衛所制度是明太祖朱元璋創立的一項新的軍事制度，它是以都司爲地方最高軍事領導機構，率領所屬衛所隸于中央五軍都督府，并聽命于兵部。81『中Δ『文『網
朱元璋建國之後爲了強化中央集權，對中央軍政機構做了重大調整。當初，朱元璋建統軍元帥府，不久改爲大都督府，統領全國衛所軍。洪武十三年（138o），分大都督府爲中、左、右、前、後五軍都督，全國衛所遂分隸于五軍都督府。每府設左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督佥事，正二品。掾屬有經曆司經曆從五品；都事從七品。都督府爲最高軍事機構，掌軍旅之事，各領其在京衛所及在外都司衛所，以達于兵部。“凡武職，世官流官，土官襲替，優養、優給，所屬上之府，移兵部請選。既選移府以下之都司、衛所。領官聽吏部選授，給由亦如之。凡武官诰敕、俸糧、水6步騎操練、官舍旗役并試、軍情聲息、軍伍勾補、邊腹地圖、文冊、屯種、器械、舟車、薪葦之事，并移所司綜理之。”
與都督府相配合的軍事機關是兵部，設兵部尚書一人，正二品；左右侍郎一人，正三品。掾屬有司務廳、司務二人，從九品。武選、職方、車駕、武庫四清吏司，各郎中一人，正五品，員外郎一人，從五品，主事二人，正六品。兵部尚書主持兵部工作，侍郎輔佐。武選清吏司分掌武官升調、襲替、優給、诰敕、功賞之事。職方清吏司分掌輿圖、軍制、城隍、鎮戍、營操、武舉、巡邏關津、征讨之事。車駕清吏司分掌鹵薄、儀仗、侍衛驿傳、廄牧之事。武庫清吏司分掌戎器、符勘、尺籍、武學、薪隸之事。洪武元年（1368）設置兵部時，它是中書省六個部的一個部，洪武十三年中書省及丞相制度被廢除，兵部與其它五部一起升格，直屬皇帝統制。
地方上朱元璋改行中書省爲承宣布政使司，廢除行省制度，改由承宣布政使司（簡稱布政司）、提刑按察使司（簡稱按察司），都指揮使司（簡稱都司），分掌一省行政、司法、軍事，并稱“三司”。三司互不統屬，各對中央負責。都司負責管理所轄區域内衛所，以及與軍事有關的各項事務，是地方平時最高軍事領導機構。各省都司之外，在邊防要地則單設都司，實行軍民合一的統治，如遼甯都司，治定遼中衛（今遼甯遼陽）；大甯都司，治定大甯衛（今内蒙古甯城），萬全都司，治定宣府衛（今河北宣化）。還在邊境海疆的北平、山西、福建等地設置行都指揮使司，在中都設置留守司，以補都司之不及。
都指揮使司設都指揮使一人，正二品；都指揮同知二人，從二品；都指揮佥事四人，正三品。經曆司經曆，正六品，都事，正七品；斷事司斷事，正六品，副斷事，正七品，以上二屬司各有吏目一人；司獄司司獄，從九品。經曆司、斷事司、司獄司三個職能機構分别負責處理來往公文及刑獄之事。地方若有重大軍務，須三司合議，并列署名向朝廷彙報。此外還有倉庫、草場大使、副使等掾屬。都司内部的分工大體是，都指揮史及同知、佥事，以其中一人統領司事，稱爲掌印；一人負責練兵，一人負責屯田，稱爲佥書；有的則分管巡捕、軍器、漕運、京操、備禦等事務。經曆、都事則典掌文書，斷事處理軍隊刑獄。遇有戰争，朝廷臨時派将，并非都司指揮作戰。
都司之下，連郡者設衛，要害地系一郡設千戶所。衛設指揮使一人，正三品，指揮同知二人，從三品；屬員有指揮佥事四人，正四品；鎮撫司鎮撫二人，從五品，經曆司經曆，從七品，知事，正八品，吏目，從九品，倉大使、副使各一人。各衛統領本衛及屬所的軍政，指揮使、指揮同知，指揮佥事的職掌分工，類似于都司。凡指揮使、同知、佥事負責管理衛事者，稱爲掌印、佥書。掌印主管全衛軍士的調撥、增補、選拔以及軍旅防禦之事；佥書分理屯田、營操、驗軍、巡捕、漕運、備禦等事；出征時，各衛率領共屬所聽從朝廷所派将領的調度。
每衛大抵56oo人，下轄五個千戶所，每千戶統兵112o人，設千戶一人，正五品，副千戶二人，從五品，千戶、副千戶分管軍務，一人掌印、一人佥書。鎮撫二人（鎮撫是專管軍紀的官員，百戶缺員時可代百戶行使職權），從六品。掾屬有吏目一人。下轄十個百戶所，每百戶統兵112人，分爲兩個總旗。每總旗統兵56人。又分爲五小旗，小旗管轄1o名士兵。
所有的軍政，由衛下達于千戶所，千戶督百戶，百戶下達總旗、小旗，大小聯比以成軍。洪武二十六年(1393)，定全國都司、衛所，共設都司17個、行都司3個、留守司1個、内外衛329個、守禦千戶所65個。兵額最多時達27o餘萬人。
國家一旦遇有戰争，由兵部秉承皇帝旨意，委派都督府官或侯伯出任總兵官，事後還任。明初，地方軍隊領導體制平時和戰時不同。平時的軍隊訓練、守禦、屯田等都由都指揮、指揮使、千戶、百戶等層層負責。都指揮是一地區的最高長官。戰時由朝廷派出的總兵官，指揮臨時調集的某幾個衛所或某幾個衛所的部分官兵，進行作戰。戰争結束後，軍隊各回本衛所。
總兵是由中央派出的，官爵較高，職權較專。如宣府鎮，永樂時總兵官的職掌爲：“整饬兵備，申嚴号令，練撫士卒，振作軍威。務要衣甲整齊，器械鋒利。城堡墩台坍塌以時修治堅完，官軍騎操馬匹責令飼養膘壯。仍督屯田糧草，并一應錢糧不許侵欺。遇有賊寇，相機戰守”。這就是說練兵作戰，籌饷由總兵負責。正統以後，明朝由盛轉衰，内憂外患加重。在這種情況下長城防線時時處于戒備狀态，被朝廷派遣來的總兵官漸漸變成總領一方軍事的固定官職，都指揮使是地方性軍事長官，漸漸就成爲總兵的下屬了。這時期的總兵官被稱爲鎮守。鎮守以下，獨守一路的稱爲分守。防守一城一堡的稱爲守備，與主将同守一城者爲協守，總兵又分正、副。下設參将、遊擊将軍等。除此以外又有提督、提調、巡視、備禦、領班等名。如鎮守薊州總兵官一人，舊設。隆慶二年改爲總理練兵事務兼鎮守，駐三屯營，協守副總兵三人，統領南兵遊擊将軍三人，領班遊擊将軍七人，坐管官八人，守備八人，把總一人，提調官二十六人。
