孫承宗上書天啓請增發軍饷二十四萬兩，以收編屯衛，固守關甯錦防線，這樣就可以抽調十萬大軍發動進攻，收複整個遼東了。
但是，這個時候朝中黨争日趨激烈，因孫承宗是東林黨大佬，閹黨把持的兵部和工部不顧國家利益，對其收複遼東的計劃橫加阻撓，魏忠賢更是向天啓進讒言，不能他給錢，這家夥想私吞！
孫承宗上書多次，催促無果，隻能繼續固守關甯錦防線。
而這個時候，魏忠賢卻不斷欺瞞崇祯，大肆清洗東林黨人和朝中正直之士，内閣首輔葉向高、韓爌、朱國祯先後被罷免；崔呈秀、吳淳夫、徐大化等一大批被罷免的貪官污吏不斷被提拔，竊居高位；楊漣、趙南星、高攀龍等東林黨人全部被驅逐出京，朝中正直之士大多緻仕以躲避閹黨之禍，朝堂形勢日趨糜爛。
孫承宗意欲回京勸說天啓親政，不要被閹黨所蠱惑，但又怕魏忠賢耍流氓，動用東廠和錦衣衛把他扣留，于是，他便以巡視薊州鎮之名，帶着數千親衛，直奔京城。
魏忠賢聞訊，連忙讓自己的族侄，内閣首輔魏廣微跑去天啓面前進讒言，說孫承宗想以清君側之名誅殺他，又親自跑到天啓面前哭訴。
天啓信以爲真，連忙派快馬阻止孫承宗回京，孫承宗剛抵達通州便收到了天啓的旨意，隻得無奈退回遼東。
魏忠賢這次着實被孫承宗給吓壞了，因爲孫承宗是帝師，他原本不想跟孫承宗起沖突，但是，這次他卻不得不出手收拾孫承宗了。
于是乎，朝中閹黨官員不斷上奏彈劾孫承宗盲目擴軍隻爲冒領軍饷，孫承宗無奈，隻得罷免總兵尤世祿和李秉誠等将領，并裁撤軍隊一萬七千餘人。
但是，魏忠賢目的并不是讓孫承宗裁軍，而是想将孫承宗拉下馬，就算孫承宗裁軍縮減軍饷，他還是不斷的命自己的黨羽找機會彈劾孫承宗。
天啓五年九月，山海關總兵馬世龍誤信降将劉伯漒，派人襲取耀州，結果中了建奴的奸計，損失四百餘人，魏忠賢黨羽趁此機會，大肆彈劾馬世龍和孫承宗，孫承宗被迫辭呈，魏忠賢派出黨羽高第接任薊遼督師。
高第上任後立刻下令，命關甯錦防線所有軍民全部撤回山海關内，将遼東剛剛收複的四百餘裏河山拱手讓給建奴！
這幾年，因爲孫承宗修築的關甯錦防線太過牢固，讓建奴無從下手，努爾哈赤不得不轉戰蒙元草原，征服蒙元諸部，在此過程中，他将投降的遼東平民和蒙元部族編成了蒙八旗和漢八旗，并從中征召了将近十萬協從軍，他得知孫承宗辭職後再無顧忌，立刻率軍大舉進攻關甯錦防線。
這高第和努爾哈赤一個下令撤退，一個大舉進攻，就如同打配合一般，誓要讓遼西走廊的大好河山再次易主。
但是，這個時候，袁崇煥和一衆遼東軍将領不答應了，遼東軍付出無數鮮血和汗水收複的河山爲什麽要拱手讓給建奴？
他們拒絕執行高第的命令，就算是死，也不後退！
天啓六年正月，努爾哈赤後金軍抵達甯遠，薊遼督師高第和總兵楊麟擁重兵于山海關，壓根就不去救援甯遠。
此時，甯遠城中守軍僅有萬餘，袁崇煥随即寫下血書，召集滿桂、左輔、朱梅、祖大壽、何可綱等将領盟誓，以死守城，絕不将大好河山拱手讓給建奴！
袁崇煥一面堅壁清野，一面讓同知程維楧盤查奸細，通判金啓倧守護糧草，并傳檄給前屯守将趙率教、山海守将楊麒，如果甯遠城守軍有人逃到他們那裏，可全部斬殺！
