從曆史的角度來看這場平叛之戰，無疑是極爲積極的。其中最爲核心最爲重要的一條就是結束了和碩特蒙古割據青海、控制西藏的曆史，确立了中央政府對青海地區的直接統治，維護了國家統一，促進民族發展。
雖然平叛之戰畫上了句号，但是從精益求精的角度來講，并不能算作是十分圓滿，畢竟叛軍首領羅蔔藏丹津最終還是僥幸逃脫，射人先射馬、擒賊先擒王，王沒有擒到，怎麽能夠算作是取得了圓滿成功呢？但是從另外一個方面來講，叛軍勢力被成功地驅逐出了青海境内，青海重歸中央政府有效管轄，也是實實在在的事情。畢竟青海之于西藏實在是太重要了，表現上來看是保住了青海，實際上是一同保住了西藏，如果青海失守則意味着西藏的局勢立即陷入岌岌可危的局面，真若到了那個時候，怕不是皇上在京城連屁股都要坐不穩了。不禦駕親征不足以解決問題，但禦駕親征之後皇權怎麽辦？是要穩坐龍椅還是要領土完整？那個時候的皇上才是真正地犯了難了。
之所以沒有過分苛求這一場平叛的結果，還是因爲有個珠玉在前的參照物，那就是康熙末年的那場西北平叛之戰。那場戰事的結果也是未能将匪首策旺阿拉布坦生擒活捉，也是将匪首趕到新疆腹地之後就采取了維持穩定的策略，隻加強西北駐軍，沒有将策旺阿拉布坦趕盡殺絕。因此将這兩場西北平叛相比較，可謂是旗鼓相當、難分伯仲。
正因爲眼前這場平叛之戰與康熙末年的西北平叛有着太多的相似之處，對于皇上來講，這場戰役的勝敗實在是太重要了，以至于平叛還沒有正式開始就已經給他的心理造成了巨大的壓力。同樣是西北地區，同樣是民族分裂叛亂活動，同樣是發生在青海境内，隻是匪首換了姓名，坐鎮中央的帝王也換了姓名。有先皇成功平叛的珠玉在前，皇上實在是半丁點兒都輸不起。都說青出于藍而勝于藍，作爲先皇的兒子，若是這場平叛之戰輸掉了，他還有什麽臉面繼續執掌大清帝國的江山？就算是沒有被反對派拉下這把龍椅，恐怕連他自己心裏這一關都過不去。現在好了，嶽鍾琪果然沒有辜負他的重望，雖然曆史總是驚人地相似，這一戰的結局與上一場西北平叛簡直就是出奇地一緻，雖然作爲兒子沒有能夠成功地超過他的老子，隻是勉強守成成功，但至少他沒有輸了先皇，沒有輸了那位前無古人後無來者的千古一帝，總算是令皇上的心裏得到了很大的安慰，畢竟這場平叛既面臨皇權的鬥争，又面臨國庫虧空的巨大壓力，而先皇當時至少是穩坐中央，朝廷庫銀也沒有捉肘見襟到連皇宮都要宮分減半的程度。
這場勝利對于國家來講是保持住了領土完整，對于皇上來講，既鞏固了自己這把龍椅，同時又成功發掘并撫養了一員将來在西北戰場可以獨挑大梁的得力幹将，着實是解了他的一個心頭大患，因此對嶽鍾琪更加的恩寵有加。
盡管嶽鍾琪作爲一顆耀眼的新星冉冉升起在政壇之上，但是皇上這一次并沒有像前些日子拍闆設定作戰方案那樣将偏袒之心照然若揭，更沒有像一些早就嗅出異樣味道的大臣猜測的那樣，立即迫不急待地将撫遠大将軍之職換到嶽鍾琪的頭上。爲什麽呢？
皇上再是偏心，但他還是理智尚存之人，嶽鍾琪再是打了一個又一個大勝仗，但是這些勝仗的取得離不開最高指揮官的運籌帷幄，如果沒有制定行之有效的戰略戰術，如果沒有配備給他最頂極的精兵強将，如果沒有爲他組織強有力的輔攻和支援，如果将他派往輔線作戰而是由年将軍自己率領主力進攻部隊，那麽嶽将軍拿什麽建功立業？
再者說了，還是那個現實的問題，嶽鍾琪隻是一戰成名，并沒有一戰出師，僅憑這一場平叛之戰的曆練還遠遠不足以成就一代将才。一顆璞玉要經過精雕細琢才能夠成爲耀眼的美玉，而這個精雕細琢不是一蹴而就的，相反必須假以時日、悉心栽培，方能成器。