總兵官變成鎮守地方的軍隊統帥後，再有戰事時，朝廷又派中央大臣到地方巡撫，事畢複命。久之，巡撫也成爲固定的官職，長駐地方。巡撫多以都禦史或副佥都禦史充任，其基本職能是監察地方，考核官吏，督理稅糧，撫安百姓，控扼險要，固守城池等。以後偏重于軍事，整饬邊備，提督關隘，贊理軍務者越來越多。如成化八年（1472）巡撫餘子俊于榆林鎮督修長城177o餘裏。
明朝規定巡撫兼軍務者加提督軍務，有總兵地方加贊理、管糧饷者加總督兼理等名義。各地巡撫實際上已經掌握一方的民事和軍務大權，總兵官、都、布、政三司使都時爲巡撫的下屬，聽其指揮。後來長城防線局勢日趨緊張，戰争此起彼伏。當時修築長城，或調兵遣将多涉及幾個鎮，爲調節、轄制各鎮，以利統一作戰，朝廷又添設總督軍務或總制或總理，派重臣出任，有的成了長設之官。
如弘治十年（1497）在長城防線設置延綏、甘肅、甯夏三邊總制（總督），并明确诏令總督文武，自總兵、巡撫而下皆聽節制。總督具有了廣泛的綜合權力，出則爲一方軍政之，入則爲朝廷顯官，巡撫、總兵，地方之司俱聽節制，舉凡行政、軍政、司法、監察之權，無不過問。明末，爲阻後金軍入關，朝廷又将兵部尚書外出經略，後來又派大學士出來督師，權力又在總督之上。
明初地方最高軍事長官爲都指揮，一變而爲總兵官，再變而爲巡撫，三變而爲總督，最後變爲督師。這種轉變基本是沿着兩個方向進行的：一是将平時體制轉變爲平戰結合的體制，二是文官參與軍隊的管理，加強對軍隊的控制。
平戰結合的這種體制，平時訓練軍隊的将領就是戰時指揮作戰的軍官。爲了取得戰争的勝利，平時這些将領就要認真操練部隊，比衛所軍的将領責任心更強；戰時将領熟悉所屬部隊士兵的情況，士兵能較好地體會将領的意圖。這對奪取戰争的勝利是十分重要的。
文官參與軍隊管理這種政策卻有兩面性。一方面有利于部隊的穩定和貫徹朝廷的意圖，使部隊真正成爲統治階級的工具。另一方面使有軍事才幹的将領受到文官的制約，積極性受到壓抑，甚至導緻戰争的失敗。
明朝政府的中央官制
明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來随着明太祖統治力量的逐步加強，才定出自己的一套新制度。據《明太祖實錄》卷239載，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖禦奉天殿，敕谕文武群臣說：
自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務，彼此颉颃，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君并不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。
這套制度既不是複古也不完全是創新。然而，經過時間的演變，明中期的制度，與初期卻大有差别。
一、三公三孤
明代中樞政務機構初期有三公（太師、太傅、太保）、三孤（少師、少傅、少保）。元代僅置三公，未有三孤。惠帝、成祖時，曾一度廢公、孤官，至仁宗時複置。《明會要·職官一》引《弇山集》說：
建文、永樂間，罷公、孤官，仁宗即位，授張輔太師、沐晟太傅、陳懋太保；蹇義進少師、楊士奇進少傅、夏原吉進少保。于是公、孤立官備。
公、孤爲皇帝之輔佐官，職位崇高。蹇義、夏原吉、楊士奇、楊榮四人在宣宗時猶受恩寵。《昭代典則》載明宣宗賜玺書說：
古者，師保之職，論道經邦，不煩以政。少師義、少傅士奇、少保原吉、太子少傅榮，皆祖宗遺老，畀輔朕躬。今黃危齒，尚令典煩劇，兼有司之事，非所以優之也。其辍所務，朝夕在朕左右，讨論治理，共甯邦家。其勳階爵祿并如故。
自蹇義等以後，公、孤立官無專授，實際上是一種虛銜。中期以後，成爲勳戚及文武大臣之加官、贈官。而文臣無生加三公之例，惟死後贈之。萬曆年間，張居正爲太師，實掌朝政，這是特例。
二、廢中書設内閣
明代初年，在中央設立中書省，有左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。随後，朱元璋又對中央統治機構進行了改革。當時中書省大權掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他們作威作福，獨斷專橫，“生殺黜陟”，不向皇帝奏明就直接執行。《明史·太祖紀》載，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾“命奏事毋關白（告知）中書省”。這顯然是裁抑中書省權力的一個措施。但胡惟庸等人卻不知收斂，反而變本加厲，組織黨羽，在外招集軍馬，并派人勾結倭寇，又向蒙古貴族殘餘勢力稱臣，請兵爲外應，陰謀武裝政變。