由于黎的态度逐步軟化，原屬于國民黨的國會議員紛紛避難南下或者躲在六國飯店裏觀望風色，屬于國民黨在北京的報紙紛紛停刊，研究系議員則有80餘人提出辭職以拆國會的台，國會不待解散已經形成瓦解。公府幕僚哈漢章、金永炎、黎澍也都提出辭職，黎一律予以批準。連不在佥壬名單之内的公府秘書長夏壽康、副秘書長饒漢祥也都通電自請處分。但是黎的軟弱不僅沒有挽回時局的危機，反而助長了督軍團的嚣張氣焰，認爲“兵谏”是打擊總統的有效武器。
大江南北，長城内外頓時一片大亂，黎元洪急得如坐針氈一般，他不斷派人去催促李默涵早日進京。
其實李默涵也想早日進京，奈何黨衛軍眼下正在進行大規模的裝備更換工作。士兵使用的步槍全部換成了7.62毫米口徑的美式斯普林菲爾德步槍，馬克沁機槍的口徑也從7.92毫米換成了7.62毫米，原本使用的7.92毫米口徑的槍支全部改由二線部隊使用。這項工作通過逐級執行，效率還是挺高的，隻是依舊耽誤了不少功夫。
到了1917年6月中旬，李默涵終于率軍北上了，軍隊一部分走鐵路，一部分走陸路。李默涵同時發出通電，宣稱自己帶兵進京是全爲調解府院之争的。
在天津的段祺瑞和南京的馮國璋看了通電是哭笑不得，李默涵你算哪根蔥？乳臭味幹的小子也配來調停黎元洪和段祺瑞、馮國璋這樣民國宿老之間的矛盾？
緊接着又是一份通電，發電報的人是梁啓超，他宣布自己和湯化龍等一幫進步黨的成員決定和李默涵的國家黨結成政治聯盟，一同組建新内閣。
段祺瑞見到電報吃了一驚，因爲之前梁啓超明明和湯化龍一起帶着一幫進步黨研究系的議員來了天津的。段祺瑞趕緊命人去查，才發現這班人在幾天前分批秘密地離開天津了。
話說李默涵帶着人馬進了京城，剛一走下火車，隻見黎元洪所派歡迎代表丁槐、鈕傳善、方樞，以及北京軍警長官江朝宗、陳光遠、吳炳湘已在此恭候多時，李默涵與這些人一一寒喧緻意後随即趕往總統府。黎元洪對李默涵頗有隆重歡迎之意，已下令打開輕易不啓的中華門，總統府上下更是布置得張燈結彩。
李默涵一進總統府，就向黎元洪敬禮，“山東督軍李默涵，見過大總統。”
黎元洪到很客氣，笑着說道：“免禮免禮。我命人準備了酒席，專爲默涵你接風洗塵。”
李默涵搖了搖頭，說道：“酒席不急，我有些話要和大總統單獨談談。”
黎元洪想了想，最後點了點頭，說道：“好吧。”于是兩人一前一後進了内廳。這次談話的内容沒有人知道，隻是知道黎元洪和李默涵談了很長時間，以至于準備好的酒菜反複熱了幾次。但是，從後來曆史的走向與發展來看，李默涵和黎元洪達成了一個共識，即黎元洪甘心做一個垂拱而治的老好人總統，而李默涵雖然掌握實權，但是給予黎元洪所有應得的尊重和優待。
1917年7月1日，黎元洪正式任命李默涵爲國務院總理，取代段祺瑞的職務。李默涵又會同梁啓超等人共同組成新内閣，内閣成員絕大部分是國家黨和進步黨黨員。
事到如今，段祺瑞已經騎虎難下，連聲道：“打！打！打！隻有打了，這可是黎元洪逼我這樣做的！”可是，兵權已分散到各省督軍手中，段祺瑞愁的是身邊無可用之兵。他首先想到了就近找直隸省長朱家寶和天津警察廳長楊以德，請他們協助讨伐李默涵，并派段芝貴去活動。
