緬甸内戰雙方談判中的矛盾并不少，可真正的焦點實際上隻有一個，那就是内戰結束之後，緬甸的政治體制。
不管是藍軍，還是叛軍，幾乎雙方的所有将領都主張成立軍政府，也就是由藍軍與叛軍雙方組成一個聯合軍政府。很明顯，這完全是在走以前的老路，由軍隊控制國家，由軍隊的将領出任政府的高級官員。似乎，在緬甸軍人的眼裏，這也是順理成章的事情。他們覺得将領是掌握軍隊實權的大人物，而軍隊是國家的強力機構，自然就應該由軍隊控制國家，由将領控制國家。可現實是，從談判一開始，成立聯合軍政府的可能性就爲零，原因很簡單，共和國不會讓巨額的資金投入成爲肥皂泡。
共和國支持藍軍的一個前提條件就是在戰後成立民選政府，軍隊将權利歸還給人民，然後由人民選舉産生一個民主的，由文官組成的政府，而軍隊将接受政府的指揮，不再擁有控制國家的權力。
藍軍當初爲了獲得共和國的幫助，渡過最艱難的時期，避免被叛軍殲滅，幾個主要将領都答應了這個條件，并且在此基礎上展開了與地方軍閥少數民族遊擊隊的談判與合作，從而組建了聯合戰線，并且最終在戰場上獲得了優勢。現在，當内戰的局勢轉變得對藍軍有利的時候，問題就沒有這麽簡單了。
藍軍的幾個主要将領并沒有異議，周國輝已經代表共和國。暗中向這幾位将領表示，即使成立了民選政府，他們仍然是緬甸軍隊地主要掌權者，并且會保證緬甸軍隊在國家政治中有一定的地位。本來周國輝就是軍人，因此他的話還是很有說服力的，這話如果換成個外交官來說，恐怕效果就不一樣了。
真正對此不滿的是之前與藍軍合作的地方軍閥。毫無疑問。新政府将是一個中央集權的政府，中央地權力将淩駕于地方之上。就算在新政府成立之後。需要一段時間來逐漸收回地方軍閥的武裝力量，可是地方軍閥最終都将失去所有地大權，失去掌握的軍隊。對那些在戰亂中生活了幾十年，對軍隊極爲看重，而且是依靠軍隊才生存下來的軍閥來說，失去軍隊，就等于抽掉了他們的脊梁。因此。在成立民選政府的問題上，地方軍閥首先反對。
不管是之前投靠藍軍的地方軍閥，還是站在叛軍一邊的地方軍閥，其态度都相當一緻，那就是不管怎麽改，都不能動他們地軍權，不能收編他們的軍隊。而地方軍閥如果不肯交出軍權的話，那麽藍軍與叛軍将領也就有足夠的理由不交出軍權。
實際上。叛軍将領也很清楚，作爲内戰的失敗一方，戰後，要保證自己的利益，保證自己的人身安全，那麽就得掌握軍隊。失去了軍隊，就失去了一切。而成立民選政府的話，那麽軍隊就必須要交還給政府，也就會失去軍權。因此，叛軍将領對成立民選政府也抱反對意見，認爲這動搖了其根本利益。
在地方軍閥表示反對之後，叛軍方面提出了折中方案，那就是在各派力量地基礎上成立一個軍政府。顯然，這依舊回到了老路上。不管軍政府中的職務分配比例如何，政府職務本身就沒有任何價值。實權仍然掌握在軍隊的将領手裏。這樣。叛軍将領就能夠繼續掌握軍權，雙方最多是成立一個妥協性的政府。從而結束内戰。至于今後會不會爆發内戰，這就不是叛軍将領所關心的了。
相對而言，藍軍将領對這個提議并不反對，甚至還有部分将領持支持态度。道理很簡單，在軍政府的基礎上，藍軍方面不但能夠占據政府中地要職，從而達到掌握國家政權的目的，同時還能夠保全自己的軍隊，甚至借此擴大影響力，最終獲得壓倒性的優勢，從而成爲緬甸的主宰者。可問題是，藍軍此時仍然得依靠共和國的支持，而共和國是絕對不會答應以這種妥協的方式結束緬甸内戰的。