洪武十三年（公元138o年），朱元璋殺掉了胡惟庸等人，并廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，相對提高六部職權和地位，由六部尚書直接對皇帝負責，《明太祖實錄》卷129載：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既誅，上谕文武百官曰：“朕自臨禦以來，十有三年矣，中間圖任大臣，期于輔弼，以臻至治。故立中書省以總天下之文治，都督府以統天下之兵政，禦史台以振朝廷之紀綱。豈意奸臣竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸期之蔽，嘉言結于衆舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，謀危社稷……賴神其奸，皆就殄滅。朕欲革去中書省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置“四輔官”，以協贊政事，均調四時。《通紀》載：
九月丙午，置四輔官，以耆儒王本、杜佑、襲敩爲春官，杜敩、趙民望、吳源爲夏官，秋、冬官缺，以本等攝之，位列都督之次。敕以協贊政事，均調四時。月分三旬，人各司之。以雨旸時若，驗其稱職與否。
不久廢去四輔官，并于洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，設内閣于殿廷，以大學士擔任顧問兼秘書的職務。《昭代典則》說：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大學士，以禮部尚書劉仲質爲華蓋殿大學士，檢讨吳伯宗爲武英殿大學士，翰林學士宋讷爲文淵閣大學士，典籍吳沈爲東閣大學士，使侍左右備顧問。又置文華殿大學士，召耆儒鮑恂、餘诠、張長年等爲之，以輔導太子。
本來，内閣既非官署官，也非職官名。開始隻是簡任文臣入直文淵閣，參與機務。這些人原官的品秩低，不兼部務，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢的尚書、唐代的翰林學士性質略同。久而久之，這些人逐漸升遷，并有了正式的辦事處所，大學士本身品秩隻有五品，但其所遷任的官往往以至尚書、侍郎，或有加銜至于“三公”者。這樣，内閣的地位才逐漸提高。明成祖以後，大學士開始參預機務。《詞林典故》說：
永樂初，命編修等官，于文淵閣參預機務，謂之内閣，漸升大學士諸職。仁宗或加師、保及尚書、侍郎、卿，仍兼學士、大學士銜。自後因之，稱内閣大學士。凡大學士加三師，則爲一品；加尚書，二品；侍郎，三品；若未加升而隻系大學士者，則仍正五品。
仁宗以後，閣臣之權加重，至世宗嘉靖年間（公元1522—1566年），改華蓋殿爲中極殿，謹身殿爲建極殿，大學士的班次列在六部尚書之上。這時，内閣就類似于唐代的中書門下省了。唐代中書門下省官員互稱閣老，明代大學士一般也稱閣老。内閣大學士雖然表面位尊而權重，但是獨立揮其權力的機會卻甚少，因其内受制于宦官，外則用人之權集中于吏、兵兩部。《明史·職官志》說：
至世宗中葉，夏言、嚴嵩疊用事，遂赫然爲真宰相，壓制六卿矣。然内閣之拟票，不得不取決于内監之批紅，而相權轉歸之寺人。于是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉颠倒于其手。
由此可見，若以明代的内閣大學士具有宰相的權力，那是不恰當的。
三、六部
明代中樞六部初置于洪武元年，各部設尚書、侍郎、郎中，員外郎、主事等官，隸中書省統轄，分理國家諸事，其職至重。《昭代典則》說：
洪武元年（公元1368年）八月丁醜，始置吏、戶、禮、兵、刑、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，仍隸中書省。帝（太祖）召六部尚書入見奉天殿，谕曰：“朕肇基江左，軍務方殷，官制未備。今以卿等分任六部。國家之事，總之者中書，分理者六部，至爲要職。凡諸政務，宜悉心經理，或有乖違，患及天下，不可不慎。
洪武五年（公元1372年）定六部具體職掌，并于歲終進行考績，分其優劣，以行黜陟。六部官員相對穩定，不得輕易調動，凡有勞績者，則在本部升用。自洪武十三年（公元138o年）罷中書省後，即升六部品秩：尚書爲正二品（建文中曾一度提爲正一品，永樂時複舊），侍郎正三品，郎中正五品，員外郎從五品，主事正六品。
六部尚書、侍郎都是堂官，由皇帝直接領導，其中吏部尤爲重要，因爲官吏的除授都必須經過吏部。明朝的任吏部尚書爲滕毅，樊魯璞、汪河分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），吏部分三個屬部，即總部，司勳部，考功部；十三年（公元138o年），增司封。二十二年（公元1389年）改總部爲選部。二十九年（公元1396年），改定文選、驗封、稽勳、考功四個清吏司。每司設郎中、員外郎、主事各一人。
