崇德元年，皇太極派内宏院大學士希福、蒙古衙門承政尼堪往察哈爾、喀爾喀、科爾沁諸部稽戶口，編牛錄，将漠南各部共編爲六盟、二十四部、四十九旗。于每一旗設計劄薩克，由清廷從蒙古王公簡派，劄薩克一職世襲罔替，如鐵帽子王一般永遠繼承。
而察哈爾部原大汗便是黃金家族的直系繼承人林丹汗，可惜他于天陪八年死于痘症，後其妻蘇泰太後、子額哲率部衆歸降滿清。由此标志滿清徹底擊潰蒙古諸部的反抗，并完成了對他們的最後統編。
額哲投降後，清廷将其部衆編爲六旗，授其爲親王統率部衆。後額哲因病去世，其弟阿布奈襲爲親王。但是，與哥哥對滿清的順從不同，阿布奈卻始終對先人的恥辱耿耿于懷，心始終懷有複興大蒙古之願，不願意被女真人統治，所以他接替哥哥成爲察哈爾親王後，多年不朝見北京的順治皇帝，所以清廷便将其革職下獄，囚禁在盛京。
阿布奈有二子，長子布爾尼，次子羅不藏。阿布奈被囚禁在盛京後，清廷以他長子布爾尼爲親王，但是布爾尼的态度與其父相同，同樣不願臣服滿清。由于父親阿布奈被囚，布爾尼對清朝的仇恨更爲加深，一直在圖謀反清營救父親，并帶領族人重振大蒙古的光輝。
康熙十二年，關内南方突然爆發三藩之亂，三藩起義的軍隊嚴重威脅到清朝統治。而康熙爲了平叛，将京師大軍盡數南調，一時京城空虛，任何可戰之兵。
布爾尼得知消息後，認爲脫離清朝的時機已到，遂于康熙十四年毅然舉兵反清。弟弟羅蔔藏同阿雜裏喇嘛、僧格渾津、噶爾馬色冷、薄托和等人都支持布爾尼反清，身爲一旗劄薩克的巴根作爲布爾尼最寵信的親信，自然毫不猶豫率衆追随布爾尼。
三月，布爾尼與弟弟羅蔔藏籌備兵器、整頓和訓練察哈爾右翼四旗兵馬。察哈爾都統晉津，附牧察哈爾的喀爾喀公垂紮布也積極支持布爾尼和羅蔔藏的反清計劃。布爾尼派人聯系調駐宣府的察哈爾左翼官兵的同時，又派人策動各旗蒙古王公參加反清起義。原察哈爾所屬奈曼旗郡王劄木禅積極響應了布爾尼的号召。
不料，他的計劃被從嫁的長史辛柱公主所發覺，她暗派她的弟弟阿濟根入京告密。滿清覺得事态發展嚴重，不能不采取對策。于是康熙與太皇太後商量後，派侍衛塞棱赴義州，以議事爲名，召布爾尼、羅蔔藏入京。布爾尼知道是計策，沒有進京，監禁了侍衛塞棱。
三月二十五日，布爾尼、羅蔔藏、阿雜裏喇嘛、僧額渾津喇嘛、喀爾喀公垂紮布、都統晉津、副都統布達裏舉事反清，率領數千人的隊伍直奔張家口，準備與調駐宣府的察哈爾左翼四旗的散秩大臣禅爾濟、一等侍衛阿達、參領舒什蘭會師。但是，這三人不敢與滿清朝廷對抗。而察哈爾左翼四旗官兵，不顧散秩大臣禅爾濟的阻攔，在宣府嘩變，毀長城邊牆去投布爾尼的隊伍。
三月二十七日，布爾尼的起義隊伍到達張家口以北的鄂西奚，奪取禦馬廠和清朝大臣馬廠的馬群挺進張家口。此時由于京師八旗官兵盡數南征，力讨伐布爾尼。康熙深憂之時，太皇太後向康熙大學士圖海。于是康熙命多羅信郡王鄂劄爲撫遠大将軍，圖海爲副将軍，率兵讨伐布爾尼。
圖海領命後，與副手周培公一起召集了京師滿洲蒙古八旗所有家奴，共數萬人，揮師讨伐布爾尼。因爲聽到布爾尼要進攻盛京救阿布奈的風聲，清廷命奉天将軍與甯古塔将軍嚴守盛京。與此同時，派理藩院郎馬喇等到漠南東部諸旗征調兵馬，科爾沁、阿祿科爾沁，翁牛特、巴林、敖漢、喀喇沁、土默特、紮魯特諸旗王公紛紛請求出兵。
四月，鄂劄率兵出征，在開往張家口的途，周培公讓圖海以金銀珠寶誘惑士兵，每到州縣村堡，即令家奴搶掠一番，快到察哈爾境内時，又以察哈爾數百年基業，珠寶不可勝數，若能獲取終身富貴來鼓舞士氣，清軍人人士氣高漲。