段祺瑞滿以爲這二人會俯首聽命，熱切地盼着段芝貴帶回佳音。段芝貴沮喪而回，報說朱家寶、楊以德推說力不從心不敢前來。原來，朱家寶和楊以德很看重實力和權力，他們認爲段祺瑞已失勢，同已經失勢的人合作，是傻子也不肯幹的事情。
“他娘的，這兩個混賬東西！”段祺瑞氣得破口大罵，“咱先不理他們，我還有的是好辦法！”
張國淦問：“芝泉有和良策？”
段祺瑞道：“我看我還是去南京一趟，找華甫共商讨伐李默涵大計，各位以爲怎樣？”
張國淦道：“我認爲此計可行，總統已令副總統代行大總統職權，華甫也肯定有把握機會領導北洋。總理若去與他共商大計，一定能大奏其功。”
小扇子徐樹铮卻提出了反對意見，他說道：“我看不見得如此，請總理三思而後行。第一、讨伐李默涵兵貴于神速，如果時間一拖，參加李默涵一黨的人會越來越多，局勢很難控制，找副總統等于遠水滅近火；二、副總統對李默涵的态度尚不知道，萬一他附和李默涵或者黎元洪，總理去那裏便是自投羅，就會成爲他的政治俘虜；三、假如此行順利，總理能說通副總統反對黎元洪和李默涵，則副總統有代行大總統職權一說，人們會把功勞記在他的賬上，他完全可以居功而成爲北洋派的惟一領袖。總之無論成敗，對總理對我們都害厚益薄。”
段祺瑞想了想，點頭道：“還是又铮說的透徹，也極有道理，看來去南京不行了。”
段祺瑞又忙問：“又铮有何高見?”
徐樹铮道：“最好的辦法是就近取材，從京津附近找軍隊，目标選定駐紮馬廠的第8師長李長泰的部隊和駐紮廊坊的第16混成旅長馮玉祥的部隊。将這兩支部隊作爲倒黎軍的主力，同時與在保定的曹锟取得聯系，有了這些力量，不愁倒黎不成。”
段祺瑞面露難色，“你們都知道，李長泰和馮玉祥這二人，都不屬于咱們這一派。平日和我的關系很冷淡，隻怕他們不肯合作。”
徐樹铮道：“總理有句話可稱名言，叫‘隻要這個世界上還有人想當官發财，就不會沒有人去打仗’，這話很有些哲理。據我所知，李長泰最怕他的太太，如果派人送錢給他的太太，讓她說服李長泰，事情不難辦成；對于馮玉祥這個人，他的旅長已被人頂替，隻要讓他官複原職，他也會俯首聽命。至于曹三傻子那裏，更是容易對付。”
段祺瑞便對傅良佐吩咐：“你就辛苦一趟，按又铮說的辦，帶上些錢與李長泰夫人接洽，去探一下李長泰的意思。”傅良佐應聲而去，當天趕到馬廠，将帶來的錢交給李長泰夫人，又與李長泰相商。李長泰一來懼于夫人之勸，二來又看不慣黎元洪的做派，表示願一切唯段祺瑞之命是從。
段祺瑞得到傅良佐回複，倒黎之心頓增。對于駐廊坊的第16混成旅馮玉祥的部隊，段祺瑞也派人前去遊說，下了一番苦功。此時，馮玉祥正受到排擠，旅長一職被人替代。段祺瑞許諾馮玉祥如參加倒黎，聽從他的命令，就讓馮玉祥官複原職。馮玉祥求之不得，也答應一切聽從段祺瑞之命令。
曹锟所屬的第三師，是北洋軍中最精銳的部隊之一。段祺瑞親自打電話給曹锟，并許以未來副總統之位時，曹锟馬上答應出兵讨伐黎元洪、李默涵。
段祺瑞大喜，與親信人員商議用兵事宜。根據《辛醜條約》規定，天津附近20裏不許駐軍，這對于段祺瑞用兵不利。段祺瑞爲了解決這個問題，避免引發外交事端，請日本駐華公使林權助向各國駐華公使遊說，請各國同意中**隊有行軍及運輸自由。林權助不僅遊說成功，還借給軍費100萬元，并派青木中将協助段祺瑞策劃軍事。此外，段祺瑞還得到舊交通系的支持，在交通銀行預借了200萬元以作軍饷。
