李治向李世民建議：學院名稱爲長安大學。
請杜如晦擔任長安大學校長，房玄齡擔任長安大學副校長。
請馬周擔任長安大學國學院院長，請孔穎達、顔師古（孔子弟子顔回的後人）擔任長安大學國學院副院長；
請魏征擔任法學院院長，請禦史大夫戴胄、刑部尚書劉仁軌、刑部左侍郎劉洎、大理寺正卿狄仁傑爲法學院副院長；
請玄奘大師擔任佛學院院長，道信大師爲佛學院副院長；
請袁天罡擔任道學院院長，李淳風、成玄英爲道學院副院長；
請孫思邈擔任醫學院院長；
請裴度擔任商學院院長；
請劉弘基擔任機關學學院院長，唐休璟、魯五、高侃擔任機關學院副院長；
請唐儉擔任外語學院院長，王玄策、郭孝恪擔任外語學院副院長；
請禮部尚書李道宗擔任民族學院院長，執失思力、契苾何力、阿史那思摩、阿史那社兒爲民族學院副院長。
皇帝李世民都表示同意。他對李治說：“其實你應該在長安大學中擔任重要職務的，以後也能讓人才爲你所用。”
李治回答：“長安大學的創建宗旨就是國家撥款，自主經營，脫離政治，如果兒臣擔任了長安大學的重要職務，三哥李恪肯定也要提出擔任長安大學的重要職務。這樣會背離長安大學的創建理念的。不利于長安大學的發展。”
李世民聽完後，誇獎李治不攬權，知進退。
李治告訴李世民：“未來，長安大學會建立從幼兒到大學的整個教育體系，它會有自己的研究所，自己的醫院，自己的工廠。長安大學将會聚集整個世界最先進的知識和文化，爲整個大唐注入勃勃生機。”
李世民也被長安大學的規劃感動了，期待長安大學有一個更好的發展。
之後，李治又提議：在長安大學中建立軍事學院，請李靖擔任院長，李績擔任副院長，大内供奉、各位大唐大将軍擔任教官。
李世民也表示同意。
李治說：“軍事學院以後是要搬離長安大學的，成爲一個獨立的學院。它将爲大唐提供更多的軍事人才。”
李世民很期待。
不久，新生報到了。和李治結義的各家子弟都來了，大唐官員的子弟也來了，寒門子弟也在馬周的鼓勵下，進入了長安大學。
新生中，有一些特殊的人物，如原太子承乾的兒子李象；魏王李泰的兒子李欣；侯君集的兒子侯傑；蕭禹的兒子蕭銳等等。
還有親唐的少數民族的子弟，如阿史那思摩、契苾何力、執失思力的子弟等等。
當然還有各國君主、使節的子弟。
李治讓少數民族的子弟和各國君主、使節的子弟進入民族學院，第一年主要學習大唐語言。
李治的民族政策、宗教政策在長安大學裏施行。不久就被大唐朝廷采納，頒布全國。大唐對各少數民族的原則是：平等和團結；對待宗教，支持宗教信仰自由，尊重各個合法宗教的宗教習慣。
不久李治又提出，施行國籍制。允許親唐的少數民族、國家，加入大唐國籍，享有和大唐百姓一樣的權利。
李世民表示同意。這讓親唐的各少數民族首領、各國君主感激不已，鐵勒部首領契苾何力甚至按照民族習俗，割掉自己的左耳，向皇帝李世民表示效忠，表明整個鐵勒部落永不叛唐。
忙完公事後，李治在東宮見到了李象和李欣。兩人代表自己的父母向李治問好。于是李治就和他們閑聊了起來。通過聊天，李治才知道承乾和李泰兩人封地挨得比較近，過的卻并不好。剛到封地，兩人生活還不錯，可是不久，洛州都督張亮就不斷的爲難兩人。兩人寫信給皇帝，可是一直沒有回信。李治聽到此處，判斷李象和李欣說的都是真的。就帶着李象和李欣前往了甘露殿。
李世民看到李象和李欣還是很高興的，李治向李世民彙報了承乾和李泰的情況。李世民感到很吃驚。
第二天，在朝堂上，當着文武百官的面，李世民從中書省中書令岑文本開始，一級一級往下查，查到底是誰截留了承乾和李泰的信件。一位中書舍人承認了，是自己截留了承乾和李泰的信件。
李世民下令将這名中書舍人和洛州都督張亮下诏獄。想起張亮，李世民想到張亮曾經還是魏王李泰的盟友，估計李泰倒台後，他又投靠了他人。至于是誰，他猜出來了——蜀王李恪和岑文本。
李治提議：“派遣忠直的大臣保護承乾和李泰。授予忠直的大臣密折專奏的權利，可以将承乾和李泰的情況，不經過中書省，直達天聽。”
李世民表示同意。
下朝後，李世民對着長孫無忌感慨道：“如果立李恪，承乾、青雀、雉奴都會有生命危險。隻有立雉奴，承乾、青雀還有他們的家人才會有生命保障啊。”
李治這件事的處理，讓整個大唐朝堂，尤其是文官集團稱贊不已，說李治有仁孝之風。
不久，李世民突然病倒。李治、李恪、各位宰相、各部尚書受诏命，紛紛前往皇宮照顧。李治一直侍奉在皇帝李世民身邊，細心照顧。不久，李世民身體好轉，李治、李恪等才紛紛離開皇宮。
有一天，尚書左仆射褚遂良突然對皇帝李世民說：“有一件事，我想告訴陛下。在陛下病重期間，有位高官他說了大逆不道的話，希望陛下能夠嚴懲。”
李世民連忙問：“誰？他說了什麽大逆不道的話？”