之後比較頭疼的是人事安排，崇祯南下，帶回來的文官隻有史可法、孫傳庭、路振飛等寥寥幾人，加上反正的錢謙益，從家中來投奔的盧象升等人之外，文官就沒幾個人了，内閣和六部都組不全，更不要說下面的各司了。
之前福王登基時候用的那些官員，目前頭上還戴着從逆罪名，需要經過審訊和審判，确定沒有從逆的才能用。
盧九德是太監，自然不能交給三司會審了，而是直接交給司禮秉筆太監、東廠廠督王承恩和陪伴了崇祯多年的司禮監掌印太監曹化淳處理。
曹化淳和王承恩經過了統一意見之後，直接令人把盧九德拖出去亂棍打死。
另外一個太監犯了罪的太監韓贊周，好容易留下了一條命，但是所有家産被抄家充公，并被趕去鳳陽打掃皇陵。
對于朝中官員和勳貴的審判，交由三司會審，勳貴之首魏國公徐久爵，因爲不是從逆主犯，而且是被馬士英、趙之龍等人脅迫，被迫從逆，所以隻是削去魏國公爵位，魏國公一族廢爲庶民，抄沒全部家産，包括國公府、府内所有金銀财寶，還有魏國公名下的田産、店鋪、作坊、賭場等全部沒收充公，家人也全部廢爲庶民，從此不再有魏國公勳爵。
僞忻城侯趙之龍和僞誠意侯劉孔昭全部削去爵位，鑒于兩人已經逃走，家人全部下獄，抄沒全部家産，經過三司會審，趙之龍和劉孔昭九族之内十六歲以上男丁全部問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
僞鄭國公常延齡，削去鄭國公勳爵，因爲常延齡是被脅迫從逆，并無多少罪行，因此從懷遠侯降爲懷遠伯，沒收半數家産。
馬士英已死，抄沒家産，三族家中十六歲以上男丁問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
這時候有言官站出來彈劾李國棟，說他縱容手下人，私自接走犯官馬士英女兒，使二女逃避懲罰。
李國棟反駁道：“李某早已奏報陛下，此二女賞給李某麾下有功之将爲妾，那兩員将領都是流賊出身。若是張禦史覺得，把女兒給流賊出身的武夫爲妾還不算懲罰的話，那禦史您也可以把你的女兒給我們的有功之将爲妾。”
“粗鄙武夫！厚顔無恥！”那禦史被氣得滿臉通紅，讓他女兒給一名流賊出身的武将爲妾，那真是敗壞了士子的名聲。
僞弘光朝大學生王铎，原本是崇祯朝老臣，因爲被脅迫從逆，所以隻是削去官職，罰沒半數家産。
僞弘光朝禮部尚書姜日廣，削去官職，抄沒全部家産。
其餘的各從逆之人，都得到了相應的懲罰，沒有從逆的官員被放了出來，但還沒有官複原職，而是等待朝廷安排，再授予相應的官職，可能有些人會升官，有些人降職，目前南京人手不足，需要先把六部的框架搭起來，再逐一安排。六部框架搭起來之後，下面的官員由各部尚書和侍郎來推薦。
三司會審結束之後，該殺的殺，該流放的流放，該撤職的撤職，幾千顆人頭落地，福王馬士英謀逆案總算宣告結束。
在張書恒調查朱由樞、馬士英謀逆案期間，南京和南京周圍不少士紳也被錦衣衛抄了家，借口都是從逆。這其中大部分人是無辜的，經過三司會審之後釋放，但是他們已經被錦衣衛刮走了大量銀子。
