不僅僅是孫堅，韓遂還有董卓這邊也存在着比較嚴重的屍體處理上的問題，之前董卓在攻城的時候，讓投石車将一些屍體直接從城外投入進城中，但是那些投入城中的屍體主要都集中在外城裏，後來董卓攻破了外城，結果他自己的士兵就要站在那些沒有來得及處理的屍體堆中了。
即使董卓采取了一些行動去處理這些屍體，但是實際上整個屍體的處理情況還是比較糟糕的，伴随着屍體的腐爛很多能夠傳播疾病的蚊蟲和老鼠就開始活躍，它們大大的加速了各種疾病的傳播，而韓遂的士兵有則有很多都在此之前就已經感染了某些疾病，隻是随着時間的推移這些疾病感染的情況變得更加糟糕，局面開始越發有些失控了起來。
關鍵攻城戰一直在如火如荼的進行之中，即使很多士兵的身體狀态和精神狀态都已經非常糟糕了，但是他們所收到的命令也都是進攻，進攻，再進攻，仿佛他們的生命都是完全不值錢的，如同那地上的蝼蟻一般，可以随時随地的抛棄，随時随地的被消滅，而不會有人感到惋惜。
終于當瘟疫嚴重到一定程度之後，董卓手下的士兵率先開始放棄進攻，也不管董卓此時再對他們下達什麽樣的命令，反正都是一死，我就擺爛了，你要殺便殺悉聽尊命！
董卓當然很氣憤，當即下令處死了不少不願繼續進攻的士兵和将領，但是這種情況根本沒有得到扭轉，反而讓更多的将士擺爛，眼看如果董卓繼續這麽下去隻會出現兩種情況，要麽是他把自己手下的将士都殺完，然後他自己拿着武器去攻城，要麽就是激起将士心中的怒火，讓他們決定徹底的反抗自己，那樣就會出現營嘯甚至是叛變，無論哪種情況對董卓來說都不是什麽好事。
于是慢慢冷靜下來的董卓便隻能夠下令先停止攻城，先想辦法将内城到外城之間的屍體清理幹淨，然後等待軍中的瘟疫稍微好起來再說。
韓遂這邊的情況可能比董卓稍微要好一些，可能是因爲之前很多感染瘟疫的士兵都在與董卓的那場大戰之中被殺或者是逃跑了，反而讓韓遂軍中感染瘟疫的情況比較輕，但是這并不意味着韓遂的情況就很好，因爲時間一直拖下去的話，城中的糧草将會越來越少，除非城中的将士和老百姓都因爲這場瘟疫而死完了，否則糧草的消耗依然很大。
而且很多人病倒之後就喪失了行動力，從而使得剩下略微健康一些的人要承受更多的工作，這就使得他們原本就已經很緊繃的情緒更加緊繃，很多人都已經到了即将要崩潰的邊緣了，也有很多人覺得自己還不如病倒的好，至少還能夠休息。
在這種情況下竟然還真有些人主動去嘗試讓自己染病，而這種現象對于韓遂來說當然是非常可怕的，他隻得下令将一些感染比較嚴重的将士或者老百姓直接殺死，或者隔離在某處，其實隔離也就相當于是放棄他們，讓他們自生自滅了。
每天都會有大量的屍體被丢棄到挖好的坑洞之中掩埋起來，或者是集中到某個空地裏點上一把火給燒掉，然而屍體似乎總是越少越多，而能夠有力氣去搬運屍體的人卻越來越少，很多人前一刻還在搬運地上的屍體，後一刻自己就成了需要被别人搬運的屍體了。
在這種情況下處理屍體的效率不斷下降，以至于韓遂即使想到了各種各樣的辦法，但實際執行起來的情況都相當糟糕，屍體總是越來越多，瘟疫也似乎越來越嚴重，看來不用等到城中的糧食耗盡，這座城市就将會因爲這場瘟疫而成爲徹頭徹尾的死城了。
許多人連吃飯的力氣都沒有了，索性就躺在地上或者某個角落裏邊，靜靜的等待着死亡的降臨，或許對于他們之中的很多人來說，死亡真的也算是一種解脫了。
但是即便如此韓遂手下依然還是有一部分将士并沒有徹底放棄希望，沒有放棄抵抗，依然在頑強的守衛着這座城市，他們不願意投降，不願意成爲東漢朝廷的俘虜，甯願戰死沙場，對于他們來說在戰鬥之中死去也是要比在瘟疫之中死去好很多的死法。
孫堅這邊的情況相比之下竟然還是最好的，但是其實也好不了太多，關鍵是孫堅這邊的士兵居住空間是最狹窄的，允吾城北面的地形整體就很複雜，士兵的營地必須在複雜的地形上去建造，這就讓士兵平日裏的各種行動都很不方便，有些地方高低落差很大，看起來直線距離很近的地方，卻往往需要繞上很長一段路，這毫無疑問是會讓人感到十分頭疼的情況。
因爲這讓他的軍隊在遭遇到瘟疫的襲擊後，會有更多的士兵因爲身體素質下降乃至于失去行動能力，而很難繼續在複雜的地形中前進，所以即使孫堅軍中感染瘟疫的将士是最少的，但是受到的影響卻也并不算小，很多被迫紮營在比較偏僻而陡峭區域的士兵，就在感染瘟疫之後悄悄的死在了這些地方，直到一段時間之後才會有其他士兵來到他們這裏去發現他們的屍體。
而他們的屍體卻也沒有辦法被帶走，隻能夠想辦法原地掩埋或者焚燒，相比于韓遂和董卓在地勢比較平坦的區域上能将大量的屍體集中處理，孫堅這些死掉的士兵就很難進行集中處理了，因此屍體的處理效率也會大大降低。
一來二去之下，孫堅全軍上下的戰鬥力也在持續下降之中，很多後續乘船登陸的士兵都不願意前來，因爲他們也害怕會被這場瘟疫所波及，于是便隻能夠在登陸後的河灘之上進行紮營。