當這些被無意中歪曲了的事實，通過報紙、電報傳遍了歐洲和美國時，台灣zheng fu和劉芾俨然成了一個正面人物，而美國zheng fu，尤其是前任美國zheng fu和美國駐菲軍隊外加總督，則被罵的狗血淋頭，幾乎就成了世界的公敵，甚至有歐洲記者把美國成立之初屠殺印第安人的舊賬都搬了出來，在歐洲各大主要報紙上連篇累牍的對美國zheng fu展開了人道主義批判。
面對這種局面，美國現任總統威爾遜和執政黨min zhu黨再也坐不住了，連着幾封電報漂洋過海來到了談判代表團的手中，電報的内容就是一個，用最快的速度完成談判，不要再附加任何條件，國會已經決定，不管談判結果如何，1913年10月，開始從菲律賓群島上全部撤回美**隊。
談判代表團看完這些電報，如釋重負，趕緊召開了最後一次雙方談判。在這次談判中，美方不再提出什麽要求和補償了，而是直接就美軍撤離的時間和步驟進行了詳細的協商，并于談判的第二天，就由美國駐菲律賓總督在最後的談判協議上簽了字。
這份協議由于是在馬尼拉完成的，所以就叫做“美菲馬尼拉協議”，在這個份協議中，美國駐菲的全部軍隊，将在1個月内全部撤離菲律賓，而美方在菲律賓的所有帶不走的裝備、給養、産業等等，都被放棄，換句話說，就是美**隊除了人員，其他的都扔了，不要了，拍屁股回國了。至于剩下的這些東西是屬于誰的，那就不管美國人事了。
協議簽署的當晚，整個馬尼拉街頭都擠滿了菲律賓人，他們載歌載舞，歡慶着這個來之不易的勝利，不過他們還不知道的是，在南方四島上，本來應該和他們一起歡呼的人民已經減少了快一半了，而剩下的人正在爲如何不把自己餓死而發愁，在這種情況下，任何事情都沒有到駐菲台軍開辦的救助站去領一小袋玉米重要，哪怕是國家du li。
美國人走了，這個國家也打爛了，雖然呂宋島上還有幾座沒怎麽被毀壞的城市和港口保留了下來，但是連年的戰亂，緻使本來就是一個農業國的菲律賓更加貧窮、更加虛弱。
西班牙人輸了，然後美國人也輸了，取得了最後勝利與其說是“菲律賓人”，不如說是劉芾和台灣。就在美國宣布撤軍的第二天，“菲律賓人”組織就宣布接管呂宋島上全部政權，并宣布新的菲律賓zheng fu在馬尼拉成立，而作爲“菲律賓人”組織的首領，費爾南多.岡薩雷斯則順理成章的擔任了菲律賓共和國的總統，其他“菲律賓人”組織裏面的各級領導人，也都搖身一變，成了菲律賓共和國的各級zheng fu要員和軍隊将領，而原來的“菲律賓人”組織領導的遊擊隊，則改編爲菲律賓國防軍和jing察部隊。
菲律賓zheng fu成立以後的第一件事情，就是算後賬！而算後賬的目标，就是那些在美軍占領時期和美軍有過密切商業往來的菲律賓富商和地主階級。
在原來的菲律賓國内，有過一些大的家族和地主，他們不管是在西班牙人統治時期還是在美國人占領時期，都沒有收到什麽大的沖擊，因爲不管是誰占領或者統治，終歸要用到這些地頭蛇，所以這些人和家族不僅沒衰落，反而更爲強大起來，不過，他們馬上就要倒黴了。
就在菲律賓宣布建國之後的第二周，已經接收完各地政權的菲律賓國防軍和jing察部隊，就在菲律賓各地開始了清掃行動，那些大家族和富商們被從家中、種植園中抓捕出來，押送到最近的城市裏，在當地人的眼皮底下，被就地槍決，而且菲律賓新zheng fu還發布的zheng fu令，鼓勵群衆去揭發檢舉那些在美國占領時期，做過一些對不起菲律賓人民事情的菲律賓本地人。