任戶部尚書爲楊思義。劉誠、杭琪分任左、右侍郎。洪武六年（公元1373年），戶部分設五科，即一科、二科、三科、四科、總科。每科設郎中、員外郎各2人，主事5人。十三年（公元138o年），分四個屬部，即總部、度支部、金部、倉部。洪武二十二年（公元1389年），改總部爲民部，次年，又分四部爲河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，每部仍分民、度、金、倉四科。二十九年（公元1396年），改十二部爲十二清吏司，各設郎中1人，員外郎1人，主事2人。永樂元年（公元14o3年），改北平司爲北京司。永樂十八年（公元142o年）。廢北京司，設雲南、貴州、交址三個清吏司，宣德十年（公元1435年），罷交址司，定爲十三司。戶部十三司，自明孝宗弘治以來，以公署不大，隻留郎中1人治事。員外郎、主事隻能在授官之日出席而已，實際都隻挂名。郎中一人無法管事，隻好委任基層吏胥，以緻弊端百出。至神宗萬曆時，王國光任戶部尚書，始令每司吏員盡入署治事，司中職業才得修舉。戶部另有一些直轄機構，如寶鈔提舉司、印鈔局、廣盈庫、軍儲倉等。
禮部任尚書爲錢用壬、侍郎爲世家寶。洪武六年（公元1373年）分四屬部，即總部、祠部、膳部、主客部。洪武十三年（公元138o年），定每屬部設郎中、員外郎、主事各1人。二十二年（公元1389年），改總部爲儀部。二十九年（公元1396年），改爲儀制、祠祭、精膳、主客四個清吏司，另轄鑄印局，局設大使1人，副使2人。
兵部的任尚書爲陳亮，侍郎爲朱珍。洪武六年，分三個屬部，即總部、駕部、職方部。洪武十三年再增庫部，二十二年改總部爲司馬部。二十九年改爲武選、職方、車駕、武庫四司。每司設郎中、員外郎各1人，主事2人。另轄會同館，大通關等機構，各設大使和副使。
刑部的任尚書爲周桢，侍郎爲盛元輔，張仁。明太祖即位初期，用法太嚴，周桢任尚書時，始定律令，使吏士有法循守。洪武六年（公元1373年），刑部分爲四個屬部，即總部、比部、都官部、司門部。八年（公元1375年），增設四科，分屬于四部。部設郎中、員外郎各1人。總部、比部主事各4人，都官，司門主事各2人。洪武二十二年（公元1389年），改總部爲憲部，二十三年，分四部爲河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川，福建十二部。二十九年（公元1396年）改爲十二清吏司，設郎中、員外郎各1人，主事2人，永樂十八年（公元142o年）除北平司，增置雲南、貴州、交址三司。宣德十年（公元1435年）革交址司，遂定爲十三個清吏司。
工部的任尚書爲單安仁，侍郎爲張允文和楊翼。洪武六年，分四個屬部，即總部、虞部、水部、屯田部。八年增立四科。十三年，以屯田部爲屯部。二十二年，改總部爲營部。二十九年，定爲營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司。設郎中、員外郎、立事各1人，另轄寶源局、軍器局等。
永樂十九年（公元1421年），明成祖遷都北京，改南京爲留都。南京除了沒有皇帝之外，其他各種官僚機構的設置完全和北京一樣。南京所設立之六部稱“南六部”，雖同有一套職官，但多安置閑散退休或被排斥的官員，其職權遠不如北京六部。所以，南京各官自成一種勢力，與北京明争暗鬥，兩京官員疊爲消長，操縱朝局。這是明代的一種奇特現象。
明代六部所屬各清吏司之郎中、員外郎、主事等司官，皆爲實際任職之人，所以頗能上下其手，招降納賄。
明代六部尚書往往不拘定額，可以添差，故有道士而任禮部尚書，工頭而任工部尚書的現象。
四、都察院
明代初年，沿元舊制，設禦史台，洪武十三年（公元138o年）五月罷禦史台。十五年改置都察院。這個機構爲明代所創設的，與前代禦史台之制不甚相同。都察院設左右都禦史、左右副都禦史、左右佥都禦史及浙江、江西、福建、四川、陝西、雲南、河南、廣西、廣東、山西、山東、湖廣、貴州等十三道監察禦史共11o人。都禦史爲台長，與六部平行，合稱七卿。都禦史之職，據《明史·職官志二》說：
都禦史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，爲天子耳目風紀之司。凡大臣奸邪，小人構黨，作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾。遇期觐，考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各專其敕行事。可見明代都禦史的權力很大，凡官吏之考察黜陟則會同吏部、重大刑獄則會同刑部與大理院。其他各官署則分屬十三道監察禦史稽察。監察禦史充任的職務，遠比前代繁重。據《明史·職官志二》所載：
在内兩京刷卷，巡視京營、監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視内庫、皇城、五城、輪值登聞鼓。在外巡按（北直隸二人，南直隸三人，宣大一人，遼東一人，甘肅一人，十三省各一人），清軍，提督學校（兩京各一人，萬曆末南京增設一人）。巡鹽（兩淮一人，兩浙一人，長蘆一人，河東一人），茶馬（陝西）、巡漕、巡關、儹運、印馬、屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辯之。
禦史權重如此，所以選授也極慎重，自永樂八年（公元141o年）以後，規定禦史必從進士及監生中有學識并通達治體者選任。《明會要·職官五》引《三編》載：