四月二十一日，圖海隊伍到達祿時，布爾尼埋伏于山間，列陣等待。圖海指揮隊伍猛烈攻擊，布爾尼親率大隊擺列火器抗擊。清軍最終沖破了布爾尼的陣地，布爾尼大怒，兩次組織人馬進行英勇抗擊，但仍不能抵擋圖海隊伍的連續進攻。喀爾喀公垂劄布逃跑，都統晉津率部投降。布爾尼兄弟法再戰，遂在巴根等人的保護下領三十餘騎突圍，逃往紮魯特境内。此時，科爾沁親王沙津奉命率領王旗兵馬到達紮魯特旗的貴勒蘇特，包圍了布爾尼。
羅蔔藏是沙津的妹夫，于是羅蔔藏面見沙津稱兄布爾尼已經逃走，自己前來乞命追蹤。沙津命他先招來布爾尼方可饒命。于是遣兵三十人與羅蔔藏同往。
布爾尼與羅蔔藏相見後，兩人一同逃走。沙津親率騎兵追，巴根等人誓死保護布爾南北逃，但可惜寡不敵衆，布爾尼、羅不藏二人終被沙津兵射死在草原。巴根僥幸撿回條命，帶着三騎逃回察哈爾。
布爾尼死後，清廷立即将阿布奈處以死刑，同時對夥同布爾尼發動事變的察哈爾首腦，除已故死者外，都逮捕處死，另外對追随布爾尼的察哈爾左翼四旗兵丁，将其拆散後令分駐于河南府，以贖其罪。随後，再次調查各部戶口，重編旗佐，改換遊牧。
巴根身爲布爾尼親信，又是一旗劄薩克，清廷的清算必然落到他身，于是便在清軍抵達之前率先北逃，想前往茂明安部尋求保護，因爲他的親姑姑便嫁給了茂明安首領果塞因。誰知，當他千裏迢迢趕到茂明安部牧草之地時，卻發現茂明安部已經不存在，在他們的草場卻新建了一座大城尼布楚，城裏滿是紅毛綠眼吃人心的羅刹人。
不得已之下，巴根隻好逃離尼布楚，尋思現在隻有往漠西蒙古準葛爾部逃或者是投奔自己嫁到喀爾喀去的妹妹，怎知卻在半路被羅刹人抓獲，被帶到了首義城從事苦力。若不是趙強帶人破了首義城，巴根恐怕這輩子都隻能給羅刹人當牛當馬。
到趙強他們的第一眼，巴根就知道這些漢人肯定是北逃的流犯，因爲大家都是清廷追捕的人，所以巴根本能的就對這支漢人隊伍産生了親切感，到他們不費吹灰之力就打敗了羅刹人，奪下首義城，而且還要繼續和羅刹人戰鬥。他心思活動開了，想到自己雖然逃到這裏，但自己仍有數百舊部正在大漠逃命，因此趁趙強提出拉人頭的事情時，他果斷的領下命令，與賀滿川足足找了數月，才發現逃在大漠深處一片綠洲的舊部們，并在清軍的眼皮底下将他們成功的帶到了首義城，成爲關甯軍騎兵的最初重要組成力量。
随着關甯軍的逐步壯大，巴根的心思也在不斷的活躍，終于，有一天他忍不住告訴了趙強自己的身份，并告訴趙強，他可以爲關甯軍找到一個更強大的盟，有了這個盟，關甯軍一定可以成功揮師南下，搶回屬于你們漢人自己的江山。
密談了一夜，趙強與巴根相視而笑，他們談妥了合作的條件，隻待時機一到，便立即付諸實現。
現在，時機到了！趙強認爲可以讓巴根履行與自己的約定了，這個約定就是巴根馬去聯絡準葛爾人，讓他們與關甯軍結盟，共同對付清軍，一同南下入關。而趙強要爲巴根做的就是替布爾尼複仇，将察哈爾部衆從清軍手搶回交還給巴根。
趙強許諾給葛爾丹的條件是幫助他統一蒙古各部，讓其成爲新一代的“黃金大汗“，恢複大元朝的光榮！
葛爾丹的實力并不在自己之下，所以趙強現在更多的是乞求對方的幫助，而不是威脅對方與自己合作，他還沒有這個資格。而要讓葛爾丹願意結盟，共同對付康熙，“大元夢”這個葛爾丹一生爲之努力的夢便是最好的誘餌！而且葛爾丹是一個聰明人，他連羅刹人都可以合作，有什麽理由拒絕一個比羅刹更強大的盟呢？
趙強毫不懷疑巴根在見到葛爾丹後，會立即出兵，因爲這是他最好的機會。一個枭雄，是不可能不到關甯軍在關外崛起對滿清意味着什麽的，如果這個時候不出手捅康熙一刀，葛爾丹就不是葛爾丹了。
“告訴葛爾丹，我會替他牽制住關外的清軍，但他必須馬出兵進攻科爾沁！”
“告訴他，北京城的大門在向我們敞開！”