宋教仁疼痛難忍，趴倒在一張椅子上，用手把于右任的頭拉到胸口，喘息地說：“吾痛甚，殆将不起……”，當時在火車站送行的黃興、于右任、廖仲恺等将宋教仁送往滬甯鐵路醫院急救。
在醫院中宋教仁向于右任留下遺囑：今以三事奉告：一、所有在南京、北京及東京寄存之書籍，悉捐入南京圖書館；二、我本寒家，老母尚在，如我死後，請克強與公及諸故人爲我照料；三、諸公皆當勉力進行，勿以我爲念，而放棄責任心。我爲調和南北事費盡心力，造謠者及一班人民不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔？
他并授意黃興代拟電報給袁世凱，講述自己的中彈經過和革命生涯，最後希望袁世凱能夠竭力保障民權，自己則雖死猶生。
從宋教仁給袁世凱發的電報可以看出來，彌留之際宋教仁知道自己不是被袁世凱刺殺的，他并沒有爲自己索要什麽，唯獨希望袁世凱不要做獨裁總統。
滬督陳其美将刺客應桂馨抓獲，兩天之後應桂馨被殺，随後陳其美突然宣稱搜出應桂馨與内務部長趙秉均的秘書洪述祖的書信來，陳其美由此認爲，宋教仁是被袁世凱所殺。
江蘇都督程德全、江蘇民政長應德闳在收到租界會審公堂移交的證據後，把罪犯應桂馨和國務總理兼内務總長趙秉鈞、内務部秘書洪述祖之間來往的秘密電報和函件的要點以“通電”的形式向海内外公布，迫使趙秉鈞不得不發出公開電報爲自己辯解，滬市地方檢察廳也公開傳訊在位的國務總理趙秉鈞。
且不說陳其美所陳證據是真是假，但下一任内閣總理被刺殺一事讓袁世凱政府極其被動，衆所周知宋教仁反袁，北上正式來代替袁世凱領導國家的，這相當于下一任國家領導人被殺了，任誰都會認爲應該是袁世凱下的毒手。此時陳其美抛出所謂的“證據”，即便不是真的，衆人也認爲是真的了。
而在整個宋教仁遇刺一案中，王永安心存懷疑，尤其是他太了解陳其美了，陳其美控制的上海地方法院能夠正确審判才怪。
誠然這個宋教仁自以爲懂得政治卻不懂得國情，自以爲可以将外國的政治體系照搬全抄挪到中國來，卻完全忘記了推翻滿清并不是國會和那群議員的功勞，而是北洋軍隊、江北軍隊和民黨軍隊的功勞，犯了文人最大的毛病——看不起幹實事兒的人。當然，如果讓宋教仁“任人唯賢”地進行内閣改組，看起來未來的國家一定會非常完美，但卻會遇到政令不通甚至會産生内戰的危險。
所以王永安認爲，宋教仁是一個比孫逸仙還要理想主義的人，他已經理想到YY自己真的可以控制這個國家了，宋教仁要革的不單單是北洋系的命，還有江北系的命。可即便如此，也沒有人真的認爲宋教仁有本事能夠影響政局，别說袁世凱有都是辦法收拾宋教仁，便是王永安也有很多陰招等着他。所以不管是北洋系還是江北系，完全沒有将宋教仁放在眼中的意思，更不存在刺殺他的動機。
畢竟如果說嘴炮嚣張是殺人的理由，那孫逸仙早就被殺多少次了。
幸虧當初王永安提出派出專案組進行調查，袁世凱立即表示，在專案組得出結論之前，任何人不得毀壞證物、不得傷害刺客、不得隐藏證據，滬督陳其美所言真假應有專案組進行調查。
不過陳其美很快發表通電，表态不認可調查組的态度，由嫌疑人派出調查組調查嫌疑人，怎能找到真的兇手。
雙方來往幾次嘴仗，搞得袁世凱精疲力盡，當然更讓他氣憤的是，此時偏偏唐紹儀遞出正式辭呈，決定不再擔任内閣總理了。
袁世凱大驚失色，連忙找到唐紹儀，握着他的手激動地說：“少川，如今你也要棄我而去不成？”
唐紹儀搖頭歎道：“本來就是宋教仁來做内閣總理，我又何苦繼續屍位素餐？罷了，我這個内閣總理，不過是做個樣子罷了，倒不如回到廣東養養老的好。”
袁世凱明知唐紹儀辭職并不是因爲宋教仁，而是因爲他架空了内閣，卻不能這個時候放他離開，一旦唐紹儀走了，這一屆政府就更亂了。但是唐紹儀已經厭煩了袁世凱的虛情假意，他做内閣總理的時候，處處受到袁世凱的鉗制，仿佛他做的不是内閣總理，而是囚牢中的犯人一般。這等憋氣窩火的内閣總理，不做也罷，反倒不如回到廣東老家做個縣官爲地方上做出貢獻。
唐紹儀着實是被袁世凱寒了心，無論袁世凱如何奉勸，唐紹儀堅持不爲所動，一定要辭職。次日，唐紹儀在國會上正式宣布辭去内閣總理，并宣布解散内閣。内閣解散就意味着内閣十二部部長與次長全部同時失業了，而接下來将要面臨着重新組閣的問題，那麽由誰來擔任新的内閣部長，内閣勢力範圍将如何劃分，則成爲了擺在衆人面前的一個問題。
原本要離開京師的王永安不得不被重新組個一事耽誤下來，并立即召集所有江北系官員商讨内閣十二部的劃分問題，大家認爲一定要先保住自己的勢力範圍，然後圖謀其他，尤其是可以趁機吞并民黨的勢力，如将教育部和文體部拿到手中，雖然這樣看起來江北所占不過是虛職，但是步步蠶食，未來必定可以反過來控制内閣。
王永安拍闆決定，确保工商、交通、司法、衛生四部，全力争取教育、文體兩部，江北系再一次傾巢出動了。