馮玉祥這時已出人頭地。張懷芝建議調馮旅到黑龍江駐防，馮玉祥當然不肯充軍，去“發往邊疆效力”。當然張作霖也不歡迎這支軍隊。直到3月18日，北京政府采納曹锟的意見，給馮玉祥“革職留任”的處分，擄去陸軍中将，暫準留任旅長，交曹锟節制調遣，這是後話。
奉軍入關後，張作霖提出罷免李純和讨伐馮玉祥兩個要求，他說這是爲了“擁護元首”。可是被他擁護的元首卻吓得心慌意亂。2月26日在馮國璋在總統府召集緊急會議讨論奉軍入關的對策。他用悻悻的眼光問段祺瑞：“這次奉軍出兵入關事前既未奉令，也未呈報，居心何在？”段祺瑞回答不知。馮又大聲問：“前任陸軍次長徐樹铮到奉天作何勾結？”段更忸怩無以置辭。
這次會議當然沒有結果。馮想要段叫張作霖退兵，段就是召奉軍入關的原始人，他怎會再要奉軍退出呢？何況召虎容易退虎難，他即使願意叫張退兵，事實上也辦不到了。退可自立爲王，進則好處盡占，深谙這段曆史的張漢卿怎能輕易放棄這到手的肥肉，而段祺瑞又何嘗不知道關外王張作霖不是好惹的，請了來就不容易請出去，可是既然飲鸩止渴，也隻有“硬行”了！
馮國璋知道叫段退奉軍是辦不到了，他隻得央請前清末年做過東三省總督，親手招撫過張作霖的趙爾巽到奉天說服張作霖退兵，然而時移勢易，張作霖早就不買他老上司的賬了，趙爾巽自然是白跑一場。
奉軍自入關後，其聲勢咄咄迫人，3月5日奉軍一部由天津開到廊坊，在車站檢查往來旅客，使中外人士大吃一驚，北京國務院去電勸止，說明廊坊不是戒嚴區，不可以檢查旅客，奉軍依然繼續執行勤務，置之不理。而張作霖所發通電則顧左右而言他，他說：“出兵扣械，系堅元首主戰之心，兵已入關，無可撤退，長江有事，即可南下應援。”他請北京政府在天壇一帶指定營房以便奉軍進駐，并沒有等待答複，他的部屬已在天壇、南城一帶找兵房了。
爲統一關内奉軍的指揮，張作霖以自己爲司令，遙控指揮；張作相轉爲後路總指揮，駐守山海關，可進可退；以楊宇霆爲參謀長，節制全部關内奉軍。張漢卿則返回奉天，類太子監國，并醞釀他自穿越以來第一件最重要的計劃之一的土地改革事宜。
似乎是解釋奉軍進入北京的理由，3月7日奉天方面發表張作霖和曹锟、張懷芝的往來電。張作霖3月5日歌電表明他的宗旨“擁護中央，維持大局，始終團結，戡平内亂，聯絡同志，共救危亡。”又說天津會議将奉軍編入第一路，後來又改編入第二路，他都極表同情，現已編成六個混成旅，若不開拔，則“對同志爲不信，對我兄爲不義，各旅不日即可到徐，會合大軍，敬聽指揮”。
張作霖在這通電報中極力解釋“自己毫無個人野心，自己對财産身家功名權位皆已逾量，尚複何所希冀，隻以目前時局爲重，弟處擴張實力，專以輔導我兄起見，此外毫無私意，若有虛言，鬼神鑒察。”其殷切之情，就差指天爲誓了。
曹锟3月7日的陽電是歡迎奉軍入關，稱贊張作霖“耿耿大義，磊落光明，骨肉之交，誼共生死。請奉軍集中徐州，加入第二路；還請加派一個或兩個混成旅開到漢口，加入第一路”。張懷芝的陽電稱道奉軍入關爲“壯我士氣，固我後援”，并稱已指定韓莊爲奉軍南下的第一站。
北洋政府于3月19日接到了督軍們的聯名電報，這通電報以曹锟爲首，包括長江三督在内，共有15省三特區的北洋軍閥們，他們要求段祺瑞再起組閣，内雲：“锟等互相約定，我公複任揆席，則同人誓當一緻，共扶危局，否則亦惟從公高蹈，不問世事，全國安危，同人離合，均系我公一身。”
馮國璋接到這個電報，簡直像接到哀的美敦書一樣，沒奈何隻好再請段勉應衆命，以北洋團體爲重，接受組閣大命。段仍表示“無意于此”；馮則指天誓日地表示願與段同生死，共患難。并且自動承認五個條件：（一）參陸辦公處仍然遷回國務院，以靳雲鵬爲主任以代師景雲。（二）國務院決議，總統保證不擅改一字。（三）閣員由總理選擇，不必征求總統同意。（四）公府秘書長由總理推薦。（五）中央（指總統）緻各省的電報，須由院方核發。
3月23日大總統令準署國務總理王士珍辭職，特任段祺瑞爲國務總理。24日派張志潭爲國務院秘書長。25日參陸辦公處遷回國務院。27日令張敬堯爲湖南督軍兼署省長。28日令改海軍總司令爲特任，以藍建樞爲總司令。29日令陸征祥複任外交總長，錢能訓爲内務總長，段芝貴爲陸軍總長，劉冠雄爲海軍總長，傅增湘爲教育總長，朱深爲司法總長，田文烈爲農商總長，曹汝霖爲交通總長兼署财政總長，吳鼎昌爲财政次長。這些均是皖系的重要人物。
作爲激勵，4月4日晉授曹锟勳一位，一等大绶寶光嘉禾章。授予張敬堯一等文虎章，二等大绶寶光嘉禾章。授予吳佩孚勳三位，二等大绶寶光嘉禾章。
段祺瑞第三度複任總理，馮國璋是完全低頭了，就是主和的實力分子長江三督也不敢唱反調。這時政局中的大紅人是徐樹铮，李純也竭力拉攏徐，江西督軍陳光遠公開表示接受第三期作戰計劃。到此時期，直系已完全屈服于皖系。當此之際，段祺瑞在漢口的軍事會議中說明團結北洋派的重要性和貫徹對南作戰方針的決定，然後提出第四期作戰計劃，發交有關各省按照計劃執行。關于總統問題，段祺瑞主張迅速召集新國會以便如期進行總統的選舉，這就是由皖系親信徐樹铮策劃的後來著名的安福國會。
段祺瑞三度組閣前，一切有利的情勢都傾向于他，可是等他上台後，情況就兩樣了：皖系和主戰派的軍閥擁護他是自有打算的，希望因爲作戰而能分到日本的借款和軍火，同時因爲作戰而各自可以截留國稅，買馬招兵。像奉軍入關時即“順道”劫奪了一批軍火，段上台不久，第二批從日本運來的槍械30000支又在塘沽被奉軍劫收！段祺瑞政府和日本的勾結，并沒有得到什麽好處，因爲軍火的供應隻便宜了奉軍，兩次日本軍火都被奉軍劫取。借款雖多，卻是遠水不能救近火。
兩次截軍火之後，張作霖用這些軍火共裝備了7個旅的兵力，實力大增。可是經此以後，段祺瑞對張作霖是恐懼異常。奉、皖翻臉勢在必行。此時奉天背後有吉林如刺在哽，馮國璋也已無力和段祺瑞明争或暗鬥。表面上奉軍第一次入關風光無比，但一旦段祺瑞緩過手來，倉促之下，奉系卻不是如日中天的皖系的實力可比。若不能盡快解決奉系與皖系之間的這個心結，對奉軍可以說是後患無窮。