張漢卿心已在如何利用這次機會直接入京穩定控制政權了。在他的記憶裏，皖系敗退是鐵定的，而如何避免直系和奉系在聯合取得政權後又分道揚镳、自相殘殺是随之而來的難題。中華民族已經多災多難了，爲什麽還要在這個傷口上再撒一把鹽呢？自己能否利用目前的局面，繞開這個宿命呢？
深思片刻，張漢卿說：“東北聯省自治政府絕沒有損害貴方利益的行爲和打算。對中國政府來講，無論誰上台，都不可能敢将山東劃出中國，吉田先生應該了解目前的民意。家父兵出山海關，也無非是借此機會入主北京，于貴方利益并無任何沖突之處。學良願請雙方保持互信，維持目前難得的安穩局面。至于奉軍入主北京後，可以保證，貴方在華的一切現有狀态均保持不變。”
這一舉動也是事前經過深思熟慮的。曆史上日本對五四運動也并未作直接幹涉，對親日的段祺瑞政府的最終倒台也并未作過多直接支持。既然現階段大家還是按照原定的曆史在走，那麽隻要把住不直接、嚴重刺激日本的對華政策，至少可以在國内改變曆史的走向，提前1年趕走段祺瑞成爲可能。
隻要化解了将來直奉戰争的威脅，按照東北的模式治理北洋政府控制下的華北與西北，實力越大，将來避免中日全面戰争的概率越大，當實力大到一定程度，最終和平統一中國也不是不可能。所以張氏父子在盡曉日本底牌時，敢于顯出強硬一面，又一定程度上給日本吃了顆定心丸，使得日本在其後的發展中，并未對局勢做過多的幹涉。
14日，吳佩孚率兵突襲邊防司令部所在地松林店，皖系部分高級将領被迫投降。接着，直軍占領涿州并向長辛店追擊。奉軍也大軍壓境，作爲直軍的後盾。這次戰争曆時五日。戰中皖軍東、西兩路全線潰敗，段祺瑞已如喪家之犬。1920年7月18日，靳雲鵬向他進最後忠告說：“戰争已完全失敗，邊防軍戰鬥力已失，若不從速設法，恐三數日内，京中糧食問題将令全軍不戰自潰，至兵臨城下，爲時已晚，追悔莫及矣。”段表示同意，便向徐世昌請求下令停戰。當天，徐世昌頒布停戰令，責成各路将領迅饬前方各守防線，停止進攻，聽候命令解決。
7月19日，段祺瑞發表通電，自請罷免官職，解除定國軍名義。電文說：“頃奉主座巧日電谕：‘近日疊接外交團警告，以京師僑民林立，生命财産極關緊要，戰事如再延長，危險甯堪言狀。應令雙方即日停戰，迅饬前方各守界線，停止進攻，聽候明令解決’等因，祺瑞當即分饬前方将士一律停止進攻在案。查祺瑞此次編制定國軍，防護京師，蓋以振綱饬紀，初非黩武窮兵。乃因德薄能鮮，措置未宜，緻招外人之責言，上勞主座之？念。撫衷内疚，良深悚惶。查當日即經陳明，設有謬誤，自負其責。現在亟應瀝情自劾，用解愆尤。業已呈請主座，準将督辦邊防事務、管理将軍府事宜各本職，暨陸軍上将本官即予罷免，并将曆奉授獎授之勳位、勳章一律撤銷，定國軍名義亦于即日解散，以謝國人，共諒寸衷。”
同日，段祺瑞被迫辭職，直、奉兩系軍閥遂控制了北京政權，仍共推靳雲鵬組閣。
陸軍總長靳雲鵬本來是段祺瑞手下的兩大幹将之一，另一位就是參戰處參謀長徐樹铮。但這兩位是針尖對麥芒，形同水火。徐樹铮是安福系的後台老闆，同徐世昌矛盾很大。而靳雲鵬不屬于安福系，同徐樹铮又仇恨甚深。敵人的敵人就是朋友，爲此，徐世昌看好靳雲鵬。靳雲鵬和張作霖是兒女親家，以奉系作爲強大的靠山。靳雲鵬和曹锟還是拜把兄弟。靳又和直系的王占元、吳佩孚都是山東同鄉。由于具有這些政治資本，靳雲鵬在和徐樹铮的競争中，自然占了上風。因此，1919年9月24日，北京政府任命陸軍總長靳雲鵬兼代國務總理。10月31日，衆議院通過了靳雲鵬提名的内閣。後來，由于段祺瑞和徐樹铮的反對，又對閣員名單進行了微調，安排了安福系的李思浩爲财政總長，這個提名才于12月3日在參議院上通過。
當上國務總理的靳雲鵬，很想有所作爲，實現他和平統一中國的夢想。但是，軍閥割據，各自爲政，他很快就陷入一籌莫展的境地。段祺瑞和他的安福系一直在設障拆台，企圖倒閣。由于外交問題、學潮問題、财政問題等無法解決，同時，直皖戰争就要爆發，1920年5月9日靳雲鵬決定辭職，并緻電曹锟、張作霖不要挽留他。5月14日北京政府隻得派海軍總長暫代内閣總理。7月14日到19日，直皖戰争打了6就結束了。
戰後，第一要務是組閣問題。徐世昌想用自己的老朋友周樹模組閣，曹锟看中了直系元老王士珍，張作霖念念不忘的仍然是他的兒女親家靳雲鵬。靳雲鵬認爲時機已到，該他出山了，便于7月23日親到奉天，同張作霖商讨善後問題，取得張作霖的支持。26日，張作霖和靳雲鵬同到天津，并電邀曹锟來津開會。曹锟馬不停蹄地于28日從保定到達天津。此時，各地軍閥的代表也到會了。在這個會議上，就決定了讓靳雲鵬複職組閣。
7月28日，總統徐世昌準督辦邊防事務兼管理将軍府事務段祺瑞免職，撤銷督辦邊防事務處，撤消西北邊防軍名義。孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯二次宣言，始終貫徹護法救國主張，北方應先廢止中日軍事協議及二十一條，南北雙方預計于上海的和議方可繼續。曹锟、張作霖、靳雲鵬等在天津會議，決定解散安福系國會，請靳雲鵬組閣，取消上海和會。
7月29日，徐世昌通緝徐樹铮、曾毓隽、段芝貴、丁士源（京漢鐵路局長）、朱深、王郅隆（安福俱樂部财務股長）、梁鴻志（參議院秘書長）、姚震、李思浩、姚國桢（交通次長），諸人均已避匿日本使館。