現在羅蔔藏丹津的勢力雖然被逐出了青海境内，但是被叛軍擾亂的正常生産生活秩序可不是瞬間就能夠恢複的。特别是此時戰亂剛剛平息，民衆的情緒還于極度驚恐之中，羅蔔藏丹津鼓吹的重建蒙古帝國的主張不但仍然還有很大的市場，甚至可以說占據了主流的輿論導向。羅蔔藏丹津掀起的這場叛亂不僅僅給青海各族人民的日常生活帶來了巨大的災難，也對青海地區的曆史發展産生了巨大的阻礙作用，此時的青海用百廢待興來形容一點兒也不爲過。
都說打江山容易守江山難，此話一點兒也不假，打仗不需要考慮太多的其它因素，隻要有英明決策的指揮官，有行令禁止的士兵，有足夠的銀子，再加上民心所向就基本具備條件了。而治理一個國家或是地區卻是沒有這麽簡單，方方面面的事務都要事無巨細地考慮清楚、仔細衡量。皇上從一個管理單一部門的普通的皇子一夜之間轉變成爲一個國家的君王，個中甘苦自是有很深的體會，當然也就更加清楚地認識到，才通過這場平叛之戰脫穎而出的嶽鍾琪實在是沒有足夠的能力來掌管地域遼闊、局勢不穩、民族事務複雜的西北地區。
既然嶽鍾琪缺少曆練，延信缺乏能力，而年大将軍多年的川陝總督任職經曆，多年的西北西南民族地區事務管理經曆，無疑是青海戰後重建的唯一人選。
年羹堯的過人之處不僅僅體現在戰争年代的行軍打仗方面，更重要地體現在邊疆統治的水平之上。衆所周知，無論是西南還是西北，都是少數民族聚居混雜之處，除了階級矛盾以外，民族矛盾占了非常大的比重。羅蔔藏丹津所謂的重建蒙古帝國主張極度地蠱惑了人心，平叛勝利又是依靠武力取得的結果，而人心豈是能夠用武力征服的？
憑借多年任職封疆大臣所養成的敏銳頭腦，年大将軍早早就意識到了戰後重建的重要性和艱巨性，因此當嶽鍾琪還沉浸在勝利的喜悅之下心情久久不能平靜之時，年二公子已經向皇上提交奏折一封，系統闡述了他對于青海戰後重建的種種設想，其中最重要的一項就是制定了《青海善後事宜十三條》和《禁約青海十二事》，對青海地區的政治、經濟、宗教進行全面整頓，
首先他根據“宜分别遊牧居住”原則，将青海蒙古族仿照内蒙古紮薩克制度分編爲29旗，各旗之間劃定遊牧界限，規定不得強占牧地，不得互相統屬，不得互相往來；其次再仿照内蒙古的盟旗制，“編置佐令、以紮薩克領之”；此外還建立會盟和朝貢制度。如此多管齊下将青海地區置于大清帝國的直接統治之下，不給叛亂分子以可乘之機。另外，對于喇嘛教寺院也進行了整治。這次叛亂中寺院不僅僅是匪首依靠的重要力量，甚至發展成爲叛亂的主導力量，這個異常發展的新動向當然引起了年大将軍的高度重視，爲避免再有此類情況的發生，他不得不高度重視對寺院勢力的掌握。其實早在康熙朝末年時期，喇嘛教在中央的大力扶持下得到迅速興起，青海地區的寺院就達到了千餘所，西甯地區寺廟的喇嘛多的有二、三千人，少則也有五六百，對此年将軍稱之爲“藏污納垢之地”。由于喇嘛教在大清帝國的地位極高，以至僧人們也漸漸地水漲船高般地獲得了較高的社會地位，成爲社會特權階層，這也就不難理解爲什麽僧侶會這麽積極地參加羅蔔藏丹津發起的這場叛了。爲了避免曆史重演，年将軍建議堅決制止打壓寺院勢力，對于參加叛亂的喇嘛們或鎮壓或遣散，對于寺院的喇嘛人數和房屋規模進行嚴格限制，由朝廷定期派官員前來稽查，避免過度發展，日後漸成雄霸一方的宗教割據勢力。這樣一來，在青海蒙古族和藏族中影響較大的喇嘛寺院也被直接置于大清帝國的嚴密控制之下。
皇上這樣的鐵腕人物眼睛裏是容不得半點沙子的，而年大将軍提交的這份奏折幾乎是一字不差地道出了皇上的心聲，與他自己心中初步構想的青海重建方案完全吻合，因此幾乎是隻字未改就批準了年二公子的建議。
當皇上放下朱筆，合上奏折之後，心情并沒有因爲年羹堯這份極對其心思的奏折産生半點喜悅之情，相反他的心中竟是格外的沉重。按理說，大清帝國有此良将他應該欣喜才是，可是，這年将軍也隻稱得上是“良将”而沒有同時成爲一名“忠臣”，他要受制于年将軍到什麽時候呢？嶽鍾琪還需要多長時間才能夠成長爲展翅翺翔的雄鷹呢？