與原時空不同的是，水門不再是誰的傀儡，也不再被誰左右。
新時代的開始也标志着新政治格局的開啓。
接下來就是木葉的權利的重新分配。
首先是火影顧問團的成立。
自來也、日向日足和奈良鹿久成爲了新顧問團成員。
其中自來也是被迫的，他當顧問長老的條件就是玄武不會暗中做掉猿飛日斬。
至于玄武和綱手，他倆對這種東西全無興趣，任憑水門如何請求，就是不加入。
接下來是火影的直系力量，暗部。
旗木朔茂重新走馬上任成爲暗部部長。
旗木卡卡西被任命爲火影護衛隊隊長，貼身保護水門安全。
原先死忠于猿飛日斬的暗部成員将被逐步剔除，重新按比例從各家族和平民中挑出一批忍者，由旗木朔茂統一訓練後充實暗部。
這些新加入暗部的成員中，有一人的身份極爲特殊，那就是宇智波鼬，他不僅成了暗部，還成了火影護衛隊成員，頂頭上司就是卡卡西。
關于宇智波鼬入暗部一事，水門特地征求了玄武的意見，想讓他把把關。
玄武的回複是：你是火影，你說了算，愛咋咋滴，我不管。
得，白問。
思前想後，水門還是把鼬納入暗部，他不是三代火影，容得下宇智波，也真心希望最後的宇智波能真正融入木葉。
不過相對于顧問團的順利成立，暗部改革就不是那麽一帆風順了，三代火影的掣肘讓暗部權力交接相當磨叽，這也沒辦法，隻能慢慢來。
第三，成立根部。
此根部非彼根部，沒有訓練暗部、監察村子等各種權利，它的任務隻有一個，那就是刺探其他各國情報，相當于木葉放出去的眼睛。
因爲這件事不怎麽光彩，萬一暴露很有可能引起國際糾紛，所以根部成員不從木葉村招募，而是由自來也的後花園撫子村以及玄武的私人基地草忍村、泷忍村和鬼燈城出。
根部首領是自來也，所收集到的情報由他統一接受，再傳給水門。
這樣一來好處多多。
根部沒有木葉成員，就不用擔心像以前的根部那樣尾大不掉，嚴重分散村子内部力量。
萬一根的人暴露，敵國就算查也查不到木葉這裏，這樣既不影響村子形象，又不怕對方得到村子内部情報，兩全其美。
當水門有什麽髒活累活不方便村内人處理時，可以交給根部。
第四，重新成立木葉警備部隊。
宇智波被滅族的這些年，村子内部治安明顯變差，平民們的日常生活受到很大影響。
猿飛日斬因爲要備戰三戰才沒有騰出手處理，現在三戰打完了，恢複村子穩定必須提上日程。
新木葉警備部部長由宇智波富嶽擔任，畢竟他以前幹過，對這些業務還挺熟的。
警備部規模兩百人，分爲四個大隊，每隊負責木葉四分之一區域，成員全部從平民忍者中選取，也算是給平民忍者一個晉升空間。
第五，就是廢除以前的空中部隊和武裝部隊編制，成立科技合成部隊，直屬火影，任何人不得私自調動。
科技合成部隊總計人數兩千七百人，分爲研發部、航空部、海洋部和陸地部。
研發部兩百人，由原木葉科研院組成（千手仙草當上大名時特批的由玄武和大蛇丸負責的部門，但是由于猿飛日斬的從中作梗，本來用于研發的經費被以各種名義挪用，因此基本名存實亡，到今天才正式落實），負責新式武器研發。
航空部一千人，這沒啥好說的，一千個鳥人。
陸地部一千五百人，其中包括五個火箭營，五個坦克營，五個護衛營。
海洋部隊吧，目前沒人，還是個空殼子。
該部隊第一任總隊長由奈良鹿久擔任，兩名副隊長由秋道丁座和山中亥一擔任。
此外，因爲科技合成部隊涉及到大量裝備研發、生産和保養問題，所需經費實在太過龐大，木葉根本出不起，故由火之國大名承擔一半。
除了這些，還有諸如财政部門、情報部門、宣傳部門、任務發放部門、忍者學校、忍者醫院等一系列權利部門需要水門一一接受，不過鑒于猿飛日斬在暗部上的所作所爲，肯定不會那麽輕松。
...
波風水門那裏新影上任各種改革争權忙的如火如荼，玄武這裏比他還慘。
至于原因，當然是千手仙草沒離開啊！
從水門當上火影到今天已經三天了，仙草居然還沒走！
選舉結束當天，千手仙草帶着她的小閨女兒，七歲的白鹿堂而皇之住進玄武家中，而且一來就霸占了綱手，讓玄武無奈隻得獨守空房。
這些天裏，小白鹿和小望舒姐妹倆玩的挺好，綱手和仙草帶着玖辛奈和香織玩的也挺好，隻有玄武一個人受傷的世界達成了。
水門和繩樹呢？
水門已經忙的前腳打後腦勺了，哪有時間回家，繩樹也被借走了。
所以，隻有玄武一個大可憐陪這幫祖宗們。
在此期間，仙草把所有的欲求不滿全都用來折騰使喚玄武了，玄武是又當廚師又當傭人又當奶爸又當提款機，等等等等。
就在今天，守護十二忍士都從王都跑來了，千手仙草才不得不離開。
...
臨别之際，白鹿拉着望舒的手說道：“小外甥女兒，要不要和我去王都玩兒兩天，我跟你講，王都好玩的可多了，有...”
聽着白鹿的各種美好介紹，望舒頗爲意動，“我，我也想去呀，就是不知道爸爸媽媽同不同意。”
說着她轉身望向玄武和綱手，那模樣，仿佛在說：你們要是不帶我去，我就哭給你們看！
不待玄武回絕，仙草同樣跨上綱手的胳膊，“小綱，反正你也沒什麽事，要不要和小姨回王都玩兩天？我跟你講，王都可是新開了不老少賭場呢。”
綱手眼前一亮秒答應，“好，出發。”
......