自從劉芾在宜蘭試行了合作社以來，當地的大部分民衆都得到了利益，糧食産量和荒地開墾也逐步提高，效果還是顯著的，雖然地主階級有一些反對的聲音，不過有了前一段的清洗的教訓，也沒鬧出什麽大事件。
既然效果顯著，劉芾繼而又把基隆和台北兩個縣劃入了試點，他打算每年加入一兩個縣，逐步把這項政策推行到全台灣，雖然這樣做肯定會損害一部分富人的利益，不過由于今後台灣會有很長一段時間是處于戰争狀中，糧食和人口又是戰争的重要支柱，所以隻能舍少數，取大多數了。
除了繼續推行合作社，在金融上劉芾也采納了台灣銀行行長，海倫娜女士的建議，準備在全台建立分支機構，主要針對小農戶和小企業發放短期貸款，并着手準備台灣自己的金融體系和貨币體系。
自從1895年花蓮至基隆至刺桐的鐵路通車以後，由花蓮至刺桐的鐵路也開始興建，由于這段山區比較多，所以工期要到97年才能完工。到那時，整個環台灣的鐵路将全線貫通，不管是經濟、農業和軍事，都将成爲這條鐵路的受益者。等到環台鐵路完工以後，劉芾還打算在台灣中部造一條橫貫台灣的鐵路，不過這個想法還沒有經過鐵路工程人員的驗證，畢竟在這個時代，大型的鑽山隧道不是輕易能建的，如果難度太大了，也沒有必要用千百位鐵路建設者的屍骨去填。
雖然英法德等國對台灣武器禁運了，不過商業上還是不禁止的，台灣盛産的蔗糖和樟腦，作爲一種特産，還是很受歐美國家的喜愛，不過由于台灣處于戰時，所有出口進口全部都集中到了刺桐港。
截止到1896年底，台灣新軍總兵力達到了3萬5千人，大半裝備了新式的ak－01式半自動步槍，還有幾百輛東風皮卡和長江摩托車作爲快速支援部隊的運輸工具。台灣水師總兵力也接近了1萬人，除了潛艇和魚雷艇的艇員以外，基隆、香山、刺桐和花蓮的海軍基地也駐紮了很多地勤人員。水師的潛艇總數已經突破了一百，分成兩個潛艇大隊，駐紮在四個基地内，負責各自的巡查海域，不過主要防禦方向還是台灣的東部和北部，另外就是在台灣海峽和琉球群島附近，搜索ri本船隻，并在合适的時間，予以打擊，這個合适的時間就是四周沒有船隻經過的時候。另外潛艇部隊還有一個小任務，就是跟随着“海倫娜”船運的船隻往返于海南島和台灣之間，爲運送鐵礦石的貨輪護航。
研究所這些年裏，先後完善了對“大黃魚級”潛艇、“海燕級”魚雷快艇和“1”型魚雷的改進設計，并利用電磁原理，把原來的“海膽”錨雷改造成一種新的水雷：電磁水雷。
這種被命名爲“海星”的電磁水雷，平時定深懸浮在海水中，遇到有船隻經過，通過船體對磁力的影響，從而觸發爆炸。由于這種水雷懸浮在海平面下面，除了按照布雷圖紙尋找，基本無法清除，所以對艦船的威脅比錨雷更高。
除了完善“大黃魚級”潛艇的設計以外，研究所還新試制了一款船體更大、續航更遠、攻擊力更高的新型潛艇。這種潛艇被命名爲“金槍魚級”，船體長5547米，寬5.54.5米，吃水深度4.5米，雙層耐壓殼體，排水量752833噸；水上由2台8缸柴油機提供1000馬力，行駛速度13節，續航,7000海裏；水下由2組電動機蓄電池提供800馬力，行駛速度17節，續航400海裏；設計潛深100米；前4後2配備450mm魚雷發she管，備彈14枚；艏樓上裝備2挺12mm機槍，裝有水下通氣管、潛望鏡、長波電台、主動聲呐和水聽器。
“金槍魚級”潛艇試制成功以後，将代替現在的“大黃魚級”潛艇逐步裝備台灣水師的潛艇部隊，有了這種航程更遠，水下速度更快、備彈量更多的新型潛艇，台灣水師的防禦圈和打擊圈就可以擴大不少。
有了新潛艇，那就不能不有新魚雷，的确，作爲密切配合的一對武器，缺了誰都會大幅度影響效能的發揮。新研制的魚雷和以前的“1”魚雷差别不大，戰鬥部和引信基本相同，不同的隻是提高了熱動力發動機的效率，使其速度提高了一些，還有就是航程略遠。
“2”型魚雷的口徑還是450mm，長3600mm，航速37節，最大航程2000米，總重415公斤，戰鬥部裝藥35公斤。
除了海軍裝備以外，研究所按照劉芾的大概描述，經過幾年的試驗，把迫擊炮這個陸軍支援火力給研究了出來，目前隻有一種型号，60毫米口徑。這種小炮全重隻有17公斤，最大she程800米，發she速度每分鍾30發左右，殺傷半徑6米多。雖然she程不夠遠，但是she速和殺傷半徑都遠超這個時代的任何火炮。
除了迫擊炮以外，由自動步槍仿制的輕機槍也部分裝備了新軍，加上半自動步槍和手榴彈，基本上能進行有限的防禦作戰了。由于環台鐵路的通車，陸軍分成了四個旅，分駐在基隆、花蓮、刺桐和香山，遇到作戰任務，則由鐵路線在全台調配；另外還成立了一個機動團，駐紮在基隆港，裝備了30輛東風皮卡和100多輛長江摩托車，作爲一個機動力量，歸參謀部直接指揮。
除了在台灣本土上的建設以外，水師還在澎湖、釣魚島、與那國島、蘭嶼島等圍繞在台灣的小島上，建設了長波電台站，作爲聯絡海上船隻和監視哨。
從上次談判破裂以後，ri本在台灣外海和海峽中遇襲的船隻越來越多，每個月都會有好幾條船在台灣附近失蹤，不僅船找不到，連人員都無一生還。由于ri本的很多物資都是從海外進口的，而台灣正卡在ri本和西亞、歐洲的航線上，嚴重的影響了ri本的物資進出口。現在很多ri本船隻都不再敢走台灣航線，而是繞行更遠海況更複雜的菲律賓航線，加大了運輸成本和危險xing。
對于這種說不出來的難受，ri本zheng fu已經忍了很久了，終于在1897年6月爆發了。ri本zheng fu集中了手中的大部分能用的戰艦，組成了一支大艦隊，載着一個整編師團的陸軍兵力，第三次集結在琉球群島。