因爲阻礙蛎崎家發展的，除了蛎崎家周圍的豪族以及主家安東家的掣肘之外，還有蝦夷國本地特色——阿依努族的襲擾。
阿依努族人是蝦夷國的土著，也可以說是RB這塊土地的土著。最開始阿伊努人的活動範圍在本州島地區，後來才逐漸被崛起的和族人一直驅趕到了蝦夷。而蛎崎家的發展史，也可以看做是與阿依努族的鬥争史。
康正二年（公元1456年）某日，一名蝦夷土著、阿依努族的青年前往蝦夷志濃裏的鍛冶屋想要打造一把武器。但是在武器完工後雙方因爲價格問題而起了争執，嘴炮輸了的鍛冶屋鐵匠怒不可遏，便順手抄起一把武器殺死了這名阿依努青年。
這次事件的發生，便成了蝦夷地區的和族人與當地阿依努人斷斷續續近七十年争鬥的導火索。
第二年長祿元年的五月（公元1457年），蝦夷地區東部的阿依努人首領胡奢魔犬率領當地土著暴動，襲擊了蝦夷地區的上之國（蝦夷分爲上之國地區、松前地區、下之國地區）。
此時，寄身于花澤館的武田信廣充分的發揮了自身的才能，在抵抗阿伊努人的暴動中表現突出，更讨取了胡奢魔犬父子。立下大功後，花澤館館主蛎崎季繁便将女兒下嫁給了武田信廣，而武田信廣也作爲婿養子繼承了蛎崎家家名。
當時，蝦夷地區和族人的領地主要是在蝦夷地區的最南部沿海的狹長地帶，地盤并不多。主要是有号稱“道南十二館”之稱的十二家豪族，分别是茂别館的安東政季之弟安東家政的下國安東家、中野館佐藤氏、脇本館南條氏、穩内館蔣士氏、簟部館今泉氏、大館（德山館）下國氏、彌保田館近藤氏、原口館岡邊氏、比石館厚谷氏、志濃裏館小林氏、箱館河野氏以及花澤館的蛎崎氏這十二家豪族。
在之前，胡奢魔犬發起的暴動中，整個蝦夷地區的和人根本不能抵抗阿依努族人的攻擊。整個道南十二館有十個館都被攻下，隻有花澤館和茂别館沒有被攻下。當時十二個豪族的主家安東家正在和南部家撕逼，根本沒空管理蝦夷地區，于是安東家當主安東政季便任命這十二家豪族中的武田信廣爲上之國守護、蛎崎季繁爲上之國副守護，下國家當主下國定季爲松前守護，相原家當主相原政胤爲松前副守護，下國安東家當主安東家政爲下之國守護，箱館館主河野政通爲下之國副守護。
任命下達之後，上國守護武田信廣于是挺身而出，主動擔任總大将一職并統帥各部展開反擊，射殺胡奢魔犬父子及大量參與暴動的阿依努人。戰後，安東家政向信廣授予名刀“一文字”，蛎崎季繁也授予名刀“來國俊”。信廣則将從若狹帶來的寶刀“助包”進獻與安藤家政。因蛎崎季繁無子，便收安東政季之女爲養女嫁與武田信廣。
随後武田信廣在川北天河建立洲崎館，并繼任蛎崎氏的家督之位，自此武田（蛎崎）信廣在蝦夷地區的聲望與日俱增。
武田信廣死後，蛎崎氏的家督之位由其嫡子蛎崎光廣繼承，并繼任上國守護職。而松前守護下國定季也在這個時候死了，其子下國恒季繼承了家督之位。
不過下國恒季生性殘暴，肆意誅殺家臣，因此不少下國氏的家臣便暗中向蝦夷名義上的支配者安東氏密報。安東氏對此情況很是重視，派人捕殺下國恒季。最終在明應五年（公元1496年），下國恒季礙于壓力被迫自殺，松前副守護相原季胤（松前副守護相原政胤之子，相原政胤之前便死在了阿依努人暴動中）升任守護，村上政儀出任副守護。
原本，按照這樣的情況發展下去，蛎崎家想要制霸蝦夷地區無疑是相當漫長的，不過，讓蛎崎家極爲憎恨的阿伊努族人卻在這個時候又幫了蛎崎家的忙！
永正九年（公元1512），蝦夷東部地區的阿依努人再次發生暴動，箱館、志濃裏、與倉前三館陷落。箱館館主河野季通（河野政通之子）、志濃裏館主小林良定、與倉前館主小林季景切腹。
次年的永正十年六月，阿依努人又突然襲擊了松前大館，守護相原季胤、副守護村上政儀自殺，松前守護相原家滅亡。
至此，之前的下國守護安藤氏早已沒落，松前守護下國氏和相原氏相繼滅亡，整個蝦夷地區就僅剩蛎崎家這一個“三守護”了。
随着“三守護”體制的滅失，雖然蛎崎氏已經成爲了蝦夷地區名義上的統率者，但是蛎崎家依然是桧山安東家的從屬。蛎崎家的一切行動，也必須首先得到桧山安東家的肯定。
蛎崎光廣雖然觊觎蝦夷的支配權，多次派遣使者前往桧山安東家那裏請示，但是使者往來一次需要數月，而且桧山安東家不知道爲什麽就是不對蛎崎氏成爲蝦夷支配者一事松口。
後來，桧山安東家當主亡故，下一任當主便是安東舜季之父安東尋季了。安東尋季一來感念蛎崎家在蝦夷地區幫助安東家對抗阿依努族人有功，二來當時蛎崎家少主蛎崎義廣派遣一名叫做绀廣良的浪人爲使再次前往安東家，獻上了蛎崎家在松前地區征收的來往商船以及行人的通行稅，安東舜季便将蝦夷守護的“判形”賜予了蛎崎家。
自此，蛎崎家終于如願以償的成爲了蝦夷地區名義上的首領，但是卻依然無法擺脫桧山安東家的掣肘。畢竟，此時的桧山安東家對于蝦夷的影響力還是巨大的，而且桧山安東家的實力也不是才剛剛崛起的蛎崎家可以比拟的。未來的路還很漫長，蛎崎家也隻能默默的積蓄實力。
但是此時，讓蛎崎家又愛又恨的阿伊努族人又跳出來了。
不過，此時奠定了蛎崎家基業，有蛎崎家奠基第二人之稱（瑪德，蛎崎家之前總共才倆個當主，不明覺厲！）的蛎崎光廣，不願意在放任這些土著不管不顧了。于是在此之後，蝦夷地區純潔的土著阿伊努族人們，便逐漸被蛎崎光廣和蛎崎義廣這倆個資深老司機給玩壞了！