出乎袁世凱意料，不僅張謇和湯壽潛辭去了職務，吳景濂更是向他轉達了秦時竹的意見，表示“鑒于前此教訓，最好能讓總統以信任之人參與内閣，人民黨不予幹涉”。在人民黨處碰到軟釘子後，袁世凱爲保證參議院順利通過人選，還極力拉攏共和黨，許諾将支持該黨參議員爲國務員。在袁的種種引誘下，共和黨爲使殷汝骊、谷鍾秀等人入閣，表達了同意意見。
人民黨黨員不入閣是南北局經過秘密商讨後達成的，程德全控制江蘇局勢後，專程派人前來感謝，同時就組閣問題和秦時竹交換了意見。秦時竹希望南方局能夠在江浙一帶打壓同盟會的勢力，擴大人民黨的影響，至于内閣，在袁世凱擔任總統的情況下，不大可能有所作爲，不如不參加。但一定要支持同盟會會員參加。
“這是何故？請主席明示。”
“理由很簡單，同盟會不是已議決凡是同盟會會員不得參加内閣嗎？咱們即偏偏支持他們的議員參加内閣，讓他那個所謂的決議變成一張廢紙，從内部增大同盟會的裂痕，我倒要看看，這同盟會究竟是不是鐵闆一塊。”
“高！實在是高！”
“當然，人民黨不入閣對南方局的幾位先生來說可能也委屈了些，但是我想，我們黨一定要保持團結。對南方局來說，擴大在江浙的影響力更有意義。滬督既然已撤銷，雪樓兄（程德全的字）也重新擔任江蘇都督，你們要利用好這個機會，牢牢控制住江蘇和上海的局面。”
“但目前駐蘇各部隊有很多不聽号令，程都督很傷腦筋。”
“這不礙事，雪樓兄會處理好的。隻要維持各派軍隊的均勢就可以了，等再過段時間，借口财政困難，可以再度裁軍。如果裁撤下來的部隊無處安置，可以讓他們來投奔北疆國防軍。”
“我回去就如實禀報都督。”
“還有，上次他給我物色了一批中小學教師，聽說各縣都很搶手，如果可能。請他再幫我們物色一批。江浙地方，畢竟是人文荟萃之地，人才輩出啊！”
“秦主席過獎了。無論是季老還是都督，都對您地大手筆很欽佩。”
“另外，他上次和我提出過江浙兩省貨物和北疆各省貨物在對方區域銷售時豁免一道厘金的建議，經議會讨論，已同意了，如果兩省議會也同意。不妨可以照此實行。”
“那太好了！我回去一定馬上禀報，盡快讓議會通過。”事情說穿了也不奇怪，江浙兩省的議會有不少紳商，相互減免稅收等于增加了他們的利潤，他們不同意才怪呢？
秦時竹和程德全合謀。掃蕩江的同盟會勢力的企圖袁世凱不會看不出來，但打倒同盟會，是他樂意看到的結果，因此也就睜眼閉眼。眼看江浙已不用自己操心。他把目光投向了湖北。湖北是首義之地，對革命黨人有特殊意義，袁不敢掉以輕心，拉攏黎元洪，利用黎元洪來打擊革命黨人，使其成爲自己在南方最重要的同盟者，就成爲了袁地重要策略。但黎元洪畢竟不是北洋系，又擔任同盟會的協理。如何做得巧妙，是袁世凱所要考慮的問題。關鍵時刻，參謀次長陳宦給他出主意，利用湖北内部矛盾，袁世凱大喜，命令陳宦全權操辦此事。
其實黎元洪也有說不出的苦衷，他雖然受革命之賜，由前清協統一躍而爲民國副總統、鄂軍都督領參謀總長。但他與革命黨并無感情。随着個人地位的鞏固和全國形勢的變化，他内心的痛苦愈發明顯。因爲他知道自己這個“民國元勳”是逼上梁山弄到手的。而逼迫他參加革命地三武――孫武、張振武和蔣翎武深知他的底細，始終瞧不起他這個被槍杆子逼出來的副總統。盡管别人把黎元洪捧上三十三天，在三武看來他卻是個微不足道的人物，根本不買賬，屢次跟黎元洪過不去，認爲他的天下和地位都是他們替他打出來地。因此，黎元洪在精神上經常感到威脅，早就欲除之而後快。陳宦跑到武昌後，私下裏對黎元洪說：“三武不去，則副總統無權，若輩起自下層，大總統召其來京，寵以高官厚祿，必将有益于副總統。”
