簡單來說，煉金術的終極目标是追求“完美”。
貴重雜質少性質穩定的黃金被認爲是金屬的完美形态，而人類的完美形态則是——永生。
煉金術就是要讓普通之物朝完美的方向轉化，而這種轉化的催化劑，就是賢者之石。
所以傳說中的大煉金術師尼可·勒梅說：煉金術真正在“煉”的并非黃金，而是賢者之石。
若有人成功把普通金屬變成了黃金，就說明賢者之石已完成，永生也就近在眼前了。
而這位尼可·勒梅就是那顆傳說中能将一切金屬變成黃金，還能用來提煉可以長生不老的萬靈藥的魔法石的制造者。
尼可·勒梅不是小說的原創人物，而是真實存在于14世紀的歐洲的煉金術師，算算時間，如果尼可·勒梅現在還活着的話，應該已經六百多歲了。
兔川在時鍾的齒輪的軸承裏發現一封信，是建造這座黃昏公館的宇佐見家主留下來的。
信中的大緻内容是說，那位宇佐見家主是一位煉金術師，他想用煉金術複活自己的妻子，也就是烏丸蓮耶的姐姐，但是他失敗了。
信裏還寫出了人體煉成術是絕對的禁忌，作爲複活妻子的代價，他付出了自己和兒女的生命。
因此，爲了防止自己的後代誤入歧途，他一把火燒掉了所有有關煉金術的資料，隻給後代留下這座黃昏公館，和那顆未完成的賢者之石。
最後，他在信的結尾寫道，隻有他的後代才能看到這封信上的文字，他很高興自己還有血脈留存于世。
兔川把賢者之石放在一旁……還是放在口袋裏比較保險。
兔川拿起時鍾的表盤仔細觀察，果然看到了畫在表盤的背面的煉金陣，隻要按照暗号撥動指針就能激發賢者之石，便能啓動這個的煉金陣将一切金屬變成黃金。
而且不止如此，兔川發現黃昏公館的牆磚不是普通紅磚，而是用不知名金屬礦制成的金屬磚，磚塊裏混了辰砂，就是朱砂，也是用來提取水銀的硫化汞，所以牆磚才會呈現出磚紅色。
因此，賢者之石不僅将時鍾變成了黃金，還将黃昏公館裏所有的金屬，包括黃昏公館本身都變成了黃金。
這本該是一場聲勢浩大雄渾壯麗的煉金工程，但賢者之石卻沒想到，它竟然在這個深山老林遇到了一生之敵——柯南！
如此一來，柯南的柯學光環的制約了賢者之石的能力，但基德的存在又壓制住一部分柯學光環，所以當柯南啓動機關後什麽沒有出現，就掉地上一個裝作賢者之石的黃金時鍾。
當時，賢者之石一定害怕極了！
而當柯南徹底離開黃昏公館後，賢者之石才後知後覺地完成黃昏公館的黃金煉成儀式。
不過既然兔川來了，兔川可不會讓以上這些事情發生。
俗話說得好财不外露，黃金公館的秘密自己偷着樂就行了，兔川可不想張揚出去。
兔川讓萩原研二去外面買些砂紙回來，他打算改造一下這個時鍾，什麽煉金術啊，要什麽黃金公館啊，到時候給那群偵探們留一個黃金時鍾就得了。
兔川又指揮白鴉去找來紙筆，然後兔川把表盤背面的煉金陣描寫在紙上，畫了一個一模一樣的小小煉金陣，緊接着用砂紙把表盤背面的煉金陣打磨抛光。
兔川看着光滑如初的表盤，滿意地點點頭那個煉金陣。
緊接着兔川把自己拆掉的時鍾一個零件接一個零件地組裝回去，除了那顆賢者之石。
然後兔川把時鍾放在紙上的小小煉金陣上，又拿出那顆賢者之石。
話說來都來了，不如試試？
兔川啓動煉金陣，一片紅光閃現，紅色的煉金陣穿過時鍾，待紅光散去之後，一個黃金時鍾出現在兔川面前。
授之以魚不如授之以漁，老祖宗誠不欺我啊！
這煉金陣在手，兔川還怕沒有黃金？
兔川舉起時鍾，在此宣布：“以後這個黃金時鍾就是這座黃昏公館的至寶啦！”
兔川盯着眼前這個至寶，用感覺差點什麽，差點什麽呢？
“對了！”兔川突然想起來了，“差一句心靈雞湯，不不不，是至理名言啊！”
兔川拿起小刻刀在表盤背面刻下一句話：「黃金不是罪惡的根源，真正的罪惡是人心的貪婪。」
兔川刻完字，遺憾地說：“唉，早知道就不玩煉金陣了，藍色古堡裏的無價之寶不也是一句話嘛！”
兔川把黃金時鍾掉下來的漆又補回去，最後把時鍾挂回牆上，一切又回了原本的樣子。
搞定了！
拿走賢者之石，擦掉煉金陣，以後不管是誰解開這個黃昏公館之謎，不管烏丸蓮耶信不信，他找到的答案都隻能是這個黃金時鍾！
好吧，烏丸蓮耶大概率是不信的，他想要的是賢者之石和萬靈藥。
兔川打了個哈欠，折騰一晚上他也困了。
但這座黃昏公館就是一座兇宅，還是一座四十年都沒人住的兇宅，所以兔川隻能忍着困意回家睡覺。
等回到家時已經是淩晨三點，兔川倒在床上就睡着了，夢裏全是小黃金。
第二天，兔川是被電話鈴聲吵醒了的。
因爲最近家裏隻有兔川一個人，爲了方便接電話，兔川把電話分機遷到了自己的房間裏。
兔川閉着眼睛，伸手摸索着拿起電話說：“喂？我是兔川，請問你是哪位？”
“哦，是服部啊，你要來東京了？”
“哈？你說你已經到東京了？！”
“是的，我才剛醒，你說現在是中午？”
“啊哈~行吧行吧，我一會兒去涉谷找你。”
兔川挂斷電話，又眯了五分鍾才起床。
服部平次來東京了，這次他是替他老媽來參加他老媽朋友的兒子的婚禮的。
這朋友可真夠倒黴的，婚禮是肯定辦不成了，隻能祈禱這婚禮不要變成葬禮啊！
話說回來，兔川一共沒參加過幾次婚禮，基本都是陪工藤家去的，不是新郎死了就是新娘死了，要不然就是新郎或新娘或其他人把殺人了，好像還沒有哪場婚禮能進行到吃席結束。
婚禮：你們不要過來啊！