嘉泰四年（1204年），淨慈寺毀于大火，德輝禅師亦圓寂于火中。爲了重建淨慈寺，濟公化緣籌備木材重建淨慈寺。
淨慈寺重建之後，雖然有比丘僧人住持，但是都爲時不長。于是，濟公和尚又撰文《緻少林長老書》，稱淨慈寺“欲再成莊嚴聖地，須仰仗本色高人”，“敬緻一函，求作禅林之主”。不久，少林妙崧至杭出任該寺第二十九代住持。人稱“住持得人，名藍有光”，皆出自濟公的功德。
道濟于宋嘉定二年（1209年）五月十六日這日在靈隐寺對長老住持說道：“弟子今天要回去了，勞煩住持到時将我入殓火化。”
靈隐寺的長老聽說了，答應了濟公的要求。于是濟公和尚就盤腿而坐，念了幾句佛号就身體僵着不動了。長老和一些和尚弟子摸了摸濟公的手腕處，發覺已經沒有脈搏了。斷然已經氣絕身亡—佛教稱爲圓寂。據說得年六十或是七十八，或者是按照他出家的時候僧臘算起來。
濟公顯現圓寂，他在臨終前曾作一偈雲：六十年來狼籍，東壁打到西壁。如今收拾歸來，依舊水連天碧。
衆僧将濟公和尚的法體入龛，濟公和尚的一些弟子和曾經受濟公幫助的善男信女皆來靈隐寺悼念哭泣濟公和尚。
濟公和尚圓寂後的第四天，衆僧建水陸道場法會，爲其助增功德，選八月十六日出喪。
到了那天，衆人将龛開啓，鼓樂聲響，将濟公和尚法體送到虎跑山處。
僧人中的長老對濟公和尚的法體面前說道：“道濟多年以來，雖不守戒律，但扶危濟困，多做功德，臨圓寂之時，坐脫立化，留辭偈，出凡入聖之流。”
說罷，那長老持火然後将濟公和尚其法體火化。
火中顯現的舍利子登時如雨點之多，五彩缤紛，閃耀至極。
過了一會有個從少林寺來的僧人松林帶來了一封信交給靈隐寺的長老。
長老打開一看，那信居然是一個月前濟公寫的，還有一對草鞋。而濟公明明三個月前就圓寂了。長老歎道：“大成就之羅漢菩薩之境界，非凡夫可測量也。”
信中，濟公交代靈隐寺安置這個僧人，這個僧人品德武功高超，在少林寺恐有人害，讓靈隐寺長老讓他先借住挂單在靈隐寺一段時間。
濟公和尚其法體歸葬虎跑山處。遺有《镌峰語錄》10卷、偈語榜文14篇。
濟公和尚留下來的自述，曰：
“南屏山淨慈寺書記僧道濟，幼生宦室，長入空門，宿慧神通三昧，今修語具辨才。理參無上，妙用不窮。雲居羅漢，唯有點頭；秦州石佛，自難誇口。賣響蔔也吃得飯，打口鼓侭覓得錢。倔強賽過德州人，跷蹊壓倒天下漢。尼姑寺裏講禅機，人俱笑我颠倒；娼妓家中說因果，我卻自認風狂。唱小詞，聲聲般若；飲美酒，碗碗曹溪。坐不過，禅床上翻筋鬥；戒難持，缽盂内供養屠兒。袈裟當于盧婦，盡知好酒颠僧；禅仗打倒龐婆，共道風流和尚。醉昏昏，偏有清頭；忙碌碌，的無拘束。欲加其罪，和尚易欺；但不犯法，宣威難逞。請看佛面，稍動慈悲；拿出人心，從寬發落。今蒙取供，所供是實。”
濟公和尚乃是羅漢之身，雖然顯示圓寂，其實并沒有入滅。隻是打算以後掩藏身份，好方便以後雲遊四海，普度衆生，以弘揚大乘佛法于人間。他決定了要隻身經曆宋代百年之後的曆史風雲變化，盡心盡力救度教化世間人。
南宋嘉定二年（1209年）。這一年，金朝入侵南宋，但是在四川地區遭到了南宋軍隊的頑強抵抗，濟公和尚去當遊方郎中，幫助宋朝的軍隊的士兵治傷，并且幫忙出謀劃策，最終讓金朝撤軍。
嘉定三年（1210）正月，大宋朝廷下令招撫流亡饑民爲“盜”者。當時連年幹旱、蝗災，人民百姓食不給己，饑民到處流離失所，經常群起掠食，而官府視之爲“盜”。
大宋朝廷憂懼會激起民變，下诏戒谕鹽司、守令切實做好招撫工作。黎州蠻攻相嶺寨嘉定三年（1210）二月，黎州（今四川漢源南）蠻畜蔔自良溪寨用皮船渡河，攻相嶺寨。宋朝統領官董畑率兵一百餘自寨後突擊，蠻衆登堡子城，官軍追逐不舍。自晨至晚，奔逃苦戰一日，蠻衆不得進食，遂逃向河岸西漢人聚居地。當地土丁欲趁其饑困會剿，而董炤擔心土丁分其功，不許土丁采取行動。結果，蠻衆援軍星夜趕至，天明再戰，董火召軍敗退，蠻衆乃收兵而去。