在甘甯軍帶着人去了德國之後，從另一條渠道招募來的新兵也陸續到達了。爲了給袁德良安排點事情做，淩天翔讓他擔任了齊建軍的副手，另外換回來休整的肖遙等隊員也加入了教官團隊。具體負責培訓的是齊建軍，這也算是他擔任軍團教導司令官的第一份工作。
齊建軍做的第一件事情就是重新規劃了軍團的訓練制度。600餘名新兵被分成了12個班，每個班50人出頭，由一名教官直接負責，并且由教官督導普通的體能訓練。更進一步的訓練則是由各個班交叉進行，在完成了第一期2個月的基礎訓練之後，12個班的新兵将按照能力，以及在戰鬥中的任務分成了狙擊手偵察兵機槍手突擊手這四大類，重新組建訓練團隊，進行專項能力訓練。當然，并不是一個新兵隻掌握一種戰鬥技巧，按照淩天翔提出的要求，每一名新兵至少應該具備兩個方面的戰鬥能力，同時最優秀的一批将被挑選出來接受第三期的強化訓練，完全按照特種兵的要求進行的能力提高訓練。
前兩個階段的訓練時間爲四個月，這時候大部分的新兵都具備了戰鬥力，可以編入作戰部隊，如果到時候伊朗戰争還沒有結束的話，或者是軍團介入了伊拉克内戰的話，那麽就将被輪番派遣到前線作戰部隊，由顧衛民安排參戰。被篩選出來的一批新兵将接受第三期兩個月地強化訓練，到時候将基本上達到特種兵的戰鬥能力。在淩天翔的計劃中。這批人員才是軍團的主力部隊。
随着軍團規模擴大，加上一些人事上的變動，淩天翔對軍團的編制也做了調整，準确的說，是在原有基礎上，重新爲軍團制定了新地編制體系。
三支戰鬥部隊的編制仍然沒有變，不過卻都升級爲大隊。之前直接由淩天翔指揮地小隊撤消。他與袁德良直接指揮軍團的第1大隊，顧衛民爲第2大隊大隊長。甘甯軍爲第3大隊大隊長。
三支大隊的人數并不一樣，其中由淩天翔直接指揮的第1大隊有220人，除了平時與淩天翔一起行動的小隊之外，另外210人編成了三個中隊，分别任命了一名中隊長。每個中隊裏有一個由中隊長直接指揮的小隊，另外六支小隊分成了兩個戰鬥群，每個群有三支小隊。而這三個小隊的成員都來自同一個國家，這樣在作戰時才好相互配合。顧衛民地第2大隊有210人，顧衛民直接指揮一個中隊作戰。甘甯軍的第3大隊也隻有210人，編制與顧衛民的大隊一樣。
三個大隊都有獨立的戰鬥能力，爲了避免信奉不同宗教不同民族的隊員之間發生沖突，軍團裏最基本的戰鬥單位，也就是小隊裏的隊員都來自同一個民族。另外，在執行作戰任務的時候。一般出動一個戰鬥群，也就是3個小隊，而這3個小隊也要盡量保證是由同一個民族地隊員組成的。另外，每個大隊裏都有一支核心部隊，一般都是由大隊長直接指揮的一支特種小分隊，隊員全都是軍團最初的成員。這也是大隊裏戰鬥力最強的一支小隊。
新編制的最大好處就是，軍團擁有了同時執行多個任務地能力，而且三個大隊可以輪換休整。比如，現在就主要由顧衛民的第2大隊在伊朗執行訓練任務，随着越來越多的隊員完成了培訓，連豫泯也開始與伊朗洽談承包作戰任務的合同。那麽，在第2大隊完成了三個月左右的作戰行動之後，可以由第1大隊，或者是第3大隊将其替換下來，這樣就可以讓第2大隊的隊員得到休整的機會。同時讓另外兩個大隊的隊員有幾乎到戰場上去獲取實戰經驗。提高自身的作戰能力。
