後撤。此時，讨袁軍1師第1旅趕到前線，與3師、8師劉建藩支隊并力再度反攻，将北軍趕回韓莊一線，讨袁軍前鋒甚至一度迫到運河。江蘇戰事也陷入僵持。
黃興一方面被前線的形勢所鼓舞，另一方面又幻想利用張勳忠于清室、不滿袁世凱愚弄舊朝的情緒，動員張勳倒戈。他緻電張勳說：
“張軍統鑒：江西、湖南、江蘇先後獨立，皆袁世凱自開釁端，過爲已甚。……世凱本清室權奸，異常顯詐。每得權勢，即作奸事。戊戌之變，說者成爲寒心。前歲光複，世凱……盜竊權位，繼以寡婦可欺，孤兒可侮，假其名義，以禦民軍。旋乃取而代之。民國……世凱更無忌憚，陰謀滿腹……賄賂塞途，轉吝皇室之費。世凱不僅民國之大憨，且清室之賊臣，無論何人，皆得中讨。公久紹軍符，威重于内。冷軍已在徐州與袁軍按仗。公率一旅之衆，立搗濟南，則袁氏喪膽，……國家再造，即由我公矣。”
黃興居然異想天開，想對張勳這個臭名昭著的封建餘孽策反，無異與虎謀皮，張勳不僅不理。反而派出騎兵，繞道台兒莊經澗頭集，配合進抵前線地袁軍向讨袁軍進攻。已被袁軍收買的大土匪李扒子(李已被冷軍擊斃)餘部，也抄襲冷軍的後路，使冷軍腹背受敵，力不能支，退回徐州防禦。
爲了打開江蘇北面門戶，拿下徐州。平定江蘇之亂局，袁世凱任命馮國璋爲江淮宣撫使兼第2軍軍長，負責統一指揮江蘇方面的作戰。馮将北軍主力集中在徐州一帶，準備向南推進。激戰4晝夜，讨袁軍不敵馮國璋之生力軍。予敵重大殺傷後撤離徐州。
拿下徐州後，袁世凱高興異常，命令張勳率全軍由運河水路南下楊州準備進攻鎮江，命令馮國漳率第4、5兩師沿津浦路南下。速取臨淮關，再趨浦口，與張勳聯合，會攻南京。同時要求馮國璋注意與安微的倪嗣沖聯絡，配合作戰。
在軍事戰場上取得主動後，袁世凱也在政治戰場上有所動作，他見程德全與革命黨人離心離德，便下令恢複他和應德闳地職務。他在通電中說：“該都督有治軍守土之責，似此稱病棄職，何以對江蘇人民？姑念該都督從前保全地方，輿情尚多感戴，此次雖未力拒逆匪，而事起倉促，與甘心附逆者迥不相同。應德闳因事先期在滬，情亦可原。”
袁世凱命令程德全、應德閡即在就近地方暫組軍政、民政各機關行署。要程德全選擇得力軍警嚴守要隘。迅圖恢複。程德全見袁世凱不再追究他在南京獨立問題上的責任，又看到讨哀軍在徐州戰役失敗。就活躍起來。他通電聲明說，南京獨立的一切電文，都是黃興假借他地名義搞的，并說黃興跪泣哀求他宣布獨立，他始終不允。程德全、應德闳密召蘇屬舊部水陸軍警，策劃配合袁世凱的活動。
江蘇的變故，打亂了秦時竹的預定計劃，他原本以爲，既然已及時通知了程德全，對方就應該有所防備，不會給國民黨以可乘之機，現在看來，程德全雖然掌握了當地政權，但江蘇地軍隊畢竟是國民黨賴以發家的部分，滲透力和影響力都很強，不是程德全輕易能夠控制的。在南方讨袁愈演愈烈地時刻，秦時竹要甩出他地王牌了。
安徽與江蘇是毗鄰省份，江蘇獨立後，安徽國民黨人受到感染，也準備獨立。但柏文蔚被袁世凱免職後，接任主政的胡萬泰和孫多森并不是國民黨人，兩人決定搞一幕假獨立，但革命黨一旦真刀真槍要幹起來，胡、孫兩人便吃不住勁，腳底抹油借口采購軍械溜了，此時尚在南京地柏文蔚并不知情，胡萬泰途經南京時還上岸跑到柏文蔚處進行解釋。柏文蔚雖風聞胡萬泰與袁世凱早有聯系，但卻認爲孫多森、胡萬泰是他壽州同鄉，且與胡的父親胡殿甲關系甚好，因此對胡相當尊重，不疑有他。