永樂七年（公元14o9年），召禦史張循理等二十八人至，問其出身，皆由進士及監生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：“用人雖不專一途，然禦史爲朝廷耳目之寄，宜用有學識通達治體者。”黜秉等爲序班。诏：“自今勿複用吏。”明年冬，申谕吏部，着爲令。
禦史之權既重，然處事若有差失，懲辦也極嚴厲。據《世法錄》記載，洪武十五年（公元1382年）五月，禦史雷勵誤把良民判爲徒罪。明太祖查獲其事，責之曰：“朝廷能使頑惡懾伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民無所守。爾爲禦史，執法不平，何以激濁揚清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪論決，可以再生乎？”并命法司論雷勵之罪，以示警戒。就連書寫失誤，也被認爲不稱職而一例治罪。據《夢餘錄》記載，宣德間，禦史謝瑤在薦舉文牍上誤書被薦者姓氏，奏書上呈後，又自陳改正。宣宗謂吏部曰：“古人奏牍皆存敬慎，石慶書‘馬’字缺點，懼及死。今薦賢不知其姓，豈能知其才？輕率如此，豈稱禦史之職？”便把謝瑤貶爲交址大蠻縣知縣。宣德十年（公元1435年），宣宗又特谕都察院：“朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛，令吏部：今後，初仕者不許铨除風憲。凡監察禦史有缺，令都察院堂上及各道官保舉，務要開具實行，移咨吏部，審察不謬，然後奏除。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪”。可見有明一代，對禦史官的選授和督察是甚爲嚴格的。
五、通政使司
元代有四方獻言詳定司，後又置通政院，其職掌不相同。明代于洪武三年（公元137o年）三月，置察言司，以王文卿、原本兩人爲司令，掌受四方章奏，旋罷。洪武十年（公元1377年）七月，置通政司，設通政使1人，正三品；左、右通政各1人，正四品；謄黃右通政1人，正四品；左、右通議各1人，正五品。其屬官有經曆司經曆1人，正七品；知事1人，正八品。《明史·職官志二》載：
通政使掌受内外章疏、敷奏、封駁之事。凡四方陳情建言，申訴冤滞，或告不法等事，于底簿内謄寫訴告緣由，■狀奏聞。凡天下臣民實封入遞，即于公廳啓視，節寫副本，然後奏聞。即五軍、六部、都察院等衙門，有事關機密重大者，其入奏仍用本司印信。凡諸司公文，勘合辨驗允當，編号注寫，公文用“日照之記”，勘合用“驗正之記”關防之。凡在外之題本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝彙而進之。有徑自封進者則參駁。午朝則引奏臣民之言事者，有機密則不時入奏。有違誤則籍而彙請。凡抄，照駁諸司公移及勘合，訟牒，勾提件數，給繇人員，月終類奏，歲終通奏。凡議大政、大獄及會推文、武大臣，必參預。
洪武十年（公元1377年），以曾秉正爲任通政使，劉仁爲左通政使。上任之時明太祖曉谕說：“政猶水也，欲其常通，故以‘通政’名官。卿其審命令以正百司，達幽隐以通庶務。當執奏者勿忌避，當駁正者勿阿随，當敷陳者毋隐蔽，當引見者毋留難”。可見明太祖對這個機構是相當重視的。
通政使司是明代創設的，其職能似乎有類于南北朝的通事舍人、唐代的知匦使、宋代的合門使及通進銀台司等機構之合并。在理論上是君主和臣下之間的一個聯系機關，任何官署上奏事件都必須經由其手，所以居七卿之下的最高位次，有資格參預“廷推”。據《夢馀錄》記載，通政司門下有一紅牌，書雲“奏事使”。持此牌可以直入内府，守衛官不得阻攔，這給通政使奏事提供了方便，下情能及時上達。通政司出納王命，爲朝廷之喉舌，其封奏皆自禦前開拆，故奸臣有事即露，無幸免者。天順（公元1457—1464年）以後，其作用雖稍減弱，但也爲權奸所警戒。據《明史·嚴嵩傳》載，嘉靖中，趙文華與嚴嵩結爲父子，嚴嵩念“己過惡多，得私人在通政，劾疏至，可豫爲計”。故以文華爲通政使，及明中、晚期，通政司實際已被奸黨所控制，通達下情之意，蕩然無存了。清代君主直接受理奏章，通政使即變成閑曹，而其品秩卻依然如舊。
六、大理寺
大理寺，洪武十四年（公元1381年）置，命李仕魯爲任大理寺卿，正五品。置左右少卿，從五品；左右寺丞，正六品。十九年（公元1386年）置審刑司，共平庶獄。凡是大理寺所理之刑獄，審刑司均複詳議之。爲加強大理寺的權力，洪武二十二年（公元1389年），升大理寺卿爲正三品，少卿正四品，丞正五品。可見明太祖對這個執法機關是很重視的，據《明代典則》記載，洪武二十四年（公元1391年）六月，太祖把大理寺丞周志清提爲卿，并說：“大理之卿，即古之廷尉，曆代任斯職者，獨漢稱張釋之、于定國，唐稱戴胄。蓋由其處心公正，議法平恕，獄以無冤，故流芳後世。今命爾爲大理寺卿，當推情定法，毋爲深文，務求明允，使刑必當罪。庶幾可方古人，不負命也”。大理寺所掌爲“審谳平反刑獄之政令”。要做到“推情定法”，“刑必當罪”，使“獄以無冤”是很不容易的。所以大理寺官員選任之當否是非常重要的，據《夢餘錄》記載，宣德時，吏部尚書蹇義特爲此事向宣宗上疏說：