如果軍團同時承擔的任務很多地話，那麽三個大隊可以全體出動。一個大隊210人地規模并不算小。相當于兩個步兵連了，而其戰鬥力肯定要比普通的步兵強得多，特别是在特殊環境下地作戰能力更要高出不少，完全可以應付局部地區的小規模沖突。這樣，軍團就可以承擔更多的業務，并且迅速擴大影響力。
除了三支大隊之外，淩天翔還專門成立了一個教導後勤大隊，由齊建軍擔任大隊長。這支部隊的任務就是負責培訓軍團新招募的兵員，并且爲其他大隊提供支持。擔任該大隊副大隊長的是李景風，他的任務就是爲軍團裏的每一名隊員提供合适的武器裝備。
李景風還專門提出了一點，那就是軍團成員要修改武器的話，必須要支付一定的費用，軍團隻負責提供最普通的制式武器，畢竟用來改槍支的器械是花了不少錢購買的，而且軍團本身采用了雇傭制，大部分雇傭兵都有自己的私人裝備，如果每個人都免費改槍的話，那肯定是一筆不小的支出。淩天翔答應了他的這個要求，而李景風隻收取勞務費，大部分收入都将上繳軍團。
教導後勤大隊一共隻有15名常備隊員，其中12人是教官，剩下的3個是負責爲軍團提供武器裝備的。連豫泯也安排了一批非戰鬥人員協助該大隊負責後勤采購。軍團的日常彈藥消耗相當驚人。在訓練全面展開之後，僅每天消耗的子彈就超過了2萬發，随後在提高訓練階段的時候，每天不用掉5萬發子彈幾乎是不可能的事情。除了子彈之外，槍支單兵作戰裝備手榴彈，甚至是火箭彈的消耗都相當驚人，這些都需要進行統籌安排，還得落實到具體的負責人身上。
訓練是同時展開的，淩天翔并不是正式地教官。他隻偶爾去看看熱鬧，用袁德良的話來說，就是去耽擱時間去添麻煩。相對而言，這次從三個地方招募的新兵素質都不差，而且都各有特色。塞黑軍人的體力是最好的，同時紀律性相當嚴明，平時都是一起活動。很少參加娛樂活動，仿佛訓練就是他們生活中唯一的樂趣。伊拉克人的耐力是最好地。而性格最爲内向，其宗教信仰也極爲獨特，50多個伊拉克人甚至搞了個帳篷清真寺，每天都會在早晚做禱告。從共和國來的軍人在訓練場上最爲靈活，也最爲開放，與教官地關系也搞得最好，同時最喜歡在訓練之餘組織各種各樣的娛樂活動。這大概是教官特别安排的。通過各種各樣的娛樂活動，才能夠迅速拉近不同膚色不同民族，有着不同信仰的軍人之間的關系，并且形成新的戰友關系。
訓練中，時間過得很快，大部分隊員都有着堅實地基礎，畢竟他們都是真正的戰士。袁德良也找到了該做的事情，作爲最優秀的格鬥教官。他大概也是最受到尊重的教官之一。淩天翔也偶爾會去教一些想成爲狙擊手，或者特種兵的隊員如何熟悉槍械，如何使用槍械，以及如何在複雜的情況下射中數百米外的目标。因爲島上地條件相當簡陋，所以對狙擊手的訓練并不是很有利，很多訓練科目。比如高原隐蔽，叢林求生這些都無法在島上進行。
大部分時候，淩天翔都在處理一些必須要由他自己來處理的事情，比如制定軍團成員新的薪酬細則。以前這件事是由李明翰幫他完成的，可是現在李明翰根本就沒有到島上來，而且也很少與他聯系，連豫泯又一直在外面跑業務，也就隻能由淩天翔自己來處理了。另外，還得協調顧衛民那邊的作戰行動，在訓練進行了一個月之後。一批由最優秀地20名塞黑族軍人組成的隊伍被派到了伊朗去。将顧衛民的小隊換了回來，而顧衛民仍然留在伊朗。
在第一期訓練結束的時候。大部分隊員都通過了考核，成爲了軍團的準正式成員。按照淩天翔訂下的規矩，隻有完成了兩個階段的訓練，并且通過了考核的隊員才會成爲軍團的正式成員，并且享受到軍團内一視同仁的待遇。