接下來就是對内閣的任命，史可法被任命爲兵部尚書、東閣大學士，内閣首輔；錢謙益被任命爲武英殿大學士，吏部尚書，内閣次輔；盧象升被任命爲左都禦史，文淵殿大學士，内閣次輔。這樣内閣就組建起來了。接下來是六部，張慎言爲禮部尚書，從監獄裏釋放出來的何應瑞官複原職，擔任工部尚書，李國棟推薦了孫元化的長子孫和鼎爲工部左侍郎，宋應星爲工部右侍郎，孫和鼎和宋應星都是實幹的科學家，任命他們爲工部左右侍郎有利于大明科技的提升。
雖然李國棟推薦了兩個隻有舉人功名的人擔任侍郎，遭到很多官員反對，但是崇祯頂着壓力給準了，内閣的錢謙益和路振飛也通過了。
路振飛擔任戶部尚書，立下大功的方以智和張煌言都以舉人身份擔任了兵部左右侍郎。
高宏圖被從監獄釋放之後，撤銷原吏部尚書一職，降級爲光祿寺卿，
李國棟考慮到孫傳庭的鐵面無私，推薦他爲刑部尚書。
戶部尚書職務，由呂大器擔任。
劉宗周從監獄釋放之後，爲太常寺卿，楊廷麟爲大理寺卿，還有其他從監獄放出來的無罪官員，也給了相應的職務。
最後李國棟站出來：“陛下，既然史閣老已經升爲内閣首輔，還請陛下撤去史閣老兩淮督師一職，臣願當然兩淮督師，駐守揚州、淮安，替朝廷阻攔建奴大軍！”
“豈有此理！”内閣首輔史可法氣得臉色大變，“爾乃武将，豈可擔任督師？督師隻能是文官！”
“史閣老，李某堂堂一國公，難道就沒有資格擔任督師？”李國棟反駁道。
“楚國公，你手握重兵，豈可擔任督師？這不合祖制！”史可法堅決不同意。
這時候，錢謙益站了出來：“陛下，請封楚國公爲大将軍，任大将軍者，可爲督師。”
大将軍雖然也是武職，可是地位就高過文官了。之前封的公侯伯之類的勳爵，隻是榮譽的象征，并無實權。雖然勳貴地位不輸給文官，但文官看不起勳貴。但是大将軍是實打實的實權，甚至可先斬後奏四品以下文官！
“無恥之徒！”
“沒想到牧齋公竟然如此無恥！”
“就是啊，看到楚國公得寵，居然像條狗一樣巴結！沒想到啊沒想到，牧齋公爲東林領袖，卻是這樣一個人！”
文官們議論紛紛。
群臣紛紛反對，馬上就有禦史站出來，先是彈劾錢謙益，然後請陛下萬萬不可封李國棟爲大将軍。
錢謙益道：“可以不封楚國公爲大将軍，但是試問衮衮諸公，又有誰能駐守兩淮，擋住建奴和流寇南下？”
“史某願去揚州阻敵！”史可法道。
“史閣老，你還是内閣首輔，豈能離開京城？”錢謙益冷笑道。
“若是建奴入侵，史某這個内閣首輔甯可不當了！”史可法義正辭嚴的說道。
李國棟笑道：“史閣老，您還是别去揚州了，您若是去了揚州，不僅您要白白送了一條性命，反而要害死揚州八十萬百姓！對付建奴，李某比你在行。”
史可法氣得臉色通紅，脖子粗脹：“楚國公，你爲何就這樣肯定史某守不住揚州？”
你當然守不住了，史閣老，打仗你是庸才，揚州十日，也有你的責任。李國棟心裏暗道，但是他嘴巴上卻不能這樣說，而是反問道：“史閣老，若是建奴以八十萬大軍，攜數百紅夷大炮來攻揚州，你要如何守城？”
“一派胡言！建奴哪裏來的八十萬大軍？”史可法冷哼一聲。
“怎麽沒有？北方官軍和賊軍紛紛投了建奴，建奴現在不止一個八旗了，還新建了綠營，收編了各路降将，目前建奴綠營已經有三十多萬人馬了，若是再收編了更多降将降兵，兵力達到八十萬還不是輕而易舉？”
八十萬這個數字，确實吓倒了很多人，就連史可法都吓了一大跳。但他還是很堅定很自信的回道：“隻要史某堅守不出，不要說八十萬，建奴來一百萬也休想攻克揚州！”