在崇祯認爲的另一個危機是什麽呢？那就是軍機處。
軍機處是呂漢強鼓搗出來，由自己贊同而成立的機構，他整合了全帝國的軍事，成立之初，可謂無往而不利，讓大明各地戰事捷報頻傳，
但事情卻有了變數，那就是在倒呂風潮裏，讓崇祯再次換個角度看了下軍機處之後，他深深的感覺到，當初又上了呂漢強的當。
軍機處确實起到了當初自己想要的，分權制衡内閣的作用，但卻更分了皇權，讓原先被内閣剝奪所剩無幾的皇權更加稀釋。
原先的内閣就那樣了，分了皇權，那也是上幾代先祖的事情，也可以做個安慰自己的理由。
但這次呂漢強，是的，是呂漢強鼓搗出來的軍機處再次分權，那就是自己的過錯了，如此下去，留給自己，留給子孫的還剩下多少呢，估計也就是一個幌子了。
現在想起來，呂漢強當初所作所爲的确是包藏禍心啊。
現在崇祯已經走入了一個思維怪圈，那就是當初呂漢強所作所爲，那都是愛屋及烏，怎麽看怎麽順眼。
現在呂漢強的所作所爲，那都是恨烏及屋了，怎麽看怎麽别扭。這就是他的性格之一，絕對愛走極端。
既然已經恨上了呂漢強鼓搗出來的軍機處，尤其發現軍機處真的開始束縛自己的手腳，不能讓自己放手施爲，就比如這次下旨史可法，盡快發動對滿清的進攻事情上，軍機處就堅決反對，讓這事情不能快速決斷，那當然就應該裁撤了。
可是幾次向孫承宗老師傅試探性的提出了自己的想法，結果最應該痛恨軍機處分權内閣的内閣首鋪，卻堅決的反對了崇祯的意見，在孫承宗看來，内閣雖然被軍機處分了權，但從整個大明的發展方向來說，确實利大于弊，隻要對大明有好處，隻要能讓這個老大帝國長盛不衰，作爲這個大明帝國的忠臣，耿直的老人，他就堅決地給予支持，并且幾次語重心長的教導崇祯，讓他放眼遠方，心懷天下，當然，他說的心懷天下，不是指你老朱家一家天下，是指那萬千黎民百姓，這和崇祯皇帝的心懷天下卻截然相反，最少是大部分不一樣。
于是，崇祯皇帝每每在暗夜裏，對這事情就耿耿于懷，總想拿出一個辦法來，不但要清除呂漢強的餘孽殘渣，而且要将軍機處徹底廢除，至少是讓它形同虛設。
這一下，這個機會來了，于是，崇祯皇帝在最不應該掀起再次的朝堂争辯的時候，掀起了這場文武之争。
王大壯與史可法之争，就是大明國朝文武地位之争。
在文人看來，這是一場武将對文人，是一場對立國根本——以文抑武概念的挑戰。
而武将們，忍耐了文人的嘴臉已經長達二百年，在呂漢強節節勝利的推動下，讓這些武将們再次找到了祖先們原先的榮耀，于是，這一次武将也想堅決地争一争。
文人視武将如豬狗，武将視文臣如寇仇，這樣的矛盾終于在這次王大壯與史可法的對戰裏，徹底爆發。
文人絕對不退步，因爲一退步，便是對文臣地位的一種挑戰。
而這時候，全天下的武将也半分不讓，堅決捍衛自己的功勳榮耀與地位。之所以出現這樣的狀況，是因爲在武将們看來，這是千載難逢的翻身機會，王大壯這個有呂漢強勢力背景的家夥，突然就這麽莽莽撞撞的站出來，和大明第一巡撫，他的頂頭上司大明第一督師史可法打擂台，這就是國朝三百年來唯一的一次機會，隻有抓住了這個敢于挑戰文臣地位的王大壯事件，才能讓武将再塑輝煌。如果這次退讓了，那以後武将将萬劫不複。
于是，在朝堂上，大家都丢開崇祯開恩科的事情不談了，全部集中在這文武之争上，大家開始展開決死的撕逼大戰。
文臣方面，全國的文人大儒，隐士名流，乃至童生士子，隻要是認識字的，就一起上書的上書，講學的講學，刊登報紙文章的刊登報紙文章，紛紛發表武将亂國的認識，那又是各種理由，各種預測，各種的各種。
而武将這方，也開始整合力量，不但全國各地的将士發聲，就連一項戰戰兢兢，縮起脖子以求自保的那些大明世代武階國公，郡王，伯爵都大膽的站了出來紛紛展開反擊，據理力争。
不識字不怕，大家雇人代筆，也紛紛上書，或者在報紙上開撕。
于是，大明兩大最大的報紙都增刊加頁，當然，兩大報紙《大明新聞》和《東林學報》曆來是爲反對而反對，這是天生宿敵，你說****是臭的，我偏要吃給你看，以證明你的謬論，不但告訴你****不臭，而且還要紮巴下嘴，信誓旦旦的告訴你，****不臭，而且還是天下第一美味，于是他的一個副産品就橫空出世了，從此聞名天下，傳播到至今的臭豆腐閃亮登場——（當然，這是奔書的玩笑，考據黨兄弟不要當真。）
《東林學報》當然要站在文人的立場，于是《大明新聞》也就必須站在了武将的觀點，雙方連篇累牍地發表文章，互相指責謾罵，那真是風刀雪劍，厮殺不休。
而這時候卻出了一件怪事情，本來各地大小督師都是文臣，他們就應該站在文臣的角度，來與武将進行決死的厮殺，結果這一次，卻幾乎全部站到了武将的一方，成爲了文壇中的最大叛徒。
究其原因，其實還是上次倒呂風潮讓這些各地督師人人自危，呂漢強是倒了，但由于它有巨大的勢力存在，所以他隻是被罷官，出國考察去了，也算是得以善終，而自己這些人呢？手中這些兵權還不斷的受到各方掣肘，真要再被倒了一次，在沒有武将支持的情況下，其下場絕對是悲不可言。