此次軍改主要分爲兩方面，第一是裁撤衛所兵，及各鎮老弱之兵，将衛所制度的小旗官、總旗官、百戶、千戶等級别作爲軍銜保留；第二便是籌建各地的駐防軍。
按照劉衍聯合國防部、參謀部制定的軍改方略，此次軍改一共分爲三個步驟：
第一步，将現有的駐防軍各營與新軍各營合并，整編爲國防軍第一軍到第十四軍，各軍都是多兵種的合成軍，包括鳥铳手、炮兵、騎兵、投彈兵，以及辎重兵、醫護兵、夜不收等各種輔助兵種。
新組建的國防軍各軍，依舊是隊爲基礎作戰單位，每個步兵隊爲十二人，全部刺刀、燧發鳥铳，使用定裝紙殼彈，裝備兵甲督造處出産的最新半身闆甲和鐵笠盔，铠甲樣式參照了錦衣衛直身甲，既美觀又具備十足的防護性，其餘鐵網靴、鐵制面具等配件，也一并裝備到位。每隊設隊長一人，爲小旗官軍銜，盔上插小紅旗以示區分。
六個步兵隊爲一個旗，每旗有旗長一人，爲總旗官銜，旗長身背紅旗，除裝備燧發鳥铳之外，還會裝備手铳一把，一個旗兵力爲七十三人。
三個旗爲一個哨，設百總一人，爲百戶銜，背旗，哨有号手一人、鼓手一人、衛生兵六人，炊事兼辎重隊一個。另有獨立于哨長的訓導官一人（相當于後世的政委，負責鼓舞士氣，以總旗官銜充任），鎮撫兵一人，負責檢查軍紀，軍需兵一人（兼職會計，負責本哨的物資調配）。
每哨合計二百四十二人，其中哨長有騎乘馬，辎重隊有四輪馬車四輛。
四個哨爲一個總，每總有千總人，以千戶銜充任，訓導官、鎮撫官、軍需官各一人，均以百戶銜軍官充任。
每總有旗手鼓号隊一個、衛生旗一個，炊事兼辎重旗一個，并配備四輪馬車十六輛。
每個總有一個炮兵旗，配屬佛郎機中型火炮十門、虎尊炮六門，有炮手四十九人，使用兵甲督造處研發的新式炮車，後挂彈藥車，每輛炮車用馬兩匹，可實現随軍機動作戰。
每個總還有一個直屬擲彈兵旗，裝備刺刀、燧發槍和每人十顆的震天雷（随身攜帶兩顆，其餘戰時補充）。另外每總還有一個夜不收旗，負責偵查敵情。
每總中所有百戶以上軍官有騎乘馬，每個總有将士一千三百四十八人。
三個總爲一個部，有遊擊将軍一人，以指揮使銜充任，直屬下轄旗鼓号角一個旗，訓導官一人，帶一個訓導隊，軍需官一人，帶一個軍需隊，鎮撫官一人，帶一個軍法隊。以上軍官均以千總充任，訓導隊兼職遊擊将軍護衛之責。
另外遊擊将軍還會直屬一個炮兵哨，裝備三十二門中型佛郎機炮、十六門虎尊炮，有炮手一百五十二人，每門火炮都帶一個炮車、挂彈藥車，另有十二輛大車用于轉運物資。
遊擊将軍下轄一個騎兵哨、一個夜不收旗、一個擲彈兵旗、一個衛生兵旗，并裝備有四輪馬車八輛，一個辎重兵旗，裝備四輪馬車二十輛。
如此一個部的兵力有四千八百四十二人，裝備四十八門各式火炮，戰力強悍！
部以上爲營，以都指揮使銜充任營參将，下轄三部，參将直屬旗鼓号角一個旗，以千總銜充任訓導官一人、帶一個訓導旗，軍需官一人、帶一個軍需旗，鎮撫官一人、帶一個軍法旗，直屬一個騎兵總、一個夜不收哨、一個擲彈兵哨、一個衛生兵哨、一個辎重兵哨。
此外參将還直屬一個炮兵總，配屬四十八門佛郎機中型炮、四十八門紅夷大炮、四十八門虎尊炮，每門火炮都帶一個炮車、挂彈藥車，另有五十輛大車用于轉運物資。
由此，每營的兵力爲一萬七千六百零二人，完全可以完成單獨一面的戰略作戰任務。
營以上的建制便是新增的軍，以總兵官統領，配有副總兵一人。
總兵、副總兵直屬旗鼓号角一個旗，訓導官一人、帶一個訓導哨，軍需官一人、帶一個軍需哨，鎮撫官一人、帶一個軍法哨，均由千戶銜充任。
直屬一個炮兵營，猶如新軍炮營一般，裝備紅夷大炮、佛郎機炮、虎尊炮、火箭炮車各一百四十四門，每門火炮都帶一個炮車、挂彈藥車，另有兩百輛大車用于轉運物資。
直屬一個騎兵部、一個夜不收總、一個擲彈兵總、一個衛生部總、一個辎重兵總，一個國防軍兵力爲四萬八千零九十八人。
如此，基本上一個軍就是以往明軍一個軍鎮的巅峰兵力，完全可以做到一個戰略方向的進攻、防守任務。
新軍與駐防軍整編完畢之後，便是軍改的第二步，那就是對新組建的國防軍進行新式的訓練。
将來的國防軍将是一支基本以火器爲主要作戰武器的軍隊，已經不同于冷兵器軍隊、冷熱交替式軍隊，如果真要劃分時代的話，整編之後的大明國防軍，應該已經與後世鴉片戰争時期的英法聯軍是一個裝備水平了，所以戰法也要進行相應的變革。