成立聯合軍政府的最大弊端就是留下了禍根，而緬甸内戰已經讓共和國付出了不小地代價，不說别地，開鑿克拉運河的進度就被延遲了至少一年以上，這筆損失就不小了。再加上共和國地軍事投入，秘密的軍事援助，在東南亞地區的貿易損失，以及用來撤出被困人員的花費。其中，最重要的莫過于共和國威信受到的損失。莫說再打一次内戰，也不算共和國在這場内戰中投入的巨額資金，如果無法徹底的解決緬甸的内部矛盾，成立一個得到國際社會公認的民選政府，那麽共和國的國際威望必然會受到嚴重的打擊。
也正是如此，還必須要依靠共和國的藍軍才沒有在這個問題上讓步。可同樣的，叛軍，地方軍閥也不會輕易的讓步。談判僅僅進行了兩天，雙方就在這個關鍵問題上陷入了僵局，甚至差點導緻談判破裂。
雖然藍軍有資本打赢内戰，但是戰争持續下去，對任何一方都沒有好處。同樣的，對共和國來說，這次談判是挽回面子的最好機會。如果能夠成功的說服叛軍将領，讓談判結果倒向藍軍，也就是共和國這一邊，那麽共和國的國際威望必然會得到極大的提升，從而使更多的國家認識到共和國的影響力。相反，如果談判就此破裂，内戰繼續開打的話，那麽共和國将威嚴掃地，甚至會導緻其他那些态度搖擺的國家懷疑共和國處理外事方面的能力。
也正是如此，在談判休會的那一天中，周國輝緊急約見了叛軍與地方軍閥的代表，進行了閉門磋商。當然。藍軍地代表也陪同參加了閉門磋商。
當時，周國輝提出了兩套解決方案。
一是分步驟完成改革，即首先組建聯合民選政府，但不同時剝奪将領的軍權，而是将在建立民選政府之後，分幾步，用幾年。甚至十年的時間，逐步完成政體改革。最終建立起一個民選的，民主的政府。
二是由共和國爲放棄軍權的将領提供安全保證，甚至可以爲其提供政治庇護。同時，這些将領的個人資産将得到保護，并不收歸國用，其海外資産也将得到保證，共和國爲其擔保方。而政治體制改革仍然按照之前地方案進行。
這兩點自然不是周國輝自己想出來的。他隻是共和國地代言人而已。當然，緬甸的将領與軍閥都不是傻蛋，在周國輝提出了這兩點意見之後，他們也都清楚的認識到了一點，那就是，共和國不會再做出任何的讓步。
實際上，地方軍閥與叛軍将領唱反調的最終目的，并不是想保留以往的軍政府。這些人都明白一點。談判真地破裂，那麽他們将輸掉戰争，到時候最好的結局就是流亡海外，而且還沒有幾個國家會收留他們。而最差的結果就是失去一切，包括性命。因此，他們的真正目的隻是想在做出讓步之前獲得更多的好處。最大限度的保證自己的利益。
不管是通過漸進式地改革，還是接受共和國提供的保證與庇護，對這些内戰中的失敗者，注定将要失去權力的軍人來說，都算得上是不錯的結果了。而且，地方軍閥與叛軍将領的選擇也是截然不同地。
之前已經倒向了藍軍的軍閥幾乎都選擇了前者，接受了漸進式的改革。這樣一來，他們至少可以确保自己爲一方之主，甚至有可能在中央政府裏謀求到一官半職，從而獲得足夠的權利。
叛軍将領幾乎都選擇了後者。原因很簡單。不管是一次性的改革，還是漸進式的改革。他們最終都将被排斥在政府之外，被排斥在權利核心圈之外。因此，繼續謀求權利是沒有任何意義的，保全性命，并且保住大部分的個人财産，這才是最明智的選擇。