這下，整個呂宋島上都熱鬧起來，不管是真是假，是公還是私，反正是有人檢舉，就回有軍隊和jing察來核實，隻要你說不清楚或者拿不出證據，那麽等待你的就是抄家和槍斃，這個運動整整持續了3個月，直到菲律賓總統費爾南多.岡薩雷斯宣布了特赦令，才算最終停止，不過這時候的呂宋島上，已經是人人惶恐，家家擔心了，而且這3個多月的大清洗行動造成的人員傷亡更是大的不得了，光是被抄家槍斃的人數就達到了30多萬人，那些逃跑、自殺的人數更是多的無法計算，到了1914年，呂宋島上的人口隻剩下了不到200萬人。
随着總統特赦令的下達，菲律賓人尤其是生活在呂宋島上的菲律賓人終于可以送一口氣了，不用在擔心哪天睡着睡着覺，就會被軍隊從家中拖出去，當街槍斃了。但是，老百姓暫時安全了，菲律賓軍隊和zheng fu中卻又開始搞運動了，和國内的大清洗運動一樣，菲律賓軍隊中也開始了大清洗運動，這次從上到下發起的運動名義上是爲了鞏固菲律賓新政權，其實和民間的大清洗運動一樣，也是内務部策劃的針對那些菲律賓本地士兵和将領的一次屠殺。
在這次軍隊的清洗活動中，大批以前的遊擊隊領導人和士兵都被認定爲意志不堅定份子和通敵份子遭到槍斃，而借着這次清洗活動，菲律賓軍隊中那些和内務部特工意見不合的将領也都被找個借口處決，而僥幸逃過這次大清洗的那些菲律賓本地士兵和将領，都紛紛選擇了退役，跑回家裏當上了農民。
經過了近半年的折騰，内務部終于成功的把這次菲律賓du li戰争的果實撈到了自己手中，現在的菲律賓zheng fu裏，除了費爾南多.岡薩雷斯這位早期就加入了内務部成爲特工的菲律賓總統外，其各個部門的主要官員，也都是由像他們總統一樣的投降份子擔任，而菲律賓國防軍裏的情況比zheng fu中還要糟糕，大批的台灣将領和中下層軍官把菲律賓國防軍牢牢的把持在手中，而那些菲律賓本地軍官，要不就是比較聽話的人，要不就是被吸收進了由費爾南多.岡薩雷斯總統成立的菲律賓zi you黨，反正你隻要不擁護新總統，敢于提出不同意見，那麽等着你的就是各種罪名，然後就是一槍。
菲律賓新zheng fu完成了民間和軍隊的大清洗之後，立刻就向台灣zheng fu發出了談判請求，要求雙方就駐軍問題、經濟援助問題做進一步協商。
台灣zheng fu立刻表示接受菲方的邀請，将不ri派遣代表團前往馬尼拉做訪問。于是，早就準備好了的台灣代表團一行很快就抵達了菲律賓首都馬尼拉，并與費爾南多.岡薩雷斯zheng fu進行了友好的協商，最後簽署了一份名爲“台菲合作協議”的東西，在這份協議中，台灣将在未來5年中，共無償援助菲律賓zheng fu5000萬鷗元，并派遣工程人員，來幫助菲方修建公路、鐵路、礦山和工廠，而這些基礎設施都将作爲公司的資産，由台方占70%的權益，菲律賓zheng fu占30%的權益。
另外，棉蘭老島被劃爲特區，主權不變，還是菲律賓領土，不過由台灣zheng fu以租借的形式占有，租期爲99年。
最後還有一個内容，那就是台灣必須先幫助菲律賓zheng fu赈災，因爲饑荒和瘟疫已經蔓延到了呂宋島上。
這份協議一經公開，就立即引起了美國人的不各種羨慕、嫉妒、恨，他們折騰了十多年都沒得到的好處，在他們剛剛撤走後的幾個月裏，就讓台灣人拿到了。但是也就僅僅是不滿了一下，因爲一件更爲驚人的事情，終于發生了。