刑部都察院職典刑名，而大理寺尤專詳谳。居是職者，必得其人。其官屬，宜從堂上官精加考■，庸劣不稱者黜之，貪婪苛刻者罪之，其有作奸犯科者，責令互相糾舉。違者，一體論罪。
蹇義奏疏所提出的原則實際上是無法實行的，尤其是明中期以後，大理寺之權竟落入“庸劣不稱者”之手。以至刑獄不清，冤案四出。所以，嘉靖六年（公元1527年），黃绾又上疏世宗：
法司所以理刑名，至于大理寺職司參駁，關系尤重。凡任兩寺官，非精律例，見出原問官之上，何以評其輕重，服其心乎？近見兩寺官，有初入仕途，律之名例尚未通曉，即欲斷按庶獄，未免有差。原問官因得指摘罅漏，借爲口實，至于參駁。本寺亦不降心，辄逞雄辯，往複數次，淹累囚衆，至不得已，将就允行。刑獄不清，職此之故1。
由于用人不當，庸劣當權，不精律例，偏執己見，因而拷掠成獄，“捶死獄中”，論罪不當，“重囚稱冤”者往往有之。但明代也有一些大理寺卿能公平理獄，執法不阿。如《明史·虞謙傳》記載仁宗時，虞謙爲大理寺卿、呂升爲少卿，能“悉心奏當，凡法司及四方所上獄，謙等再四參複，必求其平，嘗語人曰：‘彼無憾，斯我無憾矣’。”又《明史·馬森傳》載，馬森爲大理卿，屢駁疑獄，與刑部尚書鄭曉、都禦史周廷稱爲“三平”。但大理寺卿有時也受到權臣的制約，不能公正治獄，《明史·王用汲傳》載，萬曆時，王用汲爲大理少卿，遇法司議胡槚、龍宗武殺吳仕期案，定胡、龍二案犯谪戍。用汲認爲量刑不公，駁奏曰：“按律：刑部及大小官吏不依法律，聽從上司主使出入人罪者，罪如之。蓋謂如上文‘罪斬，妻子爲奴，财産入官’之律也。仕期之死，槚非主使者乎？宗武非聽上司主使者乎？今僅谪戍，不知所遵何律也？”神宗欲從用汲之言，可是閣臣申時行等則認爲仕期自斃，宜減等。這個依法本該判處死刑的案犯，就以谪戍從輕落，可見在封建社會，正直的刑官往往不能維護法律尊嚴的。
明代的大理寺與刑部、都察院合稱爲“三法司”，國家的重大案件，常由“三法司”會審。但是中期以後，大理寺執法之權被奪，實際上隻能核閱案卷而已。
七、詹事府
洪武初年，置大本堂以藏古今圖籍，召四方名儒訓導太子、親王。不久，太子居于文華堂，諸儒輪班侍從，又選才俊之士入充伴讀。當時，東宮官屬除了太子少師、少傅、少保、賓客以外，還有左右詹事、同知詹事院事、副詹事、詹事丞、左右率府使、同知左右率府事、左右率府副使、谕德、贊善大夫，都以勳舊大臣兼領其職。又有文學、中舍、正字、侍正、洗馬、庶子及贊讀等官。洪武十五年（公元1382年），改定左、右春坊官，各置庶子、谕德、中允、贊善、司直郎，又各設大學士。随即又定司經局官，設洗馬、校書、正字。二十二年（公元1389年），因屬官太多而無所統率，才設詹事院以總之。二十五年（公元1392年）改名詹事府，置詹事1人（正三品），少詹事2人（正四品），府丞2人（正六品）。主簿廳主簿1人（從七品），錄事2人（正九品），通事舍人2人。左春坊：職官有大學士（正五品）、左庶子（正五品）、左谕德（從五品）各1人，左中允（正六品）、左贊善（從六品）、左司直郎（從六品，後不常設）各2人，左清紀郎1人（從八品，不常設），左司谏2人（從九品，不常設）。右春坊的官員設置如在春坊。司經局：設有洗馬1人（從五品）、校書（正九品）、正字（從九品）各2人。
詹事掌統府、坊、局之政事，以輔導太子。少詹事爲詹事之副2。明太祖對太子的教育很重視，既不随便付之以重任，又特設一套較前代完備的東宮官，以訓導太子。《明會要·職官七》引《明通紀》：
洪武元年（公元1368年）正月，中書及都督府議，仿元舊制設中書令，欲奏以太子爲之。帝曰：“取法于古，必擇其善者而從之。元人事不師古，設官不以任賢，惟其類是與，豈可取法？且吾子年未長，學未充，更事未多，所宜尊禮師傅，講習經傳，博通古今，識達機宜。他日軍國重務，皆令啓聞，何必效彼作中書令乎？”乃令詹同考東宮官，設少師、少傅、少保、詹事、率府使、谕德、贊善，賓客等官。
這表現了明太祖的卓見遠識，詹事府官員對太子的影響最爲直接，所以明太祖慎擇其人，常以勳舊大臣兼領其職。據《明史·唐铎傳》記載，初置詹事院，太祖對吏部說：“輔導太子，必擇端重之士。三代保、傅，禮甚尊嚴。兵部尚書唐铎謹厚有德量，以爲詹事，食尚書俸如故。”以後，凡東宮官缺，則命廷臣推舉孝義笃行之京官兼任。英宗天順（公元1457—1464年）以前，或尚書、侍郎、都禦史兼任。憲宗成化（公元1465—1487年）以後，例以禮部尚書、侍郎由翰林出身者兼掌之，明太祖規定宮官由廷臣兼領，其謀慮是很深遠的。據《洪武聖政記》載：
洪武三年（公元137o年）十二月，禮部尚書陶凱請選人專任東宮官屬，罷兼領之職，庶于輔導有所責成。帝曰：“古者不備其官，惟賢能是用。朕以廷臣有才望勳德者，兼東宮官，非無謂也，嘗慮廷臣與東宮官屬有不相能，遂成嫌隙，或生奸謀，離間骨月（肉），其禍非細。若江充之事，可爲明鑒。朕今立法，令省台都督府官兼東宮贊輔之職，父子一體，君臣一心，庶幾無相構患”。
這說明了明太祖規定“兼領”之制是接受了西漢巫蠱之禍的教訓。宮官“兼領”就可預防廷臣與宮官相構，而生奸謀，“離間骨肉”。這是明太祖調節宮廷内部矛盾的重要措施。
通事舍人掌東宮朝谒及辭見之禮。“凡廷臣朝賀，進箋進春、進曆于太子，則引入而舉案”。春坊大學士執掌太子向皇上奏請及講讀之事。洗馬掌經史子集、制典、圖書刊輯之事。凡天下圖冊上東宮者，皆受而藏之。校書、正字爲洗馬之佐，掌繕寫裝潢并校正典籍之訛謬。