所以接下來的整訓，大橫陣、線形隊形、空心方陣等新式戰法，必須要搬上日程。
軍改的第三步，也是最困難的一步，就是在大明兩京一十三省建立新的駐防軍。
按照劉衍的估算，大明兩京一十三省有府一百四十、州一百九十三、縣一千一百三十八。
這還不管各地原本衛所體系的衛城、千戶所城、百戶所城和各處關隘。
要想在各地建立駐防軍，當真是一件浩大的工程。
所以劉衍決定裁撤衛所兵馬、整頓各地營兵的事情，與籌建各地駐防軍的事情同步推進，最好是各地逐步推廣下去。
至于駐防軍的兵力，劉衍決定區别于國防軍，駐防軍的最大建制是營，具體的兵力與國防軍相同，大明兩京一十三省，每鄰近的兩個府設置駐防軍一個營，負責該府範圍内所有關隘、衛所城池、府城、州城的駐防。
如此，大明将在未來逐步打造七十個駐防軍營，兵力達到一百二十三萬餘人。
這将是一筆巨大的開支，沉重的軍費數字讓國防部尚書田輝叙也是瞠目結舌。
不過劉衍卻堅持己見，像大明這樣龐大的帝國，沒有一支強大的常備軍是不行的。這一百多萬兵力也不是一蹴而就建立的，需要花費不少的時間逐步建立，所以朝廷的财政壓力也不會立即凸顯出來，劉衍還有時間發展經濟、開拓财源。
一切步驟都部署完畢之後，劉衍便與内閣衆人一連開了數日的會議，就是要将軍改的細則完善化。
“閣老，這一百二十三萬多将士，招募起來太費事了！”
劉衍面對田輝叙的抱怨，并沒有直接回答，而是直接拿出一份草稿來，田輝叙與衆人仔細一看，上面封面上赫然寫道：《大明兵役法》！
劉衍說道：“軍改之後，大明将實行義務兵制，就是大明所有的男丁都有義務從軍！”
衆人聞言大吃一驚，這是要幹什麽？這不是要效法暴秦的耕戰之策？
劉衍解釋道：“下個月開始，《大明兵役法》就要頒布實行，各道、府、縣要對治下十五歲到四十五歲的男丁單獨登記造冊，每年三月開始，進行爲期一個月的征兵活動。”
“軍改後的國防軍軍饷，普通士兵定爲每月六銀币，駐防軍爲每月四銀币，以上逐級增加，另外不管是國防軍還是駐防軍，都是每日三頓飯，每隔兩天有肉，每隔十天會餐……”
劉衍一連說了十幾天優惠待遇，然後問道：“你們說，這樣的待遇，各縣登記男丁，百姓會配合嗎？”
衆人紛紛點頭，嶽明甚至笑着說道：“别說是十五歲到四十五歲，就算是擴大的六十歲，百姓也不會有意見的！”
“那每年征兵的話，百姓會踴躍參軍嗎？”
“自然是會的！”
劉衍笑着說道：“這就對了！駐防軍的兵役期限爲三年，每服役滿三年，便可一次性領取十銀币的退役費，解甲歸田，如此可确保我大明男子大部分都經曆過軍伍操練，可保證我大明尚武之風盛行，也爲朝廷儲備大量的後備兵員！”
田輝叙這才恍然大悟，劉衍拟定的《大明兵役法》看似暴虐，要将大明的所有适齡男丁都網羅爲兵，可是實際上卻是提供了豐厚的待遇，可以讓參軍的百姓從此富足起來，又能解決朝廷兵員緊張的問題，可謂是一箭雙雕的好辦法。
衆人随即一緻通過，拟定出章程後，便報給崇祯帝朱批。
當崇祯帝看到了這份軍改方略後，也是大爲震驚，對前來禀報的劉衍說道：“如今李闖已經覆滅，滿清也在蟄伏，有閣老麾下的新軍、駐防軍十幾萬大軍，足以收複遼東、穩定天下了，爲何還要如此大費周章！”
在這份軍改方略中，光是整編新軍、駐防軍各營的花費，就已經達到四百七十八萬兩銀币，如果整個軍改方略完成下來，至少需要五千九百多萬兩銀币，這筆錢糧，就算将朝廷上下全部賣了也湊不出來。
劉衍解釋道：“陛下勿憂，軍改不是一朝一夕要完成的事情，可能會拖延幾年、甚至是十幾年之久，所以這筆巨額開支也會平攤到各年，朝廷的财力還是有保證的。”
崇祯帝也知道如今朝廷有了劉衍上繳的各項産業，以及山東的稅賦支持，也算是有所盈餘了，可是面對這樣一筆巨大的開支，崇祯帝還是心中犯嘀咕，說道：“如今大明各地的兵馬雖然不及新軍得力，但是稍加整頓也是可以的，爲何還要全部遣散、整編，要重建百萬駐防軍？以朕看，将來難道還有生死大戰可以打嗎？”
劉衍抱拳說道：“陛下！如今雖然李闖被滅，滿清也被重創，可是天下之大，不光隻有大明自身。我華夏之敵，也不僅是滿清一處。所以兵備之事，必須要大力整頓，臣請陛下準奏！”
崇祯帝聞言震驚不已，劉衍的目光竟然從未限制于大明一處！