馬廠位于天津以南約60公裏，京浦鐵路通過這裏。清光緒初年在此興築兵營，成了駐兵之地。
段祺瑞一行到達馬廠時已是7月2日淩晨。第八師師長李長泰率該師中級以上軍官在車站迎候，見段祺瑞走下專列，他們立正向段祺瑞行軍禮。看到這些軍官，段祺瑞很高興，他謝絕了爲他準備的車子，提議步行前往兩公裏以外的師部。
李長泰和夫人一道來看望段祺瑞。李夫人走後，有人通報陳文運來見，段祺瑞吩咐立刻會見。陳文運是段祺瑞的學生、老部下，時任陸軍中将、北京第二講武堂堂長。7月1日，李默涵出任國務院總理之後，他離開北京到了天津，一回到家，即被告之：“馬上去馬廠見段先生。”陳文運知道事情緊迫，随即動身，直奔馬廠。
段祺瑞見到陳文運顧不上寒暄，馬上向他布置任務：“你趕緊回天津去，找楊以德，叫他把立刻準備倒黎軍進城，同時讓朱家寶離開總督衙門，他如果照辦，天津治安就由楊以德負責，我還給他直隸省長。如果不同意，我的兵随後就到，那隻好武力解決了。不管你辦得結果如何，趕快給我來電。”
随後，傅良佐和李長泰送陳文運動身時告訴他事态進展情況：“目前已和保定的曹锟聯絡好，共同反對黎元洪，李默涵隻有十營警備部隊，大約五千多人，我們采取迅雷不及掩耳的行動，一下子就能解決他，隻要打垮李默涵，各省也就沒人響應他了。”
陳文運返回天津後，很快就找到楊以德，将段祺瑞的話一一傳達。楊以德是直隸警察廳廳長，聽到有倒黎軍隊壓境，認爲沒兵沒權的黎元洪無用，乳臭味幹的李默涵也靠不住，段祺瑞這邊又有直隸省長的位子在召喚，因此毫不遲疑表示完全照辦。段祺瑞的計劃完全實現，朱家寶離開了督軍公署，陳文運到督軍公署門口挂上了“倒黎軍總司令”的木牌。
陳文運用電話将好消息報告給段祺瑞：“學生在津恭候先生到來。”段祺瑞不費一槍一彈，隻用一人，就把天津給轉到倒黎軍一邊，他對自己下一步行動的信心就更足了。
3日，段祺瑞在馬廠召開軍事會議，正式組成了“倒黎軍總司令部”：
倒黎軍總司令：段祺瑞
西路倒黎軍總司令：曹锟
東路倒黎軍總司令：段芝貴
皖晉豫三省聯軍總司令：倪嗣沖
讨逆軍總部參贊：徐樹铮、李長泰
總參議：靳雲鵬
參議：傅良佐、曲同豐
秘書長：張志譚
軍需處長：曾毓隽
交涉處長：劉崇傑
交通處長：葉恭綽
軍法處長：丁士源
段祺瑞在很短的時間内就完成了讨伐李默涵、黎元洪的政治策略、軍事組織、軍事戰略準備等工作，顯示了他的組織才幹和在北洋軍隊中的聲望。
就在段祺瑞的精心部署的同時，李默涵和黎元洪也在積極行動。針對段祺瑞的出招，李默涵和黎元洪一一做出對策。首先，黎元洪以民國唯一合法元首的身份發布了對李長泰的密電，密電中許諾李長泰哪怕隻是嚴守中立，戰時結束之後，也将晉升李長泰爲陸軍上将，泰威将軍銜。其次是馮玉祥，黎元洪直接下達了委任狀，把第十六混成旅升格爲中央陸軍第十六師，任命馮玉祥爲第十六師中将師長；最後是曹锟方面，黎元洪在李默涵的授意下，也拿出副總統的位置誘惑曹锟。
但是，這三個人已經被段祺瑞下了先手，而且各方勢力普遍不看好李默涵和黎元洪，所以這些政治努力都沒有收到什麽效果，大戰不可避免了。