明中期以後，詹事府成爲翰林官遷轉之階，太子出閣的講讀之事都由其他官員充任，名實已不相符了。
八、翰林院
吳元年（公元1363年）五月，初置翰林國史院，設學士（正三品），侍講學士（從四品），直學士（正五品），修撰，典簿（正七品），編修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置學士承旨，正三品，改學士爲從三品，并增設待制（從五品），應奉（正七品），典籍（從八品）等官。洪武十三年（公元138o年）增設檢閱（從九品）。洪武十四年，降翰林學士爲正五品，并革除學士承旨、直學士、待制、應奉等官。明初，翰林院官員都是薦舉而入，而不從進士中選任。所以，洪武四年（公元1371年）開科，狀元吳伯宗隻授員外郎，榜眼、探花僅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品員，定進士一甲授修撰，二甲以下授編修、檢讨，其品秩自學士五品以下至七品不等。據《明史·選舉志》載，這年廷試後，一甲進士丁顯等授翰林院修撰，二甲馬京等爲編修，吳文爲檢讨。進士入翰林就是從這一年開始。此後，明太祖對翰林院的政治作用逐漸注意，據《明史·戴德彜傳》載，洪武二十七年（公元1394年），戴德彜爲翰林院侍講，太祖對他說：“翰林雖職文學，然既列禁近，凡國家政冶得失，民生利害，當知無不言。昔唐6贽、崔群、李绛在翰林，皆能正言谠論，補益當時，汝宜以古人自期”。
惠帝建文初年，複置學士承旨，改侍講、侍讀兩學士爲文學博士，以方孝孺任之，參預機務，并置文翰、文史二館。以文翰館居侍講，侍讀，侍書，五經博士；文史館居修撰，編修，檢讨。永樂二年（公元14o4年），授一甲3人爲翰林修撰、編修，再于二甲選文學優等者楊相等5o人及善書者湯流等1o人爲庶吉士。從此以後，庶吉士便成爲翰林之專官。
明代翰林院官員具有兩重意義：其一，作爲參預機務的内閣成員。内閣成員稱大學士，因而内閣與翰林院爲一而二，二而一的機構，這是清制隻有翰林出身者才能入閣的由來。自明憲宗成化（公元1465——1487年）以後，不但内閣，就連六部長官也有定例以翰林官充任的。據《明史·職官志二》載：“其在六部，自成化時，周洪谟以後，禮部尚書、侍郎必由翰林，吏部兩侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚書則兼學士（六部皆然），侍郎則兼侍讀、侍講學士。其在詹事府暨坊、局官，視其品級，必帶本院銜（詹事，少詹事帶學士銜，庶子，谕德，中允，贊善則帶侍講、侍讀學士以至于編修、檢讨等銜）”。其二，明代的翰林院包括前代的秘書監、史館、着作局、起居郎、舍人等職；因此，這些官名均已廢除。事實上連這些官的職務也廢除了，有時不過作爲裝點門面而已。
明代的翰林學士掌制诰、史冊、文翰之事，以考議制度，詳正文書，備天子顧問，其職位頗爲清要。《明史·職官志二》說：“大政事、大典禮，集諸臣會議，則與諸司參決其可否，車駕幸太學聽講，凡郊祀、慶成諸宴，則學士侍坐于四品京卿上”。因其常在帝側，“備天子顧問”，頗能左右朝政，也可幹預官吏的黜陟，所以特受尊崇，雖品列第五，侍坐則在四品京官以上。侍讀、侍講掌講讀經史。
此外，國子監也與翰林院相接近。置祭酒1人（從四品），司業1人（正六品）。其下設繩愆廳，以監丞1人（正八品）掌執學規；博士廳，有《五經》博士5人（從八品）分經講授，助教15人（從八品），學正1o人（正九品），分率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂爲士子肆業之所，這是明代所特設的；典簿廳，有典簿1人（從八品）；典籍廳，有典籍1人（從九品；掌馔廳，設掌馔2人（未入品）。
九、宦官機構
明代初年，對宦官的限制非常嚴格，據《昭代典則》記載，洪武二年（公元1369年）八月，在确定内侍官制時，太祖诏谕吏部說：
朕觀《周禮》，阍寺不及百人，後世多至數千，卒爲大患。今雖未能複古，亦當爲防微之計。此輩所事，不過供灑掃，給使令而已。若求善良，百無一二。用爲耳目，即耳目蔽；用爲心腹，即心腹病。馭之之道，但當使之畏法，不可使之有功。有功則驕恣畏法則檢束，自不爲非也。可見明太祖對宦官禍害的認識是很深刻的。洪武六年（公元1373年）十一月，特命延臣考究前代糾劾内官的辦法。禮部議置内正司，設司正、司副各一人，專門糾察内官失儀及不法的行爲。據《明會要·職官十一》引《明政統宗》載，洪武十年（公元1377年）五月，有一個内侍官因在内廷時間較久，偶而言及政事，當即被太祖斥遣歸還鄉裏，并令終身不得叙用。又對諸臣說：
此輩日在左右，其小忠小信，足以固結君心。及其久也，假竊威權，以幹政事，遂至于不可抑。自古以此輩亂者多矣。今立法不許寺人幹預朝政，決去之，所以懲将來也随後規定内臣不許讀書識字。洪武十七年（公元1384年），特鑄一個鐵牌，上刻文字：“内臣不得幹預政事，犯者斬。”置于宮門之中。又敕令諸司，不得與内官監文移往來。自古以來，對宦官之禁，未有如明太祖之周備。當時有個禦用監名叫杜安道，以鑷工侍太祖數十年，朝中許多機密計議他都知道，但他個性慎密，嚴遵太祖的禁令，在諸大臣面前僅一揖而退，從不啓口洩漏機密。太祖對他很寵愛，但不給予優遇，後來遷出爲光祿寺卿。
