開慶元年（1259年），有人再次上書指斥丁大全與董宋臣禍國殃民，宋理宗于是将丁大全罷相。
在景定元年（1260年），宋理宗最寵愛的妃子閻貴妃病死。而宋理宗對董宋臣卻百般維護，先是将這個内宦調離合門，用來平息輿論，不久就讓他官複原職。宋理宗又極度信任賈似道這個奸臣，不僅将其升爲少師，還進封衛國公。
1260年初，蒙古王子忽必烈爲了順利登上了大汗的寶座 。在三月二十四日，忽必烈在開平召開了大會，發布登寶位的诏書，稱蒙哥爲“先皇”。忽必烈登基成爲蒙古大汗，并且更改了蒙古舊制度，采行漢法，建立與中原經濟基礎相适應的中央集權制封建政權。
五月十九日，忽必烈發布诏書，說明爲了明消滅大宋之志，取年号叫中統，意思爲中華開統。
忽必烈在登基之後，在中央設置中書省，以王文統、趙壁任職平章政事；在各地分設十路宣撫司，任漢人儒士或是祖居中原的契丹人、或者是漢化程度較高的色目人爲使。
同年，蒙古大汗忽必烈爲了鞏固蒙古國的地位，于是在蒙古哈喇和林召開了一次特别的辯論大會，辯論雙方是道教代表全真教道士李志常和佛教代表福裕大和尚。辯論的焦點是佛道誰爲貴，評判者是蒙古皇帝元世祖忽必烈。
辯論結果是佛教代表方的福裕法師，忽必烈勒令焚毀道經四十餘種，并且下令要求衆多道教信徒皈依佛教，自此确立了佛教在蒙古國（元朝）尊崇地位。
這場辯論勝方的代表福裕大和尚正是少林寺住持，之前他就已經被元憲宗蒙哥任命爲最高僧官“都僧省都總統”之職，總領蒙古國佛教，被賜名爲“光宗正法大禅師”。
福裕大和尚住持少林寺期間，對元初兵火之災後的少林寺進行了大規模的整修和重建，确立了曹洞宗在少林寺的地位，并且制訂了少林寺的宗法制度，自此少林寺有了家譜。雖然如此能讓後人更容易知道傳承，但是也埋下了日後寺院僧人良莠不齊的禍根。
同年，南宋詞人吳文英去世。
景定二年（1261年），宋理宗趙昀排定了入祭祀孔廟的名單包括：司馬光、周敦頤、程颢、程頤、張載、朱熹、邵雍、張拭、呂祖謙。其中除了司馬光外，剩下的都是理學代表人物。
景定三年（1262年），被罷相的丁大全讓宋理宗改爲将其流放。丁大全在流放海島的途中，被押解的官兵擠落水中溺死。
1263年，蒙古大汗忽必烈下诏将開平升爲上都，第二年在燕京（今北京建立元中都（後稱元大都），從而确立了兩都巡幸制度。
同年，景定五年，宋理宗的宦官董宋臣去世。過了幾個月後，宋理宗趙昀在臨安去世，享年六十歲。谥号建道備德大功複興烈文仁武聖明安孝皇帝，廟号理宗。
景定五年（1264年）十月二十六日，宋理宗去世之後，宋太祖十一孫，宋理宗同母胞弟趙與芮之子趙禥接受遺诏，登基爲皇帝。是爲宋度宗。當時的趙禥二十四歲。
二十七日，尊皇後謝氏爲皇太後，自生日爲壽崇節。
二十九日，文武百官到祥曦殿上表請求聽政，沒有允準。十月三十日，大赦天下。
宋度宗登基之後，軟弱無能，智商又偏低于普通人，荒淫程度更甚于宋理宗，整天宴坐後宮，與妃嫔們飲酒作樂。甚至連批改公文都交給後宮裏自己最寵的四個妃子。封賈似道爲太師，對其更是寵信，甚至把朝政事務統統交給賈似道。賈似道見宋度宗比宋理宗更加昏庸，便更加目無王法，專橫跋扈。
自此南宋朝廷腐敗，百姓水深火熱，民不聊生。外有蒙古強軍爲威脅，内部有貪官污吏腐敗，可謂内憂外患，不可救也。