努爾哈赤勸降無果後立刻率軍大舉進攻甯遠城，并讓士兵舉着盾牌攻鑿城牆，而袁崇煥讓羅立等人指揮西洋巨炮，炮轟後金軍，後金軍在巨炮的攻擊下潰不成軍，連續攻城兩天，損失慘重，努爾哈赤不得不下令退兵。
傳聞，在此戰中，努爾哈赤因坐騎中炮，跌落馬下，留下了暗疾，回去之後，不到幾個月時間便不治身亡了。
袁崇煥率不到兩萬守軍創造了一個奇迹，他們竟然将六萬後金精銳和十餘萬蒙漢協從軍組成的聯軍給擊退了，還殲敵數千人，這是大明與建奴開戰以來首次取得如此驚人的大勝，消息傳回京城，滿朝上下無不歡欣鼓舞，建奴幾乎不敗的神話終于打破了，他們仿佛看到了收複遼東的希望。
魏忠賢這會兒想的卻不是怎麽收複遼東，而是怎麽把自己的親族提拔起來，光宗耀祖！
甯遠大捷，來的正是時候，他将所有親族全部寫進了遼東軍将領名單，就連隻有一兩歲，還在喝奶的嬰兒都被他寫成了領兵将領！
這一戰，魏忠賢并沒有出力，他甚至讓高第下令遼東所有軍民撤回關内，省得麻煩，袁崇煥抗命不尊，不肯率軍民撤回關内，正是違抗了他的命令，但是，袁崇煥取得大捷之後，所有功勞卻成了他提拔親族的工具！
他的親族幾乎全部因甯遠大捷的軍功加封正一品的五軍都督府都督，他的族侄魏良卿進封肅甯侯，他的族侄魏良棟進封東安侯，他的族孫魏鵬翼等全部因軍功進封伯爵！
而真正率軍取得大勝的袁崇煥卻隻是進了一個小品階，他原本就是從五品的甯前兵備佥事，立此大功卻隻是加了個五品的都察院右佥都禦史！
如此濫用國器，搶奪軍功，大封親族，直接令遼東将士心寒不已，袁崇煥更是氣得差點沒噴出血來！
天啓七年五月，皇太極率十餘萬大軍再次來襲，他率兵直抵錦州，将其包圍。
錦州守将趙率教與紀用一方面閉城堅守，一方面派人向甯遠求援，袁崇煥手中本來就沒有多少兵力他還是讓讓尤世祿和祖大壽率領精銳騎兵四千繞到建奴大軍後面騷擾，又派出水軍從東面進行牽制，并請求薊鎮等地發兵東護山海關。
皇太極久攻錦州不下，又分兵來攻甯遠，袁崇煥與劉應坤、畢自肅率将士登上城樓防守，在濠溝内排列陣營，用炮遠距離轟擊。而滿桂、尤世祿、祖大壽也率軍在城外與建奴激戰，雙方死亡都相當慘重，連大将滿桂都中箭負傷，袁崇煥更是渾身浴血，死戰不退。
皇太極見甯遠不可下，隻得從甯遠撤兵去加強錦州的攻勢，但是，仍舊無法攻克錦州，他率軍進攻了将近一個月，不但一座城池都沒拿下來，還傷亡慘重，無奈之下，他隻有率軍撤退，袁崇煥再次率軍擊敗建奴，取得大捷。
甯錦大捷後，魏忠賢再次搶奪軍功，他自己連遼東都沒去過，卻因軍功進封一等公爵，他的侄子魏良卿連遼東在哪裏都不知道，也因軍功進封太師、肅甯公，他的侄孫魏鵬翼還是個嬰兒，也因軍功進封太子太保、安平侯，而袁崇煥卻因不聽他的命令，被他指使黨羽彈劾！
這次，真把袁崇煥給氣壞了，他直接提出辭呈，不幹了。
魏忠賢把人軍功都奪完了，自己的親族也全部封侯進爵了，這袁崇煥好像也沒什麽用處了，所以，他毫不猶豫的批了，直接讓袁崇煥滾蛋！
就這樣，接連取得兩次大捷的袁崇煥什麽好處沒撈到，還被人彈劾的怨氣沖天，憤而辭職，回家種地去了！