孫、胡離開安慶後，安徽局勢亂成了一鍋粥，柏文蔚地親信、憲兵司令祁耿寰被推爲都督。但2天後，與段祺瑞私通款曲的胡部旅長顧琢塘即發動兵變，圍攻都督府，趕走了祁耿寰，與商團勾結推出正在安慶休假的保定軍校教官劉國棟爲都督兼民政長。
這時柏文蔚已離開南京，前往蚌埠調集皖北各軍以抗擊倪嗣沖，柏文蔚的号召力果然無窮，革命黨人聲勢複振，許多骨幹分子相繼回到安慶，柏自己代行都督職務。在柏文蔚收攏軍隊，安定内部的時刻，北洋軍也沒有閑着。倪嗣沖率馬、步、炮8營進犯正陽關，由于正值汛期，河水猛漲，進兵困難，雙方隔河對峙，爲柏文蔚争取了時間。河南都督張鎮芳見狀，派旅長王任錦率一支隊，由周口店出發，支援倪嗣沖。
讨袁軍與倪軍再戰魯口，失利。倪嗣沖在得到豫軍支援後，将進攻正陽關地任務交給豫軍，自己率主力向風台轉移，定下取道風台，直搗壽縣之計。眼看壽縣危急，柏文蔚令胡萬泰爲一線，在太湖作戰，令龔振鵬爲二線，向西作戰，令張盂介爲北路作戰主力。許多人認爲胡萬泰早有異謀，反對他爲一線，一旦胡統兵外出，放虎歸山，後果不堪設想。但柏文蔚認爲，内部即行破裂，影響殊甚。其實，胡萬泰爲一線，是胡向柏的有意獻策，他請求分兵赴援壽縣，但僅僅領兵出省城20裏就停駐下來，當夜返回安慶，準備對柏文蔚采取行動。
胡萬泰來到都督府見柏文蔚，氣色傲慢，腰懷實彈手槍，準備一舉結果柏文蔚。柏文蔚雖然對胡還寄予信任，但眼下這番模樣，傻子也知道對方來意不善，便手持吳祿貞所賜軍刀大聲質問胡爲何又回？此刀鋒銳異常，胡萬泰暗自思索，自己若取槍，刀必出鞘，縱然能擊中柏文蔚，自己也不免喪生刀下。故未敢動手。隻好裝模作樣地質問柏文蔚：“我聽說黃克強走了，你知道否？”
柏文蔚将計就計，說道：“我不知！”并僞責胡說：“大勢如此，我們不能爲人所賣，黃興爲人我最清楚。我現在預備所有之實力，你可繼續保存，你前天電罵倪氏，未免不留餘地，刻下最好派人前往疏通。将來萬一形勢不妙，也有退路，我出走後即準備一切交你負責……”胡至此釋然，惡意頓消，柏文蔚總算逃過一劫。
胡萬泰雖然被柏文蔚穩住，但退出都督府後，越想越覺得不安，總覺得柏文蔚在騙他。鑒于前事教訓，他未敢再當面對柏文蔚直接采取行動，而是在城外集合部隊，以團長柴寶山部爲主力，分兵3路向城内發動進攻，并派遣内應入城，圍攻都督府。柏文蔚不費吹灰之力就平定了叛亂，混亂中胡萬泰等人逃跑。但柏文蔚雖然鎮壓了叛亂，對前途卻失去信心，認爲手下叛變，乃對局勢無信心之緣故，随着北洋軍的節節緊逼，安慶已成四戰之地，再戰徒苦生民。他一面堅持繼續抵抗，一面命令部隊集結，準備出南門渡江經大通退往蕪湖，與龔振鵬部彙合。由于事起倉促，很多部隊沒有得到明确的指令，誤以爲前線潰敗，在少數不明真相地人煽動下，大部潰散。原本已逃之夭夭的胡萬泰見有機可乘，重新返回安慶控制局面，并公開通電宣布取消獨立。段芝貴得知消息大喜，命令在江西的北洋軍乘軍艦從湖口開抵安慶，胡萬泰迎接入城，安慶爲北軍控制。