軍團待遇是個比較複雜地問題。經過了反複計算之後，淩天翔發現如果按照之前地薪酬水平來發工資的話，那麽軍團每個月要支出上千萬地薪水，這顯然是無法承受的。因此，淩天翔根據連豫泯的建議，針對新加入軍團的隊員，制定了新的薪酬體系。
軍團官兵的保底收入大爲降低，在不執行任務的情況下，普通成員的年薪隻有大概2萬美元左右。這并不算高，甚至是很低的。而真正能賺大錢的，還得去執行各種各樣的任務。淩天翔仿照了美軍的津貼體制，設置了二十多種津貼。
按照最普遍的情況計算，如果隊員參加作戰行動的話，日薪将達到1000美元以上，而一支大隊在戰區内的部署時間一般是3個月，也就是說，3個月下來，平均每人能夠賺到10萬美元左右。如果執行的是訓練任務，日薪也在500美元左右，如果執行爲期半年的訓練任務，也能賺到10萬美元。
相對于底薪，戰鬥津貼與訓練津貼有着明顯的誘惑力，這對提高軍團官兵的積極性有着明顯的好處。除此之外，淩天翔沿用了獎勵制度。如果戰績突出的話，也許一場戰鬥下來，就能賺到好幾萬美元了。
除了制定津貼體系之外，淩天翔還仿照正規軍的方式，制定了軍團的軍銜體制。軍團不設将領，上校爲最高級别的軍官，大隊長都爲上校，副大隊長爲中校，中隊長爲少校，副中隊長爲上尉，小隊長爲中尉，副小隊長爲少尉。另外，普通隊員分成了三個級别，不同級别官兵的底薪不一樣，但是差别不是很大，主要還是在軍團内地位的差别很大。同時，在執行作戰任務與訓練任務的時候，不同級别官兵之間的津貼差别也不是很大，主要的差别就是在戰場上的指揮權。
設置軍銜體系，也是爲了确保軍團的指揮權，同時培養軍團内的團隊精神。另外，軍銜體系與獎勵制度直接挂鈎，因此也直接關系到了每名隊員的福利待遇。這套體系的最大好處就是激勵有能力的隊員在戰場上做出更好的表現，從而确定自己在軍團内的地位，以及更多的個人利益。
爲了給新加入的隊員提供更多的機會，大部分小隊的小隊長位置都是空着的，另外副中隊長的位置也是空着的。在訓練結束之後，将直接根據新兵的考核成績臨時安排，然後接受至少半年的實戰考驗，最終确定這些位置的人員。
在完成了第二階段的培訓之後，有40名隊員被淩天翔挑選了出來，他們将接受第三階段的強化訓練。這時候，淩天翔成立了一支個由袁德良直接指揮與領導的特種作戰中隊，而該中隊就是由這40名将接受特種作戰訓練的隊員組成的。這算是淩天翔給自己與袁德良搞的特權。這40名隊員在完成了第三階段的訓練之後，都能夠達到一般特種兵的水平，而特種中隊的戰鬥力也肯定是軍團各中隊中最強大的。
淩天翔親自擔任了這批隊員的狙擊手教官，本來當時是安排肖遙來擔任狙擊手教官的，但是在第三期訓練開始之前，肖遙返回伊朗，把蕭慶國替換了回來。袁德良擔任了這些隊員的格鬥與戰術作戰教官。兩人都清楚，這支中隊将是他們的基礎力量，也是今後與他們一起作戰的部隊，那就得從培訓着手，加強與隊員的感情。
在訓練中，時間過得非常快，而且施工隊已經建好了部分娛樂設施，包括一個小酒吧一個ktv舞廳錄像電影廳桑那浴房等等，隊員們在訓練之餘有了放松的地方，除了島上沒有幾個女人之外，幾乎都完美了。當淩天翔從訓練中回過神來的時候，他才發現，回到島上已經快5個月了。
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