經過了這一天的秘密磋商之後，談判地新重點很快就确定了下來。内戰結束之後，緬甸将進行從地方到全國地全民選舉，并且成立中央地方邦兩級民選政府。而緬甸軍隊将暫時保留現有的體制，在民選政府成立之後，再按照由談判确定地方案進行整編，并且最終建立一個由中央民選政府指揮的軍事體系。
談判重新開始之後，問題就沒有那麽尖銳了。周國輝也在這個時候忙碌了起來，而他主要處理的正是那些希望能夠得到共和國庇護的叛軍将領的去向問題。
這是一件比較麻煩的事情，叛軍的絕大部分将領都選擇接受共和國的庇護，并且由共和國爲其轉移資産。最後甚至連沙辛都提出了希望到共和國政治避難的要求。提供政治避難并不是什麽麻煩事，不管是軍情局，還是國安部，在處理這類事件時都算得上是老手了。最重要的還是清算，并且轉移這些将領的私人财産。
大部分将領都有巨額私人财産，而無一例外的，這些私人财産又以不動産居多。畢竟緬甸仍然是一個半封建性質的國家，作爲國家的實權份子，将領最看重的還是土地這類财産。但不管是土地，還是農場，或者是城市裏的豪宅，都是不可能轉移到國外去的。因此，在怎麽處理這部分财産方面就出現了新的問題。
大部分将領堅持要變賣這些财産，畢竟對他們來說，這是最大的一筆财富。不過又有誰有足夠的錢來購買這些不動産呢緬甸國内肯定沒有這樣的有錢人，而共和國的大商人也不可能把錢投到這個還不穩定的國家，而且土地根本就不值錢的國家。
僅僅這個問題就花了周國輝好長一段時間，而且在其他各方面的談判工作都取得了實質性的進展之後，這個問題仍然沒有得到根本解決。最主要的仍然是沒有人肯出錢購買這些将領的私人不動産。
就在談判結束之前，周國輝代表共和國與願意前往共和國接受政治庇護的将領，以及緬甸藍軍代表達成了一份三方協議。按照該協議，離開緬甸的将領将把其個人不動産以以一個極低的價格出售給共和國，而共和國再用這些将領的不動産與緬甸政府進行等值交換，獲取在緬甸幾個重要軍事基地，港口的使用權。換句話說，共和國出錢購買緬甸的軍事基地。
這是一份秘密協議，當時并沒有公布。而按照這份協議，十八名願意接受庇護的緬甸将領将各得到1500萬到5000萬的補償，再加上這些人原本擁有的貴重财産，足以保證其下半生，甚至是其子孫過上衣食無憂的生活了。
在簽署了這份協議之後，緬甸内戰停戰談判才算真正結束。随即，沙辛宣布緬甸白軍叛軍即日起停止抵抗，并且按照停戰條約，向藍軍交出武器，接受藍軍的整編。同日，藍軍最高統帥坤沙也宣布，藍軍全線停止進攻，并且按照相關協議，逐步接管白軍。
真正關鍵的還是緬甸的全民大選。按照協議約定，在叛軍全部繳械，并且接受整編之後，緬甸就将舉行曆史上第一次全民大選。共和國泰國老撾孟加拉國将分别派遣觀察團監督緬甸的全民大選，并且組成選舉委員會，最終由選舉委員會進行記票。緬甸的民選政府模式也确定爲總統議會制，首先選舉産生總統，同時選舉産生國民議會，然後由總統組建政府，隻要在國民議會獲得半數以上的簡單多數支持，總統就将成立政府，掌握緬甸的行政大權。立法權仍然由議會掌握，而掌握司法權的全國最高法院的工作則被延後了。
正如同淩天翔所預料的一樣，緬甸的内戰以一種沒有預料到的方式爆發，最終又以一種沒有預料到的方式結束。
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