交戰的雙方是東南王寅督率的大明海軍和高舉靖難旗幟的鄭森軍。
自從舉旗造反以來，鄭森軍一開始發展非常順利。短短的時間便占據了廈門金門等福建島嶼，并派兵攻略路上，泉州漳州等府縣先後爲其占領。
當時的王寅帶着主力水師前往浙江配合陳越對付叛軍，留在福建的施琅等人無力面對鄭森的攻擊，接連戰敗之後隻能逃向福州。
而這段時間以來，福建一帶戰亂不斷，叛軍肆虐肆意查抄士紳家産，做了很多惡事。但區區數萬叛軍幾個月的時間還不足以把整個福建的士紳一網打盡，福建多山多水多林，住在鄉野的士紳還是爲數衆多。
等到叛軍背後是齊王的傳聞傳揚開來以後，很多福建士紳對齊王陳越恨之入骨。故鄭森宣布靖難之後，投奔鄭森軍和他合作的士紳爲數不少，便是一些士紳膽小不敢和鄭森軍合作，也偷偷地提供錢糧物質。
所以，在福建士紳們的幫助下，鄭森的力量迅速擴大，短短一兩個月的時間兵力和地盤都擴充了很多。
然而他的好運也就到此爲止。陳越整編了叛軍之後便立刻着手對付他。
王寅帶着數萬水師浮海南下，到達福州和呂泰彙合，福州屬于朝廷的軍隊便達到八萬多人。
而此時，江西總兵金聲桓被陳越封爲平南将軍，帶着五萬精銳的江西兵進入了福建，從汀州向泉州漳州逼近。
江西自從陳越指揮軍隊擊敗斬殺張獻忠之後，便一直是齊王一系大本營，招降了西軍敗兵之後，整個江西整編軍隊二三十萬，陳越帶兵北伐十萬大軍中有一半都是江西兵。
即便陳越數次從江西調兵，江西常年還保持兵力十萬以上，這是陳越壓制南京的憑證。雖然大部分精銳先後被陳越抽調，但經曆了兩年的訓練，兵甲武器齊全糧饷不缺，江西兵的戰力依然在大部分明軍之上。
此次領兵的金聲桓也是一員悍将，領兵作戰極爲熟練。在他的指揮下，五萬江西兵從汀州進入福建，然後步步爲營向着泉州漳州逼近。
一路上凡是和鄭森叛軍勾結的士紳一律鏟除，所經過府縣城池地方守軍一律帶着出發，然後留下幾百到一千的守軍守城。
這樣一路下來進軍速度雖然很慢，但凡是經過的地方都在明軍的嚴格控制下，再也沒有鄭家軍活動的空間。
而同時，陳越勒令劉能帶着錦衣衛全力配合平叛。而錦衣衛的密探更非天地會這等倉促成立的密諜組織能比，在劉能的全力剿殺下，陳永華麾下的天地會五堂損失慘重，福建各地的堂口組織紛紛被端。
金聲桓帶兵從陸路進攻，王寅也帶着水軍開始了動作，所部水師的戰船紛紛出動，開始巡遊福建沿海。
在海上，兩軍船隻每日都有接觸交戰，海上的戰鬥頻繁至極。然而每戰下來，鄭軍船隻都是敗多勝少。
原因便是鄭軍的船隻質量遠遠遜于王寅所部水師。
鄭芝龍敗亡之後，福建的戰船大部分都落在了王寅手中，連同原屬于東番軍的巨艦，此刻王寅手中掌握着的船隊别說是在大明沿海，便是整個亞洲也是首屈一指。
船隊中光是仿制的西式夾闆蓋倫船便有二十三艘之多，每艘都裝載了至少數十門巨炮。這些蓋倫船一部分是從大員荷蘭人手中繳獲，大部分是浙江各地的船坊根據陳越所繪制的蓋倫船圖紙打造而成，近三年的時間，造成的蓋倫船總數量也就這麽多。
不過光是這蓋倫船便是一支極爲龐大的海上力量，呂宋的西班牙人、南洋的荷蘭人的總戰船加起來恐怕也沒有這麽多。更别說還有近百艘三桅福船、十多艘四桅巨艦了。
反觀鄭森手中，擁有的卻多是小型福船。雖然船隻的數量遠比王寅要多，論實際戰力卻天差地遠。其實這也不能怪鄭森，原本鄭家水師的主力戰艦都落在了王寅手中，鄭森能糾集的也隻有一些二桅獨桅海船罷了，多是一些破浪船海滄船，真正的三桅戰艦卻隻有十來艘。
所以，力量的差别也就造成了海上一邊倒的碾壓。面對攻來的明軍巨艦，面對明軍瘋狂的炮火，鄭森手中的那些小船根本不夠看。
泉州海面數次戰鬥，鄭森的船隊都被打的大敗，哪怕是以超出明軍水師一倍的船隻也不是明軍的對手。
水戰不行，鄭森便知道金門、廈門根本守不住，再加上金聲桓帶兵已經逼近了泉州，無奈之下的鄭森隻能下令撤出泉州，向着漳州潮州方向撤退。而潮州已經屬于廣東。
對于鄭軍的撤退，王寅并沒有強行追擊，而是步步爲營按照制定的剿匪策略進行。
他首先命令金聲桓帶着步軍從泉州壓向漳州，然後伺機進入廣東潮州。同時王寅給廣東地方軍隊下令，命令他們對入境的鄭森叛軍展開進攻。至于王寅自己，則帶着水師先是攻克了金門廈門，然後繼續南下向着鄭軍的大本營南澳島逼去。
南澳島，鄭森集結了手中所有的力量，軍隊數量達到五萬多人，各式船隻加起來近千艘。他決心在南澳和明軍水師決一死戰。因爲若是再丢了南澳島，鄭家軍就真的淪爲了海盜。
面對強大的朝廷水師，鄭森決定效仿其父鄭芝龍的料羅灣大捷，靠着火船進攻獲得勝利。爲此，鄭森靠着厚賞組織了五千多敢死隊，他們将駕着火船對明軍水師展開自殺式攻擊。
可是鄭森此時的經驗遠遠不能和其父鄭芝龍相比，他根本沒有弄明白，料羅灣大戰之時，鄭芝龍是以數十倍的兵力優勢對着荷蘭船隊展開的進攻。而現在别說數十倍，便是數倍的兵力優勢也沒有。
鄭家軍的兵力也就五萬多，船隻近千，而王寅手中的水師兵力三萬多，擁有各式戰船二百多艘。雙方兵力相差不多，可戰艦的戰力卻是天壤之别。
鄭軍的火船剛剛出動，便在明軍戰艦百炮齊發下擊的粉碎，能夠靠近明軍船隊的火船寥寥無幾，根本形不成任何威脅。