黎元洪大喜，連忙發函，袁世凱見到後，微微一笑，先後召集三武北上，授予總統府軍事顧問官的虛職。三武本來是滿懷希望想拜将封侯的，沒想到居然是這樣一個結果，張振武極爲憤慨地指責段祺瑞：“我們湖北人隻會做顧問官耶？”還兩次向袁世凱遞交屯墾條陳，要求主持屯墾事務。爲了敷衍張，袁世凱委任他爲蒙古屯墾使，當他要求設立專門機構時，袁便不加理睬了。事情很明顯，蒙古屯墾要得到北疆方面的許可，袁世凱正有求于秦時竹，怎麽會爲了一個八竿子打不着地張振武去專門設立機構呢？
見沒有效果，張振武大怒，一氣之下不辭而别回了武昌，憑借自己在湖北的實力，設立屯墾事務所，向黎元洪每月索取1000大洋，還揚言要招募一鎮精兵，赴蒙古鎮撫。黎元洪本來像送瘟神一樣送走了他，沒想到居然又回來了。而且張振武與其它兩個不同，手裏還掌握着一支精幹的武裝――将校團。爲徹底解決三武問題、鞏固湖北，黎元洪聽從陳宦的建議，采取了“陽爲附合，徐圖掃平” 的主要策略，伺機利用革命黨内部矛盾來打擊革命黨。
時機終于來了，6月中下旬，所謂同盟會準備謀亂的謠傳，在武昌内外不胫而走（其實是派系矛盾）。月底，以孫武爲首的共和黨鄂支部和同盟會鄂支部各軍界要人，在黎元洪召集的軍事會議上又大起沖突，甚至公然架起大炮，空氣異常緊張。
黎元洪見有機可乘，立即宣布武昌戒嚴。下令“有暴動及擅自開槍聚衆者，格殺勿論。”盡管居正、胡秉柯等代表同盟會向黎聲明“但使共和政體一日無颠覆之虞，同盟政黨斷不至有革命之舉”，但黎元洪已抓住機會，豈肯放手？王憲章（代二鎮統制）、楊玉如（都督府顧問）和祝制六（警察學校監學）先後被黎元洪解職。随後幾天，黎元洪出動大批軍警，逮捕江光國、滕亞綱和祝制六，宣布祝制六爲“群英會會長”。“私立機關，假改革政治之名，主持極端破壞”，“實屬罪大惡極”，随即秘密殺害，并依照所謂地“名冊”索捕處死大批同盟會會員（主要是原先的文學社派）。由此可見，這次被稱爲“第三次革命”的風潮，實際上是黎元洪利用黨争打擊同盟會力量地一次陰謀活動。
但具有諷刺意味的是。祝制六等遭無辜殺害後，同盟會内盡管有人看出是黎元洪“做成的圈套”，而領導人卻不敢爲他們伸冤，甚至否認他們之間的關系。蔣翎武就公開表示與被殺三人“志不同，道不合”。“祝等犯罪與否，不得而知”。他們還一味指責孫武爲謀取都督職位，出錢唆使李忠義告發，一手制造了這次事件。孫武則上書黎元洪。指責此事件實際爲同盟會“主持”，要求“宣布罪狀，通告國中”。就這樣，利用派别鬥争的煙霧，黎元洪掩蓋了他地清洗活動。
黎元洪作爲一個武人，自然懂得槍杆子地重要性，借此機會，他狠抓軍政大權。全面控制各要害部門。他一面擴充心腹軍隊軍隊，安插私人，又将革命派軍隊陸續遣散、縮編，并以前清舊軍官唐克明、王安瀾和賣身投靠、聲稱給他“四十把大刀包把文學社員殺絕”的蔡漢卿爲師長。對軍政府各要害部門，他更是“遠賢親佞”，極力把持。
爲掩人耳目，他又假惺惺地通電提出軍民分治，并正式宣布于7月5日實行。但正如時論所說。不過虛有其名。因爲代理民政長劉心源就是他地親信，而且各司司長的任免。仍受他的幹預。黎元洪原先的秘書饒漢祥升任内務司長，一切重要職務的變動，均出自黎氏之手，根本不意味着放棄對權利的壟斷。