洪武末，太祖重新整頓宦官機構，定十二監及各司局，并制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官傳序》說：
明太祖既定江左，鑒前代之失，置宦官不及百人。迨末年頒《祖訓》，乃定爲十有二監及各司局，稍稱備員矣。然定制，不得兼外臣文武銜，不得禦外臣冠服，官無過四品，月米一石，衣食于内庭。
後來宦官設置不斷增多，《明史·職官志三》說：“宦官……十二監、四司、八局，所謂二十四衙門也。”其機構之龐大，爲曆代所無。因各監、司、局官稱職掌繁雜，特制二十四衙門官制之簡表以說明。
此外又有内府供應庫，設掌印太監1員，掌宮内及山陵等處内官食米及禦用黃蠟、白蠟，沉香等。凡油蠟各庫均屬之；司鑰庫，設掌印太監1員，掌大内庫藏，凡金銀及諸寶貨總隸之；十庫：甲字，掌貯銀朱，黃丹，烏梅，藤黃，水銀諸物。乙字，掌貯奏本等紙。丙字，掌貯絲綿，布匹。丁字，掌貯生漆，桐油等物。戊字，掌貯所解弓箭，盔甲等物。承運，掌貯黃白生絹。廣盈，掌貯紗羅諸帛匹。廣惠，掌造貯巾帕，梳籠、刷抿、錢貫、鈔錠之類。贓罰，掌沒入官物；禦酒房，設提督太監1員，掌造禦用酒；禦藥房，設提督太監正、副2員，掌禦用藥餌，與太醫院官相表裏；禦茶房，設提督太監正、副2員，職司供奉茶酒、瓜果及進禦膳；牲口房，設提督太監1員，掌收養異獸珍禽；刻漏房，設掌房1員，掌管每日時刻，每一時即令直殿監官入宮換牌，夜報刻漏，更鼓房，有罪内官職司之；甜食房，設掌房1員，掌造辦虎眼，窩絲等糖及諸甜食（隸禦用監）；彈子房，設掌房1員，專備泥彈；靈台，設掌印太監1員，掌觀星氣雲物，測候災祥；縧作，設掌作1員，掌造各色兜羅絨及諸縧绶（隸禦用監）；盔甲廠（即舊鞍辔局），掌造軍器；安民廠（舊名王恭廠），設掌廠太監1員，掌造铳炮、火藥之類。又午門，東華門，西華門，奉天門，玄武門，左、右順門，左、右紅門，皇宮門，坤甯門，宮左、右門以及東宮春和門，後門，左、右門，皇城、京城内外諸門等，各設門正1員，司晨昏啓閉，關防出入。還有提督東廠，設掌印太監1員，掌刺緝刑獄之事。舊選各監中一人提督，後專用司禮監之秉筆第二人或第三人爲之。其貼刑官，則用錦衣衛千百戶爲之。提督西廠（不常設），提督東營（代宗景泰元年〔公元1452年〕始置）；文書房，設掌房1o員，掌收通政司每日封進本章，及各藩所上封本，其在外之閣票，在内之搭票，一應聖谕旨意禦批，俱由文書房落底簿，凡升司禮者，必由文書房出；禮儀房，設提督太監1員，掌一應選婚、選驸馬以及皇太子女誕生，選擇乳婦諸吉禮；中書房，設掌房1員，掌管文華殿中書所寫書籍、對聯、扇柄等件，承旨寫，完日奏進；禦前近侍，包括乾清宮管事，打卯牌子，禦前牌子，煖殿，管櫃子，贊禮，答應長随，當差聽事，拏馬，尚冠、尚衣、尚履等，皆屬近侍；南京守備，設正、副守備太監各1員，關防一顆，護衛留都，爲司禮監之外差；天壽山守備，設太監1員，轄各陵守陵太監，職司護衛；湖廣承天府守備，設太監1員，轄承德、荊、襄地方，護衛興甯；織造，南京，蘇州，杭州各設提督太監1員，掌織造禦用龍衣；鎮守（鎮守太監始建于洪熙，遍設于正統），各省各鎮均有鎮守太監，嘉靖八年後革。市舶，廣東、福建、浙江三市舶司各設太監提督，後罷福建、浙江，惟存廣東司；監督倉場，各倉各場俱設監督太監；諸陵神宮監，各陵俱設神宮監太監守陵。在外的臨時差遣有監軍、采辦、糧稅等等名目，不勝枚舉。
建文帝嗣位，一遵祖訓，對内臣的限制更加嚴格，據《明史·宦官傳序》載，惠帝诏内臣“出外稍不法，許有司械聞”。成祖初臨朝，也警惕宦官擅權，《明史·職官志三》載，他曾說：“聯一遵太祖訓，無禦寶文書，即一軍一民，中官不得擅調。”當時有個宦官私自調用應天府工匠爲其服役，事後，成祖立即诏命錦衣衛逮捕治罪。但不久，這些禁令全部破壞了。《明史·職官志三》說：
顧中官四出，實始永樂時。元年（公元14o3年），李興等■敕勞暹羅國王，此奉使外國之始也。三年（公元14o5年）命鄭和等率兵二萬，行賞西洋古裏、滿刺諸國，此将兵之始也。八年（公元141o年），敕王安等監都督譚青等軍，馬靖巡視甘肅，此監軍、巡視之始也。
至洪熙元年（公元1425年），仁宗派遣鄭和領下番官軍守備南京。從此以後，宦官領兵之例便相沿不革。同時又派王安鎮守甘肅，于是，各省鎮皆相繼派宦官爲鎮守。宣德四年（公元1429年）宣宗特于宮中設内書堂，命大學士陳山專授小内使書，從此，太祖不許内臣讀書識字之制也被廢除了，甚至特賜金英、範弘等宦官免死诏，這簡直無異于勳臣之丹書鐵券。從此，宦官威懾朝臣，權傾内外，例如英宗時之王振，憲宗時之汪直，武宗時之劉瑾，熹宗時之魏忠賢，更是作威作福，獨擅朝政。至于神宗時之礦稅使，簡直無處不受其害。宦官不僅有權有勢，仗勢欺人，而且可以蔭弟、蔭侄、封伯、封公，所以一些利欲熏心之輩，皆争相自宮（自割其生殖器）以備其選。據沈德符《萬曆野獲編補遺》記載，正德二年（公元15o7年）九月，武宗曾嚴申自宮之禁，但有潛留京師者論死。由于當時宦官格外寵幸，愚民不受其禁，不少人閹其子孫以圖富貴，有的一村中自宮者數百人。嘉靖、隆慶以後，自宮的人數越來越多。
宦官權勢日張，操持國柄，爲禍酷烈，終導緻明朝滅亡。