在黎元洪打擊同盟會勢力時，共和黨的地位也無形中增強了，因此，盡管黎元洪的手段不那麽光明磊落，還是讓共和黨高層非常興奮。再者，由于饒漢祥升任内務司長，标志着共和黨在湖北地位地上升。就這樣，共和黨、黎元洪和袁世凱在打擊同盟會勢力上，形成了非預謀的合謀。北洋系的勢力，逐步向南方滲透。
七月的天氣已經漸漸熱了起來，葛洪義在赫圖阿拉已經呆了兩個多月，案件的疑點越來越多，但一直形不成有條理地線索。
“總座，據大連方面來的情報彙總，頭山滿似乎會見了不少人馬，但此人做事機密，商議什麽我們不得而知。”
“繼續監視，如有異動直接向我報告。”
“根據城裏的内線彙報，那個黃姓商人這幾天什麽活動也沒有，天天呆在家裏，也沒有人前來接頭。”
“哦？是嘛？”葛洪義沉思了一下，“回沈陽！”
“回沈陽？爲什麽？”手下人不解，“我們不是要逮大魚嗎？怎麽就回去了？”
“放長線才能釣大魚，現在我們這麽多人馬呆在這裏，大魚早吓得躲好了，不回沈陽難道還在這裏傻呆？”
“那是不是繼續監視這個人？”
“監視是要的，但不用這麽多人手，如果我沒猜錯地話，此人應該已發現我們在監視他，所以按兵不動的。咱們就是要給他一個錯覺，認爲我們放棄了。”
“是，我這就去安排。”剛轉身還沒走，又有人急匆匆地進來了，“報告總座，吉林急電、沈陽急電！”
“怎麽回事？吉林出什麽事了？一件件說。”葛洪義大驚。
“周都督會剿馬賊、土匪，遭遇一夥号稱‘滿洲阿菊’的土匪，疑心是日本人，特意派遣内務廳調查，經過内務廳這些天的調查，初步摸清了此人底細，确系日本人無疑，而且據說還與關東軍和黑龍會有關，吉林方面感覺事态嚴重，特地前來報告，請求指示。”
情報顯示： “滿洲阿菊”原名河村菊子，日本長崎縣人，自幼父母雙亡，15歲時由姨母包辦，與中國山東一個小商人結婚，在北京開了一個小雜貨店。由于其夫一心隻想着賺錢，對她不太溫存體貼，河村菊子非常不滿，經常一個人去郊外遊玩。
有一次，她在景山遊玩時，碰上了幾個地痞，他們見她嬌小玲珑，模樣可愛，便上前調戲，河村菊子吓得大聲呼救，恰在此時，黑龍會派往中國的情報員沖桢介也到景山遊玩，他見被幾個流氓調戲的女子用日語呼救，知道十有*是日本人，就沖上去使出柔道二段的工夫将這群流氓打跑了。
沖桢介仔細一問，果然是日本女子，又美貌溫柔，頗有好感，而河村菊子見沖桢介相貌堂堂，一身好功夫，又适時搭救了自己，頓生愛慕之心。于是，兩個狗男女一拍即合，勾結起來害死小商人，煞有其事地以夫妻身份同居起來，沖桢介見河村菊子有心計，膽子又大，還是日本人，就将其發展成爲了黑龍會會員。
日俄戰争爆發後，沖桢介趕赴哈爾濱執行秘密任務，被俄軍逮住處死，河村菊子當即趕往哈爾濱，發誓複仇。爲獲得複仇的支持力量，她通過自己姨父地朋友尋找馬賊，後者被逼不過，向她介紹了轟天雷，此人因遭受俄國人屠村，與老毛子有不共戴天之仇。幾經周折，河村菊子做了壓寨夫人，她憑借着黑龍會傳授的本事，取得了衆土匪的信任，轟天雷在一次土匪火拼中陣亡後，河村菊子便被推舉爲大攬把，坐上了頭把交椅。站穩腳跟後，她又暗中與黑龍會方面恢複了聯系，憑借着關東軍接濟的槍支彈藥，勢力一天天地大了起來，在方圓幾十裏也有了些名氣。